結(jié)構(gòu)生物學(xué)大分子模擬

結(jié)構(gòu)生物學(xué)大分子模擬第1頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二第一節(jié)生物大分子的計算機模擬生物大分子的計算機模擬方法蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的模建核酸結(jié)構(gòu)的模擬第2頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二生物大分子的計算機模擬方法量子力學(xué)分子力學(xué)分子動力學(xué)概率統(tǒng)計＋熱力學(xué)統(tǒng)計物理第3頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二量子力學(xué)量子力學(xué)是微觀世界物質(zhì)運動的普遍規(guī)律一個分子體系的狀態(tài)可以用Schrodinger方程來表示，通過求解Schrodinger方程可以得到分子體系的結(jié)構(gòu)和性質(zhì)量子力學(xué)的計算方法：從頭計算；密度泛函理論；半經(jīng)驗計算方法第4頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二量子力學(xué)方法的特點：計算結(jié)果精確度高，限于計算機的計算能力，能夠計算的體系小從頭計算方法：100個原子；半經(jīng)驗計算：1000-10,000個目前，生物大分子體系還不能只用量子力學(xué)方法模擬，但與分子力學(xué)和分子動力學(xué)結(jié)合后發(fā)展了一些新的方法第5頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二分子力學(xué)分子力學(xué)是一種近似處理方法忽略電子的運動，將體系的勢能看作是原子核位置的函數(shù)力場：分子體系的勢能函數(shù)分子的勢能=鍵伸縮能+鍵角扭曲能+扭轉(zhuǎn)勢能+非鍵相互作用項第6頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二函數(shù)形式和參數(shù)力場是經(jīng)驗的“原子”的定義特點：針對局域能量極小，不是整個系統(tǒng)能夠計算含有大量原子的體系簡單有效，目前應(yīng)用得最廣泛第7頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二分子動力學(xué)分子動力學(xué)是建立在牛頓力學(xué)基礎(chǔ)上的一種分子模擬方法將分子體系的運動看作是在勢能面中質(zhì)點的運動，求解運動方程可得到體系中所有原子的軌跡，從軌跡中可計算得到各種性質(zhì)第8頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二特點：可以搜索很大的構(gòu)象空間，模擬時間在納秒級應(yīng)用分子模型的動力學(xué)變化研究大分子體系低能構(gòu)象的模建X射線晶體學(xué)和NMR中的結(jié)構(gòu)優(yōu)化第9頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二第一節(jié)生物大分子的計算機模擬生物大分子的計算機模擬方法比較建模(comparativemoddelingmethod);反向折疊法(inversefoldingorthreading);從頭預(yù)測法(abinitiopredictionmethod)蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的模建核酸結(jié)構(gòu)的模擬第10頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的模建模建（modeling）蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的基本概念蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測的從頭計算同源和比較模建方法蛋白質(zhì)折疊類型識別法蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測方法準確性的評估應(yīng)用實例第11頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二模建（modeling）蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)模建是從氨基酸序列出發(fā)理論預(yù)測蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)模建研究的意義中心法則的延伸—第二遺傳密碼蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)測定的速度遠遠落后于序列測定的速度，使理論預(yù)測的方法成為一種迫切的需要蛋白設(shè)計、藥物開發(fā)第12頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二到2007年3月，已知的蛋白質(zhì)序列超過60萬條，而測定了三維結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)僅為4萬多個蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的測定已經(jīng)成為生命科學(xué)發(fā)展的“瓶頸”第13頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的基本概念蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)單元

a螺旋

b折疊股（b-strand）和b折疊片（b-sheet）環(huán)（loop）

b-轉(zhuǎn)角（b-turn）蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)可以通過旋轉(zhuǎn)鍵的扭角來確定主鏈扭角：f,y,w側(cè)鏈扭角：c1,c2,…第14頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二蛋白質(zhì)分子的二級結(jié)構(gòu)(SecondaryStructure)第15頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)的二級(Secondary)結(jié)構(gòu)是指肽鏈的主鏈在空間的排列,或規(guī)則的幾何走向、旋轉(zhuǎn)及折疊。它只涉及肽鏈主鏈的構(gòu)象及鏈內(nèi)或鏈間形成的氫鍵。（即多肽鏈本身的折疊和盤繞方式）主要有-螺旋、-折疊、-轉(zhuǎn)角1．蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)第16頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二SecondaryStructuralElements第17頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二a-helices-sheetsTurnsRandomcoil(itsneither!)第18頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二

