臨床分子診斷與個體化治療模板.pptx

1、臨床分子診斷與個體化治療xx暨南大學(xué)附屬珠海/珠海市人民醫(yī)院1謝謝閱讀2020-5-28分子診斷狹義分子診斷：應(yīng)用分子生物學(xué)方法檢測患者體內(nèi)遺傳物質(zhì)的結(jié)構(gòu)或表達(dá)水平的變化而做出診斷的技術(shù)，稱為分子診斷，包括腫瘤分子診斷、傳染病分子診斷、產(chǎn)前診斷等。廣義分子診斷：指應(yīng)用分子生物學(xué)方法，對受檢者體內(nèi)各類生物分子（包括DNA、RNA、蛋白質(zhì)等）進(jìn)行定性和定量分析，確定其結(jié)構(gòu)或表達(dá)水平，從而為個性化預(yù)防、治療提供依據(jù)的一種診斷技術(shù)，包括腫瘤分子診斷、傳染病分子診斷、產(chǎn)前診斷、單基因診斷、易感基因檢測以及天賦基因檢測等。 2謝謝閱讀2020-5-28PCR國內(nèi)回顧1990年:PCR技術(shù)在國內(nèi)開始用于臨床

2、檢測90年代中期:假陰性?/假陽性?,引發(fā)思考1996年:衛(wèi)生部科研課題1998年3月20日:臨床PCR實驗室管理專家咨詢會1998年4月16日:衛(wèi)生部下發(fā)3謝謝閱讀2020-5-28國內(nèi)回顧21999年4月29-30日:,針對臨床開展PCR檢驗的問題,達(dá)成八點意見.1999年8月17-24日:(在北京衛(wèi)生部臨床檢驗中心舉辦.2002年1月14日:衛(wèi)生部下發(fā)(衛(wèi)醫(yī)發(fā)200210號)4謝謝閱讀2020-5-282010年:醫(yī)療機構(gòu)臨床基因擴增檢驗實驗室管理辦法（衛(wèi)辦醫(yī)政發(fā)【2010】194號）醫(yī)療機構(gòu)臨床基因擴增檢驗室工作導(dǎo)則（衛(wèi)辦醫(yī)政發(fā)【2010】194號）5謝謝閱讀2020-5-28截止到2

3、014年1月，全國按照所制定的標(biāo)準(zhǔn)通過驗收的臨床基因擴增檢驗實驗室共2670余家。采用所編寫的培訓(xùn)教材和培訓(xùn)模式共舉辦了培訓(xùn)班280多期，培訓(xùn)實驗室技術(shù)人員21000多人。涉及全國28個省、直轄市和自治區(qū)。6謝謝閱讀2020-5-28目前國內(nèi)臨床分子診斷現(xiàn)狀絕大部分用于病原體核酸檢測較少部分用于遺傳病的產(chǎn)前診斷個體化用藥的分子診斷正在興起7謝謝閱讀2020-5-28一些常見的認(rèn)識誤區(qū)臨床實驗室=檢驗科基因（遺傳攜帶、突變等）與病原體核酸檢測完全不同臨床PCR檢驗在病理科、藥劑科或腫瘤科做，不屬于臨床檢驗管理？必須達(dá)成一點共識：實驗不管在哪做，都屬于檢驗管理，必須有嚴(yán)格的質(zhì)量控制。8謝謝閱讀20

4、20-5-28問題與思考問題：應(yīng)用實驗室分區(qū)質(zhì)量管理：分析前，分析中，分析后人員：（醫(yī)生、實驗室技術(shù)人員）：均需“洗腦”嚴(yán)格的培訓(xùn)出現(xiàn)問題，即分析問題產(chǎn)生的原因，采取措施加以改進(jìn)質(zhì)理管理的習(xí)慣養(yǎng)成需要時間。9謝謝閱讀2020-5-28幾個策略比較家族病史研究與基因研究相比較說法不一，孰優(yōu)孰劣？各有所長。腫瘤早期診斷帶來的真正收益有沒有我們所希望的那么大？10謝謝閱讀2020-5-28WHO has developed three principles for cancer issues Current prevention strategies could block up to one-th

