基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件

基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案計算定赤來基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案1CONTENTS公司介紹》·數(shù)據(jù)處理需求平臺建設(shè)方案典型案例CONTENTS2存儲需求量大測序儀數(shù)據(jù)處理集群預(yù)處理服務(wù)器原始數(shù)據(jù)預(yù)處理數(shù)據(jù)最終結(jié)果存儲需求量大3流程復雜RawdataNGSQTtoolkitsoapdenovoCleandataGenomesizeSNPBreedingvalueReferencephenotypeSAM/BANBreedingpatternpedigreeHi-qualitySAM/BAMLDandHaplotypeSNPCoverageIndelPAVsamtoolsSNPdiversitySADatGenomeannotationIFLunctionAnnotation流程復雜4流程復雜Rawdata←NGSQTtoolkitCleandataGenomeSizeSyntenyBlockCleandataSoapdenovo/velvet/SGA/ALLPATHS-LGi-ADHoReDraftgenomeNAPGlimmergenscanmummer.blastpeatmastnr/nt,swiss-protein,TrEMBLTRfindKEGG,GO,interprost,genesIsGeneannotation流程復雜5軟件眾多基因組拼接轉(zhuǎn)錄組拼接序列比對基因組注釋SOAPdenovovelyBLASTFASTAHMtRNAscansnoscaTrinity,SOAPdenoet,CAP3,ABYSS,AMERMUMmer.Mn,miRanda,Rfamscan,InterproscLLPATHSHIT,MIRA,etc.LG.ARACHNEOAP,MAQ,CoronRA.SSAKEetcMEME/MAST,Mscan,etc基因預(yù)測進化分析連鎖,LD,QTL重復序列識別GLEAN,GlimGeneMarkAUGUPhylip,MEGA,nj_tJoinmap,OnemapSTUS,GENSCAN,TreeStructure,PAHaploview,MapRepeatMasker,TrfUPetcQTL,Germline,phetc軟件眾多6應(yīng)用特征-BWAB/FMemoryii基本上只做整型計算swanscPJ(圍%單節(jié)點有線性加速比對內(nèi)存帶競有一定要求■對存儲帶寬有需求IBSendIMBslBReCv(MB/5l應(yīng)用特征-BWA7應(yīng)用特征-SOAPdenovoStopsM■計算基本為整形計算會有很少量的向量運算CPUsywarh■大部分時間只能使用單核進行計算,擴展性能CPUal5s不好■對內(nèi)存大小和內(nèi)存帶寬有較高的需求Net/F(MEdas■對網(wǎng)絡(luò)帶寬有一定需求,這部分需求主要用來請求存儲數(shù)據(jù)BRecv(MBs應(yīng)用特征-SOAPdenovo8需求總結(jié)1.計算量大2.部分應(yīng)用需要大內(nèi)存的節(jié)點3.數(shù)據(jù)訪問量巨大,對存儲性能、容量要求高4.開源軟件眾多,安裝復雜5.部分應(yīng)用的工作流程較為復雜,自動化較低需求總結(jié)9基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件10基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件11基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件12基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件13基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件14基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件15基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件16基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件17基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件18基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件19基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件20基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件21基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件22基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件23基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件24基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件25基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件26基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件27基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件28基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件29基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件30基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件31基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件32基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件33基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件34基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件35基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件36基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件37基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件38基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件39基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件40基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件41基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件42基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件43基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件44基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件45基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件46基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件47基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件48基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件49基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件50基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件51基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件52基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件53基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件54基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件55基因測序數(shù)據(jù)處理平臺高性能方案課件