Gene5中文操作手冊biotek

1、Gene5軟件中文操作手冊美國伯騰儀器有限公司北京代表處第一章：儀器連接1 儀器的連接：按照操作指南連接酶標儀與計算機，確保電源線和USB接口正常后，打開酶標儀。2 儀器自檢：當酶標儀與計算連接好之后，打開Gene5軟件，出現(xiàn)歡迎界面向?qū)Ь`讀板系統(tǒng)測試軟件培訓系統(tǒng)菜單選擇System Menu System Read ConfigurationAdd選擇當前使用的酶標儀的型號和正確的Com PortTest Comm（檢測連接） OK OK Close第二章 如何編寫一個檢測程序任何一次檢測實驗都要以相應的檢測程序為基礎，因此實驗的第一步就是要打開一個程序（protocol），如果是第一次編

2、寫程序，建議您在Gene5軟件的歡迎界面中選擇 向?qū)Ь`來幫助您完成程序的編寫。雙擊歡迎界面的向?qū)Ь` Next第一步：檢測步驟設置雙擊對話框中Procedure下方 彩色圖標看到編程界面（根據(jù)儀器的配置不同，可以選擇的功能按鈕為黑色，不能選擇的功能按鈕變?yōu)榛疑㏄late Type:在右側(cè)的下拉框中選擇酶標板的型號和類型1 點擊Synchronized mode：選擇Well模式（逐孔讀數(shù)：加一孔讀一孔） 或者Plate模式（整板讀數(shù)：加完整板后讀數(shù)），該工具在使用分液裝置時才需要使用。2 ：讀板，單擊Read按鈕，設置讀板參數(shù)Step label：對你所進行的讀取步驟進行命名Detecti

3、on method：對你進行的檢測類型進行選擇 （吸光 發(fā)光 熒光）Read type：對選擇的檢測類型定義方法 （終點法 面積掃描法 光譜法）Sanning 功能，點擊右側(cè)則彈出下面的對話框，選擇掃描的矩陣選擇該功能可以對每個孔進行多次讀數(shù)，讀數(shù)的次數(shù)通過設置矩陣的大小來控制，讀數(shù)次數(shù)越多準確度越高，但是讀板的速度會降低。Spectrum 功能跳出如下對話框，設置掃描的起始波長、終止波長和波長間隔Read speed：定義閱讀的速度 （正常 掃描）Wavelenghs：對檢測的波長進行定義，可以同時定義6個檢測波長。Full plate：選擇要檢測的孔（出現(xiàn)在不同步驟中，可以定義該步驟所對應

4、的孔）Pathlength correction：光程校正（表示對樣本孔的值進行光程校正，因為酶標板各樣本孔內(nèi)樣本液的高度不一定為1cm，使用該選項，可自動把吸收值校正為光程1cm時的吸收值）3 ：分液裝置（根據(jù)實驗需要進行設置），單擊Dispenser按鈕 Dispenser： 選擇進樣器（一般為兩個），可以按照實驗需要對進樣器進行設置Tip primer：選擇是否需要將分液器的尖端充盈，防止空氣的殘留，并選擇充盈的液體體積Dispense： 選擇進樣的體積和進樣的速度 4 ：振蕩，單擊Shake按鈕Intensity：選擇振蕩的強度（低速、中速、高速、變速）Duration：選擇振蕩的時間

5、5 ：延時，單擊Delay按鈕Delay time：選擇在何步驟進行停頓以及停頓的時程。6 ：定義動力學檢測，單擊kinetic按鈕Run time：運行時間Interval:讀數(shù)間隔Reads：讀數(shù)次數(shù)Minimum interval:選擇最小讀數(shù)間隔時間7 ：對一個孔或者一組孔設置一個標準，只有當指定的孔達到標準，才會開始進行整板閱讀。8 ：溫度設定，單擊Set temperature按鈕 Incubator off 溫度孵育關閉 Incubator on 溫度孵育打開，并設定時間，（并可選擇是否預熱）9 ：酶標板的進出控制，單擊Plate out/in按鈕，根據(jù)需要選擇酶標板彈出，顯示對

