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報(bào)告基因分析
2021/5/911.基本概念和實(shí)驗(yàn)原理報(bào)告基因:編碼可供檢測(cè)的酶與蛋白質(zhì)的基因。是現(xiàn)代分子生物學(xué)研究領(lǐng)域中用于分析結(jié)構(gòu)基因旁側(cè)區(qū)域潛在的順式元件(如啟動(dòng)子、增強(qiáng)子和沉默子等)和反式作用因子相互作用關(guān)系的一種重要工具。
2021/5/92可作為報(bào)告基因的條件:①編碼產(chǎn)物的活性不受宿主細(xì)胞的干預(yù)。②編碼產(chǎn)物在宿主細(xì)胞中不存在,易于區(qū)別。③編碼產(chǎn)物的活性的測(cè)定必須具有快速、簡(jiǎn)便、靈敏度高、重復(fù)性好的特點(diǎn)。常用的報(bào)告基因:氯霉素乙酰轉(zhuǎn)移酶基因(CAT)、β-gal、熒光酶基因(Luc)2021/5/932021/5/942021/5/952.用途:基因轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)的研究:最初的功能。作為分子標(biāo)記的應(yīng)用:如利用GFP作為標(biāo)記物檢測(cè)基因在植物酵母和哺乳動(dòng)物細(xì)胞中的轉(zhuǎn)移。生物大分子之間的相互作用:激活劑或拮抗劑在改變活細(xì)胞中受體活性作用等方面的研究。其他方面的應(yīng)用:RNA干擾研究、影像技術(shù)及藥物篩選等。2021/5/963.實(shí)驗(yàn)技術(shù):基因克隆轉(zhuǎn)染細(xì)胞產(chǎn)物檢測(cè)2021/5/97基因克隆的特點(diǎn)和技術(shù)路線特點(diǎn):分子水平上操作,細(xì)胞水平上表達(dá)技術(shù)路線:
1分離制備目的DNA片段和載體
2目的DNA與載體的剪切
3目的DNA與載體的連接
4重組DNA分子轉(zhuǎn)化宿主細(xì)胞
5篩選陽(yáng)性克隆,大量擴(kuò)增2021/5/98
在這個(gè)過(guò)程中:1.“基因剪刀”
剪切DNA的酶就像一把“基因剪刀”2.“縫紉針”
連接不同來(lái)源DNA分子的酶就像一根“縫紉針”,使二者連在一起3.“交通工具”使用載體好比一輛車子
4.“乘客”
有用基因如IL2好比乘客,車子把乘客送進(jìn)理想天堂(宿主細(xì)胞)去繁衍生息,春華秋實(shí),生產(chǎn)我們需要的產(chǎn)品或開展基因治療(IL2/LAK→抗癌)。2021/5/99一、目的基因的獲取直接從染色體DNA中分離通過(guò)mRNA反轉(zhuǎn)錄合成cDNA從基因組DNA文庫(kù)獲取目的基因從cDNA文庫(kù)獲取目的基因
PCR擴(kuò)增目的基因人工體外合成基因片段
2021/5/9102021/5/911二、載體定義:能攜帶目的基因進(jìn)入宿主細(xì)胞進(jìn)行擴(kuò)增和表達(dá)的一類DNA分子。特性:1
復(fù)制起點(diǎn)(ori)2多克隆位點(diǎn):多種限制酶的單一切割位點(diǎn)3篩選標(biāo)志Amp+Kan+Neo+4分子量不宜過(guò)大否則易斷裂、轉(zhuǎn)化效率低5表達(dá)載體還要有P、E、前導(dǎo)序列、加尾信號(hào)、信號(hào)肽、核定位序列等2021/5/912
載體的分類分類依據(jù)
