新冠病論文（研究文獻8篇）,傳染病學論文

新冠病論文〔研究文獻8篇〕,傳染病學論文新型冠狀病毒感染的肺炎潛伏期一般為3~7d,多數(shù)不超過14d,但當前發(fā)現(xiàn)最長可達24天或許更長。以發(fā)熱、乏力、干咳為主要表現(xiàn)，少數(shù)患者伴有鼻塞、流涕、腹瀉等異常感覺和狀態(tài)。本篇文章整理關于新冠病論文8篇供大家參考！關于新冠肺炎以下為參考文獻的范例，可點擊以下相關推薦了解：推薦一：推薦二：推薦三：推薦四：以下為(新冠病論文〕范文：新冠病論文：新型冠狀病毒肺炎臨床CT圖像特點內蒙古醫(yī)科大學附屬醫(yī)院影像診斷科內蒙古自治區(qū)：新冠病毒核酸檢測方式方法與各環(huán)節(jié)重點四川大學華西醫(yī)院實驗醫(yī)學科內容摘要：2022年12月以來，新型冠狀病毒感染引起的肺炎病例數(shù)快速攀升。因患者體內病毒核酸的存在是當前唯一確實診根據(jù)，而當前臨床上普遍反映核酸檢測陽性率不滿意，故對病毒核酸檢測的實驗室條件、檢驗人員要求及檢測經(jīng)過中各個環(huán)節(jié)都有較高要求。本文著重闡述新型冠狀病毒核酸檢測各個環(huán)節(jié)中的檢測重點、最新的行業(yè)規(guī)范及共鳴內容，同時討論臨床檢測中的疑難問題，以期為新型冠狀病毒所致疾病的準確診斷提供理論根據(jù)。本文關鍵詞語：新型冠狀病毒；新型冠狀病毒肺炎；核酸檢測；診斷；作者簡介：鐘慧鈺，女，技師，主要從事疾病的分子診斷研究研究；應斌武，博士后，教授，博士研究生導師。四川大學華西醫(yī)院實驗醫(yī)學科主任/四川大學華西臨床醫(yī)學院醫(yī)學檢驗系主任。中華醫(yī)學會檢驗專委會，華而不實SCI收錄。獲國家發(fā)明專利6項。獲四川省醫(yī)學會醫(yī)學科技〔青年獎〕一等獎1項，成都市科技進步二等獎1項。參編人衛(wèi)社教學資料、專著多部，E-mail:docbwy@126.com;基金：四川省科技廳重點研發(fā)項目新冠專項〔JH20200019〕；ClinicalpointsandexperienceinnucleicacidtestingofSARS-CoV-2ZHONGHuiyuZHAOZhenzhenSONGXingboLUXiaojunWANGMinjinZHOUYiSONGJiajiaLIUTangyuhengWULijuanZHOUWenjingYEYuanxinSIYanjunZHOUYanhongTAOXintongWANGNianYINGbinwuDepartmentofLaboratoryMedicine,WestChinaHospital,SichuanUniversityAbstract:Thenumberofpneumoniacasescausedby2022-nCoV〔nowcalledsevereacuterespiratorysyndromecoronavirus2,SARS-CoV-2〕infectionshasrisenrapidlysinceDecember2022.Becausethepresenceofviralnucleicacidinpatientsistheonlybasisforthediagnosis,andthepositiverateofnucleicaciddetectionisgenerallynotsatisfactoryinclinicalpractice,sotherearehighrequirementsforthelaboratoryconditions,inspectorsofviralnucleicaciddetectionandotheraspectsofthedetectionprocess.Thispaperfocusesonthecurrentsituation,thelatestindustrystandardsandtheconsensuscontentsoftheSARS-CoV-2nucleicacidtesting,andprobesintothedifficultproblemsinclinicaltesting,soastoprovidetheoreticalbasisfortheaccuratediagnosisofthe2022-nCoVpneumonia.Keyword:severeacuterespiratorysyndromecoronavirus2;2022-nCoVpneumonia;nucleicaciddetection;diagnosis;2022新型冠狀病毒〔2022-nCoV/SARS-CoV-2,下面簡稱新冠病毒〕是一種新型屬冠狀病毒，屬于單鏈RNA病毒，可引起人類呼吸道感染，其基因特征與嚴重急性呼吸綜合征〔SARS〕相關冠狀病毒和中東呼吸綜合征〔MERS〕相關冠狀病毒有明顯區(qū)別，基因組序列約由29kb構成，擁有10個基因，可有效編碼10個蛋白[1].該病毒感染人類引起的肺炎自2022年12月在湖北省武漢市發(fā)現(xiàn)以來，截至2月22日24時，據(jù)31個省〔自治區(qū)、直轄市〕及新疆生產(chǎn)建設兵團報告，現(xiàn)有確診病例51606例〔華而不實重癥病例10968例〕[2].國際病毒分類委員會于2020年2月12日正式將其命名為嚴重急性呼吸綜合征冠狀病毒2〔SARS-CoV-2〕。由于疫情發(fā)展迅速，及時對不同程度臨床異常感覺和狀態(tài)患者及疑似患者進行診斷需要快速有效的方式方法，而新冠病毒核酸檢測可為診斷提供直接證據(jù)，在當前最新版本診療方案中，新冠病毒核酸的檢出還是唯一確診根據(jù)[3].由于是新發(fā)疾病，從新冠病毒所致感染病程到新冠病毒核酸檢測技術等各個方面均缺乏大量科學數(shù)據(jù)支撐，在開展核酸檢測經(jīng)過中的各個環(huán)節(jié)中存在較多問題。本文將圍繞當前新冠病毒核酸檢測中的關鍵環(huán)節(jié)及華而不實可能影響核酸檢測結果及時性、準確性的因素進行評述。1、新冠病毒核酸檢測方式方法在疫情初期，最先檢出新的病原體的方式方法是下一代測序技術/高通量測序技術〔NGS〕技術，并很快確定了新冠病毒的核酸序列。隨著疫情發(fā)展，國內迅速研發(fā)出多種應用于新冠病毒核酸檢測的試劑盒，絕大多數(shù)都基于實時熒光定量PCR〔RT-PCR〕技術。除此之外也有非常多的快速基因檢測技術推出，如現(xiàn)場快速檢驗〔POCT〕技術、卡式熒光PCR技術等，整個檢測流程縮短很長時間，有報道稱最快能夠節(jié)約3~4h.和傳統(tǒng)的RT-PCR技術相比，一體化現(xiàn)場快速檢測確實便攜、操作簡單，但是假如過于強調其快速的特性，其靈敏度可能受影響，而現(xiàn)實的問題是傳統(tǒng)PCR技術都遭到假陰性結果的挑戰(zhàn)，在現(xiàn)有條件下，時間的縮短可能會進一步帶來一定程度的靈敏度降低。從技術角度看，在靈敏度和特異度的平衡上，相較一些快速檢測方式方法，當前平衡性最好的是RT-PCR檢測技術。從過往的重大疫情來看，無論是西非埃博拉病毒、甲流還是MERS,RT-PCR還是各個部門主推的檢測手段，當前國家已批準上市的試劑盒也均以RT-PCR技術為主。當前新冠病毒核酸檢測針對的位點主要包含病毒基因組中3段保守基因序列，即以開放讀碼框1ab〔ORF1ab〕、核殼蛋白〔N〕基因以及包膜蛋白〔E〕基因作為檢測靶標，也有少數(shù)商品試劑盒同時檢測刺突糖蛋白〔S〕基因。根據(jù)國家衛(wèi)生健康委員會發(fā)布的新型冠狀病毒感染的肺炎實驗室檢測技術指南〔第五版〕，在實驗室要確認一個病例為陽性，需知足同一份標本中新冠病毒的ORF1ab及N基因2個靶標特異性RT-PCR檢測結果均為陽性，或單靶標陽性患者重新采樣/另一類型樣本檢測仍為單靶標陽性[4],故實驗室針對新冠病毒的核酸檢測應至少包含最為保守及特異的ORF1ab區(qū)域以及N基因。配圖核酸檢測2、新冠病毒核酸檢測樣本類型及病毒核酸檢出情況2.1不同樣本類型中新冠病毒的核酸檢測在最新版診療方案中，其確診所提到的核酸檢測樣本類型不僅包含呼吸道樣本及血液樣本，同時在實驗室檢查中增加糞便樣本中可檢測新型冠狀病毒核酸[3].