6、話框（comment中填寫對話），酶標板彈入酶標板彈出無對話框酶標板彈入無對話框10 ：讀數(shù)結(jié)束選擇，是否選擇結(jié)束前彈出酶標板并添加提示語11 ：對所編寫的程序是否符合邏輯進行有效性的驗證，如果不符合顯示錯誤的問題在第幾步注意：1以上11個步驟選擇并不是每一個程序都要用到而是根據(jù)實驗的具體需要來進行任意的組合舉例：雙熒光報告基因檢測步驟設置第二步：布板在第一步檢測步驟設置成功后，點擊OK，精靈向?qū)崾?，點擊Next，進入第二步，開始對酶標板進行拍布。雙擊Plate Layout 下方彩色圖標進入布板界面 Type：選擇檢測孔的類型，有Empty、Blank、Assay Control、Sam

7、ple、Sample Control、Standard等可供選擇。在下拉框中選擇想要定義的孔的類型，然后在下方空白的模式96孔板中進行點擊排布。Replicates： Number輸入樣本的重復數(shù)。Horz or Vert 選擇重復樣本的排列方式，橫排還是豎排。Auto Select： Next ID 樣本編號自動遞增Next Dil 稀釋濃度自動遞增。Filling：Horz or Vert 選擇不同樣本間的排列方式，橫排還是豎排。在Standard中，除了要進行排布以外，還需要進一步輸入標準品的濃度和稀釋關系。Incr：表示每點之間多少濃度Fact：表示每點之間多少倍濃度布好的平板圖如下：

8、實驗不同酶標板的排布也不盡相同，實驗人員應按照實驗的需求對酶標板進行排布。當樣品排布好之后點擊OK，向?qū)Ь`提示這一步結(jié)束，點擊Next進入下一步。第三步：數(shù)據(jù)分析設置雙擊Data Reduction下方的彩色圖標進入數(shù)據(jù)分析設置界面，該界面為您提供Transformation、Well Analysis、Curve Analysis、Cutoff、Validation、Polarization 幾個功能模塊可供選擇。1 Transformation：雙擊 按鈕，出現(xiàn)Transformation設置界面Data In ：選擇下拉列表中選擇要進行賦值的數(shù)據(jù)，如果有多個數(shù)據(jù)需要，點擊下方 按鈕，進

9、行多重的賦值New Data Name：輸入公式計算后數(shù)據(jù)輸出所用的名稱Formula：輸入需要計算的公式，如上圖：分別讀取390和540的吸光度值，別將這兩種數(shù)據(jù)賦值為DS1和DS2，公式計算DS1/DS2，將計算值命名為Ratio。如果公式適用于所有孔，則勾選 Use single formula for all wells， 則所有的孔都進行相應的公式計算；如果只對單獨的孔進行計算，則不需勾選Use single formula for all wells，輸入公式后雙擊下方的96孔板示意圖中相應的孔，公式自動對相應孔進行計算。選擇Deference Between Rows或Defer

10、ence Between Column 可以進行行間或列間的差值計算。 Gene5同時提供了多重公式計算的功能，如果你還需要對全部的樣品或部分樣品進行公式計算，則可以再次雙擊按鈕，進行再一次的賦值計算，直到完成全部計算任務。點擊OK保存設置。2 Curve Analysis：雙擊按鈕，進入曲線分析界面Curve Name：輸入曲線的名稱Data In：選擇曲線中X、Y軸相對應的數(shù)值Curve Fit：Curve Fit Method 選擇曲線類型；X Axis Data 、Y Axis Data：選擇軸的線性關系lin 或者log；Extrapolation Factor：外推因子，對超出標準