肽鍵的鍵長介于單鍵和雙鍵之間，具有部分雙鍵的性質(zhì)，不能自由旋轉(zhuǎn)。

酰胺平面第19頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二螺旋α－螺旋結(jié)構(gòu)最常見、含量最豐富的二級結(jié)構(gòu)

第20頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二第21頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二-螺旋

-helix在-螺旋中肽平面的鍵長和鍵角一定；肽鍵的原子排列呈反式構(gòu)型；相鄰的肽平面構(gòu)成兩面角；第22頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二多肽鏈中的各個肽平面圍繞同一軸旋轉(zhuǎn)，形成螺旋結(jié)構(gòu)，螺旋一周，沿軸上升的距離即螺距為0.54nm,含3.6個氨基酸殘基；兩個氨基酸之間的距離為0.15nm;肽鏈內(nèi)形成氫鍵，氫鍵的取向幾乎與軸平行，第一個氨基酸殘基的酰胺基團的-CO基與第四個氨基酸殘基酰胺基團的-NH基形成氫鍵。蛋白質(zhì)分子為右手-螺旋。-螺旋第23頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二螺旋■-螺旋的末端是極性的，通常位于蛋白質(zhì)分子的表面。-螺旋在蛋白質(zhì)分子中的長度變化很大，可以從4個到40個不等?！鲈诘鞍踪|(zhì)分子結(jié)構(gòu)中觀察到-螺旋幾乎都是右手螺旋，短的左手螺旋偶爾也會出現(xiàn)?！?螺旋中的氫鍵均指向相同的方向。總體效應(yīng)是產(chǎn)生一個有意義的凈偶極。-螺旋的氨基端可提供部分正電荷，羧基端可以提供部分負電荷?！霾煌陌被釟埢鶎τ?螺旋有著傾向性的偏好和厭惡?！?螺旋在蛋白質(zhì)分子中的分布是有傾向性的。第24頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二螺旋-螺旋中的氫鍵均指向相同的方向，即肽單位沿螺旋軸處于相同的取向。由于肽單位有來自不同的NH和C＝O基團的偶極運動，這些偶極運動也是沿著螺旋軸的方向，總體效應(yīng)是產(chǎn)生一個有意義的凈偶極。-螺旋的氨基端可提供部分正電荷，羧基端可以提供部分負電荷，這些電荷可以攻擊反電荷的配基。帶負電荷的配基尤其當它們包含磷酸基團時，通常結(jié)合到-螺旋的氨基端。這樣的配基相互作用在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中是比較常見的。第25頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二螺旋

除了脯氨酸外，-螺旋中的所有氨基酸殘基的側(cè)鏈均處于螺旋的外側(cè)。由于脯氨酸主鏈的環(huán)狀結(jié)構(gòu)，往往引起-螺旋的有意義的彎曲。當然，并非所有的-螺旋的彎曲都是由于脯氨酸殘基的存在。不同的氨基酸殘基對于-螺旋有著傾向性的偏好和厭惡：

Ala,Glu,Lue,Met等對-螺旋有著傾向性的偏好，Pro,Gly,Ser等傾向于不參加-螺旋。第26頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二回折第27頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二-折疊-折疊是由兩條或多條幾乎完全伸展的肽鏈平行排列，通過鏈間的氫鍵交聯(lián)而形成的。肽鏈的主鏈呈鋸齒樁折疊構(gòu)象在-折疊中，-碳原子總是處于折疊的角上，氨基酸的R基團處于折疊的棱角上并與棱角垂直，兩個氨基酸之間的軸心距為0.35nm；

-pleatedsheet第28頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二-折疊結(jié)構(gòu)的氫鍵主要是由兩條肽鏈之間形成的；也可以在同一肽鏈的不同部分之間形成。幾乎所有肽鍵都參與鏈內(nèi)氫鍵的交聯(lián)，氫鍵與鏈的長軸接近垂直。-折疊有兩種類型。一種為平行式，即所有肽鏈的N-端都在同一邊。另一種為反平行式，即相鄰兩條肽鏈的方向相反。-折疊第29頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二-sheets-sheetsfulfillthehydrogenbondingpotentialofthemain-chainatoms,exceptattheedges.Adjacentstrandsareusuallycloseinsequence.Properties:DistancebetweenCa'sis~3.6?inanextendedstrandDistancebetweenstrands~4.6?Strandsarenotflat.Theyhaveacharacteristicright-handedtwistHowaresheetsdefined?Antiparallelb-sheetParallelb-sheet第30頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二反平行回折平行回折

