.NGS用于指導(dǎo)晚期惡性腫瘤治療的2016--2016-7-3 寧波

1、-精準(zhǔn)檢測(cè)，精準(zhǔn)治療Insight on Novel Mechanisms and Precision Care 方方勇勇 (微信號(hào)：微信號(hào)：fangyzju)浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬邵逸夫醫(yī)院腫瘤內(nèi)科浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬邵逸夫醫(yī)院腫瘤內(nèi)科基因檢測(cè)一覽Presented By Claudine Isaacs at 2016 ASCO Annual Meeting遺傳性腫瘤重疊表型同病異治異病同治Sequencing is Presented By David Hayes at 2016 ASCO Annual Meeting測(cè)序的優(yōu)勢(shì)價(jià)格更低廉品質(zhì)更高適用范圍更廣 機(jī)器 試劑盒 軟件組織靈活性更高 石

2、蠟標(biāo)本 無(wú)需細(xì)胞 甚至RNA！29930727830331438242551801002003004005006002009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016近8年，ASCO年會(huì)上與NGS相關(guān)的摘要數(shù)目投稿內(nèi)容：uNGS指導(dǎo)下EGFR突變型TKI 耐藥患者的治療uNGS指導(dǎo)下的腫瘤免疫治療ucfDNA檢測(cè)與腫瘤治療uNGS在多種實(shí)體腫瘤治療中的應(yīng)用腫瘤異質(zhì)性腫瘤治療前的低頻突變變成了主克隆的耐藥性突變EGFR-TKI耐藥機(jī)制EGFR-TKI原發(fā)性耐藥機(jī)制 EGFR-TKI獲得性耐藥機(jī)制原發(fā)性耐藥原發(fā)性耐藥n 使用使用EGFR-TKI后未曾出現(xiàn)過(guò)臨床獲益后未曾

3、出現(xiàn)過(guò)臨床獲益EGFR-TKI原發(fā)性耐藥機(jī)制1010種已知的驅(qū)動(dòng)基因包括：EGFREGFR、ALKALK、KRASKRAS、HER2HER2、BRAFBRAF、PIK3CAPIK3CA、AKTIAKTI、MEKIMEKI、NRASNRAS和METMET。 結(jié)果表明：54%54%腫瘤樣本只存在一種驅(qū)動(dòng)基因突變。 意義：驅(qū)動(dòng)基因在肺癌的發(fā)展中起重要作用，根據(jù)患者的驅(qū)動(dòng)基因突變檢測(cè)結(jié)果，可決定是否給予患者相應(yīng)的靶向治療藥物。 TKI獲得性耐藥的臨床定義EGFR TKI單藥的治療存在EGFR敏感突變或客觀臨床獲益疾病進(jìn)展(RECIST標(biāo)準(zhǔn))腫瘤評(píng)價(jià)SD(大于6個(gè)月)腫瘤評(píng)價(jià)CR或PRJackman D

4、M et al; J Clin Oncol. 2010; 28(2):357-60.EGFR-TKI獲得性耐藥的可能機(jī)制Kim-Son H. Clin Lung Cancer 2009獲得性耐藥患者的管理策略？三種臨床失敗模式57.3%(130/227)24.2%(55/227)18.5%(42/227)爆發(fā)進(jìn)展:緩慢進(jìn)展局部進(jìn)展Yang JJ, et al. Lung Cancer. 2013 Jan;79(1):33-9. 疾病控制3個(gè)月 與以往評(píng)估相比，腫瘤負(fù)荷快速增加 癥狀評(píng)分達(dá)到2 疾病控制6個(gè)月 與以往評(píng)估相比，腫瘤負(fù)荷輕微增加 癥狀評(píng)分達(dá)到 1 疾病控制3個(gè)月 孤立性顱外進(jìn)展或顱

5、內(nèi)進(jìn)展 癥狀評(píng)分達(dá)到 1EGFR-TKI獲得性耐藥的治療策略單純局部治療184顱外PD患者 (7+年)中，18例接受局部治療 (MSKCC經(jīng)驗(yàn))排除CNS PD自局部治療時(shí)間中位TTP：10個(gè)月中位至新的全身治療時(shí)間：22個(gè)月中位OS：41個(gè)月00012243648204060801002040608010012243648600時(shí)間 (月)時(shí)間 (月)無(wú)進(jìn)展生存率總生存率PFS (%)OS (%)局部治療方法N=18肺15 射頻消融 (RFA)2 放療2 肺葉切除7 楔形切除1 全肺切除3淋巴結(jié)放療 (縱隔/鎖骨上)1腎上腺切除2Yu HA, et al. 2012 ASCO Abstrac

