pymol學(xué)習(xí)筆記

1、Pymol學(xué)習(xí)筆記（一）：簡(jiǎn)介&安裝Pymol是一個(gè)開(kāi)放源碼，由使用者贊助的分子三維結(jié)構(gòu)顯示軟件，由WarrenLyfordDeLano編寫(xiě)，并且由DeLanoScientificLLC負(fù)責(zé)商業(yè)發(fā)行。Pymol被用來(lái)創(chuàng)作高品質(zhì)的分子（特別是生物大分子如蛋白質(zhì)）三維結(jié)構(gòu)。據(jù)軟件作者宣稱(chēng)，在所有正式發(fā)表的科學(xué)論文中的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)圖像中，有四分之一是使用Pymol來(lái)制作的。Pymol名字的來(lái)源："P費(fèi)示該軟件基于python這個(gè)計(jì)算機(jī)語(yǔ)言，"Mo則是英文分子（molucule）的縮寫(xiě)，表示該軟件用來(lái)顯示分子結(jié)構(gòu)。由于實(shí)驗(yàn)需要，本人正在學(xué)習(xí)該軟件，在這里把學(xué)習(xí)過(guò)程記錄下來(lái)，希

2、望對(duì)有需要的朋友有所幫助。今天先來(lái)說(shuō)說(shuō)安裝吧。自2006年8月1日起，DeLanoScientific對(duì)事先編譯好的PyMOL執(zhí)行程序（包括beta版）采取限定下載的措施。目前，只有付費(fèi)用戶(hù)可以取得。不過(guò)源代碼目前還是可以免費(fèi)下載，供使用者編譯。如果你和我一樣，不想為此花錢(qián)的話(huà)：1. 如果你是Windows用戶(hù)，首先下載Pymol的源代碼。然后安裝CygWin，并且確保正確安裝以下模塊：?C+（gccorg+packagename）?Python?opengl?png然后在源代碼目錄里面依次運(yùn)行：2. 如果你是Linux用戶(hù)，首先確保以下東東已安裝：?Python?Pmw?OpenGLdriv

3、er（我用的是NVdia）?libpng?Subversionclient（下載源代碼需要）然后下載Pymol的源代碼$mkdirpymol-src$svncopymol-src然后進(jìn)入源代碼目錄# cdpymol-src開(kāi)始依次編譯# pythonsetup.pyinstall# pythonsetup2.pyinstall拷貝執(zhí)行腳本到某個(gè)$PATH,安裝就搞定了# cp./pymol/usr/bin如果運(yùn)行時(shí)得到錯(cuò)誤信息"ImportError:NomodulenamedPmw",那么你應(yīng)該運(yùn)行# pythonsetup2.pyinstallpmw如果你在使用Gent

4、oo,請(qǐng)確保編譯python時(shí)添加了tcl/tk支持，否則運(yùn)行是會(huì)提示錯(cuò)誤"ImportError:Nomodulenamedtkinter"#USE="tcltk"emergepython好了，下面我們就可以進(jìn)入Pymol的世界了。Pymol學(xué)習(xí)筆記（二）：基本的鼠標(biāo)操作這里主要介紹一下Pymol的基本操作，包括窗口菜單、加載文件、圖像的基本鼠標(biāo)操作等等當(dāng)你打開(kāi)Pymol后，你將會(huì)看到如下圖所示的界面：ThePyMOLMolecularGFaptilc&Systemme.dtEhMMovieotsfiavseitmq3cgMMausewizar

5、dFtuqmti電中MfALbEh.IXFiShML兩13H'rtJL尸WBSj&pctEUBilipt1酬.*5u111111s5”.!VUfwkf1i：“，t&R品川.*)"Fntw"7】pT，.3,LL-tof蟲(chóng)一不EtiLm"1"">pm*ndar»"i1*I'ar_3n-a-»*£jsm-ari.p*uLynuQa-ridL,MatEG(&i才trme/口t*,jggle-ktKE*11小尸n于中一1y.MdaFt-arct：DeFor匚呼iarct

6、>are+PyMULViewerNOTICE. D-rLa C SLlei4!r . L1C 1“ 忱：附爆' f 'uh stipirtiiiyMfigi thi u種W7制 PyHQL * £*85口卓呂WB,DO NOT fffl r UPON THIS BUILD UWLd抬 IfOU 用AhOW AMD CAN RELY。戶(hù)。用'ME 產(chǎn)片 TF TAY tOHPlUD fTFOft YOU!Open-SourcePyMOLIN1.1.xio cb1»lH 0*ftelii Pr*IQL bulidft MMitb m0in(e<

7、;wrbcc .ntf ii>ppwt, pledge wl->li Ch。iprlwt ea pii-gw irt: "，： 3 口. niu .o-r中Tm p«n &*ura X-|miC|L -st11H=« cad& ir -crr src js1* cib f cMLy ns* i.nd i.Lft,' It. a lii q ” |<*j JuH '1. i Idj * i j m*_i9w aiiT ijif I la Gf FM 依jpan uc-urs*-r _ up!<j a-T-t -

