差異表達(dá)分析課件

1、BeforeAfterQuantile normalizationAffymetrix，illumina芯片由于有探針重復(fù)，可以利用統(tǒng)計(jì)方法計(jì)算出一個(gè)統(tǒng)計(jì)性的P值或者score值，篩選差異表達(dá)基因單通道單通道Oligo芯芯片，尤其是片，尤其是affymetrix芯片芯片數(shù)據(jù)分析用得數(shù)據(jù)分析用得較多較多雙通道雙通道cDNA芯片數(shù)據(jù)分析用得較多芯片數(shù)據(jù)分析用得較多基因表達(dá)數(shù)據(jù)矩陣基因表達(dá)數(shù)據(jù)矩陣 (Affymetrix GeneChip oligonucleotide arrays)sam/ref基因表達(dá)數(shù)據(jù)矩陣基因表達(dá)數(shù)據(jù)矩陣 (glass slides)數(shù)據(jù)矩陣數(shù)據(jù)矩陣, ,基因數(shù)遠(yuǎn)大于樣品數(shù)

2、基因數(shù)遠(yuǎn)大于樣品數(shù) 對(duì)任意一個(gè)基因來(lái)說(shuō)對(duì)任意一個(gè)基因來(lái)說(shuō),樣本值是特征值樣本值是特征值,數(shù)據(jù)的維數(shù)是數(shù)據(jù)的維數(shù)是M對(duì)任意一個(gè)樣本來(lái)說(shuō)對(duì)任意一個(gè)樣本來(lái)說(shuō),基因值是特征值基因值是特征值,數(shù)據(jù)的維數(shù)是數(shù)據(jù)的維數(shù)是N聚類時(shí)考慮基因之間的相似性，從數(shù)學(xué)上講聚類時(shí)考慮基因之間的相似性，從數(shù)學(xué)上講就是看對(duì)應(yīng)的就是看對(duì)應(yīng)的M維數(shù)據(jù)之間的相似性維數(shù)據(jù)之間的相似性新算法新算法新角度新角度合并多種方法合并多種方法降維是指將樣降維是指將樣本從輸入空間本從輸入空間通過(guò)線性或非通過(guò)線性或非線性映射到一線性映射到一個(gè)低維空間。個(gè)低維空間。 降維可以減少無(wú)用信息和冗余信息，將高維數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換降維可以減少無(wú)用信息和冗余信息，將高維數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為易于處理的低維數(shù)據(jù)，減少了后續(xù)步驟處理的計(jì)算量為易于處理的低維數(shù)據(jù)，減少了后續(xù)步驟處理的計(jì)算量，當(dāng)降至三維以下時(shí)還可用于可視化技術(shù)，當(dāng)降至三維以下時(shí)還可用于可視化技術(shù)，從而發(fā)揮人從而發(fā)揮人在低維空間感知上的優(yōu)點(diǎn)，發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)集的空間分布、聚在低維