如何閱讀分析質(zhì)粒圖譜

1、如何閱讀分析質(zhì)粒圖譜標(biāo)簽:圖譜質(zhì)粒閱讀2009-09-0114:12越履越履載體主要有病毒和非病毒兩大類，其中質(zhì)粒DNA是一種新的非病毒轉(zhuǎn)基因載體。一、一個(gè)合格質(zhì)粒的組成要素復(fù)制起始位點(diǎn)Ori?即控制復(fù)制起始的位點(diǎn)。原核生物DNA分子中只有一個(gè)復(fù)制起始點(diǎn)。而真核生物DNA分子有多個(gè)復(fù)制起始位點(diǎn)?？股乜剐曰蚩梢员阌诩右詸z測(cè)，如Amp+?,Kan+多?克隆位點(diǎn)MCS克隆攜帶外源基因片段P/E?啟動(dòng)子/增強(qiáng)子Terms終止信號(hào)?加poly(A)信號(hào)?可以起到穩(wěn)定mRNA作用二、如何閱讀質(zhì)粒圖譜第一步：首先看Ori的位置，了解質(zhì)粒的類型(原核/真核/穿梭質(zhì)粒)第二步：再看篩選標(biāo)記，如抗性，決定使用

2、什么篩選標(biāo)記。Ampr水解卩一內(nèi)酰胺環(huán)，解除氨芐的毒性。tetr可以阻止四環(huán)素進(jìn)入細(xì)胞。camr生成氯霉素羥乙酰基衍生物，使之失去毒性。neor(kanr)氨基糖苷磷酸轉(zhuǎn)移酶使G418(長(zhǎng)那霉素衍生物)失活hygr使潮霉素卩失活。第三步：看多克隆位點(diǎn)(MCS)。它具有多個(gè)限制酶的單一切點(diǎn)。便于外源基因的插入。如果在這些位點(diǎn)外有外源基因的插入，會(huì)導(dǎo)致某種標(biāo)志基因的失活，而便于篩選。決定能不能放目的基因以及如何放置目的基因。第四步:再看外源DNA插入片段大小。質(zhì)粒一般只能容納小于10Kb的外源DNA片段。一般來說，外源DNA片段越長(zhǎng)，越難插入，越不穩(wěn)定，轉(zhuǎn)化效率越低。第五步:是否含有表達(dá)系統(tǒng)元件，

3、即啟動(dòng)子核糖體結(jié)合位點(diǎn)克隆位點(diǎn)轉(zhuǎn)錄終止信號(hào)。這是用來區(qū)別克隆載體與表達(dá)載體。克隆載體中加入一些與表達(dá)調(diào)控有關(guān)的元件即成為表達(dá)載體。選用那種載體，還是要以實(shí)驗(yàn)?zāi)康臑闇?zhǔn)繩。啟動(dòng)子核糖體結(jié)合位點(diǎn)克隆位點(diǎn)轉(zhuǎn)錄終止信號(hào)啟動(dòng)子一促進(jìn)DNA轉(zhuǎn)錄的DNA順序，這個(gè)DNA區(qū)域常在基因或操縱子編碼順序的上游，是DNA分子上可以與RNApol特異性結(jié)合并使之開始轉(zhuǎn)錄的部位，但啟動(dòng)子本身不被轉(zhuǎn)錄。?增強(qiáng)子/沉默子為真核?基因組（包括真核病毒基因組）中的一種具有增強(qiáng)鄰近基因轉(zhuǎn)錄過程的調(diào)控順序。其作用與增強(qiáng)子所在的位置或方向無關(guān)。即在所調(diào)控基因上游或下游均可發(fā)揮作用。/沉默子負(fù)增強(qiáng)子，負(fù)調(diào)控序列。核糖體結(jié)合位點(diǎn)/起始密碼

4、/SD序列（Rbs/AGU/SDs）:mRNA有核糖體的兩個(gè)結(jié)合位點(diǎn)，對(duì)于原核而言是AUG（起始密碼）和SD序列。？轉(zhuǎn)錄終止順序（終止子）/翻譯終止密碼子：結(jié)構(gòu)基因的最后一個(gè)外顯子中有一個(gè)AATAAA的保守序列，此位點(diǎn)down-stream有一段GT或T富豐區(qū)，這2部分共同構(gòu)成poly（A）加尾信號(hào)。結(jié)構(gòu)基因的最后一個(gè)外顯子中有一個(gè)AATAAA的保守序列，此位點(diǎn)down-stream有一段GT或T富豐區(qū)，這2部分共同構(gòu)成poly（A）加尾信號(hào)。？回答有人之前提出的一個(gè)問題：為什么質(zhì)粒圖譜上有的箭頭順時(shí)針有的箭頭逆時(shí)針，那其實(shí)是代表兩條DNA鏈，即質(zhì)粒是環(huán)狀雙鏈DNA，它的啟動(dòng)子等在其中一條鏈上