蛋白質(zhì)分子的另一種主要結(jié)構(gòu)成分是回折，這種結(jié)構(gòu)是蛋白質(zhì)分子中若干段區(qū)域的稱為-鏈的多肽鏈形成的。在回折中，-鏈處于伸展狀態(tài)，一條鏈的C＝O與另一條鏈的NH形成氫鍵。-鏈可以有兩種方式形成回折：一種是所有的-鏈均具有相同的方向(平行回折)，另一種是相互靠近的兩條-鏈具有相反的方向(反平行回折)。除了位于兩側(cè)的-鏈外，所有肽鏈上的C＝O基團和NH基團均形成了氫鍵。回折第31頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二回折回折也可以混合的平行和反平行的形式存在。幾乎所有的回折，不管是平行的、反平行的、或者是混合的，均存在著鏈的扭曲，這種扭曲通常大部分是右手的。E.colithioredoxinAgkistrodonacutusserineproteaseAgkistrodonacutuszinc-metalloproteinase第32頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二-轉(zhuǎn)角

-turn

蛋白質(zhì)分子中肽鏈出現(xiàn)180的回折，又稱為β－彎曲、鏈回轉(zhuǎn)或發(fā)夾結(jié)構(gòu)。在-轉(zhuǎn)角部分，由四個氨基酸殘基組成;彎曲處的第一個氨基酸殘基的-C=O和第四個殘基的–N-H之間形成氫鍵，形成一個不很穩(wěn)定的環(huán)狀結(jié)構(gòu)。這類結(jié)構(gòu)主要存在于球狀蛋白分子中。第33頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二

β－轉(zhuǎn)角靠第一個氨基酸殘基的C=O和第四個氨基酸殘基的NH形成氫鍵維持穩(wěn)定，多數(shù)存在于球狀蛋白質(zhì)分子的表面。

第34頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二無規(guī)則卷曲也稱自由回轉(zhuǎn)或無規(guī)則線團第35頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二蛋白質(zhì)分子表面的環(huán)區(qū)域第36頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二蛋白質(zhì)分子表面的環(huán)區(qū)域（LOOP）

大多數(shù)蛋白質(zhì)分子是由-螺旋和/或回折構(gòu)成的。這些-螺旋和/或回折通常由不同長度和不規(guī)則形狀的環(huán)區(qū)域相連接。螺旋與回折的組合形成了分子的穩(wěn)定的疏水內(nèi)核，環(huán)區(qū)域位于分子的表面。主鏈上的這環(huán)區(qū)域的C＝O和NH基團一般不相互形成氫鍵，而是與溶劑中的水分子形成氫鍵。暴露于溶劑中的環(huán)區(qū)域的殘基通常是一些帶電的和親水的殘基，據(jù)此進行的環(huán)區(qū)域的預(yù)測可信度往往比對-螺旋和回折的預(yù)測還要高。第37頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二

