生物信息數(shù)據(jù)庫大全

1、生物信息(bioinformation)數(shù)據(jù)庫大全摘要：生物信息(bioinformation)數(shù)據(jù)庫大全http:smartli77cctrblognetcmdhtml?do二blogs&id=548&uid=1511生物信息(bioinformation)數(shù)據(jù)庫一數(shù)據(jù)庫目錄2000年，出版核酸研究的牛津大學(xué)出版社設(shè)立了一個數(shù)據(jù)庫目錄網(wǎng)頁，這個網(wǎng)頁把數(shù)據(jù)庫分成18類在郝柏林、張淑譽編著的生物信息(bioin關(guān)鍵詞:數(shù)據(jù)庫序列基因基因組蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)序列基因圖譜關(guān)鍵詞:數(shù)據(jù)庫序列基因基因組蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)序列基因圖譜/cmd.htmkdo二blogs&id=548&uid=1511生物信息(bioi

2、nformation)數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫目錄2000年，出版核酸研究的牛津大學(xué)出版社設(shè)立了一個數(shù)據(jù)庫目錄網(wǎng)頁，這個網(wǎng)頁把數(shù)據(jù)庫分成18類在郝柏林、張淑譽編著的生物信息(bioinformation)學(xué)手冊中，他們進(jìn)行了合并，又把數(shù)據(jù)庫目錄、農(nóng)林牧有關(guān)數(shù)據(jù)庫、醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫和文獻(xiàn)單獨列出，分成以下16類：1數(shù)據(jù)庫目錄2綜合數(shù)據(jù)庫包括DNA序列陣:EMBL、GenBank、DDBJ、GSDB、TDB和UniGene3.DNA序列數(shù)據(jù)庫主要是與基因結(jié)構(gòu)和認(rèn)定有關(guān)的數(shù)據(jù)庫如密碼子使用頻度表、真核生物啟動子庫、內(nèi)含子和外顯子庫等4.RNA序列和核糖體數(shù)據(jù)庫5基因圖譜數(shù)據(jù)庫6人類基因組數(shù)據(jù)庫7其他物種基因組數(shù)據(jù)庫8

3、基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫9基因突變、病理和免疫數(shù)據(jù)庫蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫12比較基因組學(xué)(comparativegenomics)和蛋白質(zhì)組學(xué)(Proteomics)數(shù)據(jù)庫13代謝途徑和細(xì)胞調(diào)控數(shù)據(jù)庫14與農(nóng)林牧有關(guān)數(shù)據(jù)庫15醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫16其他數(shù)據(jù)庫二綜合數(shù)據(jù)庫INSD,國際核酸序列數(shù)據(jù)庫(InternationalNucleotideSequenceDatabank)由日本的DDBJ、歐洲的EMBL和美國的GenBank三家各自建立和共同維護(hù)EMBL庫，歐洲分子生物學(xué)實驗室的DNA和RNA序列庫 HYPERLINK http:/www.ebi.ac.uk/embl.html http:/w

4、ww.ebi.ac.uk/embl.htmlGenBank，美國國家生物技術(shù)信息中心（NCBI）所維護(hù)的供公眾自由讀取的、帶注釋的DNA序列的總數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK /Web/Genbank/ /Web/Genbank/DNADatabankofJapan（DDBJ），日本核酸數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/www.ddbj.nig.ac.jp/ http:/www.ddbj.nig.ac.jp/GSDB是由美國國家基因組資源中心（NCGR）維護(hù)的DNA序列關(guān)系數(shù)據(jù)庫（GenomeSequenceDataBase） HYPERLINK /gsdb/ /gsdb/TIGRDATAb

5、ase,是世界上最大的cDNA數(shù)據(jù)庫，還有大量的EST序列和人類基因索引（HGI） HYPERLINK /tdb/hcd/overview.html /tdb/hcd/overview.html三.DNA序列和結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫包括與DNA的復(fù)制、轉(zhuǎn)錄、修復(fù)等有密切關(guān)系的蛋白質(zhì)因子BioSino是中國自主開發(fā)的核酸序列公共數(shù)據(jù)庫http:/www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/ HYPERLINK / /CUTG,密碼子使用頻度表 HYPERLINK http:/www.dna.affrc.go.jp/nakamura/CUTG.html http:/www.dna.aff