新版實驗室檢測技術指南中，又將樣本類型細分，呼吸道樣本包含鼻咽拭子、咽拭子、鼻咽抽取物或呼吸道抽取物、深咳痰液、支氣管灌洗液、肺泡灌洗液，消化道樣本包含糞便及肛拭子，血液樣本包含全血及血清標本，并分別有相應的采集及保存要求[4].由于新冠病毒造成的肺炎為下呼吸道感染，對于已有異常感覺和狀態(tài)及肺部CT改變的患者來講，下呼吸道樣本〔如深咳痰液、灌洗液等〕為核酸檢測首選，而在新冠肺炎不同的病程中取上呼吸道樣本〔如鼻咽拭子〕也能檢出病毒核酸。臨床上由于多數(shù)患者咳痰困難，取下呼吸道灌洗液樣本操作的生物安全風險極大，故呼吸道樣本以鼻咽拭子及咽拭子為主，而拭子樣本采用當前的RT-PCR試劑盒，據(jù)估計只要30%~50%的陽性檢出率，大量的假陰性結果無法避免，必須進行屢次取樣檢測或結合其他類型樣本檢查結果進行確診。筆者所在研究團隊對臨床上的新冠病毒疑似病例分別采集不同類型呼吸道樣本進行核酸檢測，結果初步提示在新冠病毒感染者中，取咽拭子樣本及深部痰樣本的病毒核酸檢出率之間有明顯差異，咽拭子樣本中新冠病毒陽性檢出率低于深部咳痰。隨著對新冠病毒核酸檢測的科技攻關，當前已有較多報道提出在患者的糞便樣本中可檢出病毒核酸，糞便樣本將成為臨床患者篩查的重要樣本類型[5,6].當前筆者所在研究團隊對呼吸道樣本核酸檢測確診的患者進行治療經(jīng)過中及出院前的糞便樣本進行核酸檢測，結果顯示糞便樣本是患者診療經(jīng)過中一種非常好的樣本類型，其核酸檢出的持續(xù)時間普遍較呼吸道樣本更長，同時糞便中新冠病毒核酸陽性與患者的疾病進程發(fā)展具有重要的相關性，可能作為一種治療療效評估和出院標準的重要檢測指標。2.2不同呼吸道樣本取樣材料對新冠病毒核酸檢測結果的影響當前相關的診療方案及實驗室檢測指南并未提及用于采集鼻咽拭子及咽拭子的拭子種類，但對于呼吸道樣本的病毒核酸檢測來講，不同的拭子及保存管很大可能將影響核酸檢測結果，但相關影響因素尚未見報道。筆者所在研究團隊初步在確診患者中比照了帶病毒保存液的植絨拭子樣本及無病毒保存液的普通棉簽拭子樣本的新冠病毒核酸檢測結果，發(fā)現(xiàn)普通棉簽拭子的核酸檢出率明顯低于帶病毒保存液的植絨拭子〔P0.05〕，普通棉簽拭子即使檢出，其陽性CT值也明顯大于植絨拭子。3、新冠病毒核酸檢測樣本核酸提取方式方法及病毒核酸檢出情況新版新冠病毒實驗室檢測技術指南等文件中，并未明確提及或推薦新冠病毒樣本的核酸提取方式方法，但由于當前臨床常見鼻咽拭子樣本存在核酸檢出率較低的問題，對提取方式方法及提取流程進行有實驗數(shù)據(jù)根據(jù)的選擇及優(yōu)化是有必要的，提取流程的優(yōu)化可由各實驗室根據(jù)本身情況及比對實驗結果來進行。新冠病毒核酸檢測所采用的RT-PCR是臨床分子檢測中常用的檢測方式方法，在以往采用RT-PCR對病毒核酸進行的檢測中，磁珠法是較為常用的核酸提取方式方法，普遍以為其對病原體的核酸提取具有簡便、高效、提取濃度及純度較高等優(yōu)勢[7,8].除此之外因各實驗室條件不同及各檢測試劑盒要求，離心柱法、煮沸裂解法、一步裂解釋放法等也在臨床大量應用。不同的病毒核酸提取方式方法因其提取產(chǎn)物濃度、純度的差異不同及對RNA的保衛(wèi)程度不同，將在一定程度上影響病毒核酸尤其是臨界陽性樣本的核酸檢出。筆者所在研究團隊初步對58例已確診患者原始樣本〔均為帶病毒保存液的咽拭子樣本〕同時采用不同提取方式方法后的核酸檢測結果顯示，分別采用離心柱法及磁珠法提取后，PCR檢測的CT值無顯著差異〔P0.05〕。4、新冠病毒核酸檢測實驗室生物安全要求4.1實驗室及檢驗人員生物安全自新冠肺炎疫情爆發(fā)以來，各醫(yī)院檢驗科面對新冠病毒檢測量增加、確診/疑似病例和普通患者的標本不易區(qū)分、實驗室空間限制、生物安全防護物資缺乏等各類問題，臨床實驗室十分是進行新冠病毒核酸檢驗的科室的生物安全防護措施尤為關鍵。