病原微生物測序平臺需求說明

病原微生物測序平臺需求說明一、貨物需求明細序號貨物名稱數(shù)量單位備注1.1基因測序儀主機1臺1.2測序儀內置操作分析軟件1套1.3獨立的病原微生物數(shù)據分析軟件及服務器一臺（提供≥5年使用權）1臺1.4全自動樣本體系制備系統(tǒng)（含定量模塊）1套1.5磁力架1套1.6渦旋振蕩器1臺1.7掌上離心機1臺1.8恒溫電子冰盒1個1.9報告打印終端1臺1.10文庫構建試劑盒4套1.11測序試劑盒及芯片4套二、技術要求序號貨物名稱招標技術要求1病原微生物測序平臺1.1功能要求：1.1.1該系統(tǒng)將用于未知物種基因組測序、已知物種再測序、全基因組小RNA分析、微生物宏基因組分析、病毒基因組變異研究、甲基化研究、轉錄組分析等；1.1.2可用于不明原因感染、高熱等疫情的快速應對；1.1.3可用于對病原微生物（如冠狀病毒）的進化變異研究、毒力基因研究、耐藥基因研究；1.2質量標準：符合國家相關質量標準，要求儀器具有良好的準確度與精確度；并且技術成熟；1.3招標技術要求：1.3.1.高數(shù)據通量：每次反應可生成≥75億(7.5G)堿基數(shù)據；1.3.2.每次運行至少可生成可讀2500萬個片段標簽序列；1.3.3.數(shù)據讀長：單端讀取序列，讀長不低于150個堿基；雙端讀取序列：讀長不低于2x150個堿基；1.3.4.提供≥3種不同Reads數(shù)的測序試劑盒，適合不同通量需求的應用；1.3.5.測序文庫直接用于測序儀上機，文庫克隆擴增在測序儀上自動化完成，整個測序過程只需操作一臺設備，有效降低操作復雜性，減少實驗誤差；1.3.6.讀長2x150bp時，整個測序運行完成時間：≤24小時；1.3.7.在快速測序模式讀長為100bp時，整個測序運行完成時間：≤5小時；1.3.8.設備需支持讀長包括:75bp、100bp、150bp、300bp多種模式的讀長檢測；1.3.9.測序原理：采用光學原理的基于可逆終止子邊合成邊測序技術，使用熒光信號確認堿基種類，每次只讀取一個堿基，不接受多個堿基同時測定，保證最終的核酸序列讀取準確性；1.3.10.數(shù)據準確率：2x150bp讀長時，Q30>80%；1.3.11.測序系統(tǒng)主機內置服務器，主機同時具備樣本文庫克隆擴增、測序和數(shù)據分析功能，無需再額外配置樣本文庫克隆擴增設備；1.3.12.全封閉檢測室，集成式測序卡盒，卡盒內預裝所有測序需要的生物酶和試劑，無論單端和雙端測序，都無需手工配制，減少生物污染；1.3.13.測序試劑盒帶有無線射頻識別（RFID）條碼，自動追蹤試劑，確保所有測序試劑的兼容性；1.3.14.測序儀主機機載的生物信息學支持軟件，可完成16S宏基因組測序、新物種拼接、小RNA分析、擴增子分析、靶向DNA測序等分析流程；1.3.15.基因測序儀主機具有醫(yī)療器械注冊證；1.3.16.檢測靈敏度需為單個堿基序列；檢測準確度及重復性可精確讀取≥12個的連續(xù)單個重復堿基（如AAAAAAAAAAAAAAA）；1.3.17.測序儀下機數(shù)據為壓縮好的FastQ文件格式，無須經過文件格式轉化，即可直接用于主流生信分析軟件進行數(shù)據分析；2文庫2庫構建部分2.1通量：內置高精度獨立機械臂，單次運行樣本最高通量≥24；2.2艙室：封閉式艙室設計，可容納≥24個多功能標準板位；2.3功能板塊：≥6個功能模塊，分別為移液系統(tǒng)、制冷模塊、加熱模塊、磁力模塊和PCR擴增模塊、定量模塊，無需機外配套設備，即可完成核酸提取、文庫制備、文庫擴增、均一化及稀釋混合、定量等全流程自動化，無需人工干預，制備好的文庫可直接上機測序；2.4濃度測定：內部配置1-96樣本通量濃度測定系統(tǒng)，定量范圍：0.2-100ng/μL，通過光吸收法和熒光法的技術原理檢測核酸濃度，自動記錄結果并可追溯，無需額外配置或外掛濃度測定工具；2.5潔凈度：內置紫外消毒系統(tǒng)和高效空氣過濾系統(tǒng)，可殺滅細菌芽胞、病毒和細菌繁殖體等；對于0.3μm顆粒系，過濾效率高于≥99.95%；2.6應用流程：內置≥30項項目程序，可用于病原宏基因組、新冠全基因組、單菌全基因組、擴增子和自主開發(fā)的建庫流程；系統(tǒng)兼容市面上主流的商品化試劑盒，支持用戶自定義流程；2.7儀器配置冷藏模塊，加熱振蕩模塊；2.8內置紫外消毒系統(tǒng)和高效空氣過濾系統(tǒng)；2.9具有圖形化中文操作界面，運行后實時顯示臺面布局；2.10具有運行狀態(tài)監(jiān)測、實時告警、用戶權限設置、實驗記錄和溯源功能；2.11儀器配有安全門，具備開機自檢、緊急停機按鈕，確保儀器運行安全；3分析系統(tǒng)3.分析系統(tǒng)3.1基于本地電腦安裝，支持windows、Mac和linux操作系統(tǒng)；3.2可視化操作窗口，無需命令行編程經驗，不需要編寫linux命令；3.3支持不同測序平臺的數(shù)據的導入和分析，包括一代測序數(shù)據Sanger平臺；幾乎所有二代測序平臺數(shù)據，如SOLID、LifeIonTorrent、CompleteGenomics、Roche454、IlluminaGenomeAnalyzer；三代測序數(shù)據，如PacBio平臺；3.4提供下載Hg19或Hg38及其他生物的參考序列及注釋信息的接口；3.5支持創(chuàng)建和修改workflow，實現(xiàn)拓展或自定義分析流程；3.6可以進行DNA-seq、RNA-seq、Chip-Seq、Bisulfite、miRNA、Microarray、16S/宏基因組序列拼接組裝、SNP檢測、多樣本分析、數(shù)字基因表達、小RNA分析、標簽表達譜、表觀基因組學分析、EST文庫構建、系統(tǒng)發(fā)育分析、聚類分析等數(shù)據分析以及服務器整合和定制化服務；3.7可以創(chuàng)建GenomeBrowserTrack，可視化查看分析結果；3.8可以監(jiān)控、暫停和終止分析過程、記錄分析日志；3.9可兼容微生物MicrobialGenomicsModule插件，實現(xiàn)宏基因組、微生物組靶標序列和全基因組的多樣性、功能及分型研究；3.10可進行MLST，無參最接近匹配分析，K-mertree和SNPtree制作及可視化，耐藥性分析；可進行樣本的中央管理及比較分析；3.11可支持系統(tǒng)發(fā)育樹所有分支的基因組組裝，可進行CDS分析及注釋；3.12可進行PCR引物和TaqMan探針設計，克隆載體設計，sanger序列分析；3.13可支持DNA