5、，而它的抗性基因在另一條鏈上.三、介紹一下關(guān)于載體的知識(shí)（雖然課本上都有寫）1.什么是載體即要把一個(gè)有用的基因（目的基因研究或應(yīng)用基因）通過基因工程手段送到生物細(xì)胞（受體細(xì)胞），需要運(yùn)載工具（交通工具）攜帶外源基因進(jìn)入受體細(xì)胞，這種運(yùn)載工具就叫做載體（vector）。P.S.基因工程所用的vector實(shí)際上是DNA分子，是用來攜帶目的基因片段進(jìn)入受體細(xì)胞的DNA載體的分類按功能分成：（1）克隆載體都有一個(gè)松弛的復(fù)制子，能帶動(dòng)外源基因，在宿主細(xì)胞中復(fù)制擴(kuò)增。它是用來克隆和擴(kuò)增DNA片段（基因）的載體。（所以有時(shí)實(shí)驗(yàn)時(shí)擴(kuò)增效率低下，要注意是不是使用的嚴(yán)謹(jǐn)行載體）（2）表達(dá)載體具有克隆載體的基本元件

6、（ori,Ampr,Mcs等）還具有轉(zhuǎn)錄/翻譯所必需的DNA順序的載體。按進(jìn)入受體細(xì)胞類型分：（1）原核載體（2）真核載體（3）穿梭載體（sbuttlevector）指在兩種宿主生物體內(nèi)復(fù)制的載體分子，因而可以運(yùn)載目的基因（穿梭往返兩種生物之間）.P.S.穿梭質(zhì)粒含原核和真核生物2個(gè)復(fù)制子，以確保兩類細(xì)胞中都能擴(kuò)增?；蚬こ梯d體的3個(gè)特點(diǎn)：（一）都能獨(dú)立自主的復(fù)制：載體DNA分子中有一段不影響它們擴(kuò)增的非必需區(qū)域，如MCS，插在其中的外源DNA片段，能被動(dòng)的跟著載體一起復(fù)制/擴(kuò)增,就像載體的正常成分一樣。（二）都能便利的加以檢測(cè)：如載體的藥物抗性基因，多是抗生素抗性基因，將受體細(xì)胞放在含有該抗

7、生素培養(yǎng)板上培養(yǎng)生長(zhǎng)時(shí)，只有攜帶這些抗性基因的載體分子的受體細(xì)胞才能存活。三）都能容易進(jìn)入宿主細(xì)胞中去，也易從宿主細(xì)胞中分離純化出來。載體的選擇和制備：選擇載體主要依據(jù)構(gòu)建的目的，同時(shí)要考慮載體中應(yīng)有合適的限制酶切位點(diǎn)。如果構(gòu)建的目的是要表達(dá)一個(gè)特定的基因，則要選擇合適的表達(dá)載體。載體選擇主要考慮下述3點(diǎn)：【1】構(gòu)建DNA重組體的目的，克隆擴(kuò)增/表達(dá)表達(dá)，選擇合適的克隆載體/表達(dá)載體?！?】.載體的類型：（1）克隆載體的克隆能力一據(jù)克隆片段大?。ù筮x大，小選小）。如vlOkb選質(zhì)粒。（2）表達(dá)載體據(jù)受體細(xì)胞類型一原核/真核/穿梭，E.coli/哺乳類細(xì)胞表達(dá)載體。（3）對(duì)原核表達(dá)載體應(yīng)該注意3點(diǎn)：選擇合適的啟動(dòng)子及相應(yīng)的受體菌；用于表達(dá)真核蛋白質(zhì)時(shí)注意克服4個(gè)困難和閱讀框錯(cuò)位；表達(dá)天然蛋白質(zhì)或融合蛋白作為相應(yīng)載體的參考。【3】載體MCS中的酶切位點(diǎn)數(shù)與組成方向因載體不同而異，適應(yīng)目的基因與載體易于鏈接，不產(chǎn)生閱讀框架錯(cuò)位。選用質(zhì)粒（最常用）做載體的4點(diǎn)要求：選分子量小的質(zhì)粒，即小載體（11.5kb）-不易損壞，在細(xì)菌里面拷貝數(shù)也多（也有大載體）；一般使用松弛型質(zhì)粒在細(xì)菌里擴(kuò)增不受約束，一般10個(gè)以上的拷貝，而嚴(yán)謹(jǐn)型質(zhì)粒