pymol學習筆記

1、Pymol學習筆記（一）：簡介&安裝Pymol是一個開放源碼，由使用者贊助的分子三維結構顯示軟件，由WarrenLyfordDeLano編寫，并且由DeLanoScientificLLC負責商業(yè)發(fā)行。Pymol被用來創(chuàng)作高品質的分子（特別是生物大分子如蛋白質）三維結構。據(jù)軟件作者宣稱，在所有正式發(fā)表的科學論文中的蛋白質結構圖像中，有四分之一是使用Pymol來制作的。Pymol名字的來源："P費示該軟件基于python這個計算機語言，"Mo則是英文分子（molucule）的縮寫，表示該軟件用來顯示分子結構。由于實驗需要，本人正在學習該軟件，在這里把學習過程記錄下來，希

2、望對有需要的朋友有所幫助。今天先來說說安裝吧。自2006年8月1日起，DeLanoScientific對事先編譯好的PyMOL執(zhí)行程序（包括beta版）采取限定下載的措施。目前，只有付費用戶可以取得。不過源代碼目前還是可以免費下載，供使用者編譯。如果你和我一樣，不想為此花錢的話：1. 如果你是Windows用戶，首先下載Pymol的源代碼。然后安裝CygWin，并且確保正確安裝以下模塊：?C+（gccorg+packagename）?Python?opengl?png然后在源代碼目錄里面依次運行：2. 如果你是Linux用戶，首先確保以下東東已安裝：?Python?Pmw?OpenGLdriv

3、er（我用的是NVdia）?libpng?Subversionclient（下載源代碼需要）然后下載Pymol的源代碼$mkdirpymol-src$svncopymol-src然后進入源代碼目錄# cdpymol-src開始依次編譯# pythonsetup.pyinstall# pythonsetup2.pyinstall拷貝執(zhí)行腳本到某個$PATH,安裝就搞定了# cp./pymol/usr/bin如果運行時得到錯誤信息"ImportError:NomodulenamedPmw",那么你應該運行# pythonsetup2.pyinstallpmw如果你在使用Gent

4、oo,請確保編譯python時添加了tcl/tk支持，否則運行是會提示錯誤"ImportError:Nomodulenamedtkinter"#USE="tcltk"emergepython好了，下面我們就可以進入Pymol的世界了。Pymol學習筆記（二）：基本的鼠標操作這里主要介紹一下Pymol的基本操作，包括窗口菜單、加載文件、圖像的基本鼠標操作等等當你打開Pymol后，你將會看到如下圖所示的界面：ThePyMOLMolecularGFaptilc&Systemme.dtEhMMovieotsfiavseitmq3cgMMausewizar

5、dFtuqmti電中MfALbEh.IXFiShML兩13H'rtJL尸WBSj&pctEUBilipt1酬.*5u111111s5”.!VUfwkf1i：“，t&R品川.*)"Fntw"7】pT，.3,LL-tof蟲一不EtiLm"1"">pm*ndar»"i1*I'ar_3n-a-»*£jsm-ari.p*uLynuQa-ridL,MatEG(&i才trme/口t*,jggle-ktKE*11小尸n于中一1y.MdaFt-arct：DeFor匚呼iarct

6、>are+PyMULViewerNOTICE. D-rLa C SLlei4!r . L1C 1“ 忱：附爆' f 'uh stipirtiiiyMfigi thi u種W7制 PyHQL * £*85口卓呂WB,DO NOT fffl r UPON THIS BUILD UWLd抬 IfOU 用AhOW AMD CAN RELY。戶。用'ME 產片 TF TAY tOHPlUD fTFOft YOU!Open-SourcePyMOLIN1.1.xio cb1»lH 0*ftelii Pr*IQL bulidft MMitb m0in(e<

7、;wrbcc .ntf ii>ppwt, pledge wl->li Ch。iprlwt ea pii-gw irt: "，： 3 口. niu .o-r中Tm p«n &*ura X-|miC|L -st11H=« cad& ir -crr src js1* cib f cMLy ns* i.nd i.Lft,' It. a lii q ” |<*j JuH '1. i Idj * i j m*_i9w aiiT ijif I la Gf FM 依jpan uc-urs*-r _ up!<j a-T-t -