6、rc.go.jp/nakamura/CUTG.html HYPERLINK http:/www.kazusa.or.jp/codon/ http:/www.kazusa.or.jp/codon/ HYPERLINK http:/www.dna.affrc.go.jp/nakamura/CUTG.html http:/www.dna.affrc.go.jp/nakamura/CUTG.htmlEPD,真核生物啟動子數(shù)據(jù)庫(EukaryoticPromotorDatabase) HYPERLINK http:/www.epd.isb-sib.ch/ http:/www.epd.isb-sib.ch

7、/TRANSFAC,真核生物基因表達(dá)調(diào)控因子的數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/transfac.gbf.de/TRANSFAC http:/transfac.gbf.de/TRANSFACTRRD.真核生物基因組轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/ http:/www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/OOTFD,轉(zhuǎn)錄因子和基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK / /RepBase,真核生物DNA中重復(fù)序列數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK /server/repbas

8、e.html /server/repbase.htmlMicroSatellite,微衛(wèi)星重復(fù)序列數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK /gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html /gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.htmlALU數(shù)據(jù)庫是人及其他靈長類代表性的Alu重復(fù)片段(/pub/jmc/alu/)SimpleRepeats,簡單重復(fù)序列庫 HYPERLINK / /COMPEL,復(fù)合元件數(shù)據(jù)庫ftp:/ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/)MPDB,分子探針數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK

9、http:/www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html http:/www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.htmlHvrBase,靈長類mtDNA調(diào)控區(qū)序列庫，主要是人的HVI和HVII兩個高變異區(qū)的序歹U HYPERLINK http:/monolith.eva.mpg.de/hvrbase/ http:/monolith.eva.mpg.de/hvrbase/PlantCARE,植物順式作用(cis-acting)調(diào)控因子數(shù)據(jù)庫. HYPERLINK http:/sphinx.rug.ac.be:8080/

10、PlantCare/ http:/sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCare/PLACE是從文獻(xiàn)中搜集的植物順式作用調(diào)控元件DNA模體的數(shù)據(jù)庫，只涉及維管植物.ftp:/ftp.dna.affrc.go.jp(/pub/dna_place/place.seq)Mendel數(shù)據(jù)庫，搜集植物STS和EST序列. HYPERLINK http:/jiio6.jic.bbsrc.ac.uk/ http:/jiio6.jic.bbsrc.ac.uk/HOXPro同源異型盒(homeobox)基因數(shù)據(jù)庫. HYPERLINK http:/spirov.iephb.nw.ru/hox_p

11、ro/hox-pro00.html http:/spirov.iephb.nw.ru/hox_pro/hox-pro00.htmlOPD,寡核苷酸探針數(shù)據(jù)庫(OligonucleotideProbeDatabase). HYPERLINK /OPD/ /OPD/dbSTS,序列標(biāo)記位點(SequenceTaggedSites)數(shù)據(jù)庫. HYPERLINK /dbSTS/ /dbSTS/(/repository/dbSTS)dbEST這是GenBank的重要組成部分，它包含若干物種的已表達(dá)的序列標(biāo)記信息. HYPERLINK /dbEST/ /dbEST/(/repository/dbEST)A

12、mmtDB,后生動物線粒體DNA多序列聯(lián)配數(shù)據(jù)庫，搜集了脊椎動物(vertebrates)線粒體中編碼蛋白質(zhì)和tRNA的多DNA序列對比數(shù)據(jù)，以及哺乳動物(mammal;mammalian)mtDNA主調(diào)控區(qū)序列聯(lián)配數(shù)據(jù). HYPERLINK r.it:8000/BioWWW/%23AMMTDB r.it:8000/BioWWW/#AMMTDBHOVERGEN,脊椎動物(vertebrates)同源基因數(shù)據(jù)庫(HOmologousVERtebratesnoRNA,小核仁RNA數(shù)據(jù)庫snoRNA,小核仁RNA數(shù)據(jù)庫EID,外顯子、內(nèi)含子數(shù)據(jù)庫GENes) HYPERLINK http:/acnu

13、c.univ-lyon1.fr/ http:/acnuc.univ-lyon1.fr/ HYPERLINK biogen.fM/pub/db/acnuc/hovergen)DNA結(jié)構(gòu)參數(shù)庫.ftp:transfac.gbf.de(/pub/structure_library)NUCLEOSOME數(shù)據(jù)庫，收集實驗測定的核小體數(shù)據(jù)，用于預(yù)測DNA中與組蛋白八聚體結(jié)合的位點.ftp:/ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/nucleosomal_dna/SELEX_DB,隨機(jī)化序列庫. HYPERLINK http:/www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/system