5、ird of all new cancerImproved early sreening could result in the detection of one-third of cancer at an early stage。A comprehensive treatment could improve survial aquality another one-third of pattients with cancer國家自然科學(xué)基金委醫(yī)學(xué)部主任、國家肝癌科學(xué)中心主任王紅陽院士，11謝謝閱讀2020-5-28中國腫瘤治療現(xiàn)狀治愈率130mg/dl、HCV RNA600000U/ml,預(yù)

6、期治愈率可能大于80%22謝謝閱讀2020-5-28個性化檢測的局限性一些疾病是由一個或多個基因突變引起基因檢測方法確實能對這些疾病的患病風(fēng)險、確診和治療起指導(dǎo)作用大多數(shù)疾病發(fā)生、發(fā)展及預(yù)后可能涉及更多的基因以及這些基因和環(huán)境因素相互作用僅通過基因檢測盒基因表達(dá)譜的檢測有很大局限性23謝謝閱讀2020-5-28CLIA：分子檢測有關(guān)的主要質(zhì)控要求對于每一個檢測系統(tǒng)，實驗室由此又控制程序的責(zé)任監(jiān)控整個分析過程的準(zhǔn)確性和精密度。(42 CFR 493.1256（A）)控制程序必須是：o檢出即時誤差由檢測系統(tǒng)故障、不利于環(huán)境和操作者能力導(dǎo)致(42 CFR 493.1256（C）（1）) o監(jiān)控檢測性

7、能的準(zhǔn)確性和精密度檢測系統(tǒng)能和環(huán)境的改變以及操作者的能力都可能會影響檢測性能。實驗室必須確定使用檢測物質(zhì)的數(shù)量、類型和頻率，如果適用，由實驗室驗證或建立性能規(guī)范(42 CFR 493.1256（b）)如果實驗室引進(jìn)了未經(jīng)FDA認(rèn)可或批準(zhǔn)的檢測系統(tǒng)包括自主研制的方法在報告病人檢測據(jù)結(jié)果前，必須建立檢測系統(tǒng)的性能規(guī)范，如果適用，包括下面的性能特征：o準(zhǔn)確性，o精密度，o分析靈敏性，o分析特異性，包括干擾物質(zhì)。檢測系統(tǒng)對檢測結(jié)果的可報告區(qū)間，o參考區(qū)間（正常值），和o檢測性能要求的其他性能特征。 (42 CFR 493.1253（b）（2）)包括提取過程中的檢測系統(tǒng)包括兩種質(zhì)控物質(zhì)，其中之一可以檢出

8、提取過程的錯誤。 (42 CFR 493.1256（d）（3）（iv）)每一擴增過程，包括兩種質(zhì)控材料，如果反應(yīng)的抑制是假陰性結(jié)果的重要來源一個質(zhì)控材料能夠檢出該抑制作用。 (42 CFR 493.1256（d ）（3）（v）)24謝謝閱讀2020-5-28國際相關(guān)機構(gòu)的PT計劃CAP 美國病理家協(xié)會CDC 美國疾病預(yù)防控制中心（基因檢測質(zhì)量控制物計劃GTQC）QCMD 分子診斷的質(zhì)量控制EMQN 歐洲分子遺傳實驗質(zhì)控網(wǎng)ENVID 歐洲重要病毒性疾病診斷網(wǎng)EQAP 西班牙室間質(zhì)評計劃EQUAL 歐盟質(zhì)量控制一致行動（現(xiàn)在被稱作分子診斷的質(zhì)量控制QCMD ）INQAT 意大利腫瘤標(biāo)志物質(zhì)量保證網(wǎng)

9、NEQAS 英國國家質(zhì)量保證計劃25謝謝閱讀2020-5-28臨床基因擴增實驗室的質(zhì)量控制（一）實驗室各種常規(guī)工作的規(guī)章制度實驗室技術(shù)人員的生物安全制度和保護措施防止實驗室PCR交叉污染的實驗（每月一次）實驗室的清潔和消毒制度（每周4-5次）實驗室的原始數(shù)據(jù)、報告單的歸檔和信息保密制度實驗室專業(yè)人員的培訓(xùn)和考核制度實驗室結(jié)果差錯的記錄和糾正措施計算機的系統(tǒng)維護和管理制度26謝謝閱讀2020-5-28臨床基因擴增實驗室的質(zhì)量控制（二）樣本接收和拒收標(biāo)準(zhǔn)：抗凝劑，采集時間/量，病史。接收標(biāo)本必須有專用的登記表，并核對樣本登記表中的所有信息，2人復(fù)核和簽字。每批樣本核酸提取的過程中加入質(zhì)控標(biāo)本以保證