8、 mt-«v-'J- SBn be. 1,. _*_w ir 3：t> T061 -IM t : : il i . hut - f it： lu &上二 ，i 吧U S ,* |TT 5JB-uili dm .JUl 9 aK! 口>ja*J.* L v nrirc. Aapnr K»ak f Jfl « JSbj W WJ nA '»! » n-JL f Isd-W電 :» MAta * I r«M ，n* d I hjit：1-EriiM鼻上 l a *工1*1,1； IrflW-t

9、fifl|熱 kMVfr, HIpiGb一溜 l 皿 §“ 爪0己<演2h£ hrt kc- 1 Tvpiw ut4 七上 art k ?tJi Ll-ja豆中tfhk J n* 彳rw 工$感 jm ri44i rarjiL 一再-ni -e 工：-、 n HMh* FA»M «SFk. d- 野，LiflrLwe iiPLdTl-lilidi LLt' U,um<d iv 叱工<«« spirt： la rx fcfnc wg班wka 5);二 cv vf 七 Jmtku-h miikm imiiEiir

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11、Lm e R>Uh£tE itfiUlf >Tf .'KF: LEt-LTl FfllM 1OU"'*"- MMMBU * 彳 4|縣 '1» 彳t f uh|*N mim bzcr iwrymtF iicnati- n zonEcnca *etm tbsMia. §! PEWijRtaUKli M TNIV GvHTVM*sin?i"3,v c ra-rianrh ct ：«L«.a* Fc= o.c xf lc IiL£ E rl,rrt i,*Mft.'V

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13、LChnl QIUlv il ISTak>4J拈 QA g43：IU-1-l1BI 血 2UJ 的心 FjJ： !硯 W- 3：Trww.dela nas-tlfi ntlflc.CGO'i7口一營q 1Tkd曰 "-pulUcn vl UuTha.i-'ifi L M RG -d Rots Tq#曰 MwE+Da>- -Bax 匚1二 F,L 1 */- PkAt OKI、"th Se-2 Ori.a El i p :4 1L - k /二 L'l I Ider u nHT：h Hmu PhAt該界面分為2窗口，上面的外部GUI窗口（E

14、xternalGUI）和下面的ViewerWindow。ViewerWindow又分為左右兩塊，左邊用來顯示結構圖像的（Viewer）,右邊則是一個內部GUI窗口（InternalGUI）。Viewer自身包含一個命令行（如圖中左下方的PyMOL提示符），可以用來輸入Pymol命令；在InernalGUI中則可以選定一些特定的對象并完成一些操作。ExternalGUI復制、剪切和粘貼操作則包含一個標準菜單、一個輸出區(qū)、一個命令行輸入?yún)^(qū)以及右邊的一些常用命令按鈕。請注意，標準的只能在ExternalGUI中完成，并且必須使用Ctrl+C、Ctrl+X以及Ctrl+V'來完成，這也是這個所

15、謂的外部GUI的最重要的優(yōu)點。加載文件，有二種方法:1.在ExternalGUI中選擇FileOpen2.使用命令行:load<>例如我們現(xiàn)在從上下載了一個離子通道蛋白的pdb文件（PENTAMERICLIGANDGATEDIONCHANNELFROMERWINIACHRYSANTHEMI),名字為2Vl0.pdb,然后用pymol打開它:load2vl0該蛋白質的結構就被顯示出來啦，如下圖:基本的圖像操作是不是覺得上面的那個三維結構圖看起來亂七八糟的阿，那是因為蛋白質分子都是由成千上萬個原子組成的，而Pymol打開pdb文件時是默認把所有的原子都顯示在那個小小的Viewer窗口里