14、s/selex/ http:/www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/ASDB,交替剪接基因的數(shù)據(jù)庫. HYPERLINK :8888/ :8888/Intronerator,秀麗線蟲內(nèi)含子和交替剪接數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK /kent/intronerator/ /kent/intronerator/IDB和IEDB前者是內(nèi)含子序列數(shù)據(jù)庫，后者是內(nèi)含子演化數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK /intron/index.html /intron/index.html HYPERLINK /gilbert/EID/ /gilbert/EID/Exlnt,外顯子、

15、內(nèi)含子數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK .sg/rint/exint.html .sg/rint/exint.htmlNDB,核酸晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫/ HYPERLINK /NDB/ndb.html /NDB/ndb.htmlVectorDB,載體數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK / /Vector和Vector-ig,包分子生物學(xué)常用的許多載體的注釋和序列信息(/repository/vetcor-ig)(/repository/vector)四.RNA序列和核糖體數(shù)據(jù)庫1993年成立的RNA學(xué)會，在出版RNA刊物同時，還維護(hù)著兩個信息網(wǎng)頁: HYPERLINK /rna1/ /rna1/ HYPERLIN

16、K /Journals/JNLSCAT/rRNA/rna.html /Journals/JNLSCAT/rRNA/rna.htmlhttp:/biochem.otago.ac.nz/Transterm/類病毒和類病毒樣RNA數(shù)據(jù)庫http:/biochem.otago.ac.nz/Transterm/類病毒和類病毒樣RNA數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK /biochem /biochem.noRNA-DataBase.htmlSmallRNA數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK /smallRNA/smallrna.html /smallRNA/smallrna.htmlRNAseP數(shù)據(jù)庫，包含RNA水解酶

17、P的RNA亞基序列、聯(lián)配、二級結(jié)構(gòu)和三維模型 HYPERLINK /RNAseP/home.html /RNAseP/home.htmltmRNA網(wǎng)點包含tmRNA序列、公認(rèn)蛋白質(zhì)水解標(biāo)記、序列聯(lián)配、確定新tmRNA的導(dǎo)引，以及簡要綜述等 HYPERLINK /tmrna/ /tmrna/tmRDB.已經(jīng)聯(lián)配好的、加有注釋的、按親緣關(guān)系排列的tmRNA序列數(shù)據(jù) HYPERLINK /dbs/tmRDB/tmRDB.html /dbs/tmRDB/tmRDB.htmlgRNA,導(dǎo)引RNA數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/www.biochem.mpg.de/goeringe/ http:/

18、www.biochem.mpg.de/goeringe/SRPDB,信號識別粒子數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK /dbs/SRPDB/SRPDB.html /dbs/SRPDB/SRPDB.htmlTransTerm,信使RNA的組分和翻譯控制信號數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/www.callisto.si.usherb.ca/jpperra/ http:/www.callisto.si.usherb.ca/jpperra/UTRdb和UTRsiteUTRdb是真核生物mRNA的5端和3端非翻譯區(qū)序列的非冗余數(shù)據(jù)庫，UTRsite搜集這些非翻譯區(qū)序列中的功能片段 HYPERLINK r.

19、it:8000/EmbIT/UTRHome/ r.it:8000/EmbIT/UTRHome/ncRNA,似mRNA的非編碼RNA數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/www.man.poznan.pl/5Sdata/ncRNA/index.html http:/www.man.poznan.pl/5Sdata/ncRNA/index.htmlRNAmods,RNA修飾數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK /RNAmods/RNAmods.html /RNAmods/RNAmods.html(/library/RNAmods)AARSDB,酰氨基tRNA合成酶數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/r

20、ose.man.poznan.pl/aars/index.html http:/rose.man.poznan.pl/aars/index.htmltRNA序列和基因、結(jié)構(gòu)與功能數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/ http:/www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/PLMItRNA基于FastA的綠色植物線粒體tRNA分子和tRNA基因的數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK r.it:8000/srs6/ r.it:8000/srs6/ HYPERLI

21、NK http:/www.ebi.ac.uk/services/ http:/www.ebi.ac.uk/services/16SMDB、16S-likeMDB、16SMDBexp、23SMDB、23S-likeMDBexp數(shù)據(jù)http:/www.ebi.ac.uk/RHdbhttp:/corbra.ebi.ac.uk/Rhdb/species/HUMAN/gm99.htmlhttp:/www.ebi.ac.uk/RHdbhttp:/corbra.ebi.ac.uk/Rhdb/species/HUMAN/gm99.html/(/pub/)庫，是一批16S和23S核糖體RNA突變數(shù)據(jù)庫 HYPE

