第七節(jié) 微生物的分類、鑒定和保藏課件

第一編環(huán)境微生物學(xué)基礎(chǔ)第二章環(huán)境中的微生物第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏

Classification、IdentificationAndConservationofMicroorganisms

第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏TheIntroducedContentsYeast(fortheproductionofbread,beerandvinegar,etc)EnzymepreparationsproducedbymicrobiologyCompostingbasedonmicrobiologyMetallurgyandproductionbymicrobiologyInformationstorage(intotheBacterium)

第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏Japan

Informationstorage(intotheBacterium)

ig.Bacillus

Subtilis

(Bacillusnatto,納豆菌)

第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏

HumanandFungus第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏

第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏曲霉病(aspergillosis)

第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏天花癥狀

第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏埃波拉病毒

第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏Howtorecognizethemicroorganisms?Howtoapplythemicroorganismstotheabovesides?Howtodiagnosethediseasescausedbythemicroorganisms?第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏Definition：AccordingtotheaffinityClassification、IdentificationAndConservationofMicroorganisms深層地表中的產(chǎn)甲烷菌tasks：Classification、Identification

、Nomenclature第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏第一節(jié) 通用分類單元

SectionⅠGeneralTaxon種以上的系統(tǒng)分類單元（sevengrade）界Kingdom門Phylum（或Division）——亞門綱Class——亞綱

——超目

目Order——亞目

科Family——亞科

——族

——亞族

屬Genus

種Species第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏界

門

綱

目

科

屬種BasicUnit亞級(jí)亞種第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏ⅰNomenclature屬名（Genusname）：拉丁文的名詞或用作名詞的形容詞，單數(shù)，首字母大寫(xiě)，表示微生物的主要特征，由微生物構(gòu)造，形狀或由科學(xué)家命名。種名（speciesname）：拉丁文形容詞，字首小寫(xiě)，為微生物次要特征，如微生物色素、形狀、來(lái)源或科學(xué)家姓名等。第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏國(guó)際命名法則：林奈的雙名法亞種：subsp.（subspecies）變種：var.(variety)學(xué)名=屬名+種名+命名人姓氏枯草芽孢桿菌：BacillussubtilisCohn熒光假單胞菌纖維素亞種：Pseudomonasfluorescenssubsp.cellulosae第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏Ig.大腸埃希氏桿菌

Escherichiacoli（Migula）CastellanietChalmers1919Ig.金黃色葡萄球菌

StaphylococcusaureusRosenbach1884

當(dāng)泛指某一屬微生物，而不特指該屬中某一種（或未定種名）時(shí)，可在屬名后加sp.或ssp.（分別代表species

縮寫(xiě)的單數(shù)和復(fù)數(shù)形式）Ig.

Saccharomycessp.（表示酵母菌屬中的一個(gè)種。）

第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏菌株名稱——在種名后面自行加上數(shù)字、地名或符號(hào)等，Ig.

BacillussubtilisAS1.389AS=AcademiaSinica

BacillussubtilisBF7658BF=北紡

ClostridiumacetobutylicumATCC824丙酮丁醇梭菌ATCC＝AmericanTypeCultureCollection美國(guó)模式菌種保藏中心當(dāng)文章中前面已出現(xiàn)過(guò)某學(xué)名時(shí)，后面的可將其屬名縮寫(xiě)成1~3個(gè)字母。

Ig.

Escherichiacoli可縮寫(xiě)成E.coliStaphylococcusaureus可縮寫(xiě)成S.aureus②三名法：用于對(duì)亞種的命名，這時(shí)在屬和種名后加寫(xiě)一個(gè)subsp.，然后再附上亞種名稱（斜排體）。如：

Bacillusthuringiensissubsp.galleria

蘇云金芽孢桿菌臘螟亞種第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏微生物的名字有俗名和學(xué)名兩種。Ig.

