病毒的分類與命名.doc

1、病毒的命名過去不夠統(tǒng)一，有些病毒是以宿主、病理特點、致病癥狀、病毒顆粒形態(tài)進(jìn)行命名，有些病毒 是以地名和人名進(jìn)行命名，還有些病毒是以字母和數(shù)字命名。病毒的分類系統(tǒng)也不一致，動物病毒分類等 級設(shè)立科、屬、種；而植物病毒分為組、亞組、種。為了力求分類和命名的統(tǒng)一， 1992年 Martelli 首先 提出了植物病毒的科、屬、種分類原則， 1993 年 8 月在英國格拉斯哥召開的第 9 屆國際病毒大會上，國際 病毒分類委員會 (ICTV) 采納了這一分類原則，并且新設(shè)立了一些植物病毒的科、屬1， 1995 年在 ICTV所公布的病毒分類和命名第六次報告中，植物病毒分類已不再采用組、亞組，而統(tǒng)一使用科

2、、屬、種分類 系統(tǒng)2。病毒的分類系統(tǒng)也開始逐漸向更高級的分類等級發(fā)展，1991年ICTV在病毒分類和命名第五次報告中首次公布了比科更為高級的分類等級，單分子負(fù)鏈RNA病毒目(Mononegavirales):3，最近ICTV又先后增設(shè)了套病毒目 (Nidovirales)4和有尾噬菌體目 (Caudovirales) 5。除此以外，1996 年 8月 ICTV 在第 10 屆國際病毒大會上還對原有的病毒分類和命名規(guī)則作了進(jìn)一步的修訂，提出了 38 條新的病毒命名規(guī)則6。最近據(jù)Mayo等報道，ICTV又批準(zhǔn)了 43條新的病毒分類和命名規(guī)則，同時對病毒目 科、屬和種名的書寫也作了專門的規(guī)范7。1

3、病毒命名規(guī)則1.1 病毒種的定義和命名 病毒“種”是指構(gòu)成一個復(fù)制譜系 (replicating lineage) 、占據(jù)一個特 定小生境 (ecological niche) 、具有多個分類特征的病毒。這就是說病毒種的分類和命名不是單純由某一 個分類特征、而是由多原則分類特征決定的，包括病毒的基因組組成，病毒顆粒形態(tài)結(jié)構(gòu)、生理生化特性 和血清學(xué)性質(zhì)等；而病毒種的一個復(fù)制譜系則強(qiáng)調(diào)了病毒種的系統(tǒng)進(jìn)化特性，即現(xiàn)今所有的病毒種可能起 源于共同的病毒祖先；病毒種所占有的小生境是指某種病毒的特定生物學(xué)特性、地理分布、宿主范圍、媒 介的嗜親性、致病機(jī)理等 8。病毒種的命名由幾個有實際意義的詞組成，但不是

4、單獨以宿主名加“virus ”構(gòu)成，當(dāng) ICTV下屬委員會不能肯定一個新的病毒種的分類地位時，新的病毒種可以作為暫定種列在適宜的屬和科中；在不考慮病毒屬 和科的情況下，病毒種名與病毒株一起，均應(yīng)有明確的含義；如果數(shù)字和字母已經(jīng)用于某一特定病毒種的 命名， 其數(shù)字、 字母或其組合可作為病毒種的形容詞，現(xiàn)在已知的細(xì)菌病毒種名就是由數(shù)字和字母組成的， 這些細(xì)菌病毒通常沒有太大的表型上的差異，而且感染相同或相似的宿主；植物病毒種的命名，一般是由 宿主名加癥狀名和“ virus ”構(gòu)成。1.2 病毒屬的命名 病毒屬是一群具有某些共同特征的種。其屬名的詞尾為“ virus ”，但在設(shè)立一 個新的病毒屬時必

5、需有一個同時被承認(rèn)的代表種 (type species) 。1.3 病毒科的命名 病毒科是一群具有某些共同特征的屬?？泼脑~尾為“ viridae ”，“科”下面 可以設(shè)立或不設(shè)立亞科。亞科名的詞尾為“ virinae ”。1.4 病毒目的命名 病毒目是一群具有某些共同特征的科，目名的詞尾為“ virales ”。 一般而言，病毒顆粒的形態(tài)、基因組組成、復(fù)制方式、病毒結(jié)構(gòu)蛋白和非結(jié)構(gòu)蛋白的數(shù)量和大小，往 往都可以作為病毒科、屬命名的依據(jù)，而病毒目的命名則與病毒基因組的核酸類型、基因組的單雙鏈、逆 轉(zhuǎn)錄過程和病毒基因組的極性有關(guān)。 此外， 病毒顆粒的形態(tài)結(jié)構(gòu)和轉(zhuǎn)錄策略也可以用作病毒目命名的根據(jù)。

6、2 病毒名稱的書寫規(guī)則 在病毒分類系統(tǒng)中所采用的病毒目、 科、亞科和屬均用斜體字書寫或打印， 目、科、亞科和屬名的第一個字母要大寫。原來規(guī)定病毒種名一律不用斜體字書寫或打印，種名的第一個 字母一般不大寫，但在特殊情況下，如病毒種名是來自地名或某個宿主的拉丁科名、屬名時，則種名的第 一個字母要大寫。但1998年3月ICTV在第27次常務(wù)會上，對病毒種名的書寫規(guī)則又重新作了修訂，提出了所有的病毒種名用斜體，第一個詞的首字母要大寫，其他詞除專有名詞外首字母一般不大寫，同時還規(guī) 定暫定種 (tentative species) 不用斜體，第一個字母采用大寫 7。3 病毒分類系統(tǒng)1995年ICTV在病毒

