微生物基因組轉(zhuǎn)錄組分析

微生物基因組轉(zhuǎn)錄組分析第1頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四

微生物基因組denovo測序細(xì)菌基因組denovo測序真菌基因組denovo測序病毒（DNA病毒）基因組denovo測序

細(xì)菌和真菌基因組重測序

案例解析主要內(nèi)容

第2頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四

微生物基因組denovo測序細(xì)菌基因組denovo測序真菌基因組denovo測序病毒（DNA病毒）基因組denovo測序

細(xì)菌和真菌基因組重測序

案例解析主要內(nèi)容

第3頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四測序平臺和策略

IlluminaSolexa測序---細(xì)菌基因組scanning、真菌基因組surveyRoche454+IlluminaSolexa測序---真菌精細(xì)圖Roche454+IlluminaSolexa+ABI3730xl測序-完成圖Roche454---病毒基因組測序；基因組水平開發(fā)SSR第4頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四Roche454Coverage40XcircleIlluminaCoverage100X基因組survey組裝病毒基因組測序GS<500kShotgun測序GS<100k第5頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四

優(yōu)化的基因組完成圖策略1+1+1>3成為可能！第6頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四生物信息學(xué)分析基因組組裝基因預(yù)測功能注釋比較基因組學(xué)分析數(shù)據(jù)庫提交一站式服務(wù)第7頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四細(xì)菌基因組圈圖COG功能分類第8頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四細(xì)菌共線性分析第9頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四全基因組水平系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建第10頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四目前已完成細(xì)菌完成圖測序20余例，包括鏈霉菌(高GC)、單胞菌(高GC、多復(fù)雜結(jié)構(gòu))、乳酸菌等；完成精細(xì)圖測序上100例；名稱雙歧桿菌某海洋菌鏈霉菌假單胞菌核型多角體病毒基因組大小2.1Mb7.2Mb11Mb5Mb154K基因組復(fù)雜度簡單中等高GCIS多，部分區(qū)域結(jié)構(gòu)復(fù)雜中等GC含量59%34.4%71%63.9%40.1%測序方法454Single&Sanger454Paired-End&Sanger454Paired-End&Solexa454Paired-End&SolexaRoche454GSFLX(single)+IlluminaPEScaffolds（個）5132417circle

Contigs（個）58212547完成圖周期1個月2.5個月4個月3個月1.5個月（精細(xì)圖）最終，細(xì)菌基因組完成圖測序?qū)崿F(xiàn)零gap！第11頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四

微生物基因組denovo測序細(xì)菌基因組denovo測序真菌基因組denovo測序病毒（DNA病毒）基因組denovo測序

細(xì)菌和真菌基因組重測序

案例解析主要內(nèi)容

第12頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四重測序分析及應(yīng)用Agood

reference

genomeCore

genome

definitionMappingtoreferenceCallSNPsincoregenomeregionBuildingevolutionarytreeGenefunctionaffectedotherevolutionaryanalysis(mutationrateetc)第13頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四

微生物基因組denovo測序細(xì)菌基因組denovo測序真菌基因組denovo測序病毒（DNA病毒）基因組denovo測序

細(xì)菌和真菌基因組重測序

案例解析主要內(nèi)容

第14頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四GeneAnnotationSSRIdentificationGOClassification&Enrichment第15頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四SSRIdentification第16頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四SSRIdentification第17頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四SSRIdentification第18頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四材料選擇2株分離自自然界的真菌菌株---Y34andP131測序策略Sanger(insertionsizeof1.5kbto3.5kb)+RocheGS-FLX(readswithanaveragelengthof240-and380-bp)第19頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四測序情況第20頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四組裝效果第21頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四生物信息學(xué)分析以strain70-15的基因組作為reference，對這兩株菌進(jìn)行比較基因組學(xué)分析基因預(yù)測及注釋直系同源基因分析進(jìn)化樹構(gòu)建（NJ法）Ka/Ks分析重復(fù)序列和轉(zhuǎn)座元件分析第22頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四基因組概況第23頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四同源基因分析第24頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四基因家族分析OrthoMCL第25頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四重復(fù)序列分析第26頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四重復(fù)序列分析第27頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四H97——8.26XSangerJB137-S8—— 454&Illumina第28頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四H97——Sanger >50kbp19largestscaffolds &&GeneticMap:9213LGs第29頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四第30頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四JB137-S8>50kbp50scaffolds第31頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四特色比較基因組分析

第32頁，共36頁，2023年，2月20日，星期四特色比較基因組分析

第33頁，共36頁，2023年，2月