培訓Atom config描述體系結(jié)構(gòu)的文件

輸入

內(nèi)容etot.input:計算控制參數(shù)Atom.config:描述體系結(jié)構(gòu)的文IN.KPT:k點取樣設(shè)置文件（非必要輸入文件*.UPF贗勢文輸出REPORT:最主要的輸出OUT.RHO電荷密度OUT.EIGEN:本征值OUT.VR:勢文OUT.SYMM:對稱性O(shè)UT.WG波函數(shù)文2內(nèi)容輸出文件(續(xù)OUT.FERMI:費米OUT.OCC:占據(jù)態(tài)文OUT.HSEWR(i):Fock交換關(guān)聯(lián)項的波函 :原子受力RELAXSTEPS:每步弛豫的情MDSTEPS:每步MD的情MOVEMENT:原子遲豫或MD后NEB計算后體系結(jié)構(gòu)文NEB.BARRIER:每步NBE中每個構(gòu)象的能3電子自洽分子動力學模擬過渡態(tài)計算非絕熱分子動力學態(tài)密度和能帶（DOSand4 56789電子優(yōu)化參數(shù)：電子優(yōu)化參數(shù)在這里指的是控制自洽算的參一般這些數(shù)決定了 t在自洽計算的收斂截斷能：ECUT,ECUT2,ECUT2L。ECUT表示平面波基組的截斷能，單位是（1R13.658）,ECUT越大，計算精度越高，相應的計算資源需求越多，因此需要根據(jù)具體計算目標選擇合適ECUT在 有默認ECUT，對于大多數(shù)的計，這個值能夠保證收斂。ECU2是G空的截斷，為保證傅里葉變換前后數(shù)的等效EU2ECU1定ECUT2要在間格內(nèi)對于ECU2，主要是由于處理超軟贗勢造成的，這需要在時空格點做傅葉變換自洽迭代步數(shù)和收斂標準SF_IER，E_ERROR，RHO_RRO，_ERROR。其中S_I這個參數(shù)確定了自洽迭代的最大步數(shù)，_RO，RHERO，_ERROK點設(shè)置：參數(shù)MP_N123參數(shù)設(shè)置K點數(shù)量，該參數(shù)是使用Monkhorst-Pack方法生K離子優(yōu)化參數(shù)：離子優(yōu)化計算需要控制原子如何移動，優(yōu)化步數(shù)，收斂標準 其中IMTH表示優(yōu)化（或者叫弛豫）NSTEP表示弛豫的最大步數(shù)，_TOL表示弛豫的收斂標準（eV/?）；ISTRESS表示是否進行晶格優(yōu)化，STRESS_TOL表示晶格優(yōu)化的標準（eV/?）。如果只進行原子位置優(yōu)化，那么只需Molecular其中MD表示分子動力學方法；NSTEP表示分子動力學步數(shù)，DT表示時間步長； NVE），正則系統(tǒng)（NVT），暫時不支持等壓等焓系統(tǒng)（NPE）和等溫等壓系統(tǒng)（離子步細節(jié)調(diào)節(jié)：SCF_ITER1這個參數(shù)決定了每一個離子步自洽收斂的步 過渡態(tài)計算：采用NudgedElasticBandNEB)爬坡彈性能帶法（NEB）NEB_DETAIL=IMTHNEB_DETAIL=IMTH 其中IMTH表示采用的優(yōu)化方法，NSTEP表示NEB步數(shù)，_TOL表示NBE收斂標準（eV/?）NIMAGE表示插入的構(gòu)象數(shù)量，AK表示彈性力的大小，ITYPE_STRING表示彈性力的類型，E0表示初態(tài)構(gòu)象的能量，EN表示末態(tài)構(gòu)象的能 含時密度泛函（TDDFT）：計算激發(fā)態(tài)以及外含時密度泛函（TDDFT）：計算激發(fā)態(tài)以及外OUT.TDDFTOUT.TDDFT=T1T2n1T3含時密度泛函（TDDFT）：計算激發(fā)態(tài)以及外TDDFT_SPACETDDFT_SPACE=itype_spaceNa(1)…含時密度泛函（TDDFT）：計算激發(fā)態(tài)以及外TDDFT_TIMETDDFT_TIME=itype_timeNb(1)…非絕熱分子動力學（NAMD）：計算大體系或者長NAMD_DETAILNAMD_DETAIL=itype_timeNb(1)…其他功能參數(shù)磁性計算：SPIN，進行磁性計算的時候設(shè)置SPIN=2,22或者強關(guān)聯(lián)體系LDA+U：LDAU_PSP，需要加U的時候設(shè)置VDW修正：VDW,LONDON_S6,LONDON_C6,LONDON_RCUT，進行VDW修正的雜化泛函數(shù)據(jù)參數(shù)：進行一些大體系模擬計算的時候，有時候會出現(xiàn)系統(tǒng)內(nèi)存不足或者GUP顯存不足：NUM_BLOCKED_PSI，一般計算出現(xiàn)CUD 內(nèi)存不足 - 設(shè)置原子的初始受力贗勢文 PP_MESH：radialgridparameters（徑向網(wǎng)格參數(shù)）4.PP_NLCC：corechargefornonlinearcorecorrection5.PP_LOCAL：localpotential6.PP_NONLOCAL：nonlocalpotential7.PP_PSWFC：radialatomicpseudo-orbital8.PP_RHOATOM：radialatomicpseudo-charge9.PP_SPIN_ORB：spin-orbitalterm電子自洽分子動力學模擬過渡態(tài)計算非絕熱分子動力學態(tài)密度和能帶（DOSand at輸入以及默認的參數(shù)at輸入以及默認的參數(shù)at輸入以及默認的參數(shù)計算中使用的KFFT網(wǎng)格劃非自自洽 自洽結(jié)束，出各種能K點坐標及其各能級的本征…總時NEW：表示該步力的搜索方向改SCF：該離子步包含的自洽步9.p*F：原子受力沿搜索方向的投影 采用HSE交換關(guān)聯(lián)泛函進行結(jié)構(gòu)優(yōu)iter：NEB步Etot：該構(gòu)象的總dist：兩個構(gòu)象之間的距 angle：兩個構(gòu)象連線角度的余弦 tion：MD步Etot,EpEkTemperature電子自洽分子動力學模擬過渡態(tài)計算非絕熱分子動力學態(tài)密度和能帶（DOSand1 0.000