7、分類和命名第六次報告中共報告了4 000多種病毒，它們分屬1個目、49個科、11個亞科、 164個屬(包括未分科的 22個屬)2。 1996年8月在耶路撒冷第 1 0屆國際病毒大會期間， ICTV 對第六次報告作了修改和補(bǔ)充，1997年5月ICTV在法國的斯特拉斯堡再次召開常務(wù)會議，會上批準(zhǔn)的病毒分類系統(tǒng)包括2個目、55個科、189個屬(有23個屬的分科未定)9。1998年3月ICTV在美國加州 San Diego 召開了第 27次常務(wù)會議，又新增添了 1 個目、 6個科、 26個屬5。最近，根據(jù) Pringle 惠 贈的“ Vir us taxonomy- 1999，ICTV已經(jīng)批準(zhǔn)取消乳多

8、空病毒科 (Papovaviridae)，同時新設(shè)立了乳頭瘤 病毒科 (Papillomaviridae) 和多瘤病毒科 (Polyomaviridae) ，這樣病毒分類系統(tǒng)達(dá)到了 3 個目、 62 個科。 另外亞病毒感染因子 (subviral agent) 下設(shè)衛(wèi)星、類病毒和朊病毒，其中類病毒分類有 2個科、 7個屬， 類病毒科名的詞尾為“ viroidae ，屬名詞尾為“ viroid 5， 10。國際病毒分類系統(tǒng)見表。在新近公布的國際病毒分類系統(tǒng)中，所設(shè)立的科、屬、種的中文名除了參考黃禎祥、侯云德、田波、 牛宏舜、朱關(guān)福、張成良等人的相關(guān)文獻(xiàn)外，一些新設(shè)立的病毒科、屬、種的名稱均按照國

9、際病毒命名規(guī) 則和命名的過程給予了適當(dāng)?shù)闹形拿缈冢?Mononegavirales下設(shè)4個科，即副粘病毒科(Paramyxoviridae)彈狀病毒科 (Rhabdoviridae) 、絲狀病毒科 (Filoviridae) 和博爾納病毒科 (Bornaviridae) 。該病毒目是根 據(jù)這4個病毒科的RNA基因組具有單分子負(fù)極性的共同結(jié)構(gòu)特性而命名的，由希臘字“monoS (single)、nega (negative)，加上病毒目的拉丁詞尾“ virales 組成，故稱為單分子負(fù)鏈RNA病毒目(Mononegavirales) 11 ；Nidovirales是以冠狀病毒科 (Coron

10、aviridae) 和動脈炎病毒科 (Arteriviridae)的基因組可轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生一組長短不等的mRNA即套(nest)亞基因組mRNA而命名的，它由拉丁字“nidus (nest) 加病毒目的拉丁詞尾“ virales 構(gòu)成12。對個別確實無法給出適當(dāng)中文名的病毒名稱，將留給國內(nèi)的病毒學(xué)家和同仁進(jìn)一步研究確定。表 國際病毒分類系統(tǒng)Table The universal system of virus taxonomy(Caudovirales)肌尾噬菌體科(Myoviridae)細(xì) 菌“T4 噬菌體屬”(T4-like viruses)腸桿菌 T4 噬菌體(Enterobacteria p

11、hage T4)“P1 噬菌體屬”P2 噬菌體屬”(P1-like viruses)腸桿菌 P1 噬菌體(Enterobacteria phage P1)(P2-like viruses)腸桿菌 P2 噬菌體(Enterobacteria phage P2)“Mu 噬菌體屬”SPOl 噬菌體屬”(Mu-like viruses) 腸桿菌Mu噬菌體(Enterobacteria phage Mu)(SPOI-like viruses)芽抱桿菌SPOI噬菌體(Bacillus phage SPO1)( H-Iike viruses)(Halobacterium virus(Siphoviridae

12、)(入-like viruses)(Enterobacteria phage(T1-like viruses)(Enterobacteria phage T1)(T5-like viruses)H噬菌體屬”鹽桿菌 H噬菌體H）長尾噬菌體科細(xì)菌“入噬菌體屬”腸桿菌入噬菌體入）“T1噬菌體屬”腸桿菌T1噬菌體“T5噬菌體屬”腸桿菌T5噬菌體(Enterobacteria phage T5)書M1噬菌體屬”(書 M1-like viruses)甲烷桿菌 書M1噬菌體(Plasmaviridae)支原體芽生噬菌體屬(Methanobacterium 書 M1)“c2 噬菌體屬”(c2-like vir

13、uses)乳球菌c2噬菌體(Lactococcus phages c2)“L5 噬菌體屬”(L5-like viruses)分枝桿菌L5噬菌體(Mycobacterium phages L5)短尾噬菌體科(Podoviridae)細(xì)菌“T7噬菌體屬”仃7-like viruses)腸桿菌T7噬菌體(Enterobacteria phage T7)“29 噬菌體屬”( 29-like viruses) 芽抱桿菌 29噬菌體(Bacillus phage29)“P22 噬菌體屬”(Enterobacteria phage P22) 古噬菌體科(Rudiviridae) 古細(xì)菌 古噬菌體屬(Rudivirus) 硫化葉