16-分子診斷會議-5 - 副本

高通量測序技術(shù)在腫瘤臨床診療中的轉(zhuǎn)化應(yīng)用郭瀛軍第二軍醫(yī)大學(xué)轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究院2016年11月18日從精準醫(yī)學(xué)計劃的提出到攻克癌癥“登月計劃”2016A“moonshot”to

cure

cancer!2015年1月美國總統(tǒng)奧巴馬啟動精準醫(yī)療計劃升級攻克腫瘤的主要障礙在哪里？提出癌癥“登月計劃”的底氣在哪里？尼克松和“登月計劃”、“攻克癌癥計劃”（1971年）40年時間，載人登月的計劃早已實現(xiàn)，攻克癌癥卻仍然在艱苦的努力之中。對476例腎透明細胞癌的研究表明其本質(zhì)上是一群病，其它腫瘤的研究結(jié)果同樣如此。理論上每一個人都應(yīng)該獲得“私人定制”的個體化治療。不是一種病，是一群病治療效果取決于基因而不是其它復(fù)發(fā)轉(zhuǎn)移極其復(fù)雜但可有效預(yù)測監(jiān)控123一種認識：腫瘤是復(fù)雜性疾病,高通量分析技術(shù)使得這種復(fù)雜性變得有跡可循。一套工具：精準醫(yī)學(xué)概念提出的三項主要基礎(chǔ)人類基因組測序技術(shù)為主導(dǎo)的生物技術(shù)革新數(shù)據(jù)分析工具的發(fā)展分子影像、手術(shù)導(dǎo)航和微創(chuàng)技術(shù)等生物醫(yī)學(xué)分析技術(shù)的進步ResistantSensitiveExon18Exon19Exon20Exon217p11.25%1%1%1%3%3%41%45%G719S

G719AG719CS720FD770-N771V765AT783AS768IT790MV769LN771TC797SExon19deletionD761YL858R

L861QL861REGFRgenomicDNAhEGFR突變的頻率和位點（Exon18-21）靶向藥物檢測基因范圍不斷擴展

KRASexon2(codon12&13)KRASexon3(codon59&61)KRASexon4(codon117&146)NRASexon2,3and4BRAFexon15V600E結(jié)腸癌靶向用藥突變檢測指南（NCCN）西妥昔單抗、帕尼單抗靶向藥物檢測基因范圍不斷擴展

基于單基因、單位點檢測已不能滿足個體化治療的需求，基于NGS技術(shù)的多靶點基因檢測是未來個體化治療的趨勢。NGS---規(guī)范應(yīng)用基因測序測序設(shè)備測序試劑實驗室基因檢測新技術(shù)缺乏技術(shù)規(guī)范2014年2月，國家食品藥品監(jiān)督管理總局（CFDA）和國家衛(wèi)生計生委，為整頓國內(nèi)基因檢測市場的亂象，聯(lián)合發(fā)出通知，一刀切式的叫停了所有高通量基因測序臨床應(yīng)用。規(guī)范檢測體系技術(shù)指南腫瘤類型不同診斷/用藥指導(dǎo)體細胞突變/生殖系突變panel不同臨床體系不同全流程設(shè)計LDT從實驗室延伸到全流程技術(shù)環(huán)節(jié)優(yōu)化內(nèi)容樣本病理病灶切割石蠟樣本制定質(zhì)控標準ctDNA分析提高靈敏度報告模板化藥指導(dǎo)；靶向藥指導(dǎo)；生殖系篩查——豐富內(nèi)容；簡化結(jié)論檢測硬件測序儀、服務(wù)器系統(tǒng)升級陽性報告的標準突變比例+致病性分級+臨床應(yīng)用性分級臨床溝通MDT自編臨床樣本采集手冊；強化流程管理，服務(wù)臨床優(yōu)化完善應(yīng)用體系優(yōu)化完善應(yīng)用體系分子病理專家審核手術(shù)采樣病理鑒定樣本庫系統(tǒng)儲存及運輸實驗室檢測及報告臨床報告解讀及MDT①②③⑤④數(shù)據(jù)質(zhì)控：配對樣本一致性和樣本污染評估評價配對樣本的一致性評價腫瘤樣本的交叉污染水平Conpair下機數(shù)據(jù)常規(guī)質(zhì)控軟件分析優(yōu)化完善檢測報告乳腺癌：MSH2胰腺癌：BRCA2前列腺癌：BRCA2腫瘤NGS檢測：生殖系變異信息在靶向藥物檢測報告中的作用。胃腸間質(zhì)瘤中發(fā)現(xiàn)KIT基因K558_V559>N突變該變異并無致病性的直接證據(jù)W557GW557RW557-K558delV559AV559delV559DV559-V560delV560DV560G等KIT結(jié)構(gòu)模式圖IsaureChauvotdeBeauche?ne，PLOSComputationalBiology，2014優(yōu)化完善檢測報告突變比率變異致病性藥物的臨床證據(jù)MDT？優(yōu)化完善檢測報告NGS臨床檢測促進了臨床精準醫(yī)學(xué)研究發(fā)現(xiàn)了若干藥靶基因CDKN2A新的致病突變類型——驗證NGS臨床檢測促進了臨床精準醫(yī)學(xué)研究胰腺癌突變熱點與TCGA數(shù)據(jù)存在差異胰腺癌病理分型與分子分型的比較分析胰腺癌NGS檢測樣本為胰腺癌分子分型積累了數(shù)據(jù)Nature，2015晚期腫瘤的個體化精準治療NGS為主要手段的個體化精準醫(yī)學(xué)治療NGS為主要手段的個體化精準醫(yī)學(xué)治療NGS測序藥靶分析MDT個體化臨床試驗晚期泌尿系多發(fā)轉(zhuǎn)移腫瘤基于信號通路的精準醫(yī)學(xué)用藥策略個案顯示臨床好轉(zhuǎn)ClinCancerRes.2015Oct12NGS用于腫瘤ctDNA檢測具有高特異性和靈敏度研究表明，在ctDNA檢測中，NGS與高靈敏度的微滴式數(shù)字PCR技術(shù)（ddPCR）具有類似的敏感性和特異性。原發(fā)灶穿刺樣本KITN822K2.39%ctDNAGIST2Years研發(fā)NGS