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13、LChnl QIUlv il ISTak>4J拈 QA g43：IU-1-l1BI 血 2UJ 的心 FjJ： !硯 W- 3：Trww.dela nas-tlfi ntlflc.CGO'i7口一營(yíng)q 1Tkd曰 "-pulUcn vl UuTha.i-'ifi L M RG -d Rots Tq#曰 MwE+Da>- -Bax 匚1二 F,L 1 */- PkAt OKI、"th Se-2 Ori.a El i p :4 1L - k /二 L'l I Ider u nHT：h Hmu PhAt該界面分為2窗口，上面的外部GUI窗口（E

14、xternalGUI）和下面的ViewerWindow。ViewerWindow又分為左右兩塊，左邊用來(lái)顯示結(jié)構(gòu)圖像的（Viewer）,右邊則是一個(gè)內(nèi)部GUI窗口（InternalGUI）。Viewer自身包含一個(gè)命令行（如圖中左下方的PyMOL提示符），可以用來(lái)輸入Pymol命令；在InernalGUI中則可以選定一些特定的對(duì)象并完成一些操作。ExternalGUI復(fù)制、剪切和粘貼操作則包含一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)菜單、一個(gè)輸出區(qū)、一個(gè)命令行輸入?yún)^(qū)以及右邊的一些常用命令按鈕。請(qǐng)注意，標(biāo)準(zhǔn)的只能在ExternalGUI中完成，并且必須使用Ctrl+C、Ctrl+X以及Ctrl+V'來(lái)完成，這也是這個(gè)所

15、謂的外部GUI的最重要的優(yōu)點(diǎn)。加載文件，有二種方法:1.在ExternalGUI中選擇FileOpen2.使用命令行:load<>例如我們現(xiàn)在從上下載了一個(gè)離子通道蛋白的pdb文件（PENTAMERICLIGANDGATEDIONCHANNELFROMERWINIACHRYSANTHEMI),名字為2Vl0.pdb,然后用pymol打開(kāi)它:load2vl0該蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)就被顯示出來(lái)啦，如下圖:基本的圖像操作是不是覺(jué)得上面的那個(gè)三維結(jié)構(gòu)圖看起來(lái)亂七八糟的阿，那是因?yàn)榈鞍踪|(zhì)分子都是由成千上萬(wàn)個(gè)原子組成的，而Pymol打開(kāi)pdb文件時(shí)是默認(rèn)把所有的原子都顯示在那個(gè)小小的Viewer窗口里

16、面的，當(dāng)然看起來(lái)就很亂了。這時(shí)候就需要我們對(duì)這個(gè)圖像進(jìn)行一些操作，來(lái)得到漂亮的清晰的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)圖先說(shuō)說(shuō)鼠標(biāo)吧。?任意旋轉(zhuǎn)圖像：對(duì)準(zhǔn)圖像的任意處點(diǎn)住鼠標(biāo)左鍵然后移動(dòng)鼠標(biāo)。?放大/縮小圖像：對(duì)準(zhǔn)圖像的任意處點(diǎn)住鼠標(biāo)右鍵然后移動(dòng)鼠標(biāo)：向上是縮小，向下則是放大。?移動(dòng)圖像：對(duì)準(zhǔn)圖像的任意處點(diǎn)住鼠標(biāo)中鍵或者滾輪，然后移動(dòng)鼠標(biāo)。?設(shè)定圖像旋轉(zhuǎn)中心：Ctrl+Shift+鼠標(biāo)中鍵或滾輪。?移動(dòng)剪切平面：Shift標(biāo)鼠標(biāo)右鍵。鼠標(biāo)上下移動(dòng)：調(diào)整前剪切平面（離你近的）；鼠標(biāo)左右移動(dòng)：調(diào)整后剪切平面（離你遠(yuǎn)的）。最后一項(xiàng)移動(dòng)剪切平面”有點(diǎn)不容易理解，需要多試幾次。配合下面的示意圖你會(huì)發(fā)現(xiàn)Pymol的這項(xiàng)設(shè)定其

17、實(shí)很方便。Movefrontclippingplane inwardExpandawedgekl/>ve back dipping _Shift +plane cutward <Kight dick/|Move wedge outward*Move front clipping plane outwardMove inward/Move back clipping plane inward、Shrinkwodgo今天沒(méi)時(shí)間了，明天還要出遠(yuǎn)門(mén)，就學(xué)到這里吧，用下面這個(gè)圖作為結(jié)束，其實(shí)就是用cartoon的形式顯示了上面的那個(gè)蛋白質(zhì),不過(guò)還比較難看。Pymol學(xué)習(xí)筆記（三）：基礎(chǔ)Pym