16、面的，當然看起來就很亂了。這時候就需要我們對這個圖像進行一些操作，來得到漂亮的清晰的蛋白質三維結構圖先說說鼠標吧。?任意旋轉圖像：對準圖像的任意處點住鼠標左鍵然后移動鼠標。?放大/縮小圖像：對準圖像的任意處點住鼠標右鍵然后移動鼠標：向上是縮小，向下則是放大。?移動圖像：對準圖像的任意處點住鼠標中鍵或者滾輪，然后移動鼠標。?設定圖像旋轉中心：Ctrl+Shift+鼠標中鍵或滾輪。?移動剪切平面：Shift標鼠標右鍵。鼠標上下移動：調整前剪切平面（離你近的）；鼠標左右移動：調整后剪切平面（離你遠的）。最后一項移動剪切平面”有點不容易理解，需要多試幾次。配合下面的示意圖你會發(fā)現(xiàn)Pymol的這項設定其

17、實很方便。Movefrontclippingplane inwardExpandawedgekl/>ve back dipping _Shift +plane cutward <Kight dick/|Move wedge outward*Move front clipping plane outwardMove inward/Move back clipping plane inward、Shrinkwodgo今天沒時間了，明天還要出遠門，就學到這里吧，用下面這個圖作為結束，其實就是用cartoon的形式顯示了上面的那個蛋白質,不過還比較難看。Pymol學習筆記（三）：基礎Pym

18、ol命令這里主要介紹一下Pymol的一些基本命令操作。就像Linux一樣，要想更好的操作Pymol,掌握一些常用的命令是必不可少白Pymol是區(qū)分大小寫的，不過目前為止Pymol還是只用小寫，所以記住，所有的命令都是使用小寫字母的。當你開始用Pymol來完成一個項目時，你也許想會讓Pymol自動保存你所有輸入過的命令，以方便日后你再次讀取并修改。這個可以通過創(chuàng)建一個10g文件來達到，該文件的后綴名應為.pml,記住，Pymol像Linux一樣支持Tab鍵命令補全：Pymol>log_openlog-如果你想終止記錄，只需要鍵入：Pymol>log_close好了，現(xiàn)在載入pdb文件

19、（繼名II前用的pdb文件）：Pymol>load2vlo.pdb現(xiàn)在Pymol就創(chuàng)建了一個叫2vlo的對象，你可以在內部GUI窗口里面看見這個項目的名字。但是你也可以自己定義該項目的名字（如test）Pymol>load2vlo.pdb,test下面說說如何來操作你新建的對象。首先：Pymol>showrepresentationPymol>hiderepresentation其中representation可以為：cartoon,ribbon,dots,spheres,surface和mesh使用這2個命令可以讓Pymol以不同的方式顯示蛋白質結構。例如當我們鍵入：

20、Pymol>hidelinesPymol>showribbon我們將得到如下結果:也許你已經注意到結構中有2個一模一樣的蛋白質分子，只是方向不同而已，那么如何讓Pymol只顯示當中的一個分子呢？首先輸入如下命令:Pymol>labelall,chains這個命令的作用是讓Pymol給蛋白質結構中的鏈”編號，你會發(fā)現(xiàn)，第一個分子由鏈”卜E組成，第二個則由F-J組成好了，如果我們想把一個蛋白質分子去掉，那么只要把鏈”卜E或者F-J去掉即可：Pymol>hideribbon,chainf+g+h+i+j上面的東東還可以這樣完成：Pymol>selecttest,chai

21、nf+g+h+i+jPymol>hideribbon,test上面的第一句命令的作用是選擇鏈”卜J,并命名為test,然后在第二句命令中隱藏它。這樣做的好處是，一旦你選擇并命名了某個目標，你可以在后面隨時對它進行各種操作。并且你在右邊的控制面板里面也可以看到你選定的目標，并可以對其進行操作。比如你可以:Pymol>hideeverything,testPymol>showcartoon,test這樣你會得到:pMn>說到這里就提到了Pymol的一個比較重要的東東，就是選擇并命名目標，它的基本語法就是:Pymol>selectselection-name,selec

22、tion-expression其中名字可以由字母A/a-Z/z,數(shù)字09已經下劃線_組成，但是要避免使用：!#$%人&*()'"|'<>?/如果你要刪除你選定的目標或者整個對象，你可以：Pymol>deleteselection-namePymol>deleteobject-name下面講講如何給對象以及目標改變顏色。預定義的顏色名字可以在外部GUI窗口的SettingsColors中找至U：Pymol>colorcolor-namePymol>colorcolor-name,selection-expression比如我們