不同種屬的蛋白質(zhì)氨基酸殘基序列同源比較表明，某些殘基的插入/缺失往往發(fā)生在環(huán)區(qū)域。在分子進化的過程中，蛋白質(zhì)分子的內(nèi)核要比環(huán)區(qū)域更穩(wěn)定。由于環(huán)區(qū)域具有連接螺旋、回折的功能，故環(huán)區(qū)域通常參與形成蛋白質(zhì)的“結(jié)合部位”或酶的“活性中心”。抗體的抗原結(jié)合部位的“發(fā)夾環(huán)”鋅金屬蛋白酶的“Met-turn”蛋白質(zhì)分子表面的環(huán)區(qū)域第38頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)可以通過旋轉(zhuǎn)鍵的扭角來確定第39頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二多肽鏈折疊的主鏈構(gòu)象角第40頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二描述蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的扭角NHONHfywc1c2第41頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測的從頭計算從頭計算法（abinitio）搜索分子的構(gòu)象空間，找到最合適的構(gòu)象基本假設(shè)：天然構(gòu)象=能量最低構(gòu)象搜索構(gòu)象空間的方法蛋白質(zhì)的簡化模型特點：不依賴于已知的結(jié)構(gòu)模式，是一種普適的解決方法，目前尚處于探索階段第42頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二同源和比較模建方法根據(jù)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的相似性，以已知蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)為模板構(gòu)建未知蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)在進化過程中蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的保守性遠大于序列的保守性，當兩個蛋白質(zhì)的序列同源性/相似性高于35%時，一般情況下它們的三維結(jié)構(gòu)基本相同同源模建方法是目前最常被采用的也是最成功的結(jié)構(gòu)預(yù)測方法第43頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二主要步驟確定模板確定未知蛋白質(zhì)與已知結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)的序列比對確定結(jié)構(gòu)保守性的主鏈結(jié)構(gòu)片斷構(gòu)建結(jié)構(gòu)變化的區(qū)域側(cè)鏈模建用能量計算的方法進行結(jié)構(gòu)優(yōu)化第44頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二同源和比較模建方法影響同源模建質(zhì)量的因素序列相似性大小（插入和刪除片斷）>30%序列比對的準確性序列比對（sequencealignment）將兩個或多個序列之間的相似區(qū)域和保守性位點對齊以分析它們的相似程度在同源模建中非常重要，影響結(jié)構(gòu)預(yù)測的準確性程序：BLAST/Fasta第45頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二生物信息學(xué)的基本策略1、從相似性推斷同源性相似性（similarity）

Similar：havingcharacteristicsincommon

--Merriam-WebsterDictionary同源性（homology）:Asimilarityoftenattributabletocommonorigin

--Merriam-WebsterDictionary同源進化上有共同的起源第46頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二哪些共同特征?（1）分子生物學(xué)的中心法則DNARNA蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)錄翻譯遺傳信息：貯存在DNA的核苷酸序列中進化中被復(fù)制以及發(fā)生變異的是基因的核苷酸序列（以及相應(yīng)的蛋白質(zhì)序列）因此，按照分子生物學(xué)的基本原理，我們應(yīng)該根據(jù)核苷酸序列或者氨基酸序列上的共同特征來判斷序列的是否同源最簡單:

序列一致性(sequenceidentity)第47頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二同源蛋白應(yīng)該具有相對保守的功能（催化同類化學(xué)反應(yīng)、結(jié)合同類型的其他分子等）蛋白質(zhì)功能依賴于三維結(jié)構(gòu)按照上述原理，我們同樣應(yīng)該能夠根據(jù)三維結(jié)構(gòu)上的共同特征來判斷蛋白質(zhì)分子是否同源。最簡單:主鏈原子位置的均方根偏差(RMSD)哪些共同特征?（2）第48頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二生物信息學(xué)的基本策略（2）2、發(fā)現(xiàn)和利用不同特征間的關(guān)聯(lián)關(guān)系（Guiltybyassociation）序列整體特征序列同源性結(jié)構(gòu)整體特征序列局部特征（如motif）結(jié)構(gòu)局部特征功能模式例如：第49頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二關(guān)聯(lián)關(guān)系的發(fā)現(xiàn)：數(shù)據(jù)搜集、特征提取與數(shù)據(jù)建模、參數(shù)估計的過程。知識發(fā)現(xiàn)。關(guān)聯(lián)關(guān)系的利用：數(shù)據(jù)檢索、統(tǒng)計檢驗、實驗驗證的過程。知識利用。例：根據(jù)序列預(yù)測蛋白質(zhì)在核內(nèi)的定位序列motif蛋白在細胞核內(nèi)定位（核定位信號，NLS，nuclearlocalizationsignal)/predictNLS/第50頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二數(shù)據(jù)搜集實驗數(shù)據(jù)分析實驗觀察到的NLS有沒有共同點？這些共同點是否足以區(qū)分核蛋白和非核蛋白？能否根據(jù)序列間的進化關(guān)系對實驗數(shù)據(jù)進行擴展？第51頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二根據(jù)進化特征對結(jié)構(gòu)功能進行預(yù)測保守性絕對保守相對保守(變異速率相對較慢,變異類型受到約束)非保守協(xié)變性或關(guān)聯(lián)性ConservationanalysisPhylogeneticprofilingEvolutionarytracing…基本策略（3）第52頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二可以在不同層次分析進化過程中的保守性與協(xié)變性給定位點上的氨基酸/核苷酸同源蛋白質(zhì)分子間的保守性給定序列模式或結(jié)構(gòu)模式在蛋白質(zhì)家族內(nèi)或家族間的保守性給定二級結(jié)構(gòu)單元（蛋白質(zhì)、RNA）在蛋白質(zhì)家族或超家族間的保守性給定蛋白質(zhì)分子在物種間的保守性。。。第53頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二從相似性--〉同源性序列相似，或者結(jié)構(gòu)相似發(fā)現(xiàn)和利用不同特征間的關(guān)聯(lián)NLS模式與核定位利用同源序列對序列模式進行擴展Swissprot數(shù)據(jù)庫（uniProt知識庫）覆蓋率、正確率是兩個重要指標利用進化特征保守性／協(xié)變性ConSurf對蛋白質(zhì)序列各個位點的保守性進行分析，并投影到三維結(jié)構(gòu)上，可能與功能相關(guān)聯(lián)第54頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二BLAST序列比對的實例Score=233bits(593),Expect=4e-61Identities=118/251(47%),Positives=162/251(64%),Gaps=9/251(3%)Query:29IGIYKWHYSGLNRWHGAGSTADFQKIIQERCDTYTQTIRPGSRSRNCQAIRQAFMSAFIS88+G+WS+G+TI+RCTYT++PR+++C+IFSAF+SSbjct:40VGVLTWRQSSM------GATDHVSAIVLGRCLTYTRNMHPELRNQDCKKILNTFTSAFVS93