紅色面包霉-粗糙脈孢霉綠膿桿菌-銅綠假單胞菌學(xué)名—是微生物的科學(xué)名稱，它是按照有關(guān)微生物分類國(guó)際委員會(huì)擬定的法則命名的。學(xué)名由拉丁詞、或拉丁化的外來(lái)詞組成。學(xué)名的命名有雙名法和三名法兩種。第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏ClassificationUnitfromsubspecies自學(xué)內(nèi)容（self-studycontent）：亞種（subspecies）、變種（variety）、菌株（strain）、種（species）、模式種（typespecies）、新種（speciesnova，sp.nov或novsp.）。第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏Ⅰspeciesandnewspecies種是一個(gè)基本分類單位，是一大群表型特征高度相似、親緣關(guān)系極其接近、與同屬內(nèi)其他種有明顯差異的菌株的總稱。新種：

sp.nov.或nov.sp.，新被鑒定的種發(fā)表時(shí)應(yīng)在其學(xué)名后標(biāo)上sp.nov.的符號(hào)，新種發(fā)表前應(yīng)將其模式菌株的培養(yǎng)物存放在一個(gè)永久性的保藏機(jī)構(gòu)，并應(yīng)允許人們從中取得。第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏subspeciesvarietystrainClassificationUnitfromsubspecies第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏SpeciestypespeciesIg.E.coli,Bacillushaloduransspeciesnova，sp.Novornovsp.TheInternationalJournalofSystematicandEvolutionaryMicrobiology(IJSEM)第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏Domain第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏三原界系統(tǒng)

第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏ThreeDomainsTheoryBacteriaEukaryaArchaea第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏GeneralSystemofClassificationBacteria：Bergey’sManualofSystematicBacteriology

（vol.7）、TheGenusBacillus

（vol.1）Actinomycete：KeytotheFamiliesandGenusofActinomycete(ByMicroorganisminstituteofChina)Fungus：Smith、Alexopoulos、Ainsworthsystem第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏ⅱClassificationAndIdentification第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏Ⅰ.ClassicIndicatorofInditification第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏MorphologicalCharacteristics

第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏八疊球菌四聯(lián)球菌葡萄球菌第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏梭狀芽孢桿菌短桿菌長(zhǎng)桿菌第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏螺旋菌弧菌螺旋體第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏SpecialMorphologicalCharacteristics

第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏AbnomalMorphologicalCharacteristics結(jié)核桿菌的異常形態(tài)結(jié)核桿菌的正常形態(tài)第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏SimpleStaining第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏GramStaining第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏ColonyCharacteristics第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏lawn第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏CultureCharateristics反映微生物與氧氣的關(guān)系第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏Ⅱ.IdentificationTechnology

（mini、simple、fastandautomatic）第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏APISystem菌種基本培養(yǎng)基（液體）

菌懸液檢測(cè)、編碼、查表、鑒定適用于API鑒定細(xì)菌有700多種第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏API（APIsystem）（法國(guó)生產(chǎn)，可以同時(shí)測(cè)定20多種生化指標(biāo)；有20多個(gè)塑料小管）

第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏

“Enterotube”System

第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏BiologSystem

(automaticandfast)每個(gè)孔中含有不同的底物菌懸液或無(wú)菌水第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏

PhysiologicalandBiochemicalCharacteristics

第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏ig第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏Ⅱ.TheModernIdentificationMethod第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏ThreeLevels第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏NucleotideAcidAnalysis第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏Ⅰ、NucleotideAcidAnalysisGCratio(guaninepluscytosinebasemolepercent)

G+Cmol%=（G+C）/（A+T+G+C）*100%

第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏EveryorgansismhasitsownvalueofGCratio.Ig.GC%=25-75%(Bacteria)第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏GCratiotheDifferenceofGCRatio＜2%,withoutsignificance；=2.5-4.0%,thesamespecies；＞5%,differentspecies；＞10%,differentgenus第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏Ⅰ、NucleotideAcidAnalysis（2）DNA-DNAHybridizationHomology＞60%,thesamespecies＞70%,thesamesubspecies=20-60%,thesamegenus第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏

EffectonDNAbyDifferentTemperatures

第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏

EffectonDNAbyDifferentTemperatures第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏DNA-DNAHomologousHybidization第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏（3）16/18SrRNA第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏Advantagesof16/18SrRNASequeceAnalysisa.CommonfortheEucaryotesandtheprocaryotesb.ConstentforPhysiologicalfunctionc.Highforthecontentofcellcelld.StablefortherRNAgenee.ConservativeforsomerRNAgenef.ModerateforMolecularWeight第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏(3)16S/18SrRNAsequenceAnalysisPrincipleMethod第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏PCR儀第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏Evolutionarythree第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏Ⅰ、NucleotideAcidAnalysis（4）GenomesequeceIg.BacillushaloduransC-125，E.coli，第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏Ⅱ、AnalysisoftheCellChemicalComponents（1）Cellwall（2）SugarTypeoftheCellHydrolysate（3）PhosphoricAcidLipid（4）MycolicAcid（5）Quinone（6）FattyAcidandAlcohols(byGasblaketingChromatographicTechnique)第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏

1．ChemicalComponentsofCellwall。第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏2．SugarTypeoftheCellHydrolysate第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏5．醌類的分析

在細(xì)菌和放線菌中所含有甲基萘醌（VK）和泛醌（輔酶Q）。在放線菌分類鑒定上有重要價(jià)值。第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏Ⅲ、numericaltaxonomyComputerigNCBINationalCenterforBiotechnologyInformation

第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏一、數(shù)值分類法即統(tǒng)計(jì)分類法：在200年前M.Adanson（1727-1806，法國(guó)植物學(xué)家）發(fā)表的分類原理基礎(chǔ)上結(jié)合現(xiàn)代計(jì)算機(jī)技術(shù)發(fā)展而來(lái)的。定義：通過(guò)廣泛比較分類單位的性狀特征，然后計(jì)算它們之間的相似性，再根據(jù)相似性的數(shù)值劃分類群的一種分類方法。第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏?cái)?shù)值分類的基本步驟1、計(jì)算兩菌株間的相關(guān)系數(shù)2、列出相似度矩陣3、將矩陣圖轉(zhuǎn)換成樹(shù)狀第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏ConservationofMicroorganisms第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏FactorsAffectingtheStabilityoftheMicroorganismsVariation;Pollution;DeathThepurposesoftheconservationNon-variation;non-pollution;non-death第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏TheExistingQuestionsDuringConservationDegradation第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏ConservationofMicroorganismsAlive、invarableandintortusfortheStrainsBasicRequirementsＢasicＭethodsLivingDomancyPassagebymediumPassagebyhostfreezingdryingInclinedplane/plateLiquidnitrogen、lowtemperaturerefrigerator

Sand-tube、freezingvacuumdrying第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏PincinpleoftheconservationTomakethestrainstobedomancyorsemi-domancyinorderNon-variation;non-pollution;non-death第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏Payattentiontothefollowtingsides：Differentstrainswithdifferentconservativemethods.Toconservateaccordingtothepropertiesofthestrains,thefeaturesandtheexistingconditions.Toapplyvariousmethodstoconservatetheobjectivestrains.第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏BasicMethodsforConservation

Drying

low-temperature第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏Methods

SuspensionmethodofdistilledwaterPassagebyinclinedplaneimmersioninmineraloilDryandFreezingFreezingFreezingvacuumdryingConservationbyhost

GeneEngineerstrainsConservationInstituteofstrains第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏MethodsTemporary

PassagebyinclinedplanePuncturemethodLong-termLiquidparaffinmethodGlyceroltubing-methodSand-tubemethodSand-soiltubemethodFilterpapermethodFreezing-drymethodLiquidNitrogen

第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏Liquidparaffinmethodsimple第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏PassagebyinclinedplaneThinking:theadvantagesandthedisadvantagesofthismethod第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏Immersioninmineraloil

Mineraloil160℃,1~2hMineraloilishigherthanthestaincultureby1cm.1~2年Whichcarbonwillbeuse?strainPuctureinclinedplane第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏Dryandby-vector第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏Freezing-20℃(Common)＜-60℃Liquidnitrogen第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏Freezingvacuumdrying

Strain:stablephase(C=109~1019個(gè)/ml)Tosuspensetheliquidstrainwiththeprotetiveagent(suchasdegreasingmilk,sucrose,animalserumandglutamatesodium)Thewatercontentis1%~5%.Tosealandconservateattheroomtemporatureorintherefrigerator10yearsButcomplex第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏Freezingvacuumdrying第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏HostconservationForthefollowingsides:Someanimals/plants/viruses第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏

GeneEngineerstrains第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏ConservationInstituteofstrains

In1979，CCCCMwasfoundedbyChina.第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏ConservationInstituteofstrains第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏Chineseinstitutes第七節(jié)微生物的分類、鑒定和保藏國(guó)