18、ol命令這里主要介紹一下Pymol的一些基本命令操作。就像Linux一樣，要想更好的操作Pymol,掌握一些常用的命令是必不可少白Pymol是區(qū)分大小寫(xiě)的，不過(guò)目前為止Pymol還是只用小寫(xiě)，所以記住，所有的命令都是使用小寫(xiě)字母的。當(dāng)你開(kāi)始用Pymol來(lái)完成一個(gè)項(xiàng)目時(shí)，你也許想會(huì)讓Pymol自動(dòng)保存你所有輸入過(guò)的命令，以方便日后你再次讀取并修改。這個(gè)可以通過(guò)創(chuàng)建一個(gè)10g文件來(lái)達(dá)到，該文件的后綴名應(yīng)為.pml,記住，Pymol像Linux一樣支持Tab鍵命令補(bǔ)全：Pymol>log_openlog-如果你想終止記錄，只需要鍵入：Pymol>log_close好了，現(xiàn)在載入pdb文件

19、（繼名II前用的pdb文件）：Pymol>load2vlo.pdb現(xiàn)在Pymol就創(chuàng)建了一個(gè)叫2vlo的對(duì)象，你可以在內(nèi)部GUI窗口里面看見(jiàn)這個(gè)項(xiàng)目的名字。但是你也可以自己定義該項(xiàng)目的名字（如test）Pymol>load2vlo.pdb,test下面說(shuō)說(shuō)如何來(lái)操作你新建的對(duì)象。首先：Pymol>showrepresentationPymol>hiderepresentation其中representation可以為：cartoon,ribbon,dots,spheres,surface和mesh使用這2個(gè)命令可以讓Pymol以不同的方式顯示蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。例如當(dāng)我們鍵入：

20、Pymol>hidelinesPymol>showribbon我們將得到如下結(jié)果:也許你已經(jīng)注意到結(jié)構(gòu)中有2個(gè)一模一樣的蛋白質(zhì)分子，只是方向不同而已，那么如何讓Pymol只顯示當(dāng)中的一個(gè)分子呢？首先輸入如下命令:Pymol>labelall,chains這個(gè)命令的作用是讓Pymol給蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中的鏈”編號(hào)，你會(huì)發(fā)現(xiàn)，第一個(gè)分子由鏈”卜E組成，第二個(gè)則由F-J組成好了，如果我們想把一個(gè)蛋白質(zhì)分子去掉，那么只要把鏈”卜E或者F-J去掉即可：Pymol>hideribbon,chainf+g+h+i+j上面的東東還可以這樣完成：Pymol>selecttest,chai

21、nf+g+h+i+jPymol>hideribbon,test上面的第一句命令的作用是選擇鏈”卜J,并命名為test,然后在第二句命令中隱藏它。這樣做的好處是，一旦你選擇并命名了某個(gè)目標(biāo)，你可以在后面隨時(shí)對(duì)它進(jìn)行各種操作。并且你在右邊的控制面板里面也可以看到你選定的目標(biāo)，并可以對(duì)其進(jìn)行操作。比如你可以:Pymol>hideeverything,testPymol>showcartoon,test這樣你會(huì)得到:pMn>說(shuō)到這里就提到了Pymol的一個(gè)比較重要的東東，就是選擇并命名目標(biāo)，它的基本語(yǔ)法就是:Pymol>selectselection-name,selec

22、tion-expression其中名字可以由字母A/a-Z/z,數(shù)字09已經(jīng)下劃線(xiàn)_組成，但是要避免使用：!#$%人&*()'"|'<>?/如果你要?jiǎng)h除你選定的目標(biāo)或者整個(gè)對(duì)象，你可以：Pymol>deleteselection-namePymol>deleteobject-name下面講講如何給對(duì)象以及目標(biāo)改變顏色。預(yù)定義的顏色名字可以在外部GUI窗口的SettingsColors中找至U：Pymol>colorcolor-namePymol>colorcolor-name,selection-expression比如我們

23、可以：Pymol>colorred,sshPymol>coloryellow,sssPymol>colorgreen,ssl+""其中“ssR:表secondarystructure,"hR;表Helix,“玳表Betasheet,l+"”代表Loop和所以其他結(jié)構(gòu)。這3句的作用分別是把所有的Helix變成紅色；把所有的Betasheet變成黃色；把所有的Loop以及其他部分變成綠色，于是我們得到:PyMOL WieVfDITZVLO« r SLCB，一1|Hr-Vu-' Clip Fkl Cl Lp 卜1”u Pk

24、ArLr i - 丁J rtWAQ Love EMHMPymol可以同時(shí)才T開(kāi)多個(gè)pdb文件:Pymol>loadobject-name-1.pdbPymol>loadobject-name-2.pdb如果你想暫時(shí)關(guān)閉/打開(kāi)某個(gè)對(duì)象，可以這樣：Pymol>disableobject-name-1Pymol>enableobject-name-1你也可以用disable命令去除最后一個(gè)選擇的目標(biāo)上出現(xiàn)的粉紅色的小點(diǎn)，但是該命令并不會(huì)使你選定的目標(biāo)不可見(jiàn)。Pymol>disableselection-name使用鼠標(biāo)通常是改變圖像視角的最方便的辦法，不過(guò)命令如zoom