22、RLINK /departments/biology/databasee/rna.html /departments/biology/databasee/rna.htmlftp:/acad.fandm.edU/nar/)RNAwww,RNA二級結(jié)構(gòu)網(wǎng)頁，也有16SRNA和23SRNA的數(shù)據(jù) HYPERLINK :8080/RNA/ :8080/RNA/uRNADB,已經(jīng)聯(lián)配好的、加有注釋的、按親緣關(guān)系排列的uRNA序列數(shù)據(jù) HYPERLINK /dbs/uRNADB/uRNADB.html /dbs/uRNADB/uRNADB.htmlU-insertion/deletion編輯序列數(shù)據(jù)庫，包

23、含5個無脊椎動質(zhì)體目物種的線粒體基因和編輯后的mRNA序列 HYPERLINK /RNA/trypanosome/database.html /RNA/trypanosome/database.htmlPseudoBase,假扭結(jié)數(shù)據(jù)庫http:/www.bioeidenuniv.nl/Batenburg/PKB.htmlRDP,核糖體數(shù)據(jù)庫計劃包含小亞基和大亞基的兩部分rRNA,由已聯(lián)配的RNA序列以及親緣樹組成 HYPERLINK /RDP/ /RDP/SSUrRNA歐洲核糖體小亞基RNA結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/rrna.uia.ac.be/ssu/ http:/rrn

24、a.uia.ac.be/ssu/LSUrRNA歐洲核糖體大亞基RNA結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/rrna.uia.ac.be/lsu/ http:/rrna.uia.ac.be/lsu/5SrRNA數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/rose.man.poznan.pl/5Sdata/index.html http:/rose.man.poznan.pl/5Sdata/index.htmlDRC,核糖體交鏈數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/www.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/ag_ribo/ag_brimacombe/drc/ http:/w

25、ww.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/ag_ribo/ag_brimacombe/drc/ACTIVITY,DNA和RNA中功能位點數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/www.mgs.bionet.nsu.ru/systems/Activity/ http:/www.mgs.bionet.nsu.ru/systems/Activity/RNA非正則配對數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK /bp_type/ /bp_type/五基因圖譜數(shù)據(jù)庫Rhdb,輻射雜交數(shù)據(jù)庫http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr13/http:/www.sanger.ac.uk/H

26、GP/chr13/http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr2/ftp:/ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb)MouseRH數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK /mouse_rh/ /mouse_rh/GDB,人類基因組數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK / /GeneMap99,人類基因圖譜1999年版 HYPERLINK /genemap/ /genemap/HuGeMap,人類基因遺傳圖譜和物理圖譜的分布式集成數(shù)據(jù)庫ftp:/ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb/gm99.map)六人類基因組有關(guān)數(shù)據(jù)庫人類染色體數(shù)據(jù)網(wǎng)址：

27、HYPERLINK http:/linkage.rockefeller/chr1/ http:/linkage.rockefeller/chr1/ HYPERLINK http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr1 http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr1 HYPERLINK / / HYPERLINK http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr4 http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr4 HYPERLINK / / HYPERLINK http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr6 http:/ww

28、w.sanger.ac.uk/HGP/chr6 HYPERLINK http:/www.genet.sickkids.om.ca/chrdb:8080/chr8/home.html http:/www.genet.sickkids.om.ca/chrdb:8080/chr8/home.html HYPERLINK http:/www.gene.ucl.ac.uk/chr9 http:/www.gene.ucl.ac.uk/chr9 HYPERLINK http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr9 http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr9 HYPERLIN

29、K /htdocs/chr10-mapping/ /htdocs/chr10-mapping/ HYPERLINK http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr10/ http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr10/ HYPERLINK http:/chr11.bc.ic.ac.uk/ http:/chr11.bc.ic.ac.uk/ HYPERLINK /datapage/ /datapage/ HYPERLINK /database.html/chr12/home.html /database.html/chr12/home.html HYPERLINK

30、/genome/ /genome/http:/www.sanger.ac.uk/hum22/HGP/chr22/ HYPERLINK http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr15/ http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr15/ HYPERLINK http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr15/ http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr15/ HYPERLINK / / HYPERLINK /tdb/humgen/c16.htmlhttp:/bioinformatics.weizmann.ac.il/ /tdb/h

