致于欣立生物信息學(xué)概論富yixf

biology：DNA翻譯成蛋白質(zhì)。蛋白質(zhì)執(zhí)行特定的生物功能從而決定最終的表型，而DNA則攜帶著最原始的決定性狀的遺傳信息，RNA主要參與遺傳信息的表達(dá)和調(diào)控。一類信息在具有功能活性的DNA序列中，能夠通過轉(zhuǎn)錄過程形成RNA（主要有編碼RNARNA兩種形式RNA含有編碼蛋白質(zhì)的氨基酸序列信息，這類DNA序列主要是指遺傳的基本單位即功能序列。一類信息屬于調(diào)控信息，主要存在于特定DNA的區(qū)域，能被各種功能性蛋白分子特異地識別結(jié)合，進(jìn)而完成各種生物過程，例如啟第一法 第二法 A腺嘌呤，T限制性核酸內(nèi)切酶DNADNADNADNA的侵入。但對DNA無損傷作用，從而維持細(xì)胞原有遺傳信息的完整性。II型限制酶特點DNADNA；切割位點在DNA兩條鏈相對稱的位置。切割位點在回文的一側(cè)時，可形成黏性末端；切割EcoRI為例：EEscherichia，cocoli，RRY13品系，I表明在此體的組中可能作為蛋白質(zhì)編碼序列的部分，包含從5'端翻譯起始子（AUG）到終一個ORF對應(yīng)一個候選的CDS（編碼序列） 分析DNA序列中的ORF是對該序列是否為CDS的初步判斷啟動子5'DNARNA聚合酶，使之與模DNA準(zhǔn)確地結(jié)合并具有轉(zhuǎn)錄起始的特異性。，island識別方法主要依據(jù)三個序列特征：GC含量、CpG島長度、CpG二核苷酸的出現(xiàn)頻率。預(yù)測值的比率高于60%。其中，CpG的觀察值與預(yù)測值的比率計算為：NumofCpG/(NumofC*NumofG)*Totalnumberofnucleotidesinthesequence。CpG|主要依據(jù)|預(yù)測標(biāo)準(zhǔn)：1CpG200bp2GC50%；3CpG60%10個核苷酸殘基組成的短片段。按照重復(fù)序列DNA小微短散在重復(fù)序列長散在重復(fù)序列（gene：DNARNA分子遺傳信息、控制性一個完整的，不僅包括編碼區(qū)，還包括5’末端和3’末端長度不等的特異性序列。finding間接識別法（ExtrinsicApproachmRNA或蛋白質(zhì)序列為線索在DNA序從頭計算法（AbInitioApproach：預(yù)測，基于的兩種類型的特征：：比較組學(xué)的方法：自然選擇的力量使得和DNA序列上具有生物學(xué)功能的片響，因而難以得到保存。因此，通過比較相關(guān)物種的DNA序列，我們能夠取得預(yù)測基對于識別有用的組DNA有下面4個主要的特點開放閱讀框長度。一個開放閱讀框并不一定就是一個。一個開放閱讀框被一個起始子（如ATG，編碼甲硫氨酸）和一個終止子（TAA、TAG、TGA）所定義。在起始子的附近有結(jié)合核糖體的一致序列存在。找到核糖體結(jié)合位點是判斷起始密Shine-Dalgarno序列。這是一段和16SrRNA的3'端互補的多嘌呤核苷酸片段，從-20（起始子的5'方向）到+13（起始子的3'方向下游13個核苷酸Shine-Dalgarno序列和高表達(dá)水平呈正相關(guān)。存在和一致的子使用模型質(zhì)數(shù)據(jù)庫中用blastx進(jìn)行查詢。這個方法對在真核生物中查找有幫助。splicing位點組合）mRNAmRNA剪接異構(gòu)體的過程。外顯子跳躍（exonskip，也叫盒式外顯子（cassetteexon、外顯子遺漏等，在剪接exonssite，3'邊界。site點5'邊界。retentionmiRNARNA2024個核苷酸的內(nèi)源RNA分子。miRNA通過RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合體（RISC）與靶的3’非翻譯區(qū)（3’UTR）相結(jié)合，導(dǎo)致靶mRNA降解或者抑制其翻譯，從而調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄后的表達(dá)。miRNA不具有開放閱讀框，不編碼蛋白質(zhì)，表達(dá)具有時序性和組織特異性，進(jìn)化上具有高miRNAs只在特定的組織和發(fā)育階段表達(dá)。miRNA分析主要包括miRNA預(yù)測和miRNA靶預(yù)測兩方面miRNA預(yù)測方法5同源片段搜索方法。將已知miRNA或pre-miRNA序列在自身或其他相近組中用比基于序列和結(jié)構(gòu)特征打分的預(yù)測方法根據(jù)已知miRNA序列和結(jié)構(gòu)的特征對全組范miRNA的方法。結(jié)合作用靶標(biāo)的預(yù)測方法依據(jù)miRNA與其靶序列間的堿基互補配對的保守性的特miRNA。基于機器學(xué)