HBPDB數(shù)據(jù)庫(kù)使用手冊(cè)

1、HBPDB數(shù)據(jù)庫(kù)使用手冊(cè)歡迎使用人類腦蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)HBPDB，用戶使用手冊(cè)包括以下方面：1、 HBPDB數(shù)據(jù)庫(kù)功能簡(jiǎn)介2、 HBPDB的界面簡(jiǎn)介3、 HBPDB運(yùn)行環(huán)境4、 HBPDB數(shù)據(jù)庫(kù)查詢方法5、 HBPDB查詢結(jié)果說(shuō)明1、 HBPDB數(shù)據(jù)庫(kù)功能簡(jiǎn)介人類腦蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)HBPDB整合了UNIPROT，GO，KEGG等蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)、基因分類數(shù)據(jù)庫(kù)以及通路數(shù)據(jù)庫(kù)的信息，構(gòu)成了一個(gè)全面的，非冗余的人類腦蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)，和Alzheimer、Parkinson相關(guān)的腦蛋白，并分析腦蛋白相關(guān)的基因功能分類及其在各通路上的相關(guān)作用與功能。使用HBPDB不僅可以直接使用腦蛋白的信息查詢數(shù)據(jù)庫(kù)中記錄的人類腦

2、蛋白，還可以通過(guò)GO，KEGG，疾病查詢相關(guān)的腦蛋白。 HBPDB同時(shí)提供數(shù)據(jù)下載，為生物學(xué)家研究腦蛋白和與Alzheimer、Parkinson相關(guān)的腦蛋白分析提供了便捷。HBPDB的訪問(wèn)網(wǎng)址為：/brainprotein 2、 HBPDB的界面簡(jiǎn)介2.1 HOME界面介紹人類腦蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)HBPDB的主要特點(diǎn)、數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)成和功能。HDPDB提供四種查詢方式，可以通過(guò)蛋白、GO、KEGG和疾病查詢，通過(guò)SEARCH, PATHWAY, GENE ONTOLOGY, DISEASE進(jìn)入查詢界面。2.1.1 SEARCH界面提供四種查詢方式，分別是蛋白名（Protein

3、ID），蛋白記錄號(hào)（Protein accession）, 關(guān)鍵字（Key Word），數(shù)據(jù)庫(kù)（Database Name）。（具體查詢方法見(jiàn)4、HBPDB數(shù)據(jù)庫(kù)查詢方法）。2.1.2 PATHWAY界面提供四種查詢方式，分別是基因名（Gene ID），蛋白記錄號(hào)（Protein accession）, PATHWAY號(hào)（Pathway ID），關(guān)鍵字（Key Word），并提供了所有pathway上人腦蛋白的查詢功能。（具體查詢方法見(jiàn)4、HBPDB數(shù)據(jù)庫(kù)查詢方法）。2.1.3 GENE ONTOLOGY界面提供四種查詢方式，分別是GO號(hào)（GO ID），蛋白記錄號(hào)（Protein access

4、ion）, 關(guān)鍵字（Key Word），GO分類樹(shù)（Ontologies），并提供了按GO層數(shù)查詢?nèi)四X蛋白的功能。（具體查詢方法見(jiàn)4、HBPDB數(shù)據(jù)庫(kù)查詢方法）。2.1.4 DISEASE界面提供按疾病查詢方式。（具體查詢方法見(jiàn)4、HBPDB數(shù)據(jù)庫(kù)查詢方法）。2.2 DATABASE界面提供腦蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)下載，分別是Swissprot數(shù)據(jù)庫(kù)中的人類腦蛋白（Human Brain Protein）, Swissprot數(shù)據(jù)庫(kù)中的和老年癡呆癥相關(guān)的人類腦蛋白（Human Protein concerned Alzheimer's Disease），Swissprot數(shù)據(jù)庫(kù)中的和帕金森癥

5、相關(guān)的人類腦蛋白（Human Protein concerned Parkinson's Disease），TrEMBL數(shù)據(jù)庫(kù)中的人類腦蛋白（Human Brain Protein）, TrEMBL數(shù)據(jù)庫(kù)中的和老年癡呆癥相關(guān)的人類腦蛋白（Human Protein concerned Alzheimer's Disease），TrEMBL數(shù)據(jù)庫(kù)中的和帕金森癥相關(guān)的人類腦蛋白（Human Protein concerned Parkinson's Disease）。2.3 HELP頁(yè)面提供HBPDB幫助文檔的下載。2.4 CONTACT頁(yè)面提供HBPDB的開(kāi)發(fā)人員3、 H