6、t 7527.Politi K, et al. Clin Cancer Res. 2015 May 15;21(10):2213-20. 病例符合目前肺癌治療的模式：檢測(cè)用藥耐藥檢測(cè)用藥調(diào)整循環(huán)15不同失敗模式的生存分析N中位(月)P爆發(fā)1309.3緩慢4212.90.007局部559.2N中位P爆發(fā)13017.1緩慢4239.40001局部5523.101020304050020406080100020406080100020406080100時(shí)間 (月)時(shí)間 (月)無(wú)進(jìn)展生存率 總生存率 總生存率 (%) 無(wú)進(jìn)展生存率 (%) Yang JJ, et al. Lung Cancer. 20

7、13 Jan;79(1):33-9.病例u 患者，女性，53歲，“確診肺癌5月，反復(fù)咳嗽半年余加重1月” 于 2016-2-19入院。u 2015-8-26至浙一醫(yī)院就診，查胸部CT增強(qiáng)（2015-8-31）示：左肺占位，腫瘤考慮，兩肺感染，左側(cè)胸腔積液。頭顱MRI示：左側(cè)枕葉結(jié)節(jié)灶，轉(zhuǎn)移瘤考慮。骨ECT（2015-8-31）示：左4前肋骨代謝局限性略活躍，L5椎體骨質(zhì)代謝活躍，建議行腰椎MRI。腹部CT（2015-8-31）示：左腎中級(jí)占位。 臨床 診斷：左肺癌伴顱腦及骨轉(zhuǎn)移u 2015-9-15排除禁忌后行CT引導(dǎo)下肺部穿刺，病理提示：腺癌。TTF-1(+),P63(-),NapsinA(

8、+),ALK-lung(-),CK7(+),CK5/6(-),Ki-67(+) 。u 基因檢測(cè)（2015-9-23）示：EGFR21外顯子發(fā)現(xiàn)突變（L858R）。u 2015-9-25開(kāi)始口服易瑞沙 0.25g po qd 靶向治療。2016-1-27 CT引導(dǎo)下肺腫物穿刺活檢NGS測(cè)序結(jié)果u2016-1-30起靶向藥物治療：吉菲替尼 （250MG 口服 QD）+依維莫斯 （10MG 口服 QD）2016-1-162016-2-192016-4-1小結(jié)：EGFR-TKI獲得性耐藥的治療策略新藥化療持續(xù)EGFR-TKI+化療局部治療放療，手術(shù)T790M突變Met擴(kuò)增PIK3CASCLCHER2擴(kuò)

9、增MAPK1擴(kuò)增AXL 表達(dá)EGFR突變型 NSCLC耐藥EGFR TKI- T790M - MET擴(kuò)增- HGF過(guò)表達(dá)- 其他T790M不可逆EGFR-TKI突變特異性TKIMETMET-TKI+EGFR-TKIMET-MAB+EGFR-TKI其他抗HGF AB+EGFR-TKI不可逆EGFR-TKI+C225HSP90抑制劑NGS小結(jié)內(nèi)容：uNGS指導(dǎo)下EGFR突變型TKI 耐藥患者的治療uNGS指導(dǎo)下的腫瘤免疫治療ucfDNA檢測(cè)與腫瘤治療uNGS在多種實(shí)體腫瘤治療中的應(yīng)用Cancer is a disease of Presented By David Hayes at 2016 AS

10、CO Annual Meeting癌癥是一種的疾病?DNA胚系 家族性腫瘤綜合征 藥物基因組學(xué)體系 單核苷酸變異（突變） 短序列插入/缺失 長(zhǎng)序列缺失/擴(kuò)增 結(jié)構(gòu)的變異（易位）免疫系統(tǒng)B細(xì)胞受體克隆和多樣性（DNA或RNA）T細(xì)胞受體克隆和多樣性（DNA或RNA） 突變負(fù)荷（RNA或DNA） 腫瘤亞克隆 RNA特征Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting以雜交捕獲法為基礎(chǔ)的二代基因測(cè)序法可作為預(yù)測(cè)抗PD-1/PD-L1治療黑色素瘤療效的標(biāo)記物IntroductionPresented By Douglas Johnson