31、umgen/c16.htmlhttp:/bioinformatics.weizmann.ac.il/ HYPERLINK http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr18/ http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr18/ HYPERLINK / / HYPERLINK /bbrp/genome/genome.htmlhttp:/www.expasy.ch/cgi-bin/lists2humchr20.txt /bbrp/genome/genome.htmlhttp:/www.expasy.ch/cgi-bin/lists2humchr20.txt HYPER

32、LINK http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr20/ http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chr20/ HYPERLINK http:/www.expasy.ch/cgi-bin/lists2humchr21.txt/chr21/welcome.html http:/www.expasy.ch/cgi-bin/lists2humchr21.txt/chr21/welcome.html HYPERLINK http:/www.cephb.fr/chromosome21.html/HGC22.html http:/www.cephb.fr/chromoso

33、me21.html/HGC22.html HYPERLINK http:/www.expasy.ch/cgi-bin/lists2humchr22.txt http:/www.expasy.ch/cgi-bin/lists2humchr22.txt HYPERLINK /gifs/ /gifs/ HYPERLINK http:/www.expasy.vh/cgi-bin/lists?humchrx.txt http:/www.expasy.vh/cgi-bin/lists?humchrx.txt HYPERLINK :8080/chrX/home.html :8080/chrX/home.ht

34、ml HYPERLINK http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chrX/ http:/www.sanger.ac.uk/HGP/chrX/ HYPERLINK http:/www.expasy.ch/cgi-bin/lists2humchry.txt http:/www.expasy.ch/cgi-bin/lists2humchry.txt HYPERLINK /mitomap.html /mitomap.html1.人類基因組測序中心HUGO是人類基因組組織的縮寫 HYPERLINK / /HUGOPacificGENOMENewsletter是HUGO在太平洋部分，其中反

35、映中國情況的短文在： HYPERLINK http:/hugo-pacific.genome.ac.jp/3_2contents/china.html http:/hugo-pacific.genome.ac.jp/3_2contents/china.html美國能源部支持的人類基因組計劃(genomeproject) HYPERLINK /production/ober/hug_top.html /production/ober/hug_top.html美國國家衛(wèi)生署對人類基因組計劃(genomeproject)的支持，通過NHGRI即國家人類基因組研究所(NationalHumanGeno

36、meResearchInstitute)體現(xiàn)/英國WellcomeTrust是人類基因組計劃(genomeproject)的另一個主要資助者 HYPERLINK http:/www.wellcome.ac.uk/ http:/www.wellcome.ac.uk/百慕大原則：測序的中間和最終結(jié)果都必須迅速的公開 HYPERLINK http:/www.gene.ucl.ac.uk/hugo/bermuda.html http:/www.gene.ucl.ac.uk/hugo/bermuda.html世界上主要人類基因組測序中心的名單 HYPERLINK /inf/Hgcenters.html/

37、hgmis/centers.html /inf/Hgcenters.html/hgmis/centers.htmlNCBI的GenBank數(shù)據(jù)庫從1999年10月起，建立了智人基因組子目錄，其下按染色體編號設(shè)子目錄 HYPERLINK /genbank/genomes/H_sapiens/ /genbank/genomes/H_sapiens/英國的Sanger中心的人類基因組計劃(genomeproject)網(wǎng)頁，不僅有它們負(fù)責(zé)測序的染色體數(shù)據(jù)，還有到其他染色體數(shù)據(jù)的鏈接 HYPERLINK http:/www.sanger.ac.uk/HGP/ http:/www.sanger.ac.uk

38、/HGP/日本的DDBJ和信息生物學(xué)中心(CIB)聯(lián)合建立了一個HumanGenomicsStudio，可以按染色體編號檢索和查找基因序列 HYPERLINK http:/studio.nig.ac.jp/ http:/studio.nig.ac.jp/Sanger中心是世界上最大的DAN測序中心之一承擔(dān)人類基因組計劃(genomeproject)的三分之一，集中在1、6、9、10、13、20、22和X HYPERLINK http:/www.sanger.ac.uk/HGP/stats.html http:/www.sanger.ac.uk/HGP/stats.htmlLBNL,Lawren