10、標(biāo)本處理的過程中的正確性，同時建立用于不同技術(shù)平臺的標(biāo)準(zhǔn)化的DNA/RNA濃度范圍。定量PCR檢測的操作過程包括4個不同濃度的對照物，以及陰性和陽性對照。樣本的保存和存儲（4和-80 冰箱）27謝謝閱讀2020-5-28臨床基因擴增實驗室質(zhì)量控制（三）室內(nèi)質(zhì)控標(biāo)本的來源：包括參加國內(nèi)和國際質(zhì)控標(biāo)本，細(xì)胞株和已知實驗結(jié)果的樣本。在每批實驗中和每個技術(shù)平臺上均加入了質(zhì)控樣本，從樣本抽提，基因擴增，雜交和測序已知跟蹤到整個實驗結(jié)果，每次實驗結(jié)果分析后有專門的質(zhì)控報告。實驗室的技術(shù)人員每一個月，在每一個技術(shù)平臺上都有一次盲樣樣本的質(zhì)控實驗，并以此評價技術(shù)人員的實驗技能。28謝謝閱讀2020-5-28分

11、析的有效性準(zhǔn)確性o與參考方法比較o設(shè)定CUT-OFF值的方法精密度/再現(xiàn)性o重復(fù)性：利用分子檢測方法和同一個儀器對單個樣本進(jìn)行重復(fù)性研究。o再現(xiàn)性：再現(xiàn)性研究評估天與天、操作與操作間的精密度、如果使用多個儀器，要評估儀器與儀器之間的再現(xiàn)性；如果在多個實驗室開展檢測，也要評估不同實驗室間的再現(xiàn)性。O靠近臨床cut-point和整個分析檢測區(qū)間內(nèi)的性能分析的線性、回收率和高劑量鉤子效應(yīng)檢出限值和定量限值（在高和低的范圍內(nèi)）分析特異性（交叉反應(yīng)，干擾）基質(zhì)效應(yīng)影響分析結(jié)果的分析前因素分析輸出（讀數(shù)區(qū)間或陰陽性） 29謝謝閱讀2020-5-28臨床有效性和臨床有用性臨床有效性：檢測特性（敏感性、特異性

12、、預(yù)測值和擬然比）臨床有用性：利用檢測結(jié)果可以獲得有效治療或其他具體的臨床獲益篩選有癥狀個體的檢測：基因LRRK2-G2019S突變帕金森癥。用于診斷和監(jiān)控的檢測：Heptimax-由Quest Diagnostics研制的實驗室自制檢測。該檢測用于確認(rèn)活動性丙肝病毒（HCV）感染、監(jiān)控HCV治療反應(yīng)和確認(rèn)感染的消退。確定預(yù)后和指導(dǎo)治療的檢測：OncotypeDX 利用實時熒光定量PCR檢測乳腺癌腫瘤組織樣本中21個基因的表達(dá)水平。調(diào)整用藥劑量的檢測：指導(dǎo)華法林劑量的基因檢測-基因CYP2C9（編碼細(xì)胞色素P4502c9）和VKORC1（編碼維生素K環(huán)氧化物還原酶復(fù)合物亞單位1）的多態(tài)性。30

13、謝謝閱讀2020-5-28病理說明：1.包括“尸體病理學(xué)診斷”、“細(xì)胞病理學(xué)檢查與診斷”、“組織病理學(xué)檢查與診斷”、“分子病理學(xué)技術(shù)與診斷”、“特染和免疫組織化學(xué)染色與診斷”、“電子顯微鏡技術(shù)與診斷”和“其他”項目七個部分，共計53項。檢驗說明：1.包括“臨床血液學(xué)檢驗”、“臨床體液檢驗”、“臨床化學(xué)檢驗”、“臨床免疫學(xué)檢驗”、“臨床微生物與寄生蟲學(xué)檢驗”和“臨床分子生物學(xué)檢驗”項目六個部分，共計1104項。2.組織器官移植所需的各項檢驗（如HLA檢查等）列入“臨床血液學(xué)檢驗”類的“血型、輸血及人類組織相關(guān)性抗原檢驗”類中。3.”實驗室診斷”中的項目不含靜脈采血，需單獨收費，但微量采血管（指尖