25、,orient等等有時(shí)候使用起來(lái)也是很有用的，它們提供了另一種改變圖像視角的辦法。放大選定目標(biāo)：Pymol>zoomselection-name定向選定目標(biāo)，可以使選定目標(biāo)最大的尺寸水平顯示，次大的尺寸豎直顯示:Pymol>orientselection-name你也可以用view命令保存你目前的視角，注意，該命令只保存視角，并不保存你的對(duì)象顯示方式：Pymol>viewkey,action其中“key是你隨便給當(dāng)前視角定的名字，“action可以為：store或者recall如如果不加任何“action,”則默認(rèn)為recall：Pymol>viewv1,storePy

26、mol>viewv1,recallPymol>viewv1說(shuō)了這么多，最后說(shuō)說(shuō)如何保存文件吧。Pymol有3個(gè)層面的保存方式，下面來(lái)分別說(shuō)說(shuō)。1. 使用log_open命令把你所有使用過(guò)的命令記錄為一個(gè)文本文檔：Pymol>log_openscript-這樣以后當(dāng)你再次調(diào)用該文檔時(shí)，Pymol將執(zhí)行上面的所有命令：Pymol>script-不過(guò)注意，如果你想記錄當(dāng)前視角，則必須使用get_view命令。你可以選擇外部GUI窗口中的FileAppend/Resume/CloseLog來(lái)分別暫停記錄/恢復(fù)記錄/停止記錄該文檔。你可以隨時(shí)編輯該文檔。在linux下，該文檔的默

27、認(rèn)保存目錄為當(dāng)前用戶(hù)的home目錄。2. 如果你想下次打開(kāi)Pymol時(shí)直接回到當(dāng)前所在的狀態(tài)，那么你可以選擇外部GUI窗口里面的FileSaveSession,創(chuàng)建一個(gè)會(huì)話(huà)文件（.pse）該會(huì)話(huà)文件和上面提到的文檔文件的區(qū)別在于，首先文檔文件可以編輯，但會(huì)話(huà)文件不可以；記錄文檔文件前必須先運(yùn)彳flog_open命令，而會(huì)話(huà)文件可以隨時(shí)創(chuàng)建；最后文檔文件以文檔形式運(yùn)行（）,而打開(kāi)會(huì)話(huà)文件則必須選擇外部GUI窗口中的FileOpen。什么時(shí)候需要?jiǎng)?chuàng)建會(huì)話(huà)文件呢？比如當(dāng)你在某時(shí)有多個(gè)選擇時(shí)，你可以保存當(dāng)前狀態(tài)，然后一一嘗試這些選擇，不滿(mǎn)意時(shí)只需要重新打開(kāi)該會(huì)話(huà)文件即可。也就是說(shuō)創(chuàng)建會(huì)話(huà)文件起到了“u

28、ndo的作用，這正是Pymol所缺少的。希望開(kāi)發(fā)者能趕快加入該功能，那么這個(gè)會(huì)話(huà)文件好像就沒(méi)什么大用了，呵呵。3. 如果你覺(jué)得當(dāng)前顯示窗口里面顯示的結(jié)構(gòu)圖像已經(jīng)滿(mǎn)足你的要求了，你可以把它保存為圖片。在這之前你可以使用ray命令來(lái)優(yōu)化你的圖像，它可以使你的圖像具有三維的反射及陰影特效：Pymol>rayPymol>pngyour_path/image_name最后就用該命令導(dǎo)出的圖片結(jié)束這次筆記吧OPymol學(xué)習(xí)筆記（四）：Pymol命令的語(yǔ)法與目標(biāo)選擇的表達(dá)上次介2g一些Pymol的基本命令。現(xiàn)在來(lái)具體說(shuō)說(shuō)Pymol命令的語(yǔ)法，還有在選擇操作目標(biāo)應(yīng)該如果表達(dá)。個(gè)人覺(jué)得這部分內(nèi)容對(duì)學(xué)

29、習(xí)Pymol來(lái)說(shuō)是至關(guān)重要的。從上次講的一些例子中不難看出，Pymol的命令都是由關(guān)鍵詞（keyword）加上一些變量（argument）組成，格式如下：Pymol>keywordargument其中關(guān)41詞（keyword）當(dāng)然是必須的，而變量則不是必須的，比如退出命令quit就不需要附加變量：Pymol>quit當(dāng)然更多的命令通常是需要加變量的，比如放大命令zoom,但是你會(huì)發(fā)現(xiàn)即使你不加任何變量該命令也可以被執(zhí)行，這是因?yàn)镻ymol的許多命令有一個(gè)默認(rèn)變量，下面兩個(gè)命令的作用是一樣的，其中的目標(biāo)選擇all就是zoom的默認(rèn)變量：Pymol>zoomPymol>zo