23、可以：Pymol>colorred,sshPymol>coloryellow,sssPymol>colorgreen,ssl+""其中“ssR:表secondarystructure,"hR;表Helix,“玳表Betasheet,l+"”代表Loop和所以其他結構。這3句的作用分別是把所有的Helix變成紅色；把所有的Betasheet變成黃色；把所有的Loop以及其他部分變成綠色，于是我們得到:PyMOL WieVfDITZVLO« r SLCB，一1|Hr-Vu-' Clip Fkl Cl Lp 卜1”u Pk

24、ArLr i - 丁J rtWAQ Love EMHMPymol可以同時才T開多個pdb文件:Pymol>loadobject-name-1.pdbPymol>loadobject-name-2.pdb如果你想暫時關閉/打開某個對象，可以這樣：Pymol>disableobject-name-1Pymol>enableobject-name-1你也可以用disable命令去除最后一個選擇的目標上出現(xiàn)的粉紅色的小點，但是該命令并不會使你選定的目標不可見。Pymol>disableselection-name使用鼠標通常是改變圖像視角的最方便的辦法，不過命令如zoom

25、,orient等等有時候使用起來也是很有用的，它們提供了另一種改變圖像視角的辦法。放大選定目標：Pymol>zoomselection-name定向選定目標，可以使選定目標最大的尺寸水平顯示，次大的尺寸豎直顯示:Pymol>orientselection-name你也可以用view命令保存你目前的視角，注意，該命令只保存視角，并不保存你的對象顯示方式：Pymol>viewkey,action其中“key是你隨便給當前視角定的名字，“action可以為：store或者recall如如果不加任何“action,”則默認為recall：Pymol>viewv1,storePy

26、mol>viewv1,recallPymol>viewv1說了這么多，最后說說如何保存文件吧。Pymol有3個層面的保存方式，下面來分別說說。1. 使用log_open命令把你所有使用過的命令記錄為一個文本文檔：Pymol>log_openscript-這樣以后當你再次調用該文檔時，Pymol將執(zhí)行上面的所有命令：Pymol>script-不過注意，如果你想記錄當前視角，則必須使用get_view命令。你可以選擇外部GUI窗口中的FileAppend/Resume/CloseLog來分別暫停記錄/恢復記錄/停止記錄該文檔。你可以隨時編輯該文檔。在linux下，該文檔的默

27、認保存目錄為當前用戶的home目錄。2. 如果你想下次打開Pymol時直接回到當前所在的狀態(tài)，那么你可以選擇外部GUI窗口里面的FileSaveSession,創(chuàng)建一個會話文件（.pse）該會話文件和上面提到的文檔文件的區(qū)別在于，首先文檔文件可以編輯，但會話文件不可以；記錄文檔文件前必須先運彳flog_open命令，而會話文件可以隨時創(chuàng)建；最后文檔文件以文檔形式運行（）,而打開會話文件則必須選擇外部GUI窗口中的FileOpen。什么時候需要創(chuàng)建會話文件呢？比如當你在某時有多個選擇時，你可以保存當前狀態(tài)，然后一一嘗試這些選擇，不滿意時只需要重新打開該會話文件即可。也就是說創(chuàng)建會話文件起到了“u

28、ndo的作用，這正是Pymol所缺少的。希望開發(fā)者能趕快加入該功能，那么這個會話文件好像就沒什么大用了，呵呵。3. 如果你覺得當前顯示窗口里面顯示的結構圖像已經滿足你的要求了，你可以把它保存為圖片。在這之前你可以使用ray命令來優(yōu)化你的圖像，它可以使你的圖像具有三維的反射及陰影特效：Pymol>rayPymol>pngyour_path/image_name最后就用該命令導出的圖片結束這次筆記吧OPymol學習筆記（四）：Pymol命令的語法與目標選擇的表達上次介2g一些Pymol的基本命令?，F(xiàn)在來具體說說Pymol命令的語法，還有在選擇操作目標應該如果表達。個人覺得這部分內容對學