14、采血、耳垂采血）包含在各檢驗項目中，不得單獨收費。31謝謝閱讀2020-5-28（四）分子病理學(xué)技術(shù)與診斷BDAA0001 組織部/細(xì)胞原位雜交檢查診斷 石蠟包埋組織，新鮮冷凍組織，細(xì)胞涂片，組織切片機切片，進(jìn)行二甲苯脫蠟，系列乙醇水化，微波爐、高壓鍋及蛋白酶處理，標(biāo)記探針雜交反應(yīng)，洗滌，酶或親和物結(jié)合反應(yīng)，顯色，判讀結(jié)果，含上述過程中所產(chǎn)生的廢液、廢物的處理。BDAB0001 組織部/細(xì)胞熒光原位雜交檢查診斷 熒光素標(biāo)記探針雜交反應(yīng)（一種探針）。BDAB0002 組織部/細(xì)胞多色熒光原位雜交檢查診斷 熒光素標(biāo)記探針雜交反應(yīng)（二種或以上探針）.BDAB0003 組織部/細(xì)胞熒光原位雜交技術(shù)計量

15、分析診斷 熒光素標(biāo)記探針雜交反應(yīng)（二種或以上探針），圖像定量分析。BDAC0001 組織部/細(xì)胞原位脫氧核糖核酸（DNA）多聚酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)檢查診斷 原位PCR反應(yīng)，親和物結(jié)合，顯色，復(fù)染，觀察，診斷。BDAD0001 組織部/細(xì)胞原位核糖核酸（RNA）多聚酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)檢查診斷 原位逆轉(zhuǎn)錄PCR反應(yīng)，親和物結(jié)合，顯色，復(fù)染，觀察，診斷。BDAE0001 組織部/細(xì)胞熒光定量脫氧核糖核酸（DNA）多聚酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)檢查診斷 甲醛固定組織，石蠟包埋組織，新鮮或冷凍組織，離心收集細(xì)胞；組織粉萃機勻漿化，組織裂解，經(jīng)反復(fù)離心及相應(yīng)化學(xué)試劑去除蛋白，回收DNA，于熒光PCR儀進(jìn)行熒光素PCR反應(yīng)，分析結(jié)果，診斷。

16、BDAF0001 組織部/細(xì)胞熒光定量核糖核酸（RNA）多聚酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)檢查診斷 回收RNA，于于熒光PCR儀進(jìn)行熒光素逆轉(zhuǎn)錄-PCR反應(yīng)，分析結(jié)果，診斷。BDAG0001 腫瘤組織脫氧核糖核酸（DNA）測序 PCR反應(yīng)產(chǎn)物瓊脂糖或聚丙烯酰胺凝膠電泳，產(chǎn)物純化，測序反應(yīng)，于DNA測序儀分析，觀察結(jié)果，診斷。甲醛固定組織，石蠟包埋組織，新鮮或冷凍組織，血液或體液的處理，DNA提取，PCR反應(yīng)及最后的測序反應(yīng)純化。32謝謝閱讀2020-5-28臨床分子生物學(xué)及細(xì)胞遺傳學(xué)檢驗CLAY8000 HIV-核糖核酸擴增定量檢測CLAZ8000 HIV-核糖核酸非擴增定性檢測CLBA8000分枝桿菌菌種鑒定C

17、LBB8000結(jié)核/非結(jié)核分枝桿菌核酸檢測CLBC8000巨細(xì)胞病毒脫氧核糖核酸擴增定性檢測CLBD8000巨細(xì)胞病毒脫氧核糖核酸擴增定量檢測CLBE8000多瘤病毒脫氧核糖核酸擴增定性檢測CLBF8000多瘤病毒脫氧核糖核酸擴增定量檢測CLBG8000EB病毒脫氧核糖核酸擴增定性檢測CLBH8000EB病毒脫氧核糖核酸擴增定量檢測CLBJ8000細(xì)小病毒脫氧核糖核酸非擴增定性檢測CLBK8000細(xì)小病毒脫氧核糖核酸非擴增定量檢測CLBL8000腺病毒脫氧核糖核酸擴增定性檢測CLBM8000腺病毒脫氧核糖核酸擴增定量檢測CLBN8000淋球菌脫氧核糖核酸擴增檢測CLBP8000沙眼衣原體脫氧核

