Qsep系列全自動毛細(xì)管電泳儀在二代測序質(zhì)控上的應(yīng)用-

全自動毛細(xì)管電泳儀

Qsep系列Qsep100/400AdvanceQseplite儀器和試劑可在江蘇光鼎工廠生產(chǎn)，國產(chǎn)設(shè)備，其中Qsep1,100,400具有醫(yī)療器械注冊證常用耗材信息S1：高分辨率卡夾，多重檢測，引物質(zhì)檢或者需要分辨率的應(yīng)用；S2：檢測文庫；F3：替代常規(guī)電泳S3:

大片段預(yù)制膠卡夾，基因組DNA，F(xiàn)FPE的DNA樣本，給出DQNN3:

低濃度大片段樣本，低至pg級檢測基因組，F(xiàn)FPE，以及三代測序文庫N1：低濃度樣本，比如，低濃度的游離核酸樣本R1：RNA樣本，RNA完整性，F(xiàn)FPE的RNA，給出DV200NR1：高靈敏的RNA卡夾，可以檢測低濃度RNA樣品P：蛋白卡夾，檢測蛋白純度重復(fù)性：同一個marker跑4次穩(wěn)定性：同一樣本三個不同時間點(diǎn)測試靈敏度：標(biāo)準(zhǔn)卡夾可檢測到2pg/ul，高敏卡夾靈敏度高10倍達(dá)到0.2pg/uL分辨率：500bp之內(nèi)區(qū)分1-4bp儀器性能靈敏度展示：實際樣品檢測結(jié)果對比2100高敏芯片S2卡夾S2卡夾N1卡夾重復(fù)性好：同一個marker跑10次NGS質(zhì)控應(yīng)用二代測序質(zhì)控片段質(zhì)控關(guān)注點(diǎn)：核酸片段變化的過程文庫制備--測序儀、測序方法RNA完整性以及DNA的片段分布核酸片段分布，片段打斷、接頭連接、文庫片段分布樣本制備后--初始樣本質(zhì)控核酸質(zhì)量檢測總量

純度

完整性Qubit（熒光）Drop（紫外）qPCR瓊脂糖電泳A260/230A260/280A260/A280比值可進(jìn)行核酸樣品純度評估：純DNA的A260/A280比值為1.8，純RNA的A260/A280比值為2.0。如果比值低，表示受到蛋白（芳香族）或酚類物質(zhì)的污染，需要純化樣品。蛋白質(zhì)的和酚類的吸光值在280nm，它們污染了就會導(dǎo)致分母變大。230nm是多肽、芳香基團(tuán)、苯酚和一些碳?xì)浠衔锏奈兆V。樣本質(zhì)控-核酸樣本Drop類濃度檢測不準(zhǔn)，受純度影響分光光度法，可檢測核酸濃

因素大，不能檢測樣本完整度和純度（OD260/280,OD260/230)

性定量準(zhǔn)，但不能檢測樣本純Qubit熒光定量法，檢測核酸濃度

度和完整性可檢測片段，可定量，儀器毛細(xì)管電泳，可檢測核酸的

相對昂貴完整性和濃度Qsep瓊脂糖凝膠電泳定量不準(zhǔn)，樣本消耗量大可檢測樣本濃度和核酸完整性全自動毛細(xì)管電泳省時省力，安全無毒，分辨率高，靈敏度好置入樣品自動分析置入卡匣執(zhí)行程序替代傳統(tǒng)凝膠電泳加緩沖液熔解瓊脂糖在高壓電場下電泳跑膠完成后拍照、分析totalRNA檢測-RQN應(yīng)用28S18S28S/18S

1.97RQN9.86RNA樣本完整性可以通過RQN(RNA

QualityNumber）來定義完整性totalRNA檢測-RQN與A品牌對比totalRNA檢測-RQN與A品牌對比

Qsep分辨率更高totalRNA檢測-RQN應(yīng)用RQN:9.84RQN:5.03RNA樣本完整性可以通過RQN(RNA

QualityNumber）來定義完整性切片

RNA檢測-DV200應(yīng)用DV200:59.1%DV200:76.4%切片的RNA樣本，RNA降解嚴(yán)重，RQN值無法準(zhǔn)確定義樣本完整程度，建議使用DV200（大于200nt的片段比例）進(jìn)行質(zhì)控。cDNA質(zhì)控片段分布集中的cDNA片段較為彌散的cDNAcDNA質(zhì)控不合格的cDNA樣本合格的cDNA樣本基因組檢測-DQN應(yīng)用以高質(zhì)量片段的占比作為質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)，以DQN（DNA

QualityNumber)來定義DNA樣本的完整性基因組檢測-DQN應(yīng)用DQN:6.0DQN:7.8二代/三代測序質(zhì)控-DQN應(yīng)用肺癌FFPE樣本質(zhì)控cf/ctDNA的質(zhì)控應(yīng)用?

