暑期班-分子生物學(xué)機(jī)制

郭鵬，西安交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院泌尿外科研究所教授，博士生導(dǎo)師。2003年從復(fù)旦大學(xué)上海醫(yī)學(xué)院獲生物化學(xué)與分子生物學(xué)博士學(xué)位。2004-2009年，美國埃默里(Emory)大學(xué)醫(yī)學(xué)院Winship癌癥研究所博士后；2009-2010年任埃默里(Emory)大學(xué)醫(yī)學(xué)院講師(Instructor)。2010年6月回國擔(dān)任西安交通大學(xué)教授，獲得西安交通大學(xué)光華青年學(xué)者基金資助。第一頁，共23頁。在JBC，Int.J.Cancer,Oncogene,CancerRes.

等英文期刊上發(fā)表SCI文章40余篇。曾獲美國國防部前列腺癌研究計(jì)劃博士后培訓(xùn)基金資助，目前主持2項(xiàng)國家自然科學(xué)基金面上項(xiàng)目。美國癌癥研究學(xué)會(AACR)會員，美國基礎(chǔ)泌尿外科研究學(xué)會(SBUR)會員?！冬F(xiàn)代泌尿外科雜志》編委，《AdvancesinOncologyResearch》編委。第二頁，共23頁。研究生科研能力培養(yǎng)高水平醫(yī)學(xué)論文必備要點(diǎn)分子機(jī)制研究的幾點(diǎn)經(jīng)驗(yàn)第三頁，共23頁。創(chuàng)新能力批判性思維專業(yè)素養(yǎng)短板：表達(dá)能力研究生科研能力培養(yǎng)第四頁，共23頁。創(chuàng)新能力發(fā)現(xiàn)新現(xiàn)象、新事物、新方法；發(fā)現(xiàn)已知事物的新作用；建立已知事物之間的新關(guān)系；提出新概念、新假說；創(chuàng)新是高層次的綜合能力，是科研能力的核心，創(chuàng)新性也是論文、課題評審的最重要評價標(biāo)準(zhǔn)。第五頁，共23頁。批判性思維（Criticalthinking）能動、持續(xù)和細(xì)致地思考任何信念或被假定的知識形式，洞悉支持它的理由以及它所進(jìn)一步指向的結(jié)論（杜威)。以理性方式推斷現(xiàn)有理論或已知結(jié)論的正確與不足之處。培養(yǎng)方式：JournalClub講座提問、討論日常讀文獻(xiàn)第六頁，共23頁。對本領(lǐng)域前沿的了解；重要實(shí)驗(yàn)技術(shù)；文獻(xiàn)獲取、閱讀與管理、引用；課題構(gòu)思、標(biāo)書撰寫；科研論文撰寫；表達(dá)能力與交流能力培養(yǎng)。表達(dá)能力：缺少鍛煉機(jī)會專業(yè)素養(yǎng)第七頁，共23頁。Howdoestheeditorevaluateapaper?Doesitaskaninterestingorimportantquestion?Doesitprovidesignificantconceptualadvances?Doesitprovidenovelmechanisticinsights?Doesitprovidenewfindingsofphysiologicalrelevance?SignificanceTechnicalqualityLogic高水平醫(yī)學(xué)論文必備的幾大要素第八頁，共23頁。高通量技術(shù)篩選芯片二代測序數(shù)據(jù)庫預(yù)測TCGAOncomineGEO根據(jù)文獻(xiàn)、前期結(jié)果預(yù)測確定目標(biāo)分子確定目標(biāo)分子在腫瘤組織與正常對照組織中差異及潛在機(jī)制確定目標(biāo)分子在腫瘤組織中的功能確定目標(biāo)分子實(shí)現(xiàn)其功能的分子機(jī)制目標(biāo)分子與疾病進(jìn)展、診斷、預(yù)后的關(guān)系腫瘤基礎(chǔ)研究課題的框架第九頁，共23頁。確定目標(biāo)分子在腫瘤組織中的功能HallmarksofCancer:TheNextGeneration.

Cell144(5),646–674第十頁，共23頁。確定目標(biāo)分子在腫瘤組織中的功能增加/減少目標(biāo)分子質(zhì)粒/shRNA質(zhì)粒siRNA病毒/病毒-shRNACas9/CRISP激活/抑制目標(biāo)分子檢測相應(yīng)細(xì)胞生物學(xué)行為各信號通路MarkerTips:敲除時用至少兩個序列。各實(shí)驗(yàn)應(yīng)使用至少兩個細(xì)胞系。第十一頁，共23頁。突變表達(dá)差異翻譯后修飾差異定位差異確定目標(biāo)分子在腫瘤組織與正常對照組織中差異遺傳學(xué)方法質(zhì)譜影像學(xué)方法第十二頁，共23頁。表達(dá)差異？轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)錄因子增強(qiáng)子啟動子DNA甲基化表觀遺傳學(xué)修飾mRNA水平變化轉(zhuǎn)錄后調(diào)控RNAsplicingmRNA穩(wěn)定第十三頁，共23頁。轉(zhuǎn)錄因子增強(qiáng)子第十四頁，共23頁。表觀遺傳學(xué)修飾第十五頁，共23頁。RNAsplicing第十六頁，共23頁。蛋白水平變化翻譯水平調(diào)控翻譯后修飾肽鏈穩(wěn)定性、折疊泛素化、蛋白降解miRNAmTOR通路熱休克蛋白糖鏈修飾表達(dá)差異？第十七頁，共23頁。確定目標(biāo)分子實(shí)現(xiàn)其功能的分子機(jī)制目標(biāo)分子如何調(diào)控下游關(guān)鍵通路？公認(rèn)能直接影響細(xì)胞生物學(xué)行為、疾病進(jìn)展的分子、通路調(diào)控方式：表達(dá)量變化相互作用改變其修飾、定位、功能第十八頁，共23頁。第十九頁，共23頁。TheeffectofARsignalingontheproliferation,migration,andinvasionofRCC769-P,786-O,andSW839celllines.?2014byAmericanAssociationforCancerResearch第二十頁，共23頁。769PAR/VEC(fold)SW839SiAR/SC(fold)KAI-113.34,041MMP240SERPINB11.34,153HGF6.615VEGFA10.40,947VEGFA3.59HIF2A7.87,995MMP93.32SYK3.37,075MMP14CO14A23.24,470EPHB22.44MTA11.94,261SYK2.04ZEB11.92,744HIF2A1.79DAB2IP1.34,165NEPD91.75JMJD1A1.32,171JMJD1A1.73EZH21.24,849HIF1A1.69CD441.10,302IGFI1.54Table1.Theinvasionandmetastasis-relatedgenetranscriptionprofilein769P-AR/VecandSW839-ARsc/sicellsusingqPCRarrayassayNOTE:ThetranscriptlevelsofHIF2αandVEGFwereassayedin769P-ARandSW839-ARsicellscomparedwithcontrolcells