39、ceBerkeley國家實驗室 HYPERLINK /GenomeHome.html /GenomeHome.htmlLLNL,LawrenceLivermore國家實驗室 HYPERLINK /bbrp/genome/genome.html /bbrp/genome/genome.htmlLANL，美國洛斯阿拉莫斯國家實驗室 HYPERLINK /index.html /index.htmlJGI，由美國能源部支持的，依托LBNL、LLNL和LANL三個國家實驗室的人類基因組研究部門建的聯(lián)合基因組研究所(JointGenomeInstitute) HYPERLINK / /UWGC，華盛頓大

40、學(xué)基因中心，是國際上最活躍的測序中心之一 HYPERLINK / /SHGC，斯坦福大學(xué)人類基因中心，主要做高分辨率輻射雜交圖譜，以及人類第四號染色體BAC克隆的測序美國哥倫比亞大學(xué)基因中心，主要研究和人類疾病有關(guān)的基因和第13號染色體圖 HYPERLINK /genome/ /genome/ HYPERLINK http:/genome3.cpmc/legion/ http:/genome3.cpmc/legion/GENETH0N，法國人類基因組研究中心 HYPERLINK http:/www.genethon.fr/genethon_en.html http:/www.genethon.

41、fr/genethon_en.html2.人類基因組有關(guān)數(shù)據(jù)GenBank、EMBL、GSDB、GDB等綜合數(shù)據(jù)庫的主要內(nèi)容都來自人UniGene,人類基因序列集合，搜集了GenBank中不同基因產(chǎn)物的序列 HYPERLINK /UniGene/ /UniGene/HIB數(shù)據(jù)庫，是德國人類基因組計劃(genomeproject)中基因分析項目所建立的自動注釋的基因集團(tuán)數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/www.mips.biochem.mpg.de/proj/human/ http:/www.mips.biochem.mpg.de/proj/human/dbSNP,設(shè)在美國國家生物技術(shù)信息

42、中心NCBI的單核苷酸多態(tài)性數(shù)據(jù)庫，收錄單核苷酸置換，以及短的刪除和插入所導(dǎo)致的多態(tài)性 HYPERLINK /SNP/ /SNP/Whitehead的生物醫(yī)學(xué)研究所的人類單核苷酸多態(tài)性(SNP)數(shù)據(jù)庫/tdb/humgen/bac_end_search/tdb/humgen/bac_end_search/ HYPERLINK /SNP/human /SNP/humanHGBASE是人類雙等位基因序列(HumanGenicBi-AllelicSequences)的縮寫，這是人類基因從啟動子到轉(zhuǎn)錄終點，即基因及其前后所發(fā)現(xiàn)的所有單核苷酸多態(tài)性和其他變化的數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK eractiva

43、.de/ eractiva.de/ HYPERLINK http:/hgbase.cgr.ki.se/ http:/hgbase.cgr.ki.se/位于St.Louis的華盛頓大學(xué)的SNP數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK /SNP/ /SNP/I.M.A.G.E協(xié)作組，他們共享高質(zhì)量的cDNA克隆庫，并把有關(guān)序列、圖譜和表達(dá)數(shù)據(jù)公開 HYPERLINK /bbrp/image/image/html /bbrp/image/image/html美國菌種保藏中心(AmericanTypeCultureCollection) HYPERLINK / /GenMapDB,V.Cheung實驗室維護(hù)的一個B

44、AC圖譜數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK /vcheung/ /vcheung/BACEnds,人類BAC末端數(shù)據(jù)庫HUGE,人類未經(jīng)實驗證實的編碼基因的數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/dazusa.or.jp/huge/ http:/dazusa.or.jp/huge/IXDB,集成的人類X染色體物理圖譜數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/ixdb.mpimp-berlin-dahlem.mpg.de/ http:/ixdb.mpimp-berlin-dahlem.mpg.de/Genotype,法國人類多態(tài)性研究中心的基因型數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/www.cephb.

45、fr/cephdb/ http:/www.cephb.fr/cephdb/VIRGIL,專門為GDB中的人類基因和GenBank中的DNA序列提供對應(yīng)鏈接關(guān)系的數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK biogen.fr/services/birgil/Hpvirgil.htmlbiogen.fr(/pub/db/viogil/virgil.ffl biogen.fr/services/birgil/Hpvirgil.htmlbiogen.fr(/pub/db/viogil/virgil.ffl)KinMutBase,人類致病蛋白質(zhì)激酶突變數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/www.uta.fi/imt

