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文檔簡介

用MEGA4做進(jìn)化樹的步驟1、由BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 搜索 ，獲得所需要的序列，并保存為txt格式。2.對所搜到的序列名稱進(jìn)行修改：注意種名保留例如：H2-8。利用CLUSTAL X 軟件進(jìn)行多序列比對，同時進(jìn)行修飾序列，去掉突出的前段序列和后部序列，使序列變整齊。如下圖所示對序列名稱進(jìn)行修改修飾后如下：3、修飾好保存，會有兩個格式的文件.aln、.dnd保存，打開MEGA4。4、MEGA4只能打開meg格式的文件，但是它可以把其他格式的多序列比對文件轉(zhuǎn)換過來，我們在這里用aln格式（Clustal的輸出文件）轉(zhuǎn)換meg文件。點File:Convert to MEGA Format.打開轉(zhuǎn)換文件對話框，如下圖所示：5、選擇文件和轉(zhuǎn)換文件對話框，選擇aln文件，點OK。如下圖所示：保存到文件夾6、轉(zhuǎn)換好的meg文件，點存盤保存meg文件，meg文件會和aln文件保存在同一個目錄，如下圖所示：7、關(guān)閉轉(zhuǎn)換窗口，回到主窗口，現(xiàn)在點面板上的“Click me to activate a data file”打開剛才的meg文件 。如下圖所示：8、程序會自動識別序列的類型，如果識別錯誤，請手工選擇數(shù)據(jù)類型。然后點OK就行了。如下圖所示：有錯誤的地方可手工刪除：可刪除9、數(shù)據(jù)輸入之后的樣子，窗口下面有序列文件名和類型10、現(xiàn)在可以開始做系統(tǒng)進(jìn)化樹了，MEGA的主要功能就是做Bootstrap驗證的進(jìn)化樹分析，Bootstrap驗證是對進(jìn)化樹進(jìn)行統(tǒng)計驗證的一種方法，可以作為進(jìn)化樹可靠性的一個度量。各種算法雖然不同，但是操作方法基本一致。如下圖所示：所得系統(tǒng)樹如下：也可以切換樹的顯示模式調(diào)整樹顯示選項，比如樹枝的粗細(xì)，字體以及字體大小等最后通過得出的系統(tǒng)進(jìn)化樹進(jìn)行分析，可看出物種之間的親緣關(guān)系，每個節(jié)點代表其各分支的最近共同祖先，節(jié)點間的線段長度對應(yīng)演化距離。距離越近，同源性越高，距離

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