30、omall還有些命令可以帶多個(gè)參數(shù)，比如加色命令color,它的用法如下：Pymol>colorcolor-namePymol>colorcolor-name,selection-expression第一個(gè)color雖然只帶一個(gè)變量"color-name",但其實(shí)它包含了第二個(gè)默認(rèn)變量all,所以它的作用是把整個(gè)結(jié)構(gòu)變成"color-name"的顏色。第二個(gè)color帶兩個(gè)變量，和第一個(gè)的區(qū)別就是把默認(rèn)的目標(biāo)選擇變量all變成了"selection-expression",也就是說(shuō)只有被這個(gè)變量選中的部分才會(huì)被變成“col

31、or-name”定義的顏色。要注意的是，如果一個(gè)命令帶多個(gè)變量，則這些變量之間必須用逗號(hào)”,"隔開(kāi)。通過(guò)這個(gè)例子，大家可以發(fā)現(xiàn)，有些變量本身是很簡(jiǎn)單的，比如“color-name”,就是一個(gè)顏色名字而已，沒(méi)什么復(fù)雜的。另一些則不一樣，比如"selection-expression",它可以很簡(jiǎn)單，也可以非常的復(fù)雜。這個(gè)東東，我稱(chēng)之為選擇表達(dá)，對(duì)Pymol命令的使用非常重要，所以下面要詳細(xì)的講一下選擇表達(dá)(selection-expression)表示的實(shí)際就是一些被選中的部分，它們可以是一些個(gè)原子，一些個(gè)Helix,一些個(gè)Betasheet,或者它們的混合物。你可

32、以給你的選擇表達(dá)起個(gè)名字，以便可以多次使用它們。名字可以由大小寫(xiě)字母，數(shù)字以及下劃線(xiàn)_組成，但是因避免使用下列符號(hào)：!#$%人&*()'"|'<>?/選擇表達(dá)由所謂的"selector"加上"identifier"組成，其中"selector"定義了某類(lèi)屬性，而"identifier"則在該類(lèi)屬性下需要被選擇的部分。如下例：Pymol>selecttest,namec+o+n+ca其中"name"就是一個(gè)selector,它表示在pdb文件中描

33、述的原子的名字；"c+o+n+ca"則是對(duì)應(yīng)的"indentifier",它表示我們要選擇pdb文件中名字叫"ca+cb"的原子(ca代表alphacarbon,cb代表betacarbon')。整個(gè)語(yǔ)句的作用就是選擇上訴的原子并命名為"test",這樣我們可以在后面繼續(xù)使用它。下表列出了大多數(shù)的selector：Selector簡(jiǎn)寫(xiě)Identifier及例子symbole.chemical-symbol-list周期表中的元素符號(hào)Pymol>selectpolar,symbolo+nnamen.at

34、om-name-listpdb文件中的原子名字Pymol>selectcarbons,nameca+cb+cg+cdresnr.residue-name-list氨基酸的名字Pymol>selectaas,resnasp+glu+asn+glnresii.residue-identifier-listpdb文件中基團(tuán)的編號(hào)Pymol>selectmults10,resi1+10+100residue-identifier-rangePymol>selectnterm,resi1-10altaltalternate-conformation-identifier-list

35、一些單字母的列表，選擇具有2種構(gòu)型的氨基酸Pymol>selectaltconf,alta+bchainc.chain-identifier-list一些單字母或數(shù)字的列表Pymol>selectfirstch,chainasegis.segment-identifier-list一些字母（最多4位）的列表Pymol>selectligand,segiligflagf.flag-nummer一個(gè)整數(shù)（031）Pymol>selectf1,flag0numeric_typent.type-nummer一個(gè)整數(shù)Pymol>selecttype1,nt.5text_ty

36、pett.type-string一些字母（最多4位）的列表Pymol>selectsubset,tt.HA+HCididexternal-index-number一個(gè)整數(shù)Pymol>selectidno,ernal-index-number一個(gè)整數(shù)Pymol>selectintid,index23sssssecondary-structure-type代表該類(lèi)結(jié)構(gòu)的單字母Pymol>selectallstrs,ssh+s+l+""下表是另一些Selector,有關(guān)比較的:Selector簡(jiǎn)寫(xiě)Identifier及例子b

37、bcomparison-operatorb-factor-value一個(gè)實(shí)數(shù)，用來(lái)比較b-factorPymol>selectfuzzy,b>12qqcomparison-operatoroccupancy-value一個(gè)實(shí)數(shù)，用來(lái)比較occupancyPymol>selectlowcharges,q>0.5formal_parison-operatorformalcharge-value一個(gè)整數(shù)，用來(lái)比較formalchargePymol>selectdoubles,fc.=-1partial_parison-op