提供cfDNA的大小和純度數(shù)據(jù)cfDNAcfDNAwithfragmentedgDNAFragmentedgDNA24cf/ctDNA的質(zhì)控應(yīng)用ctDNA有大片段污染的cfDNAcfDNA：0.07ng/ul游離DNA檢測-與A品牌檢測對比文庫構(gòu)建質(zhì)控文庫制備是決定測序成功與否的關(guān)鍵步驟To

NGSworkflowDNA

fragmentation

Endconversionand(physical/

enzymatic)

adapteradditionPCRamplification(optional)SampleDNAFragmentedDNADNAfragmentswithsequencingadapters片段化核酸質(zhì)控片段化RNA片段化DNA：200-300bp酶打斷超聲打斷片段化核酸二代測序文庫質(zhì)控可通過Smear分析確定文庫的主要片段分布區(qū)域，以及其平均片段長度單細(xì)胞二代測序文庫質(zhì)控可通過Smear分析確定文庫的主要片段分布區(qū)域，以及其平均片段長度文庫定量ng/ul質(zhì)量濃度mol/l數(shù)量濃度將重量換算成一定體積里有多少條核酸，以便確定上機(jī)的數(shù)量濃度，避免造成上樣的過少或過多僅僅檢測濃度，未進(jìn)行文庫片段質(zhì)控，也可能造成此種情況，無效片段過多占據(jù)孔位文庫定量檢測文庫定量檢測二代測序文庫質(zhì)控正常文庫大片段或者磁珠殘留（再次磁珠純化，或者用磁力更強(qiáng)的磁力架）二代測序文庫質(zhì)控正常文庫大片段殘留文庫，改變擴(kuò)增條件，降低模板量，或者磁珠純化異常文庫引物二聚殘留的文庫（磁珠純化或切膠回收）異常文庫接頭殘留文庫（模板過少或者接頭過量，或者接頭效率較低，建議純化去除）擴(kuò)增子文庫擴(kuò)增失敗的文庫正常文庫二代/三代測序質(zhì)控-上機(jī)前文庫常規(guī)文庫多重擴(kuò)增子文庫二代/三代測序質(zhì)控-上機(jī)前文庫三代pacbio/nanopore測序質(zhì)控-文庫質(zhì)控三代pacbio/nanopore測序質(zhì)控-不同大小文庫omicDNAlt電泳速度不同，峰形狀不同（200-300bp峰）Qsep結(jié)果4200結(jié)果電泳速度不同，峰形狀不同，建議smear分析樣本質(zhì)控不建庫QCQC文庫上機(jī)樣本制備正常方式建庫調(diào)整方式建庫pcr循環(huán)數(shù)、打斷方法、片段分選方式質(zhì)控：1.節(jié)省后續(xù)建庫測序的成本2.

制備更佳的文庫用于后續(xù)測序3.

獲得平均片段大小，用于定量計算其他方向應(yīng)用mRNA質(zhì)控應(yīng)用不同儲存時間下mRNA的質(zhì)量變化可在儀器上清晰的展示引物質(zhì)檢應(yīng)用—純度，片段大小17bp18bpPCR產(chǎn)物分析-單/多重單重PCR產(chǎn)物多重PCR產(chǎn)物流衣

百

感原

日

嗜體

咳

血軍

支肺

團(tuán)

原鏈

菌

體PCR產(chǎn)物分析-極高分辨率SSR標(biāo)記開發(fā)超高分辨率-42個PCR產(chǎn)物混合樣本長度500-600bp的片段相差5bp可以有效明確區(qū)分多重PCR產(chǎn)物分析-食源性致病菌臨床應(yīng)用大腸埃希氏菌核酸多重檢測試劑盒伊立替康藥物代謝基因多態(tài)性檢測（PCR-毛細(xì)管電泳法）說明書厚澤生物全自動毛細(xì)管凝膠電泳系統(tǒng)Qsep100檢測COVID-19N

基因的實時

PCR

產(chǎn)物N

gene含有COVID-19N基因的質(zhì)粒將質(zhì)粒稀釋到低拷貝數(shù)實時

PCR(SYBRGreen)Qsep

系列檢測Qsep1001.