6、BPDB運(yùn)行環(huán)境3.1 HBPDB運(yùn)行硬件環(huán)境3.1.1 HBPDB運(yùn)行硬件配置推薦如下：每結(jié)點(diǎn)：CPU P1.8G以上內(nèi)存：512Mb 以上硬盤(pán)：40Gb以上3.2 HBPDB運(yùn)行軟件環(huán)境：3.3 服務(wù)器配置的軟件環(huán)境：3.4 操作系統(tǒng)：LINUX數(shù)據(jù)庫(kù)：MySQL（Java環(huán)境：J2SE v1.5.0 SDK（其他：Tomcat 5.5（/）3.4.1 客戶端配置的軟件環(huán)境：操作系統(tǒng)：WinNT/9X/2000/XP等Java環(huán)境：J2SE v1.5.0 SDK（瀏覽器：IE6.0安裝虛擬機(jī)，版本為Microsoft (R) VM for Ja

7、va, 5.0 Release 802或以上版本，一般內(nèi)嵌在IE中（4、 HBPDB數(shù)據(jù)庫(kù)查詢方法4.1 HBPDB支持不同的搜索方式：蛋白（Protein），GO（Gene Ontology），KEGG，疾病。在HOME頁(yè)面上點(diǎn)擊不同的搜索條（SEARCH、PATHWAY、GENE ONTOLOGY、DISEASE），或圖標(biāo)（從左至右依次為Protein、KEGG、GO、疾病）可以進(jìn)入相應(yīng)的搜索4.2 根據(jù)蛋白信息查詢HBPDB數(shù)據(jù)庫(kù)中已記錄的詳細(xì)蛋白信息，查詢界面如下所示：Protein ID輸入蛋白名查詢，對(duì)應(yīng)uniprot中的Entry Name；Protein Acce

8、ssion輸入蛋白記錄號(hào)查詢；Key Word為關(guān)鍵字查詢，輸入蛋白功能或者蛋白描述，或其他蛋白信息；Database Name選擇數(shù)據(jù)庫(kù)SWISS-PROT或TrEMBL查詢，默認(rèn)為查詢兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)；SEARCH按鈕遞交查詢，默認(rèn)參數(shù)為查詢數(shù)據(jù)庫(kù)中所有蛋白；CLEAR清除頁(yè)面所有輸入，等待重新輸入查詢內(nèi)容。4.2.1 根據(jù)蛋白查詢得到的查詢結(jié)果。頁(yè)面上方顯示查詢得到的蛋白總數(shù)（Total），每頁(yè)顯示10個(gè)蛋白，總頁(yè)面數(shù)（Pages），當(dāng)前頁(yè)數(shù)（CurrentPage），翻頁(yè)（PREVIOUS前一頁(yè)，NEXT下一頁(yè)），輸入頁(yè)數(shù)（Page）。查詢得到的蛋白顯示Protein ID（蛋白名），Pro

9、tein Accession（蛋白記錄號(hào)）, Protein Description（蛋白描述）, Tissue Specificity（組織特異）, Function（功能）。頁(yè)面右方提供其他信息查詢，Detail按鈕顯示蛋白詳細(xì)信息，Pathway按鈕顯示蛋白在KEGG pathway上的信息，GO按鈕顯示蛋白在Gene Ontology上的信息。如果數(shù)據(jù)庫(kù)中沒(méi)有相應(yīng)的PATHWAY信息經(jīng)如錯(cuò)誤界面。如果數(shù)據(jù)庫(kù)中沒(méi)有相應(yīng)的GO信息經(jīng)如錯(cuò)誤界面。4.2.2 HBPDB的蛋白查詢蛋白詳細(xì)信息頁(yè)面4.2.3 HBPDB的蛋白查詢KEGG頁(yè)面KEGG pathway頁(yè)面，紅色為所查詢的蛋白4.2.

10、4 HBPDB的蛋白查詢GO頁(yè)面?？梢苑謩e選擇GO上不同的子樹(shù)查看掛上子樹(shù)蛋白GO樹(shù)結(jié)果顯示4.3 根據(jù)PATHWAY信息查詢HBPDB數(shù)據(jù)庫(kù)中已記錄的詳細(xì)蛋白信息，查詢界面如下所示：Protein ID輸入蛋白名查詢，對(duì)應(yīng)uniprot中的Entry Name；Protein Accession輸入蛋白記錄號(hào)查詢；Key Word為關(guān)鍵字查詢，輸入蛋白功能或者蛋白描述，或其他蛋白信息；Database Name選擇數(shù)據(jù)庫(kù)SWISS-PROT或TrEMBL查詢，默認(rèn)為查詢兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)；SEARCH按鈕遞交查詢，默認(rèn)參數(shù)為查詢數(shù)據(jù)庫(kù)中所有蛋白；CLEAR清除頁(yè)面所有輸入，等待重新輸入查詢內(nèi)容。同時(shí)