38、eratorpartialcharge-value一個(gè)實(shí)數(shù)，用來(lái)比較partialchargePymol>selecthicharges,pc.>-1另外有一些Selector是不需要Identifier的，它們被列在下表中:Selector簡(jiǎn)寫(xiě)描述all*所有當(dāng)前被Pymol加載的原子nonenone什么也不選hydroh.所有當(dāng)前被Pymol加載的氫原子hetatmhet所有從蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)HETATM記錄中加載的原子visiblev.所有在被可見(jiàn)”的顯示的對(duì)象中的原子presentpr.所有的具有定義坐標(biāo)的原子在Identifier中用到的原子以及氨基酸的命名規(guī)則可以在下面的網(wǎng)

39、址中找到:在選擇表達(dá)中，selector還可以配合邏輯操作子(logicaloperator)使用，這樣我們可以表達(dá)更加復(fù)雜的選擇。這些操作子被列于下表中：Operator簡(jiǎn)寫(xiě)效果與例子nots1!s1選擇原子彳a不包括s1中的Pymol>selectsidechains,!bbs1ands2s1&s2選擇。在s1又在s2中的原子Pymol>selectfar_bb,bb&farfrm_tens1ors2s1|s2選才ss1或者s2中的原子(也就是包含全部的s1和s2原子)Pymol>selectall_prot,bb|sidechains1ins2s1ins

40、2選擇s1中的那些原子，其identifiers(name,resi,resn,chain,segi)全部符合s2中對(duì)應(yīng)的原子Pymol>selectsame_atom,peptinprots1likes2s1l.s2選擇si中的那些原子，其identifiers(name,resi)符合s2中對(duì)應(yīng)的原子Pymol>selectsimilar_atom,peptlikeprots1gapXs1gapX選擇那些原子，其vanderWaals半徑至少和si的vanderWaals半徑相差XPymol>selectfarfrm_ten,resii0gap5s1aroundXs1a.

41、X選擇以si中任何原子為中心，X為半徑，所包括的所有原子Pymol>selectnear_ten,resii0around5s1expandXsie.X選擇以si中任何原子為中心，X為半徑，然后把si擴(kuò)展至該新的范圍所包含的所有原子Pymol>selectnear_ten_x,neari0expand3s1withinXofs2s1w.Xofs2選擇以s2為中心，X為半徑，并包含在si中的原子Pymol>selectbbnearten,bbw.4ofresii0byress1br.si把選擇擴(kuò)展到全部residuePymol>selectcomplete_res,br.

42、bbneari0byobjects1bo.si把選擇擴(kuò)展到全部objectPymol>selectnear_obj,bo.near_resneighbors1nbr.si選擇直接和si相連的原子Pymol>selectvicinos,nbr.resii0這些邏輯選擇還可以組合使用。比如你想選擇chainb，但是不選擇其中的residue88:Pymol>selectchainband(notresi88)在使用多重邏輯選擇時(shí)，為了讓Pymol正確處理順序，請(qǐng)使用括號(hào)，這樣最里層括號(hào)里面的內(nèi)容將會(huì)被最先處理，以此類(lèi)推。好了，目標(biāo)選擇就先說(shuō)到這里。其實(shí)關(guān)于目標(biāo)選擇還有所謂的宏&#

43、39;可以用，可以簡(jiǎn)化表達(dá)式，準(zhǔn)備下次說(shuō)說(shuō)。Pymol學(xué)習(xí)筆記(五)：Pymol的選擇宏上次具體講了如何在Pymol中怎么用selection-expression選取目標(biāo)，其實(shí)在某些情況下，還可以用Pymol提供的宏來(lái)選擇操作目標(biāo)。使用這個(gè)選擇宏往往可以是一個(gè)原本很復(fù)雜的表達(dá)變得簡(jiǎn)單緊湊。例如我們想選擇2Vlo這個(gè)pdb文件中的"chaina"中的第100個(gè)基團(tuán)的a炭原子，如果用selection-expression來(lái)表達(dá)的話(huà)是這樣：Pymol>selectchainaandresi100andca如果用宏的，可以這樣:Pymol>selecta/100/c

44、a是不是覺(jué)得簡(jiǎn)單了很多。好了，下面就來(lái)詳細(xì)講講這個(gè)宏吧。因?yàn)檫@個(gè)宏是用來(lái)選擇目標(biāo)的，所以我稱(chēng)之為選擇宏，它用斜杠"/"來(lái)定義Identifier,并且它使用上次介紹過(guò)的邏輯操作子"and”。一個(gè)完整的，按順序的選擇宏的表達(dá)如下：/object-name/segi-identifier/chain-identifier/resi-identifier/name-identifier之所以說(shuō)選擇宏是有順序的，是因?yàn)镻ymol就是靠順序判斷每個(gè)斜杠后面的東東都是什么東東。如果再細(xì)分一下的話(huà)，其實(shí)這個(gè)選擇宏有2種寫(xiě)法，一個(gè)是帶開(kāi)頭的斜杠，另一個(gè)是不帶開(kāi)頭斜杠。區(qū)別是：如果