N1/S1卡夾2.

使用

0.1X

TEbuffer

稀釋10倍1.目的條帶大小：138bp.2.Bio-RadiTaq

UniversalSYBRGreen(帶

ROX)3.引物（日本）：?NIID_2019-nCOV_N_F2?NIID_2019-nCOV_N_R2厚澤生物每個反應(yīng)

3

個拷貝質(zhì)粒陽性對照Ct

29.46Ct

38.23Ct

38.69Ct

39.08Ct

39.273

copiesCt

41.66Ct

42.18Ct

42.58No

Ct4045每反應(yīng)3拷貝質(zhì)粒用高靈敏

(N1)

卡夾檢測結(jié)果N

geneprimer

dimer陽性對照Ct

29.46Ct

42.58Ct

42.18Ct

41.66Ct

39.2720

bp1000

bpCt

39.08Ct

38.69Ct

38.23No

CtNTC無模板對照No

Ct每反應(yīng)3拷貝質(zhì)粒用高分辨率

(S1)

卡夾檢測結(jié)果primer

dimer20

bpN

gene1000

bp陽性對照Ct

29.46Ct

42.58Ct

42.18Ct

41.66Ct

39.27Ct

39.08Ct

38.69Ct

38.23No

CtNTC

無模板對照No

Ct臨床應(yīng)用Y染色體微缺失——反應(yīng)液ⅠCRISPR分析研究野生對照純合野生型雜合型雜合型厚澤生物臨床應(yīng)用病人樣本陰性對照地中海貧血基因檢測多重檢測流程直擴(kuò)1h20min樣本預(yù)處理毛細(xì)管片段分析出具報告15min5min5min全程檢測時間最快2h完成多重擴(kuò)增目標(biāo)病原菌靶標(biāo)，通過全自動毛細(xì)管分析儀分析檢測結(jié)果，從而鑒定出病原菌種類蛋白應(yīng)用方向抗體純度研究在非還原性免疫球蛋白IgG樣本的純度質(zhì)控中，0.1%的雜帶含量也可檢測到LC

：一條輕鏈NG-IgG

：未糖基化的IgGHC：一條重鏈HL

：一條輕鏈+一條重鏈HH：兩條重鏈HHL：兩條重鏈+一條輕鏈IgG

dimer：IgG

二聚體Intact

IgG：完整IgG（2H2L：兩條重鏈+兩條輕鏈

）蛋白應(yīng)用方向-大小和濃度檢測糖樣本檢測連續(xù)10次檢測數(shù)據(jù)%CVofmigrationtimeusingGP40G2G1AverageSD%CVG5MTG1G2G3G4G5G6G7G878.30

0.47

0.6090.90

0.66

0.72103.68

0.81

0.79115.53

0.96

0.83126.45

1.07

0.85136.45

1.16

0.85146.13

1.25

0.85155.60

1.33

0.86164.95

1.41

0.85174.18

1.49

0.86183.24

1.57

0.86192.16

1.65

0.86200.97

1.76

0.88209.70

1.83

0.87218.36

1.93

0.88226.87

2.02

0.89235.33

2.10

0.89243.64

2.17

0.89251.90

2.30

0.91260.07

2.34

0.90G151st

runANTS2nd

run3rd

run4th

run5th

run6th

run7th

run8th

runG9G10G11G12G13G14G15G16G17G18G19G209th

run10th

run其他應(yīng)用方向酶切產(chǎn)物（line）質(zhì)粒（Cycle）不同構(gòu)型質(zhì)粒檢測線性質(zhì)粒開環(huán)質(zhì)粒不同構(gòu)型質(zhì)粒檢測超螺旋質(zhì)粒微小核酸殘留檢測（疫苗宿主DNA殘留）200bp以內(nèi)片段占比計算微小核酸殘留檢測（加入大片段標(biāo)準(zhǔn)品定量結(jié)果）定量數(shù)據(jù)相關(guān)性，R2=99.65%標(biāo)品濃度300pg/ul150pg/ul75pg/ul儀器介紹儀器介紹Qsep1：可單次檢測單個樣本，8孔、12孔模塊可選，可升級更大通量19孔。適合小樣本量客戶，具備高通量測序文庫分析功能。Qsep100：可單次檢測1-100任意個數(shù)樣本，通量靈活。Qsep400：4通