29、習Pymol來說是至關重要的。從上次講的一些例子中不難看出，Pymol的命令都是由關鍵詞（keyword）加上一些變量（argument）組成，格式如下：Pymol>keywordargument其中關41詞（keyword）當然是必須的，而變量則不是必須的，比如退出命令quit就不需要附加變量：Pymol>quit當然更多的命令通常是需要加變量的，比如放大命令zoom,但是你會發(fā)現(xiàn)即使你不加任何變量該命令也可以被執(zhí)行，這是因為Pymol的許多命令有一個默認變量，下面兩個命令的作用是一樣的，其中的目標選擇all就是zoom的默認變量：Pymol>zoomPymol>zo

30、omall還有些命令可以帶多個參數(shù)，比如加色命令color,它的用法如下：Pymol>colorcolor-namePymol>colorcolor-name,selection-expression第一個color雖然只帶一個變量"color-name",但其實它包含了第二個默認變量all,所以它的作用是把整個結構變成"color-name"的顏色。第二個color帶兩個變量，和第一個的區(qū)別就是把默認的目標選擇變量all變成了"selection-expression",也就是說只有被這個變量選中的部分才會被變成“col

31、or-name”定義的顏色。要注意的是，如果一個命令帶多個變量，則這些變量之間必須用逗號”,"隔開。通過這個例子，大家可以發(fā)現(xiàn)，有些變量本身是很簡單的，比如“color-name”,就是一個顏色名字而已，沒什么復雜的。另一些則不一樣，比如"selection-expression",它可以很簡單，也可以非常的復雜。這個東東，我稱之為選擇表達，對Pymol命令的使用非常重要，所以下面要詳細的講一下選擇表達(selection-expression)表示的實際就是一些被選中的部分，它們可以是一些個原子，一些個Helix,一些個Betasheet,或者它們的混合物。你可

32、以給你的選擇表達起個名字，以便可以多次使用它們。名字可以由大小寫字母，數(shù)字以及下劃線_組成，但是因避免使用下列符號：!#$%人&*()'"|'<>?/選擇表達由所謂的"selector"加上"identifier"組成，其中"selector"定義了某類屬性，而"identifier"則在該類屬性下需要被選擇的部分。如下例：Pymol>selecttest,namec+o+n+ca其中"name"就是一個selector,它表示在pdb文件中描

33、述的原子的名字；"c+o+n+ca"則是對應的"indentifier",它表示我們要選擇pdb文件中名字叫"ca+cb"的原子(ca代表alphacarbon,cb代表betacarbon')。整個語句的作用就是選擇上訴的原子并命名為"test",這樣我們可以在后面繼續(xù)使用它。下表列出了大多數(shù)的selector：Selector簡寫Identifier及例子symbole.chemical-symbol-list周期表中的元素符號Pymol>selectpolar,symbolo+nnamen.at

34、om-name-listpdb文件中的原子名字Pymol>selectcarbons,nameca+cb+cg+cdresnr.residue-name-list氨基酸的名字Pymol>selectaas,resnasp+glu+asn+glnresii.residue-identifier-listpdb文件中基團的編號Pymol>selectmults10,resi1+10+100residue-identifier-rangePymol>selectnterm,resi1-10altaltalternate-conformation-identifier-list

35、一些單字母的列表，選擇具有2種構型的氨基酸Pymol>selectaltconf,alta+bchainc.chain-identifier-list一些單字母或數(shù)字的列表Pymol>selectfirstch,chainasegis.segment-identifier-list一些字母（最多4位）的列表Pymol>selectligand,segiligflagf.flag-nummer一個整數(shù)（031）Pymol>selectf1,flag0numeric_typent.type-nummer一個整數(shù)Pymol>selecttype1,nt.5text_ty

36、pett.type-string一些字母（最多4位）的列表Pymol>selectsubset,tt.HA+HCididexternal-index-number一個整數(shù)Pymol>selectidno,ernal-index-number一個整數(shù)Pymol>selectintid,index23sssssecondary-structure-type代表該類結構的單字母Pymol>selectallstrs,ssh+s+l+""下表是另一些Selector,有關比較的:Selector簡寫Identifier及例子b