====33300電子自洽分子動力學模擬過渡態(tài)計算非絕熱分子動力學態(tài)密度和能帶（DOSand

11000.011

Si_ONCV_PBE- 66600 !（Ry，1Ry=13. Ecut2=2402Lattice 0.0.00 It=-1CORRE=-0.7002415489041E+03Av_F=0.52E+01M_F=0.89E+01dE=.6E-04dRho=.1E-03SCF=21dL=0.00E+00p*F=0.00E+00p*F0=0.00E+00Fch=0.00E+00 0NEWE=-0.6681607316048E+03Av_F=0.15E+03M_F=0.25E+03dE=.2E-04dRho=.1E-03SCF=30dL=0.57E+00p*F=0.69E+01p*F0=-0.25E+00Fch=0.44E+00 1CORRE=-0.7004188280123E+03Av_F=0.48E+01M_F=0.83E+01dE=.2E-05dRho=.3E-03SCF=25dL=0.19E-01p*F=-0.23E+00p*F0=-0.25E+00Fch=0.10E+01 9CORRE=-0.7011192870931E+03Av_F=0.28E-03M_F=0.48E-03dE=.4E-05dRho=.2E-03SCF=4dL=0.45E-01p*F=0.13E-04p*F0=-0.11E+00Fch=0.11E+01It=10*ENDE=-0.7011192870931E+03Av_F=0.28E-03M_F=0.48E-03dE=.4E-05dRho=.2E-03SCF=4dL=0.45E-01p*F=0.13E-04p*F0=-0.11E+00Fch=0.11E+01（該文件保存了每一步弛豫的晶格格矢和原子位置信息。2 tion 0,Position,move_x,move_y, 11

112 tion=11,Position,move_x,move_y, 11 11通 來進行修改計foriin{5..9..1}forjin{0..9..1}cat>atom.config<<EOFLattice0.2.$i$j 2.$i$j0.Position,move_x,move_y,14 0.00140.2500000000000.25000000000000grep ="*>> mpirun-np atmvREPORT2.$i$j2.50:2.50:=-2.70:=-2.71:=-2.72:=-2.73:=-2.74:=-2.75:=-2.76:=-2.99: =- 電子自洽分子動力學模擬過渡態(tài)計算非絕熱分子動力學態(tài)密度和能帶（DOSand36.350.000.006.350.000.008800011111-111

每步步長

最終溫度 （該文件包括每一步體系總能，勢能，動能的變化等信息 1Etot,Ep,Ek= -0.E+03-0.E+03 2104.87229dE=-.35E-04dRho=0.94E-04SCF=12dL=0.14E+00Fcheck=0.855E+00 2 -0.E+03-0. E-01 E-01 100Etot,Ep,Ek= E-01電子自洽分子動力學模擬過渡態(tài)計算非絕熱分子動力學態(tài)密度和能帶（DOSand JOB=IN.PSP1=IN.PSP2=Ecut=電子自洽分子動力學模擬過渡態(tài)計算非絕熱分子動力學態(tài)密度和能帶（DOSand計算計算計算計算2Lattice-

-Position,move_x,move_y,

15151500 命令行：cpOUT.WG 15151500 ---------

44400 命令行：cpOUT.VR

IN.KPT的產(chǎn)生（X-R-M-G-建立gen.kpt文件，將高對稱點及插入的點數(shù)量寫入其命令行：split_kp.x!!

!標識行，必須是band，大小寫均!高對稱點X、R之間插入的點!! !高!!!!!!!!!!-------磁性計1Lattice - Position,move_x,move_y, 0.00磁性計

Ni_ONCV_PBE- 12121200 !交換關(guān)聯(lián)泛函使用PBE，默認將計算得到 為“IN.WG”，將 為命令行：cpOUT.WG命令行：cpOUT.WG_2 ==Ni_ONCV_PBE-==Ni_ONCV_PBE-=12121200=2==t磁性計spin_up;dn;loc_diffspin_up;dn;loc_diffspin_up;dn;loc_diffspin_up;dn;loc_diffspin_up;dn;loc_diffspin_up;dn;loc_diffspin_up;dn;loc_diffspin_up;dn;loc_diffspin_up;dn;loc_diffspin_up;dn;loc_diff“DOS.spindown”、“DOS.spinup”、磁性計交 雜化泛函

Ni_ONCV_PBE- 12121200 將計算得到 為命令行：cpOUT.VR

Ni_ONCV_PBE- 雜化泛函HSE,

LDA,

99900ldau_psp1:與ldau_psp1:與in.psp1表示在Fe上加2:表示在Fe的d軌道上