18、糖核酸擴增檢測CLBS8000人乳頭瘤病毒脫氧核糖核酸擴增檢測CLBT8000人乳頭瘤病毒脫氧核糖核酸非擴增定性檢測CLBU8000人乳頭瘤病毒基因分型檢測CLBV8000流感病毒核糖核酸檢測 1.感染性疾病分子生物學(xué)檢驗CLAA8000病原體脫氧核糖核酸擴增定性檢測CLAB8000病原體脫氧核糖核酸擴增定量檢測CLAC8000病原體脫氧核糖核酸非擴增定性檢測CLAD8000病原體脫氧核糖核酸非擴增定性檢測CLAE8000病原體核糖核酸擴增定性檢測CLAF8000病原體核糖核酸擴增定量檢測CLAG8000病原體核糖核酸非擴增定性檢測CLAH8000病原體核糖核酸非擴增定性檢測CLAJ8000乙

19、型肝炎病毒脫氧核糖核酸擴增定性檢測CLAK8000乙型肝炎病毒脫氧核糖核酸擴增定量檢測CLAL8000乙型肝炎病毒基因分型檢測CLAM8000乙型肝炎病毒C區(qū)變異檢測CLAN8000乙型肝炎病毒基因變異檢測CLAP8000丙型肝炎病毒核糖核酸擴增定性檢測CLAQ8000丙型肝炎病毒核糖核酸擴增定性檢測CLAR8000丙型肝炎病毒基因分型檢測CLAS8000丁型肝炎病毒核糖核酸擴增定性檢測CLAT8000丁型肝炎病毒核糖核酸擴增定量檢測CLAV8000戊型肝炎病毒核糖核酸擴增定量檢測CLAW8000庚型肝炎病毒核糖核酸擴增檢測CLAX8000 HIV-核糖核酸擴增定性檢測33謝謝閱讀2020-5

20、-28疾病相關(guān)分子生物學(xué)及細(xì)胞遺傳檢驗CLDA8000 染色體核型分析 包括外周血染色體等；標(biāo)本類型：各種標(biāo)本；標(biāo)本采集、簽收、處理，經(jīng)培養(yǎng)、收獲、制片、染色等步驟，分析染色體核型，審核結(jié)果，錄入實驗室信息或人工登記，發(fā)放報告；按規(guī)定處理廢棄物；接受臨床相關(guān)咨詢。CLDB8000 脆性X染色體核型分析。CLDD8000 姊妹染色體核型分析 CLDF8000 肝豆?fàn)詈俗冃曰蚍治鯟LDG8000 血友病基因分析。CLDH8000 脆性X綜合基因分析 CLDJ8000 Y染色體性別基因分析CLDK8000 脫氧核糖核酸倍體分析CLDL1000 血細(xì)胞熒光原位雜交分析 包括21、13和X、Y等染色體

21、。CLDM4000 未經(jīng)處理的羊水細(xì)胞熒光原位雜交分析；CLDN 8000 染色體熒光原位雜交分析CLDP8000 羊水細(xì)胞染色體分析 CLDQ8000 絨毛組織染色體分析CLDR8000 染色體分析CLDS8000 白血病融合基因檢測CLDT8000 單基因遺傳病基因突變檢查 可檢測線粒體基因、a地中海貧血基因、B地中海貧血基因、丙酮酸尿癥基因等。標(biāo)本類型：各種標(biāo)本；標(biāo)本采集、簽收、處理（根據(jù)標(biāo)本類型的不同進(jìn)行相應(yīng)的前處理），提取基因組DNA， 與質(zhì)控品、陰陽性對照和內(nèi)參同時擴增，分析擴增產(chǎn)物或雜交或測序等，進(jìn)行基因分析，判斷并審核結(jié)果，錄入實驗室信息或人工登記，發(fā)放報告；按規(guī)定處理廢棄物；