11、濃度的樣本進行推算Data Out：Concentrations 定義計算值的名稱；Interpolations在該對話框內(nèi)。您可以定義最多25個Y值（公式、數(shù)字），其對應的X值（濃度）就會被計算出來，并顯示在標準曲線上。每次設置結(jié)束點擊OK保存設置3 Cutoff：雙擊圖標，進入臨界值設定界面Data In 選擇要進行分類的數(shù)據(jù)。Symbols 輸入分類顯示的標識。Cut-offs 輸入臨界值，臨界值可以是數(shù)字，也可以是公式或者孔符號。但是必須是升序排列。進行分類的數(shù)據(jù)首先和第一個分類的標準（1.6）進行比較，如果小于第一臨界值就表示為LOW，如果大于等于第一個臨界值則表示為“HIG”，其他

12、依次類推，可以設定不同級別的分類標準。4 Validation：雙擊圖標，進入檢驗值設置界面Validation是一系列的判斷標準，用來評估獲得的數(shù)據(jù)是否適宜進行后面的計算，Gene5可定義多達50個檢驗標準。讀板完成后，查看每個檢驗標準的檢驗情況(根據(jù)實驗結(jié)果在以下三個對話框中填入信息)：Valid Text 條件匹配 Invalid Text 條件不匹配，計算的結(jié)果可信度不高。Unable to Evaluate Text 如果選擇的數(shù)據(jù)不能確定時，可能會出現(xiàn)這種情況。設置成功后點擊OK，向?qū)Ь`提示這一步結(jié)束，點擊Next進入下一步。軟件提示你選擇對得到的結(jié)果進行何種方式的輸出，根據(jù)需要

13、進行選擇第四步 構(gòu)建報告模板雙擊按鈕進入構(gòu)建數(shù)據(jù)報告模板界面1 在左側(cè)列表中選擇要輸出的原始數(shù)據(jù)，點擊Add，添加到右側(cè)的列表欄中，點擊Remove可以移去右側(cè)列表中多選的或者不需要的數(shù)據(jù)2 選擇Header或Footer設置報告的頁眉或頁腳3 點擊按鈕，可以預覽模板4當全部設定好后，點擊OK 精靈向?qū)崾揪幊坛晒c擊Finish結(jié)束編程。第五步 保存程序點擊File Save As 選擇相應的路徑，輸入程序名稱，保存程序以上五步由向?qū)е敢瓿闪艘粋€Protocol的全部設置，這五個步驟可以根據(jù)實驗的要求進行個性化的組合，使程序的設置滿足實驗的要求第六步 進行一次實驗1 點擊工具欄中圖標，打開

14、一個新的實驗，彈出程序選擇對話框2 在相關目錄下選擇已經(jīng)保存好的Protocol，打開該Protocol3 彈出該程序所對應的檢測項目，這時如果需要改變，可以點擊上方工具欄中對應的彩色圖標，進行修改，直到滿意為止4 讀板，單擊按鈕，彈出讀板對話框，輸入相關的信息后點擊Read，開始讀板。Read 讀板Re-Read 二次讀板，將覆蓋上次的讀數(shù)結(jié)果Enter Manually 手動輸入檢測值Read From File 可以導入其它文件讀數(shù)Simulate Read 在沒有連接酶標儀的情況下模擬讀板過程和數(shù)據(jù)讀數(shù)結(jié)束點擊 File Save As 選擇相應的路徑，輸入實驗名稱，保存實驗數(shù)據(jù)通過以

15、上的設置和運行，完成了一次基本的實驗過程總結(jié)過程如下使用向?qū)Ь`進行程序編輯和讀板的全流程1 點擊向?qū)Ь`圖標2 對程序每一個步驟進行設置3 全部設定好之后，點擊Next進入下一步，程序進行校驗4 選擇File Save 保存程序，并給程序命名5 選擇File New Experiment，選擇剛才編輯好的程序，點擊OK6 選擇 Read Plate，編輯板的信息后，點擊Read，開始讀板7選擇File Save 保存Experiment，并給Experiment命名如何不通過向?qū)?，自行編寫一個Protocol點擊歡迎界面中選項，打開Gene5 程序界面File New Protocol顯示程