11、at 2016 ASCO Annual Meeting 簡(jiǎn)介在進(jìn)展期黑色素瘤患者中，抗PD-1治療有30-45%的有效率；反應(yīng)可能持續(xù)存在；較難辨別有效人群；因此需要有效預(yù)測(cè)標(biāo)記物。Candidate biomarkers for anti-PD-1/PD-L1Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting抗PD-1/PD-L1的候選標(biāo)記物克隆性增殖，突變或新的抗原AimsPresented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting目標(biāo)：假設(shè)：小片段基因能精確地代替基因突變負(fù)荷

12、以雜交捕獲法為基礎(chǔ)的二代基因測(cè)序法檢測(cè)236-315個(gè)基因編碼區(qū)序列 突變負(fù)荷和特殊突變與臨床結(jié)果的相關(guān)性 與全外顯子測(cè)序所得突變負(fù)荷相比較T細(xì)胞受體測(cè)序與結(jié)果的相關(guān)性MethodsPresented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting方法：Mutation load and responsePresented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting突變負(fù)荷和反應(yīng)Mutation load and responsePresented By Douglas Johnson at 201

13、6 ASCO Annual Meeting突變負(fù)荷和反應(yīng)Mutation load and responsePresented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting突變負(fù)荷和反應(yīng)Mutation load and survivalPresented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting突變負(fù)荷和生存率Specific mutationsPresented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting特定突變Specific mutati

14、onsPresented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting特定突變Mutation load comparisonsPresented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting突變負(fù)荷比較Mutation load and survival in unselected patientsPresented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting在未選擇患者中的突變負(fù)荷及生存率在未選擇患者中突變負(fù)荷與生存率無(wú)關(guān)TCR clonalit

15、yPresented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual MeetingTCR克隆Potential implicationsPresented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting潛在臨床價(jià)值及意義ConclusionsPresented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting結(jié)論二代雜交捕獲法為基礎(chǔ)的NGS檢測(cè)突變負(fù)荷與抗PD-1/PD-L1療效相關(guān)236-315個(gè)基因突變負(fù)荷的檢測(cè)結(jié)果與全外顯子測(cè)序結(jié)果一致通過(guò)此法檢測(cè)突變負(fù)荷可能有助于臨

16、床的治療決策和預(yù)測(cè)療效。正在進(jìn)行的工作：內(nèi)容：uNGS指導(dǎo)下EGFR突變型TKI 耐藥患者的治療uNGS指導(dǎo)下的腫瘤免疫治療ucfDNA檢測(cè)與腫瘤治療uNGS在多種實(shí)體腫瘤治療中的應(yīng)用ctDNA PPV vs. tissue biopsy (NSCLC, CRC, Breast, Others)Presented By David Hayes at 2016 ASCO Annual Meeting背景：Serial Next Generation Sequencing (NGS) of cell free DNA (cfDNA) reveals clonal evolution of AKT1

17、 E17K mutant tumors: analyses from patients enrolled on a phase I basket study of an AKT inhibitor (AZD5363) Presented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting血漿游離DNA（cfDNA)的NGS揭示AKT1 E17K突變腫瘤的克隆演變：一項(xiàng)AKT抑制劑（AZD5363）I期籃子研究的患者分析Background Targetable Driver OncogenesPresented By Lillian Smyth at 20

18、16 ASCO Annual Meeting背景 靶向驅(qū)動(dòng)致癌基因大量的腫瘤基因型分析已顯著提高了腫瘤驅(qū)動(dòng)基因的認(rèn)識(shí)，其中一部分已成為靶向基因其中一個(gè)驅(qū)動(dòng)基因，AKT1 E17K突變 反復(fù)的（2%），人類(lèi)癌癥的致癌事件 一項(xiàng)研究治療意義的I期籃子研究正在進(jìn)行中，其中一種pan-AKT抑制劑（AZD5363）的靶向治療具有較好的前景 當(dāng)然，目前還不清楚是否同時(shí)存在其他突變，導(dǎo)致腫瘤細(xì)胞對(duì)AKT1 E17K依賴(lài)的改變。Background- Liquid biopsiesPresented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting背景 液體活檢對(duì)腫瘤