Query:89KDPCKATKEDYNSLINLAPPTVPCGQQVFWSKTKELAHEYAK-RRRLMTLEDTLLGYLAD147KDPCTKEDYLI+LTVPC++FWS++KELAH+Y++++TLEDTLLGY+ADSbjct:94KDPCNITKEDYQPLIDLVTQTVPCNKTLFWSRSKELAHQYSGIQKEMFTLEDTLLGYIAD153第55頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二同源和比較模建方法互聯(lián)網(wǎng)上的同源模建服務(wù)器SWISS-MODELhttp://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html

EMBL

www.embl-heidelberg.de/predictprotein/predictprotein.html第56頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二蛋白質(zhì)折疊類型識別法蛋白質(zhì)的折疊模式是有限的自然界中蛋白質(zhì)家族的數(shù)目大約為23100個，現(xiàn)有的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分屬600個家族，其中折疊模式只有約300種估計蛋白質(zhì)的折疊模式的總數(shù)在幾百到一千種蛋白質(zhì)折疊類型識別法：又名反向折疊法（threading）第57頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二針對那些沒有明顯的同源性但又采取類似結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)將一個序列與蛋白質(zhì)折疊庫中的所有結(jié)構(gòu)類型進行匹配，找出最接近的一種需要構(gòu)建非重復(fù)的蛋白質(zhì)折疊模式庫常用的程序THREADER:http://insulin.brunel.ac.uk/~jones/

蛋白質(zhì)折疊類型識別網(wǎng)站：/Home第58頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二蛋白質(zhì)逆折疊模建

(1).反向折疊法

Inversefolding;orThreading

主要原理：將未知空間結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)的氨基酸序列，和已知的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)進行匹配，找出一種或幾種匹配最好的結(jié)構(gòu)，作為未知結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)的預(yù)測結(jié)構(gòu)。

實現(xiàn)過程：總結(jié)出已知的獨立的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)模式，作為未知結(jié)構(gòu)進行匹配的模板，然后用對現(xiàn)有數(shù)據(jù)庫的學(xué)習(xí)，總結(jié)出可以區(qū)分正誤結(jié)構(gòu)的平均勢函數(shù)，作為判別標準，來確定最好的匹配方式。

第59頁，共67頁，2023年，2月20日，星期二(2).蛋白質(zhì)序列鑲嵌

1).基于經(jīng)驗勢函數(shù)的方法希望通過對已知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)進行結(jié)構(gòu)分析，建立形式各異的勢函數(shù)，用折疊構(gòu)象的能量最低標準來指導(dǎo)目標蛋白質(zhì)的序列鑲嵌，看它能與哪個已知的結(jié)構(gòu)模板相匹配。

2).基于剖面分析的方法3DProfile

建立一個3D剖面庫，應(yīng)用動態(tài)規(guī)劃，把新序列與剖面庫中的剖面進行比較，尋找最優(yōu)匹配，