45、不以斜杠開(kāi)頭，那么Pymol則認(rèn)為你的表達(dá)式的最后一項(xiàng)就是選擇宏的末尾的最后一項(xiàng)，也就是name-identifiero例如：Pymol>showlines,a/100/caPymol>showlines,100/ca如過(guò)以斜杠開(kāi)頭，那么Pymol就認(rèn)為你是從選擇宏的表達(dá)式的頂端開(kāi)始的，也就是從/object-name開(kāi)始的。例如：Pymol>zoom/2vl0/a/100/caPymol>zoom/2vl0/a/100細(xì)心的讀者肯定發(fā)現(xiàn)了上面的例子中有兩道斜杠中間什么內(nèi)容也沒(méi)有，不會(huì)是寫(xiě)錯(cuò)了吧？當(dāng)然不是，其實(shí)在這種情況下Pymol會(huì)默認(rèn)選擇這個(gè)兩道斜杠中被省略的Ide

46、ntifier列表中的全部元素，也就是說(shuō)被省略的部分被Pymol當(dāng)作了一個(gè)通配符。例如上例中我要選擇全部的"segment",所以我就把它給省略不寫(xiě)了，呵呵，方便吧。在舉些例子來(lái)說(shuō)明一下：Pymol>colorgreen,a/142/斜杠后面的“name-identifier”被省略了，所以第142號(hào)基團(tuán)的素有原子都會(huì)變成綠色。Pymol>shwocartoon,a/a斜杠后面的"resi-identifier”以及最后斜杠后面的"name-identifier”被省略了，所以整個(gè)a鏈將以cartoon的方式被顯示。Pymol>zoom

47、/2vl0/b2個(gè)斜杠間的“segi-identifier"被省略，所以所有的b鏈將被放大。最后總結(jié)一下，Pymol的選擇宏必須至少包含一個(gè)斜杠"/",以此來(lái)和Pymol的"select-expression"區(qū)分；并且不能包含空格，因?yàn)镻ymol是把宏作為一個(gè)詞來(lái)讀取的；還有就是其實(shí)Pymol在執(zhí)行宏的時(shí)候首先是把它翻譯成正常的"select-expression",然后再執(zhí)行的。Pymol學(xué)習(xí)筆t己(六)：關(guān)于cartooncartoon經(jīng)常被用來(lái)顯示一個(gè)蛋白質(zhì)的總體結(jié)構(gòu)，看起來(lái)也很漂亮。這次就來(lái)說(shuō)說(shuō)它的具體用法。不久前

48、本人剛才定了一個(gè)Glucosyltransferase的結(jié)構(gòu)，所以下面所有的例子都用來(lái)它來(lái)說(shuō)明。cartoon的命令格式如下：Pymol>cartoontype,(selection)總結(jié)一下cartoon的顯示類(lèi)型：automatic:默認(rèn)的顯示方式looptube:比loop粗,電putty:這個(gè)比較有趣，按照R-factor來(lái)顯示，越高越粗ovalrectanglearrow：和rectangle幾乎一樣，就是多了個(gè)箭頭dumbbell:在oval的基礎(chǔ)上，在helix的邊緣加上一個(gè)cylinderskip,隱藏，該圖中隱藏了6120號(hào)氨基酸。下面說(shuō)說(shuō)如何設(shè)置cartoon的一些具

49、體細(xì)節(jié)。比較下面的2幅圖:你會(huì)發(fā)現(xiàn)第一張圖中sheets是平的，而當(dāng)中的那個(gè)氨基酸的支鏈并沒(méi)連接在sheet上，這是因?yàn)闉榱孙@示的漂亮，把sheet人為的抹平了。而第二張圖中的sheets則表達(dá)了蛋白質(zhì)的真實(shí)走向，所以氨基酸的支鏈也顯示正常。也就是說(shuō)，如果你想表達(dá)某個(gè)局部的具體細(xì)節(jié)的時(shí)候，最好采用第二張圖中的顯示方式。2張圖對(duì)應(yīng)的命令分別是：Pymol>setcartoon_flat_sheets,1Pymol>setcartoon_flat_sheets,0類(lèi)似的命令對(duì)應(yīng)于100P,就不舉例子了：Pymo1>setcartoon_smooth_1oops,1Pymo1>

50、;setcartoon_smooth_1oops,0下面再說(shuō)說(shuō)cartoon尺寸Helix的厚度和寬度：Pymol>setcartoon_oval_width,0.2Pymol>setcartoon_oval_length,1.5sheet的厚度和寬度：Pymol>setcartoon_rect_width,0.5Pymol>setcartoon_rect_length,1.5loop的半徑：Pymol>setcartoon_loop_radius,0.2如果你設(shè)置了cartoon的顯示風(fēng)格為fancyPymol>setcartoon_fancy_helic