19、發(fā)展及耐藥產(chǎn)生的理解很大程度上依賴(lài)于取得新鮮腫瘤組織而單個(gè)病灶的活檢存在很多挑戰(zhàn)（異質(zhì)性，局限的可行性，侵襲性以及價(jià)格昂貴）都可能被液體活檢克服腫瘤來(lái)源的血漿游離DNABackground- Liquid biopsiesPresented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting檢測(cè)腫瘤基因組的改變發(fā)現(xiàn)疾病基因組的復(fù)雜性（異質(zhì)性）監(jiān)測(cè)治療中的腫瘤動(dòng)力學(xué)追蹤現(xiàn)實(shí)中耐藥機(jī)制的演變（監(jiān)測(cè)分子性疾病）背景 液體活檢ObjectivesPresented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting目標(biāo)在基因富

20、集（含有AKT1 E17K突變）的人群中，正在接受靶向治療，嘗試運(yùn)用cfDNA以：1.發(fā)現(xiàn)及追蹤AKT1 E17K突變2.描述具有AKT1 E17K突變的腫瘤中同時(shí)發(fā)生的突變3.監(jiān)測(cè)分子耐藥機(jī)制的演變，通過(guò) 平行追蹤所有腫瘤突變 辨別新近獲得的突變的出現(xiàn)Study designPresented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting研究設(shè)計(jì)前瞻性，單中心，相關(guān)性研究合適的患者 AKT1 E17K突變陽(yáng)性的實(shí)體腫瘤 入組參加AZD5363的1期多中心籃子研究，一種口服的催化性pan-AKT抑制劑，作用于AKT1突變的進(jìn)展期實(shí)體腫瘤（NCT012

21、26316） -已知具有RAS/RAF突變的腫瘤患者被排除 -根據(jù)RECISTv1.1標(biāo)準(zhǔn)定義，具有可測(cè)量病灶Study Schema Presented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting研究綱要Sample CollectionPresented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting血樣本收集Patient demographicsPresented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting患者統(tǒng)計(jì)學(xué)資料AKT1 E17K detecte

22、d and monitored in cfDNA by ddPCRPresented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting在22/25個(gè)（88%）患者中， ddPCR檢測(cè)到AKT1在D21，AKT1的減少預(yù)示PFS 的升高以ddPCR檢測(cè)及監(jiān)控cfDNA中的AKT1 E17KAKT1追蹤腫瘤反應(yīng) 持續(xù)的（21天）AKT1清除 與持續(xù)的RECIST反應(yīng)相關(guān)（P=0.025）AKT1 mutant allele fraction (MAF) in cfDNA highly concordant between ddPCR and NGSPrese

23、nted By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual MeetingcfDNA的AKT1突變等位基因分?jǐn)?shù)（MAF）在ddPCR和NGS中高度一致NGS of Pre-treatment cfDNA (n=25) captured tumor heterogeneityPresented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting治療前cfDNA（n=25）的NGS發(fā)現(xiàn)腫瘤異質(zhì)性在8個(gè)（38%）病人中檢測(cè)到17種額外的改變（共21個(gè)病人具有可比較的治療前腫瘤）發(fā)現(xiàn)3個(gè)（12%）病人中同時(shí)出現(xiàn)了相關(guān)的突變（ARAF，RAF

24、1，KRAS），但是所有都對(duì)藥物治療沒(méi)有反應(yīng)Slide 13Presented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting治療前最常見(jiàn)的突變基因NGS of Longitudinal cfDNA (n=23) detected new mutations during disease progressionPresented By David Hayes at 2016 ASCO Annual Meeting在疾病進(jìn)展期間，縱向血漿游離DNA（n=23）的NGS檢測(cè)到新突變未發(fā)現(xiàn)一致的耐藥改變可能是由于入選的腫瘤類(lèi)型較多在AKT中未發(fā)現(xiàn)第二種突變?cè)?/p>

25、治療中，9個(gè)（39%）患者出現(xiàn)了13種突變結(jié)果：NGS of Longitudinal cfDNA (n=23) revealed clonal evolutionPresented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting縱向血漿游離DNA（n=23）的NGS發(fā)現(xiàn)克隆演變平行追蹤多種突變提示在疾病進(jìn)展期間存在不同的克隆模式，15（65%）患者中為一致，3（13%）患者中為不一致結(jié)果：Pre-treatment cfDNA captured tumor heterogeneityPresented By Lillian Smyth at 2016 ASCO Annual Meeting治療前的cf