37、bcomparison-operatorb-factor-value一個實數(shù)，用來比較b-factorPymol>selectfuzzy,b>12qqcomparison-operatoroccupancy-value一個實數(shù)，用來比較occupancyPymol>selectlowcharges,q>0.5formal_parison-operatorformalcharge-value一個整數(shù)，用來比較formalchargePymol>selectdoubles,fc.=-1partial_parison-op

38、eratorpartialcharge-value一個實數(shù)，用來比較partialchargePymol>selecthicharges,pc.>-1另外有一些Selector是不需要Identifier的，它們被列在下表中:Selector簡寫描述all*所有當前被Pymol加載的原子nonenone什么也不選hydroh.所有當前被Pymol加載的氫原子hetatmhet所有從蛋白質數(shù)據(jù)庫HETATM記錄中加載的原子visiblev.所有在被可見”的顯示的對象中的原子presentpr.所有的具有定義坐標的原子在Identifier中用到的原子以及氨基酸的命名規(guī)則可以在下面的網(wǎng)

39、址中找到:在選擇表達中，selector還可以配合邏輯操作子(logicaloperator)使用，這樣我們可以表達更加復雜的選擇。這些操作子被列于下表中：Operator簡寫效果與例子nots1!s1選擇原子彳a不包括s1中的Pymol>selectsidechains,!bbs1ands2s1&s2選擇。在s1又在s2中的原子Pymol>selectfar_bb,bb&farfrm_tens1ors2s1|s2選才ss1或者s2中的原子(也就是包含全部的s1和s2原子)Pymol>selectall_prot,bb|sidechains1ins2s1ins

40、2選擇s1中的那些原子，其identifiers(name,resi,resn,chain,segi)全部符合s2中對應的原子Pymol>selectsame_atom,peptinprots1likes2s1l.s2選擇si中的那些原子，其identifiers(name,resi)符合s2中對應的原子Pymol>selectsimilar_atom,peptlikeprots1gapXs1gapX選擇那些原子，其vanderWaals半徑至少和si的vanderWaals半徑相差XPymol>selectfarfrm_ten,resii0gap5s1aroundXs1a.

41、X選擇以si中任何原子為中心，X為半徑，所包括的所有原子Pymol>selectnear_ten,resii0around5s1expandXsie.X選擇以si中任何原子為中心，X為半徑，然后把si擴展至該新的范圍所包含的所有原子Pymol>selectnear_ten_x,neari0expand3s1withinXofs2s1w.Xofs2選擇以s2為中心，X為半徑，并包含在si中的原子Pymol>selectbbnearten,bbw.4ofresii0byress1br.si把選擇擴展到全部residuePymol>selectcomplete_res,br.

42、bbneari0byobjects1bo.si把選擇擴展到全部objectPymol>selectnear_obj,bo.near_resneighbors1nbr.si選擇直接和si相連的原子Pymol>selectvicinos,nbr.resii0這些邏輯選擇還可以組合使用。比如你想選擇chainb，但是不選擇其中的residue88:Pymol>selectchainband(notresi88)在使用多重邏輯選擇時，為了讓Pymol正確處理順序，請使用括號，這樣最里層括號里面的內容將會被最先處理，以此類推。好了，目標選擇就先說到這里。其實關于目標選擇還有所謂的宏&#

43、39;可以用，可以簡化表達式，準備下次說說。Pymol學習筆記(五)：Pymol的選擇宏上次具體講了如何在Pymol中怎么用selection-expression選取目標，其實在某些情況下，還可以用Pymol提供的宏來選擇操作目標。使用這個選擇宏往往可以是一個原本很復雜的表達變得簡單緊湊。例如我們想選擇2Vlo這個pdb文件中的"chaina"中的第100個基團的a炭原子，如果用selection-expression來表達的話是這樣：Pymol>selectchainaandresi100andca如果用宏的，可以這樣:Pymol>selecta/100/c

44、a是不是覺得簡單了很多。好了，下面就來詳細講講這個宏吧。因為這個宏是用來選擇目標的，所以我稱之為選擇宏，它用斜杠"/"來定義Identifier,并且它使用上次介紹過的邏輯操作子"and”。一個完整的，按順序的選擇宏的表達如下：/object-name/segi-identifier/chain-identifier/resi-identifier/name-identifier之所以說選擇宏是有順序的，是因為Pymol就是靠順序判斷每個斜杠后面的東東都是什么東東。如果再細分一下的話，其實這個選擇宏有2種寫法，一個是帶開頭的斜杠，另一個是不帶開頭斜杠。區(qū)別是：如果