46、/bioinfo/KinMutBase/ http:/www.uta.fi/imt/bioinfo/KinMutBase/CpGIsle,人類基因中CpG島數(shù)據(jù)庫ftp:/bioslave.uio.no(/cpgisle)biogen.fr(/pub/db/cpgisle/)ftp:/ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/cpgisle)p53數(shù)據(jù)庫研究人類腫瘤及腫瘤細(xì)胞系p53基因突變的數(shù)據(jù)庫，包括：p53庫、體細(xì)胞突變庫、種系突變庫和細(xì)胞系突變庫 HYPERLINK http:/perso.curie.fr/tsoussi/ http:/perso.curie.fr/t

47、soussi/IARCp53數(shù)據(jù)庫法國國際癌癥(cancer)研究會的腫瘤和細(xì)胞系P53基因突變數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/www.iarc.fr/p53/homepage.html http:/www.iarc.fr/p53/homepage.html HYPERLINK http:/www.ebi.ac.uk/ http:/www.ebi.ac.uk/p53數(shù)據(jù)庫具有癌癥(cancer)傾向家族P53種系突變數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/www.lf2.cuni.cz/projicts/germline_mu_p53.html http:/www.lf2.cuni.c

48、z/projicts/germline_mu_p53.htmlftp:/ftp.lf2.cuni.cz(/pub/doc/medical/)人類P53基因突變及軟件 HYPERLINK /dnam/des_p53.html /dnam/des_p53.html人類hprt即次嘌呤磷酸核糖基轉(zhuǎn)移酶基因突變數(shù)據(jù)庫和在PC視窗下運行的分析軟件 HYPERLINK /dnam/des_hprt.html /dnam/des_hprt.html轉(zhuǎn)基因嚙齒動物L(fēng)acI數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK /dnam/des_laci.html /dnam/des_laci.html轉(zhuǎn)基因嚙齒動物L(fēng)acZ突變庫基因突

49、變數(shù)據(jù)庫及分析軟件thaliana)、線蟲、酵母、和斑馬魚的數(shù)據(jù) HYPERLINK /dnam/des_lacz.html /dnam/des_lacz.htmlWRN基因突變與遺傳病Werner綜合征有關(guān) HYPERLINK /werner/ws-wrn.html /werner/ws-wrn.htmlOMIM,在線人類孟德爾遺傳數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK /omim/ /omim/STACK,南非國家信息中心SANBI維護(hù)的一個序列標(biāo)記聯(lián)配和代表序列知識庫 HYPERLINK http:/www.sanbi.ac.za/Dbases.html http:/www.sanbi.ac.za/

50、Dbases.htmlSANIGENE是與STACK密切相關(guān)的一個數(shù)據(jù)庫它包含所有經(jīng)過計算機(jī)處理聯(lián)配過的人類基因EST的集團(tuán) HYPERLINK http:/www.sanbi.ac.za/Dbases.html http:/www.sanbi.ac.za/Dbases.html七其他物種基因組數(shù)據(jù)庫DOGS，基因組尺寸數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/www.cbs.dtu.dk/ http:/www.cbs.dtu.dk/GenBank的/genomes/子目錄：(/pub/databases/genband/genomes/)EuGenes,真核生物基因綜合知識庫目前包括果蠅、人、

51、小鼠、擬南芥(Arabidopsis HYPERLINK /eugenes /eugenes1原核生物基因組細(xì)菌基因組計劃(genomeproject)的進(jìn)展情況，可從以下網(wǎng)站查詢： HYPERLINK /PMGifs/Genomes/bact.html /PMGifs/Genomes/bact.htmlMOT，歐洲生物信息(bioinformation)研究所EBI的基因組測序進(jìn)展表 HYPERLINK http:/www.ebi.ac.uk/sterk/genome-MOT/ http:/www.ebi.ac.uk/sterk/genome-MOT/GIB，日本DDBJ設(shè)立的GenomeI

52、nformationBrokerformicrobialgenomes的縮寫 HYPERLINK http:/mol.genes.nig.ac.jp/gib/ http:/mol.genes.nig.ac.jp/gib/MAGPIE測序計劃清單也可以參考 HYPERLINK /gaasterland/genomes.html /gaasterland/genomes.htmlEMGLib,增補微生物基因組庫 HYPERLINK http:/pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html http:/pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.h

53、tml大腸桿菌(Escherichiacoli)K12菌株的完全基因組序列/可由GenBank的子目錄/genomes/獲取，或從華盛頓大學(xué)大腸桿菌(Escherichiacoli)基因組中心，即Blattner實驗室的網(wǎng)頁讀?。?HYPERLINK /pub/sequence/ /pub/sequence/ECDC,大腸桿菌(Escherichiacoli)菌株K12的基因序列庫，包括基因、讀框、調(diào)控區(qū)、啟動子、終止子、tRNA和rRNA等 HYPERLINK http:/susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/ecdc.htmlftp:/ftp.ebi.ac.uk)/pu