當前國家衛(wèi)生健康委員會對新冠病毒暫根據(jù)病原微生物危害程度分類中第二類病原微生物進行管理，根據(jù)最新版的新冠病毒實驗室檢測指南及實驗室生物安全指南，如無法對原始樣本進行可靠的滅活，則對其進行的核酸檢測應當在生物安全二級實驗室進行，同時采用生物安全三級實驗室的個人防護〔建議至少穿戴工作服、一次性工作帽、雙層手套、醫(yī)用一次性防護服、醫(yī)用防護口罩或動力送風過濾式呼吸器、防護面屏或護目鏡、工作鞋或膠靴、防水靴套〕，各實驗室還可根據(jù)本身情況增加進一步的防護[9];同時標準預防、不定期通風和手衛(wèi)生等重要的防護措施必不可少。在物資匱乏及實驗室條件缺乏等限制下，實驗室可根據(jù)物資短缺的情況，對檢驗標本及檢驗崗位等啟動分級分層的生物安全防護預案，根據(jù)擬定的不同防護級別，最大程度知足生物安全防護要求。如針對不同的檢驗崗位，建議至少應保證對確診患者、疑似患者標本進行呼吸道標本病毒核酸提取和抗原檢測的相關人員的核心防護，即三級生物安全防護、二級生物安全柜，有條件時應佩戴正壓防護頭套及在負壓實驗室中操作，其他實驗室檢測人員酌情采取重點防護或標準防護[10].同時應加強所有實驗室人員的安全意識，在日常進行新冠病毒核酸檢測的實驗室內，所有實驗人員均應嚴格遵循新冠病毒實驗室生物安全指南中的相應要求，結束核酸檢測工作后，對進行新冠病毒核酸檢測操作的安全柜、臺面及實驗室環(huán)境及時進行有效的消毒；同時應嚴格根據(jù)相關文件要求進行防護裝備的脫卸，注意盡量少地觸碰到污染面，且脫卸的每一步后均應有手消毒，防護服、醫(yī)用帽及醫(yī)用口罩等一次性物品盡量不重復使用，在全部脫卸完成后，再進行相應的手衛(wèi)生及消毒。對于嚴格分區(qū)的實驗室，在相應區(qū)域完成防護裝備脫卸及手衛(wèi)生即可進入清潔區(qū)，未嚴格分區(qū)的實驗室中檢驗人員在完成防護裝備脫卸及手衛(wèi)生后，還可增加其他有效的消毒措施[11].4.2原始樣本的滅活及對核酸檢測的影響新冠病毒實驗室檢測指南中未對原始樣本的有效滅活條件進行規(guī)定或建議，在當前最新的新冠病毒核酸檢測專家共鳴中，建議采用56℃水浴45min,并可根據(jù)提取試劑在標本裂解時所采用的溫度調整滅活溫度，但不低于56℃，此條件是根據(jù)以往對MERS等病毒滅活條件的研究。同時專家共鳴也建議各實驗室對原始樣本的滅活條件有預實驗結果的支持[12].由于當前常見樣本類型的新冠病毒核酸陽性檢出率仍不高，故任何可能降低病毒核酸提取效果及檢出率的因素，如樣本滅活條件及滅活時間等均應引起重視。此前，華中科技大學附屬同濟醫(yī)院檢驗科的專家學者對PCR檢測病毒核酸〔以乙型流感病毒為例〕進行了相應的小樣本量比對，結果發(fā)現(xiàn)未滅活處理、56,℃水浴30,min及50,℃干浴1h的同一樣本其PCR檢測陽性結果的擴增曲線CT值無明顯變化，可作為新冠病毒樣本滅活的參考。根據(jù)筆者所在研究團隊對20例新冠病毒感染者的同一陽性樣本分別進行56℃干浴30min及65℃干浴30min后，其PCR檢測的陽性CT值無明顯差異〔P0.05〕，該研究結果尚未發(fā)表。5、新冠病毒核酸檢測結果判讀根據(jù)當前最新版新冠病毒診療指南、防控方案及實驗室檢測專家共鳴，對新冠病毒的核酸檢測均應至少檢測ORF1ab及N基因〔或E基因〕，檢測的通道同時陽性時可斷定為陽性，并均提到陰性結果不能排除新冠病毒感染，應考慮各環(huán)節(jié)中導致假陰性的原因。同時在第五版實驗室檢測技術指南中，對于單通道陽性結果，不僅要求重新采樣及檢測，對結果斷定也增加了新的要求，即重新檢測結果仍為單通道陽性時，斷定核酸檢測結果為陽性；同時增加了2種類型樣本均檢測得到單靶標陽性結果時，應斷定核酸檢測結果為陽性[4].對于臨床新冠病毒核酸檢測中經(jīng)常出現(xiàn)的單靶標陽性結果，可有如下幾點考慮。首先，不同廠家雙位點RT-PCR試劑盒對于新冠病毒N蛋白基因的擴增靈敏度可能高于ORF1ab檢測，將可能導致部分病毒含量較低的樣本檢測結果為單通道陽性。