類別克隆擴(kuò)增或表達(dá)舉例1.按功能分成(1)克隆載體(2)表達(dá)載體√√PBR322PCDN32.按進(jìn)入受體細(xì)胞類型分(1)原核載體(2)真核載體(3)穿梭載體PUC8PBUDCE41YE3.按載體來(lái)源分質(zhì)粒載體噬菌體載體病毒載體pGEX-4TM13pAdV54.按克隆片段得大?。寺∧芰Γ┓?1)<1kb(2)<10kb(3)<22kb(4)<50kb(5)0.1-0.4Mb(6)0.5-2Mb(1)M13(2)plasmid(3)λphage(4)casmid(5)BAC(6)YAC√2021/5/913常用的報(bào)告基因載體類型:1)basic載體:不含P/E,用于檢測(cè)啟動(dòng)子活性。2)control載體:含啟動(dòng)子,用于檢測(cè)增強(qiáng)子或沉默子的活性。2021/5/914酶切注意事項(xiàng)(最好雙酶切)酶的保存:低溫保存,冰上操作。貯存環(huán)境是甘油,避免反復(fù)凍融。酶切反應(yīng)體系:酶量不能超過(guò)反應(yīng)體積的1/10。反應(yīng)緩沖液:合適的pH值、鹽離子濃度,配套提供。DNA樣品要求:一定純度和濃度,不能混有酚、氯仿、EDTA、SDS、過(guò)多鹽類等。溫度和時(shí)間:通常37℃1-2h反應(yīng)終止:EDTA、SDS、加熱、直接放入-20℃操作要求:無(wú)菌新的dorf管、槍頭、去離子三蒸水。電泳鑒定酶切是否完全。2021/5/915連接-定向克?。ㄗ畛S茫┓椒ǎ弘p酶切優(yōu)點(diǎn):防止載體自身環(huán)化正向插入單拷貝插入連接效率高2021/5/916轉(zhuǎn)化的原理和過(guò)程感受態(tài):細(xì)菌處于容易吸收外源DNA的狀態(tài)。致敏:用理化方法誘導(dǎo)細(xì)胞進(jìn)入感受態(tài)的操作。轉(zhuǎn)化過(guò)程:1對(duì)數(shù)期細(xì)菌置于冷Cacl2、Mgcl2中,制備感受態(tài)2加入重組質(zhì)粒,冰浴30分鐘,不要震蕩342℃水浴60~90S,熱休克4馬上冰浴2021/5/917第七節(jié)篩抗藥性篩選:amprtetr
kanr插入表達(dá)篩選:藍(lán)白斑篩選:測(cè)序菌落或噬菌斑雜交篩選酶切鑒定:插入否?插入方向?2021/5/918轉(zhuǎn)染:指真核細(xì)胞由于外源DNA摻入而獲得新的遺傳標(biāo)志的過(guò)程。若此DNA未與宿主細(xì)胞DNA整合而獲表達(dá),稱“瞬時(shí)轉(zhuǎn)染(transienttransfection)”;若與宿主細(xì)胞DNA整合并隨后者的復(fù)制而復(fù)制稱“穩(wěn)定轉(zhuǎn)染(stabletransfection)”。
2021/5/919轉(zhuǎn)染方法:電擊法、磷酸鈣法和脂質(zhì)體介導(dǎo)法和病毒介導(dǎo)法。
注意事項(xiàng):利用脂質(zhì)體轉(zhuǎn)染法最重要的就是防止其毒性,因此脂質(zhì)體與質(zhì)粒的比例,細(xì)胞密度以及轉(zhuǎn)染的時(shí)間長(zhǎng)短和培養(yǎng)基中血清的含量都是影響轉(zhuǎn)染效率的重要問題,通過(guò)實(shí)驗(yàn)摸索的合適轉(zhuǎn)染條件對(duì)于效率的提高有巨大的作用。電擊法是在細(xì)胞上短時(shí)間暫時(shí)性的穿孔讓外源質(zhì)粒進(jìn)入;磷酸鈣法是利用不同的載體物質(zhì)攜帶質(zhì)粒通過(guò)直接穿膜或者膜融合的方法使得外源基因進(jìn)入細(xì)胞;病毒法是利用包裝了外源基因的病毒感染細(xì)胞的方法使得其進(jìn)入細(xì)胞。脂質(zhì)
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