11、可以查看所有包含人腦蛋白的PATHWAY。默認(rèn)參數(shù)為非空，查詢是至少輸入四個(gè)查詢項(xiàng)的一個(gè)，否則進(jìn)入錯(cuò)誤界面。4.3.1 HBPDB的PATHWAY查詢結(jié)果頁(yè)面?？梢圆榭吹鞍自赑ATHWAY上的信息，以及該蛋白所在的PATHWAY上的所有蛋白的信息4.3.2 KEGG pathway頁(yè)面，紅色為所查詢的蛋白，可以點(diǎn)擊查看映射倒其上的所有蛋白。橙色為人腦蛋白，可以點(diǎn)擊鏈接至KEGG網(wǎng)站查看詳細(xì)信息。點(diǎn)擊所查詢的蛋白，查看映射倒到該節(jié)點(diǎn)的所有蛋白信息KEGG pathway頁(yè)面，橙色為人腦蛋白，可以點(diǎn)擊鏈接查看該蛋白的詳細(xì)信息。4.3.3 查看所有的PATHWAY。點(diǎn)擊Pathway ID查看該P(yáng)A

12、THWAY上所有的蛋白和人腦蛋白。頁(yè)面上方顯示查詢得到的PATHWAY總數(shù)（Total），每頁(yè)顯示10個(gè)PATHWAY，總頁(yè)面數(shù)（Pages），當(dāng)前頁(yè)數(shù)（CurrentPage），翻頁(yè)（PREVIOUS前一頁(yè)，NEXT下一頁(yè)），輸入頁(yè)數(shù)（Page）。查詢得到的PATHWAY顯示：Pathway ID，Pathway Name， Human Brain Protein（人腦蛋白數(shù)，該P(yáng)ATHWAY上有的人腦蛋白數(shù)）, All Human Protein（人蛋白，該P(yáng)ATHWAY上有的人蛋白數(shù)）, Percent（該P(yáng)ATHWAY上人腦蛋白占人蛋白的比例）。4.4 根據(jù)GO信息查詢HBPDB數(shù)據(jù)庫(kù)

13、中已記錄的詳細(xì)蛋白信息，查詢界面如下所示：GO ID輸入GO號(hào)查詢；Protein Accession輸入蛋白記錄號(hào)查詢；Key Word為關(guān)鍵字查詢，輸入蛋白功能或者蛋白描述，或其他蛋白信息；Ontologies選擇GO子樹(shù)查詢，默認(rèn)為查詢?nèi)齻€(gè)子樹(shù)；SEARCH按鈕遞交查詢，默認(rèn)參數(shù)為查詢數(shù)據(jù)庫(kù)中所有蛋白；CLEAR清除頁(yè)面所有輸入，等待重新輸入查詢內(nèi)容。默認(rèn)參數(shù)為非空，查詢是至少輸入四個(gè)查詢項(xiàng)的一個(gè)，否則進(jìn)入錯(cuò)誤界面。同時(shí)可以通過(guò)輸入GO的層數(shù)來(lái)查看掛上子樹(shù)的人腦蛋白。4.4.1 HBPDB的GO查詢結(jié)果頁(yè)面。4.4.2 HBPDB的GO層數(shù)查詢結(jié)果頁(yè)面。頁(yè)面上方顯示查詢得到的GO總數(shù)（T

14、otal），每頁(yè)顯示10個(gè)GO結(jié)果，總頁(yè)面數(shù)（Pages），當(dāng)前頁(yè)數(shù)（CurrentPage），翻頁(yè)（PREVIOUS前一頁(yè)，NEXT下一頁(yè)），輸入頁(yè)數(shù)（Page）。查詢得到的GO結(jié)果顯示：GO ID（GO號(hào)），Description（功能描述）, Level（層數(shù)），Protein Number（有此項(xiàng)GO功能分類的人腦蛋白數(shù)）, Function（功能）。頁(yè)面右方提供其他信息查詢，Detail按鈕顯示蛋白詳細(xì)信息，Pathway按鈕顯示蛋白在KEGG pathway上的信息，GO按鈕顯示蛋白在Gene Ontology上的信息。4.5 根據(jù)DISEASE分類查詢HBPDB數(shù)據(jù)庫(kù)中已經(jīng)記錄的蛋白，查詢界面如下所示：可以選擇老年癡呆癥（Alzheimer）、帕金森癥（Parkinson）或者其它感興趣的疾病（other disease）查詢疾病相關(guān)的蛋白，默認(rèn)查詢所有蛋白。4.5.1 HBPDB的疾病查詢老年癡呆癥結(jié)果顯示4.5.2 HBPDB的疾病查詢帕金森癥結(jié)果顯示5、 HBPDB數(shù)據(jù)庫(kù)查詢結(jié)果說(shuō)明。通過(guò)對(duì)HBPDB數(shù)據(jù)庫(kù)的查詢，可以得到人腦蛋白信息、功能分類的、在通路上的作用關(guān)系、數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)源、以及相關(guān)連接，方便用戶下載觀察人腦蛋白質(zhì)、人腦重大疾病相關(guān)的蛋白質(zhì)。5.1 使用蛋白的檢索結(jié)果：共2欄，蛋白名