54、b/databases/ecdc http:/susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/ecdc.htmlftp:/ftp.ebi.ac.uk)/pub/databases/ecdc)EcoGene和EcoWeb,大腸桿菌(Escherichiacoli)K12菌株基因組數(shù)據(jù)庫/包括基因、蛋白質(zhì)、基因間蛋白質(zhì)組信息 HYPERLINK /EcoGene/EcoWeb/ /EcoGene/EcoWeb/RegulonDB,大腸桿菌(Escherichiacoli)轉(zhuǎn)錄調(diào)控和操作子數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/www.cifn.unam.mx/Computational_

55、Biology/regulondb/ http:/www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/NRSub,非冗余枯草芽抱桿菌DNA數(shù)據(jù)庫，包括完全基因組、密碼子使用表、基因圖譜和基因家族 HYPERLINK http:/acnuc.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.htmlftp:/ftplnig.ac.jp(/pub/db/nrsub http:/acnuc.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.htmlftp:/ftplnig.ac.jp(/pub/db/nrsub)HIDB,流感嗜血菌完全基因組的原始數(shù)

56、據(jù)庫 HYPERLINK /tdb/mdb/hidb/hidb.html/pub/data/h_influenzae /tdb/mdb/hidb/hidb.html/pub/data/h_influenzaeHIDC,流感署血菌基因序列庫 HYPERLINK http:/susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/hidc.html http:/susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/hidc.htmlCyanoBase,藍(lán)細(xì)菌數(shù)據(jù)庫，實際上是集胞藍(lán)細(xì)菌的基因組數(shù)據(jù)庫藍(lán)細(xì)菌具有氧化和光合作用所需的全套基因 HYPERLINK http:/www.kazusa.o

57、r.jp/cyano/cyano.html http:/www.kazusa.or.jp/cyano/cyano.htmlMJDB,詹氏甲烷球菌基因組數(shù)據(jù)庫(/pub/data/m_jannaschii) HYPERLINK /tdb/mdb/mjdb/mjdb.html /tdb/mdb/mjdb/mjdb.htmlMycDB,分枝桿菌數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/www.biochem.kth.se/MycDB.html http:/www.biochem.kth.se/MycDB.htmlRsGDB,類球紅細(xì)菌基因組數(shù)據(jù)庫第一作者聯(lián)系： HYPERLINK mailto:/ma

58、dhu mailto:/madhuPGI,疫霉屬基因預(yù)研究計劃的數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK /pgi/ /pgi/2真菌基因組SGS,釀酒酵母基因組數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK /Saccharomyces/ /Saccharomyces/ HYPERLINK ftp:/genome-ftp.stanford.edU/pub/yeast)LISTA,LISTA-HOP和LISTA-HON是釀酒酵母基因組中蛋白質(zhì)編碼序列及其同源性的數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK / /ftp:/bioftp.unibas.ch/MYGD,酵母基因組、蛋白質(zhì)和同源關(guān)系的數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/www.m

59、ips.biochem.mpg.de/proj/yeast/ http:/www.mips.biochem.mpg.de/proj/yeast/YIDB,酵母內(nèi)含子數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/www.EMBL-Heidelberg.DE/ExternalInfo/seraphin/yidb.html http:/www.EMBL-Heidelberg.DE/ExternalInfo/seraphin/yidb.htmlMNCDB,由德國MIPS所維護(hù)的粗糙鏈抱霉基因組數(shù)據(jù)庫 HYPERLINK http:/www.mips.biochem.mpg.de/desc/neurospor

60、a/ http:/www.mips.biochem.mpg.de/desc/neurospora/真菌基因組資源的網(wǎng)址： HYPERLINK :5080/main.html :5080/main.htmlFGSC,真菌遺傳學(xué)信息中心 HYPERLINK / /3原生生物和線蟲基因組歐洲生物信息(bioinformation)研究所EBI的原生生物網(wǎng)頁: HYPERLINK http:/www.ebi.ac.uk/Projects/Protozoa/ http:/www.ebi.ac.uk/Projects/Protozoa/AceDB,線蟲綜合數(shù)據(jù)庫ftp:/sanger.ac.uk(/pub