16、序編輯元件列表其中已經(jīng)介紹了Procedure、 Plate Layout 、Data Reduction 和Report Builder通過對這幾項的設置，我們可以完成一次完整的實驗，下面介紹一下其他元件的設置。對每一元件進行設置時，雙擊該圖標，進入編輯界面功能雙擊該圖標酶標儀在讀板時，軟件會顯示相應的板信息，在下面的對話框里手動輸入提示信息，在讀板時會自動提示。功能，創(chuàng)建導出報告模板雙擊該圖標在左側(cè)列表中選擇要輸出的原始數(shù)據(jù)，點擊Add，添加到右側(cè)的列表欄中，點擊Remove可以移去右側(cè)列表中多選的或者不需要的數(shù)據(jù)，選擇結(jié)束后點擊確定保存設置。功能，創(chuàng)建超級導出報告模板雙擊上面的圖標，Ge

17、ne5將所選擇的導出報告構(gòu)建在Excel表格中，使用者可以隨意安排報告的樣式和位置單擊Power Export Builder 工具欄每一項的下拉框，選擇要輸出的數(shù)據(jù)，單擊Excel表格中某一位置，放置表格，并設置表格的各項參數(shù)，模板設置結(jié)束后單擊工具欄中的Close，保存設置，回到主界面。功能，設計數(shù)據(jù)顯示列表雙擊上面的圖標，對話框中顯示出所有數(shù)據(jù)的表示形式選中任何一種數(shù)據(jù)顯示模式，可以對其進行添加、修改、隱藏/顯示 以及設為默認值的四種設置。設置結(jié)束后，關閉對話框，回到主界面。功能，對編輯好的程序進行設置雙擊上面的圖標，顯示對話框，在左側(cè)的下拉菜單中選擇程序需要定義的參數(shù)，在右側(cè)相應的對話

18、框中對該參數(shù)進行具體的設置。功能：為程序自帶的一種檢測跟蹤功能，對實驗的結(jié)果進行檢測，該功能取決于Gene5的運行水平，一個或多個檢測程序?qū)φ谶\行的實驗進行監(jiān)測并創(chuàng)建信息，這些信息是不能編輯和刪除的，他們是永久包含在程序或?qū)嶒炛械谋匾畔⑽募５谌翯ene5使用技巧利用數(shù)據(jù)庫中的模板程序進行編程：1 選擇File Open Protocol2 在彈出的對話框上方單擊按鈕后選擇sample文件夾3 雙擊sample文件夾，出現(xiàn)吸光、熒光和發(fā)光三種檢測模式的sample文件夾4 雙擊打開要選擇的一種檢測模式文件夾，再雙擊protocol5 選擇適合的程序類型雙擊打開，可以查看、修改和運行這個程

19、序注意：1 如果您對模板程序進行了修改，在選擇保存的時候請選擇save as，另存為其他的名稱，這樣不會將原有的程序覆蓋！ 2 如果要使用模板程序進行檢測，要事先檢驗程序的正確性 3 另外有些模板程序可能與您的酶標儀不兼容，會出現(xiàn)無法打開的情況使用屏幕教程學習如何編程Gene5 通過人性化的設計為您提供了屏幕教程，幫助快速掌握軟件的使用雙擊歡迎界面圖標，進入教程軟件在Demo下拉列表中可以選擇需要演示的內(nèi)容，點擊Start開始演示點擊工具欄可以實現(xiàn)開始、暫停、快進和后退等功能。如何將數(shù)據(jù)導入到Excel表格中在File Open Experiment中選擇打開一個實驗的結(jié)果選擇不同的數(shù)據(jù)結(jié)果，并在Data下拉框中選擇要導出的數(shù)據(jù)點擊按鈕，將當前看到的數(shù)據(jù)結(jié)果直接導入到Excel表格中。這個方法和Power Export Builder的功能不同，Power Export Builder是將所有需要導出的數(shù)據(jù)同時導入到一個Excel表格中。利用Help功能進