45、不以斜杠開頭，那么Pymol則認為你的表達式的最后一項就是選擇宏的末尾的最后一項，也就是name-identifiero例如：Pymol>showlines,a/100/caPymol>showlines,100/ca如過以斜杠開頭，那么Pymol就認為你是從選擇宏的表達式的頂端開始的，也就是從/object-name開始的。例如：Pymol>zoom/2vl0/a/100/caPymol>zoom/2vl0/a/100細心的讀者肯定發(fā)現(xiàn)了上面的例子中有兩道斜杠中間什么內容也沒有，不會是寫錯了吧？當然不是，其實在這種情況下Pymol會默認選擇這個兩道斜杠中被省略的Ide

46、ntifier列表中的全部元素，也就是說被省略的部分被Pymol當作了一個通配符。例如上例中我要選擇全部的"segment",所以我就把它給省略不寫了，呵呵，方便吧。在舉些例子來說明一下：Pymol>colorgreen,a/142/斜杠后面的“name-identifier”被省略了，所以第142號基團的素有原子都會變成綠色。Pymol>shwocartoon,a/a斜杠后面的"resi-identifier”以及最后斜杠后面的"name-identifier”被省略了，所以整個a鏈將以cartoon的方式被顯示。Pymol>zoom

47、/2vl0/b2個斜杠間的“segi-identifier"被省略，所以所有的b鏈將被放大。最后總結一下，Pymol的選擇宏必須至少包含一個斜杠"/",以此來和Pymol的"select-expression"區(qū)分；并且不能包含空格，因為Pymol是把宏作為一個詞來讀取的；還有就是其實Pymol在執(zhí)行宏的時候首先是把它翻譯成正常的"select-expression",然后再執(zhí)行的。Pymol學習筆t己(六)：關于cartooncartoon經常被用來顯示一個蛋白質的總體結構，看起來也很漂亮。這次就來說說它的具體用法。不久前

48、本人剛才定了一個Glucosyltransferase的結構，所以下面所有的例子都用來它來說明。cartoon的命令格式如下：Pymol>cartoontype,(selection)總結一下cartoon的顯示類型：automatic:默認的顯示方式looptube:比loop粗,電putty:這個比較有趣，按照R-factor來顯示，越高越粗ovalrectanglearrow：和rectangle幾乎一樣，就是多了個箭頭dumbbell:在oval的基礎上，在helix的邊緣加上一個cylinderskip,隱藏，該圖中隱藏了6120號氨基酸。下面說說如何設置cartoon的一些具

49、體細節(jié)。比較下面的2幅圖:你會發(fā)現(xiàn)第一張圖中sheets是平的，而當中的那個氨基酸的支鏈并沒連接在sheet上，這是因為為了顯示的漂亮，把sheet人為的抹平了。而第二張圖中的sheets則表達了蛋白質的真實走向，所以氨基酸的支鏈也顯示正常。也就是說，如果你想表達某個局部的具體細節(jié)的時候，最好采用第二張圖中的顯示方式。2張圖對應的命令分別是：Pymol>setcartoon_flat_sheets,1Pymol>setcartoon_flat_sheets,0類似的命令對應于100P,就不舉例子了：Pymo1>setcartoon_smooth_1oops,1Pymo1>

50、;setcartoon_smooth_1oops,0下面再說說cartoon尺寸Helix的厚度和寬度：Pymol>setcartoon_oval_width,0.2Pymol>setcartoon_oval_length,1.5sheet的厚度和寬度：Pymol>setcartoon_rect_width,0.5Pymol>setcartoon_rect_length,1.5loop的半徑：Pymol>setcartoon_loop_radius,0.2如果你設置了cartoon的顯示風格為fancyPymol>setcartoon_fancy_helic

