常用生物軟件大匯總

精選優(yōu)質(zhì)文檔-----傾情為你奉上精選優(yōu)質(zhì)文檔-----傾情為你奉上專(zhuān)心---專(zhuān)注---專(zhuān)業(yè)專(zhuān)心---專(zhuān)注---專(zhuān)業(yè)精選優(yōu)質(zhì)文檔-----傾情為你奉上專(zhuān)心---專(zhuān)注---專(zhuān)業(yè)常用生物軟件大匯總序列綜合分析VectorNTISuite8.0不喜歡裝備各種專(zhuān)業(yè)性強(qiáng)的軟件,而希望用一個(gè)綜合性的軟件代替的同志可以選擇本軟件。本階段的大部分功能它都有。該軟件具體特有良好的數(shù)據(jù)庫(kù)管理(增加、修改、查找,對(duì)要操作的數(shù)據(jù)放在一個(gè)界面相同的數(shù)據(jù)庫(kù)中統(tǒng)一管理。軟件中的大部分分析可以通過(guò)在數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行選定(數(shù)據(jù)->分析->結(jié)果(顯示、保存和入庫(kù)三步完成。在分析主界面,軟件可以對(duì)核酸蛋白分子進(jìn)行限制酶分析、結(jié)構(gòu)域查找等多種分析和操作,生成重組分子策略和實(shí)驗(yàn)方法,進(jìn)行限制酶片段的虛擬電泳,新建輸入各種格式的分子數(shù)據(jù)、加以注釋,輸出高質(zhì)量的圖像。VectorNTISuite還有以下獨(dú)立的分析程序,完成相關(guān)分析。這些獨(dú)立的程序,可以通過(guò)選定->分析->結(jié)果三步調(diào)用。l3DMol-顯示PDB格式分子的三維結(jié)構(gòu)lAlignX-序列相似性比較lAlignXblocks-序列局部完全相同比較lContigExpress-將小片段拼裝成長(zhǎng)序列l(wèi)GCGConverter-GCG格式文件轉(zhuǎn)換成NTI的格式lPubMed/EntrezSearch-搜索PubMed、PDB、GenBanklBackTranslation-核酸->蛋白->核酸反向翻譯的工具lMatrixEditor-矩陣數(shù)據(jù)編輯lToolsManager-連接其他程序和網(wǎng)絡(luò)連接的界面。分成Align、Analyze、Assemble、Tools四部分。DNAStar5.03即著名的LasergeneSuite,由EditSeqMegAlign、GeneQuestMapDrawPrimerSelectProteanSeqManII七個(gè)模塊組成,該軟件的MegAlign模塊,可以對(duì)多達(dá)64000的片段進(jìn)行拼裝。整個(gè)拼裝過(guò)程即時(shí)顯示,并提示可能的完成時(shí)間。拼裝結(jié)果采用序列、策略等方式顯示。DNAstar是哈佛大學(xué)醫(yī)學(xué)院是使用的序列分析軟件,可見(jiàn)其功能強(qiáng)大。Omiga2.0實(shí)際上,大部分對(duì)核酸蛋白的序列分析功能,在Omiga2.0中都能找到;而且界面非常友好。Omiga作為強(qiáng)大的蛋白質(zhì)、核酸分析軟件,它還兼有引物設(shè)計(jì)的功能。主要功能:編輯、瀏覽、蛋白質(zhì)或核酸序列,分析序列組成。用Clustal.W進(jìn)行同源序列比較,發(fā)現(xiàn)同源區(qū)。實(shí)現(xiàn)了核酸序列與其互補(bǔ)鏈之間的轉(zhuǎn)化,序列的拷貝、刪除、粘貼、置換以及轉(zhuǎn)化為RNA鏈,以不同的讀碼框、遺傳密碼標(biāo)準(zhǔn)翻譯成蛋白質(zhì)序列。查找核酸限制性酶切位點(diǎn)、基元(Motif及開(kāi)放閱讀框(ORF,設(shè)計(jì)并評(píng)估PCR、測(cè)序引物。查找蛋白質(zhì)解蛋白位點(diǎn)(ProteolyticSites、基元、二級(jí)結(jié)構(gòu)等。查尋結(jié)果可以以圖譜及表格的顯示,表格設(shè)有多種分類(lèi)顯示形式。利用Mange快捷鍵,用戶(hù)可以向限制性?xún)?nèi)切酶、蛋白質(zhì)或核酸基元、開(kāi)放閱讀框及蛋白位點(diǎn)等數(shù)據(jù)庫(kù)中添加或移去某些信息。每一數(shù)據(jù)庫(kù)中都設(shè)有多種查尋參數(shù),可供選擇使用。用戶(hù)也可以添加、編輯或自定義某些查尋參數(shù)?？蓮腗acVectorTM、WisconsinPackageTM等數(shù)據(jù)庫(kù)中輸入或輸出序列。另外,該軟件還提供了一個(gè)很有特色的類(lèi)似于核酸限制酶分析的蛋白分析,對(duì)蛋白進(jìn)行有關(guān)的多肽酶處理后產(chǎn)生多肽片段。DSgene:Omiga2.0的換代產(chǎn)品,accelrys公司Discoverystudio系列,accelrys公司的insightII,GCG是業(yè)內(nèi)蛋白分析和核酸分析的權(quán)威軟件,DSgene是GCG的個(gè)人機(jī)簡(jiǎn)版,功能強(qiáng)大,而且可以直接與GCG服務(wù)器相連。由于受到vectorNTI的界面影響,DSgene與Omiga2.0相比界面有了很大的改變。