51、es,1Pymol>setcartoon_fancy_sheets,1這樣你彳#到的helix的邊上會(huì)帶有一個(gè)很細(xì)的cylinder,也就是上面幾張圖中的顯示方式。此時(shí)設(shè)置helix的厚度，寬度，以及這個(gè)cylinder的半徑分別是：Pymol>setcartoon_dumbbell_width,0.1Pymol>setcartoon_dumbbell_length,2Pymol>setcartoon_dumbbell,0.2依此類(lèi)推，還可以設(shè)置和putty,tube等等顯示類(lèi)型相關(guān)的尺寸，就不一一類(lèi)舉了。最后再加幾個(gè)還用的著的命令吧：上色：Pymol>setca

52、rtoon_color,green竟然還可以refine,呵呵，逗號(hào)后面可以接數(shù)字，好像1-20都可以，數(shù)字越大優(yōu)化的越大，感覺(jué)的確能變漂亮點(diǎn):Pymol>setcartoon_refine,20設(shè)置透明：Pymol>setcartoon_transparency,0.5關(guān)于cartoon還有些命令，感覺(jué)不怎么常用，有些我也不知道是干什么的。有興趣再研究吧。Pymol學(xué)習(xí)筆記(七)：關(guān)于label在顯示一個(gè)蛋白結(jié)構(gòu)的某個(gè)細(xì)節(jié)的時(shí)候，常常會(huì)需要給某些重要的氨基酸打上標(biāo)簽，這就需要用到label命令。label的命令格式如下：Pymol>labelselection,expres

53、sionselection當(dāng)然就是你要加標(biāo)簽的對(duì)象，expression就是標(biāo)簽的內(nèi)容，可選的有：name,resn,resi,chain等等。你也可以組合使用它們。expression也可以是你自定義的一段內(nèi)容，這時(shí)候只要把內(nèi)容用引號(hào)包含起來(lái)就行：Pymol>labelselection,"user-definedexpression"在下面這個(gè)例子中，我想把glucosyltransferase中UDP-Glucose的bindingpocket標(biāo)注出來(lái)：首先說(shuō)明一下，該pdb文件中A鏈?zhǔn)堑鞍踪|(zhì)，B鏈?zhǔn)荱DP-Glucose。Pymol>loadglucos

54、yltransferase.pdb,tmpPymol>extractupg,chainbPymol>extractpro,chainaPymol>deletetmpPymol>selectnear,prowithin4.5ofupgPymol>hideallPymol>showsticks,upgPymol>showlines,nearPymol>labelnear,("%s/%s")%(resn,resi)#("%s/%s"):設(shè)定顯示格式。上面的圖看起來(lái)有點(diǎn)亂，因?yàn)槟J(rèn)Pymol在每個(gè)原子上都打上了標(biāo)簽

55、。要想看起來(lái)順眼點(diǎn)，需要一點(diǎn)加工在這之前，讓我們先看一下關(guān)于label的其他設(shè)置:投影模式，可選值0（無(wú)投影），1（object有投影到label上，但是label本身無(wú)投影），2（object有投影到label上，label也有投影），3（object不投影到label上，label本身有投影）：Pymol>setlabel_shadow_mode,3文字顏色：Pymol>setlabel_color,color-name,selection標(biāo)簽文字的輪廓的顏色，這樣就讓在例如白色背景上加白色標(biāo)簽成為了可能：Pymol>setlabel_outline_color,colo

56、r-name,selection字體，pymol內(nèi)置了12種字體，編號(hào)從516。15號(hào)和16號(hào)字體是Unicode的:Pymol>setlabel_font_id,5字體大小，如果為正值，則單位就是正常的pxo你也可以用負(fù)值，則單位是Pymol>setlabel_size,-0.5Pymol>setlabel_size,4設(shè)置label位置，用下列命令可以設(shè)置label離默認(rèn)位置的三維偏移值，在需要給spheres加標(biāo)簽的時(shí)候有用:Pymol>setlabel_position,(x,y,z)最后說(shuō)說(shuō)怎樣用單個(gè)字母標(biāo)注氨基酸。首先$HOME/.pymolrc中加入：#

57、start$HOME/.pymolrcmodificationsingle='VAL':'V','ILE':T,'LEU':'L','GLU':'E','GLN':'Q'八'ASP':'D','ASN':'N','HIS':'H','TRP':W,'PHE':'F','TYR':'Y&#

58、39;,'ARG':'R','LYS':'K','SER':'S','THR':T,'MET':'M','ALA':'A'八'GLY':'G','PRO':'P','CYS':'C'# endmodification用法，用singleresn代替resn：Pymol>labeln.CGandi.230+246,singleresn下面是改進(jìn)過(guò)的圖片:是不是看起來(lái)好多了，下面是具體的代碼，其中關(guān)于電子密度圖的設(shè)置請(qǐng)見(jiàn)下一節(jié):Pymol>selectnear,resi139+229+230+233+246+499+519+520Pymol>ascartoon,proPymol>鼠標(biāo)操作：顯示near的sidechainPymol>set_colorgrey1,224,224,224Pymol>setcartoon_color,grey1Pymol>setcartoon_transparency,0.3Pymol>setcart