ctDNA檢測技術(shù)情況涵蓋靶向藥物和耐藥突變熱點測序深度20000×KITN822K27.5%NGS檢測基因列表L858RS768IEx19DeleteL861QT790MEx20InsertG719S/A/CC797S等參與阿斯利康肺癌靶向新藥TAGRISSO患者組織和血液T790M“真實世界”高通量測序伴隨檢測比較研究。研發(fā)NGS

ctDNA檢測技術(shù)情況NGS用于多灶性甲狀腺癌分析乳頭狀癌(80-85%)甲狀腺癌主要病理類型所占比例約30-50%的乳頭狀癌診斷時表現(xiàn)為多灶多灶性甲狀腺乳頭狀癌不同病灶是否為腺體內(nèi)轉(zhuǎn)移形成？抑或都為原發(fā)灶？多灶PTC具有相同的克隆起源多灶PTC具有不同的克隆起源納入患者數(shù)量檢測方法結(jié)論參考文獻25HUMARA+BRAFV600EBilateral,reccurent,andmetastaticPTCoftenarisefromasinglecloneWangW,201018BRAFV600E+GenomewideallelotypingmPTCoriginatesusuallyfromneoplastictransformationandsubsequentintrathyroidalspreadofasinglemalignantprogenitorcloneJovanovic,200823LOH+HUMARAMultifocaltumorsinpatientswithPTCoftenarisefromthesamecloneMcCarthyPR,2006納入患者數(shù)量檢測方法結(jié)論參考文獻69BRAFV600ETheheterogeneousdistributionofBRAFmutationssuggeststhatdiscretetumorfociinmutlfocalPTCmayoccurasindependenttumorsGianniniR,200761BRAFV600EAtleast39.3%ofmPTCinKoreanpopulationcouldbeattributedtoindependentlyarisingParkSY,200617HUMARAIndividualtumorfociinpatientswithmPTCoftenariseasindependenttumorsShattuckTM,2005納入患者數(shù)量檢測方法結(jié)論參考文獻14HUMARA+BRAFV600EahypothesisthatmulticentricoccurrenceinmultiplePTCsmaybecommon,possiblygreaterthan30%.NakazawaT,201511HUMARAFavorstheinterpretationthatPTCcanrisemulticentricallybutitcanalsoresultinintrathyroidalspreadKuhnE,2012尚無定論以上兩種情況都存在病灶1病灶2病灶3實驗結(jié)果病灶2病灶1病灶2病灶1病灶3（淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移灶）患者1患者2病灶1病灶2病灶3病灶1病灶2病灶1病灶2WGSvs.WES外顯子SNV數(shù)量全基因組SNV數(shù)量患者1-病灶1131291-病灶2159患者2-病灶16590-病灶26334-病灶35395WGSvs.WES外顯子SNV數(shù)量外顯子SNV數(shù)量M1TR16M6TL6M1TR21M7TL11M2TR4M7TL212M2TL4M7TL314M3TR5M7TI10M3TL5M7TR10M4TL7M7TR20M4TR7M7TR30M5TR10M8TL4M5TR23M8TR1