51、es,1Pymol>setcartoon_fancy_sheets,1這樣你彳#到的helix的邊上會帶有一個很細的cylinder,也就是上面幾張圖中的顯示方式。此時設置helix的厚度，寬度，以及這個cylinder的半徑分別是：Pymol>setcartoon_dumbbell_width,0.1Pymol>setcartoon_dumbbell_length,2Pymol>setcartoon_dumbbell,0.2依此類推，還可以設置和putty,tube等等顯示類型相關的尺寸，就不一一類舉了。最后再加幾個還用的著的命令吧：上色：Pymol>setca

52、rtoon_color,green竟然還可以refine,呵呵，逗號后面可以接數(shù)字，好像1-20都可以，數(shù)字越大優(yōu)化的越大，感覺的確能變漂亮點:Pymol>setcartoon_refine,20設置透明：Pymol>setcartoon_transparency,0.5關于cartoon還有些命令，感覺不怎么常用，有些我也不知道是干什么的。有興趣再研究吧。Pymol學習筆記(七)：關于label在顯示一個蛋白結構的某個細節(jié)的時候，常常會需要給某些重要的氨基酸打上標簽，這就需要用到label命令。label的命令格式如下：Pymol>labelselection,expres

53、sionselection當然就是你要加標簽的對象，expression就是標簽的內容，可選的有：name,resn,resi,chain等等。你也可以組合使用它們。expression也可以是你自定義的一段內容，這時候只要把內容用引號包含起來就行：Pymol>labelselection,"user-definedexpression"在下面這個例子中，我想把glucosyltransferase中UDP-Glucose的bindingpocket標注出來：首先說明一下，該pdb文件中A鏈是蛋白質，B鏈是UDP-Glucose。Pymol>loadglucos

54、yltransferase.pdb,tmpPymol>extractupg,chainbPymol>extractpro,chainaPymol>deletetmpPymol>selectnear,prowithin4.5ofupgPymol>hideallPymol>showsticks,upgPymol>showlines,nearPymol>labelnear,("%s/%s")%(resn,resi)#("%s/%s"):設定顯示格式。上面的圖看起來有點亂，因為默認Pymol在每個原子上都打上了標簽

55、。要想看起來順眼點，需要一點加工在這之前，讓我們先看一下關于label的其他設置:投影模式，可選值0（無投影），1（object有投影到label上，但是label本身無投影），2（object有投影到label上，label也有投影），3（object不投影到label上，label本身有投影）：Pymol>setlabel_shadow_mode,3文字顏色：Pymol>setlabel_color,color-name,selection標簽文字的輪廓的顏色，這樣就讓在例如白色背景上加白色標簽成為了可能：Pymol>setlabel_outline_color,colo

56、r-name,selection字體，pymol內置了12種字體，編號從516。15號和16號字體是Unicode的:Pymol>setlabel_font_id,5字體大小，如果為正值，則單位就是正常的pxo你也可以用負值，則單位是Pymol>setlabel_size,-0.5Pymol>setlabel_size,4設置label位置，用下列命令可以設置label離默認位置的三維偏移值，在需要給spheres加標簽的時候有用:Pymol>setlabel_position,(x,y,z)最后說說怎樣用單個字母標注氨基酸。首先$HOME/.pymolrc中加入：#

57、start$HOME/.pymolrcmodificationsingle='VAL':'V','ILE':T,'LEU':'L','GLU':'E','GLN':'Q'八'ASP':'D','ASN':'N','HIS':'H','TRP':W,'PHE':'F','TYR':'Y&#

58、39;,'ARG':'R','LYS':'K','SER':'S','THR':T,'MET':'M','ALA':'A'八'GLY':'G','PRO':'P','CYS':'C'# endmodification用法，用singleresn代替resn：Pymol>labeln.CGandi.230+246,singleresn下面是改進過的圖片:是不是看起來好多了，下面是具體的代碼，其中關于電子密度圖的設置請見下一節(jié):Pymol>selectnear,resi139+229+230+233+246+499+519+520Pymol>ascartoon,proPymol>鼠標操作：顯示near的sidechainPymol>set_colorgrey1,224,224,224Pymol>setcartoon_color,grey1Pymol>setcartoon_transparency,0.3Pymol>setcart