除此之外，專研SARS病毒的專家學者以為，理論上講新冠病毒的mRNA轉錄形式與SARS類似，在細胞中新冠病毒的mRNA數(shù)倍于病毒的基因組RNA,且將轉錄出不同長度的mRNA,這些mRNA都帶有N基因，而只要少數(shù)帶有ORFab1;當前的試劑盒實際檢測多為細胞內的病毒mRNA,因患者樣本中N基因mRNA的拷貝數(shù)遠高于ORFab1基因，故在新冠病毒拷貝數(shù)較低的情況下，N基因檢測單通道陽性的比例較高。再次，N基因在新冠病毒的核酸序列中保守程度不及ORF1ab,故還可能存在少數(shù)樣本由于其他冠狀病毒等的核酸序列與其有穿插，導致N基因擴增陽性而ORF1ab陰性。6、結論綜上所述，當前新冠病毒所致疾病其病理經(jīng)過及臨床病程還未完全說明，實驗室檢測途徑未標準化，加上其核酸檢測試劑盒研發(fā)時間緊迫，沒有足夠的評估及大樣本的臨床驗證，檢測效果良莠不齊，故對于臨床上新冠病毒核酸檢測結果為陰性或單通道陽性的樣本均需要慎重對待，考慮到各環(huán)節(jié)中可能造成結果不準確的影響因素。各臨床實驗室應在現(xiàn)有研究報道及文件和指南的基礎上，根據(jù)本身條件對新冠病毒核酸檢測全經(jīng)過進行嚴格的質量控制及合理的優(yōu)化。同時，當前實驗室已開場檢測新冠病毒IgM及IgG抗體，更靈敏的核酸檢測方式方法如數(shù)字PCR也開場應用于新冠病毒的核酸檢測，部分研究團隊著力于探尋求索愈加高效的新冠病毒實驗室診斷模型，有望在新冠病毒的實驗室檢測方面大大降低假陰性率，并為更好更快地確診新冠病毒感染者提供事實根據(jù)。以下為參考文獻[1]LIQ,GUANX,WUP,etal.EarlyTransmissionDynamicsinWuhan,China,ofnovelcoronavirus-infectedpneumonia[J/OL].NEJM,〔2020-01-29〕[2020-02-24].http3:80/rwt/02//P75YPLUPMWWG4LUQPJUB/doi/full/10.1056/NEJMoa2001316[2]中國衛(wèi)生健康委員會。截至2月22日24時新型冠狀病毒肺炎疫情最新情況[EB/OL].〔2020-02-23〕[2020-02-24].http3:80/rwt/02/http/P75YPLUPNBST635QPZYGG5C/xcs/yqtb/202002/07e5b22758364f2482d83537ef3975d2.s[3]中國國家衛(wèi)生健康委員會。新型冠狀病毒感染的肺炎診療方案〔試行第六版〕[EB/OL].〔2020-02-18〕[2020-02-24].http3:80/rwt/02/http/P75YPLUPNBST635QPZYGG5C/yzygj/s7653p/202002/8334a8326dd94d329df351d7da8aefc2/files/b218cfeb1bc54639af227f922bf6b817.pdf.[4]中國國家衛(wèi)生健康委員會。新型冠狀病毒肺炎防控方案〔第五版〕[EB/OL].〔2020-02-21〕[2020-02-21].http3:80/rwt/02/http/P75YPLUPNBST635QPZYGG5C/xcs/zhengcwj/202002/a5d6f7b8c48c451c87dba14889b30147/files/3514cb996ae24e2faf65953b4ecd0df4.pdf.[5]李萍，趙四林，陳煜楓，等。2例新型冠狀病毒肺炎糞便SARS-CoV-2核酸陽性臨床啟示[J/OL].國際檢驗醫(yī)學雜志：1-7[2020-02-13].http3:80/rwt/02/http/NNYHGLUDN3WXTLUPMW4A/kcms/detail/50.1176.R.20200213.1516.002..[6]施紹瑞，聶濱，郭渝，等。新型冠狀病毒肺炎病例多種生物樣本的病毒核酸檢測結果[J/OL].華西醫(yī)學：1-5[2020-02-24].http3:80/rwt/02/http/NNYHGLUDN3WXTLUPMW4A/kcms/detail/51.1356.R.20200214.1828.024.[7]YERAH,FILISETTI