22、接受臨床相關(guān)咨詢。CLDU8000 遺傳性耳聾基因檢測 可檢測GJB基因、SLC26A4基因、GJB3基因、線粒體DNA12SrRNA基因等。標(biāo)本類型：各種標(biāo)本；標(biāo)本采集、簽收、處理（根據(jù)標(biāo)本類型的不同進(jìn)行相應(yīng)的前處理），提取基因組DNA， 與質(zhì)控品、陰陽性對照和內(nèi)參同時擴增，分析擴增產(chǎn)物或雜交或測序等，進(jìn)行基因分析，判斷并審核結(jié)果，錄入實驗室信息或人工登記，發(fā)放報告；按規(guī)定處理廢棄物；接受臨床相關(guān)咨詢。34謝謝閱讀2020-5-28CLFA8000 乙型肝炎耐藥基因檢測 標(biāo)本類型：各種標(biāo)本；標(biāo)本采集、簽收、處理（根據(jù)標(biāo)本類型的不同進(jìn)行相應(yīng)的前處理），提取基因組DNA， 與質(zhì)控品、陰陽性對照和

23、內(nèi)參同時擴增，分析擴增產(chǎn)物或雜交或測序等，進(jìn)行基因分析，判斷并審核結(jié)果，錄入實驗室信息或人工登記，發(fā)放報告；按規(guī)定處理廢棄物；接受臨床相關(guān)咨詢。CLFB8000 結(jié)核分支桿菌耐藥基因檢測 標(biāo)本類型：各種標(biāo)本；標(biāo)本采集、簽收、處理（根據(jù)標(biāo)本類型的不同進(jìn)行相應(yīng)的前處理），提取基因組DNA， 與質(zhì)控品、陰陽性對照和內(nèi)參同時擴增，分析擴增產(chǎn)物或雜交或測序等，進(jìn)行基因分析，判斷并審核結(jié)果，錄入實驗室信息或人工登記，發(fā)放報告；按規(guī)定處理廢棄物；接受臨床相關(guān)咨詢。CLFC8000 萬古霉素耐藥基因檢測 標(biāo)本類型：各種標(biāo)本；標(biāo)本采集、簽收、處理（根據(jù)標(biāo)本類型的不同進(jìn)行相應(yīng)的前處理），提取基因組DNA， 與質(zhì)控

24、品、陰陽性對照和內(nèi)參同時擴增，分析擴增產(chǎn)物或雜交或測序等，進(jìn)行基因分析，判斷并審核結(jié)果，錄入實驗室信息或人工登記，發(fā)放報告；按規(guī)定處理廢棄物；接受臨床相關(guān)咨詢。CLFD8000 耐甲氧西林葡萄球菌耐藥基因檢測 標(biāo)本類型：各種標(biāo)本；標(biāo)本采集、簽收、處理（根據(jù)標(biāo)本類型的不同進(jìn)行相應(yīng)的前處理），提取基因組DNA， 與質(zhì)控品、陰陽性對照和內(nèi)參同時擴增，分析擴增產(chǎn)物或雜交或測序等，進(jìn)行基因分析，判斷并審核結(jié)果，錄入實驗室信息或人工登記，發(fā)放報告；按規(guī)定處理廢棄物；接受臨床相關(guān)咨詢。用藥指導(dǎo)的分子生物學(xué)檢驗CLFE8000 化學(xué)藥物用藥指導(dǎo)的基因檢測 可檢測CYP2C9、CYP2C19、CYP2D6、CYP3A4基因等。本采集、簽收、處理（根據(jù)標(biāo)本類型的不同進(jìn)行相應(yīng)的前處理），提取基因組DNA， 與質(zhì)控品、陰陽性對照和內(nèi)參同時擴增，分析擴增產(chǎn)物或雜交或測序等，進(jìn)行基因分析，判斷并審核結(jié)果，錄入實驗室信息或人工登記，發(fā)放報告；按規(guī)定處理廢棄物；接受臨床相關(guān)咨詢。CLFF8000 病原體用藥指導(dǎo)的基因檢測 標(biāo)本類型：各種標(biāo)本；標(biāo)本采集、簽收、處理（根據(jù)標(biāo)本類型的不同進(jìn)行相應(yīng)的前處理），提取基因組DNA， 與質(zhì)控品、陰陽性