DNASISforWindows2.5版是日立軟件公司(HitachiSofewareEngineeringCo.,Ltd.97年推出的一個(gè)功能強(qiáng)大的序列分析軟件。包含有大部分分子生物學(xué)軟件的常用功能,可進(jìn)行DNA,RNA,蛋白質(zhì)序列的編輯和分析,甚至還能進(jìn)行質(zhì)粒作圖、數(shù)據(jù)庫(kù)查詢(xún)等功能,足可滿(mǎn)足一般實(shí)驗(yàn)室的要求。在DOS時(shí)代,DNASIS7等版本便是流傳甚廣并曾給過(guò)許多人以幫助的分子生物學(xué)軟件,因此我們有理由期待Win版的DNASIS會(huì)帶給我們驚喜。DNASISMAX1.0DNASIS2.5的更新?lián)Q代產(chǎn)品。綜合序列分析軟件,體積比上一個(gè)版本一下膨脹了許多。界面風(fēng)格也改變了很多。DNATools5.1與Omiga,DNAsis,PCgene等軟件屬于同一類(lèi)的綜合性軟件,操作簡(jiǎn)單功能多。DNATools設(shè)計(jì)的用戶(hù)友好、強(qiáng)壯,以便快速、方便地獲取、貯藏和分析序列及數(shù)據(jù)庫(kù)查詢(xún)獲得的序列相關(guān)信息。DNATools包容性很好,能把幾乎所有文本文件打開(kāi)作為序列。當(dāng)程序不能辨別序列的格式時(shí)(通過(guò)尋找常用序列格式的特征,會(huì)顯示這個(gè)文件的文本形式,以便你編輯生成正確的蛋白質(zhì)或DNA序列,編輯后可以再被載入程序。若你的序列是DNATools格式時(shí)(DNA或寡核苷酸序列,程序不加注解的載入序列,程序模式調(diào)整成可以接受載入的數(shù)據(jù)類(lèi)型(蛋白質(zhì)、DNA和寡核苷酸引物序列。在一個(gè)項(xiàng)目中可以加入幾千個(gè)序列或引物,并在整個(gè)項(xiàng)目中分析這些序列及標(biāo)題。這個(gè)程序的一個(gè)特點(diǎn)是給每個(gè)序列或引物添加文本標(biāo)題。這樣就可以用自定義的標(biāo)題識(shí)別序列,而不必通過(guò)它們的文件名。Bioedit一個(gè)具有序列簡(jiǎn)單分析和序列對(duì)比功能的軟件。該軟件有一個(gè)簡(jiǎn)單親切的界面,集成其他已經(jīng)很有效果的序列比對(duì)軟件。另外該軟件還有很多有用的相關(guān)站點(diǎn)連接。雖然該軟件看起來(lái)結(jié)構(gòu)簡(jiǎn)單,但卻又很強(qiáng)的可充性,可以自由整合許多軟件,例如viewtree.Jellyfish2.1只水母不簡(jiǎn)單,可以用來(lái)進(jìn)行DNA翻譯,序列排隊(duì)比較,限制酶消化,提交序列進(jìn)行BLAST,研究項(xiàng)目管理等。操作十分簡(jiǎn)單,只需拖動(dòng)與點(diǎn)擊便可。GenetoolsGenebio公司的核酸序列分析軟件,雖然不及vectNTI和DSgene強(qiáng)大,它具有repeat/vectfind使其他分析軟件所不具有的,值得一提的是該軟件具有的CpGisland分析。DNAMAN限制酶分析,引物設(shè)計(jì),對(duì)排(aligment,翻譯,數(shù)據(jù)庫(kù)操作,Blast,序列裝配(Sequenceassembly.易學(xué)易用,操作方便。十一、數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)類(lèi)軟件SAS世界排名第一,專(zhuān)業(yè)性極強(qiáng),能做各種統(tǒng)計(jì),是FDA唯一批準(zhǔn)有效的統(tǒng)計(jì)軟件。但人機(jī)對(duì)話(huà)不方便,主要是類(lèi)似DOS下的命令操作,最新的8.0版本,稍有改進(jìn),鼠標(biāo)操作性較好,若今后能進(jìn)一步改進(jìn)操作的話(huà),其應(yīng)用將大大廣泛。是專(zhuān)業(yè)統(tǒng)計(jì)人員的首選軟件。SPSS,世界排名第二,最新版本11.01,其特點(diǎn):功能強(qiáng)大,易于操作,簡(jiǎn)單明了,人機(jī)對(duì)話(huà)方便,數(shù)據(jù)庫(kù)接口豐富,最新SPSS可以讀出SAS數(shù)據(jù),是業(yè)余人員的首選。最新版本糾正以往的不穩(wěn)定、運(yùn)行速度慢的缺點(diǎn)。11.0運(yùn)行速度是10.0的十倍以上,主要原因是SPSS公司將原有的內(nèi)核全部更換了。但SPSS分為不同版本,如basic版、standard版和advance版。許多復(fù)雜的統(tǒng)計(jì)功能只在advance版中才出現(xiàn),如復(fù)雜多元相關(guān)、神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)統(tǒng)計(jì),而前兩版中許多復(fù)雜統(tǒng)計(jì)并沒(méi)有(可能為了便于安裝使用吧,11.0的basic版約60M,standard約110M-150M,而高級(jí)版本則幾百M(fèi)。象SAS完成安裝則達(dá)6張CD!因而絕大多數(shù)人不可能使用它全部功能。因而常規(guī)建議是SPSS+origin6.0一個(gè)統(tǒng)計(jì),一個(gè)作圖,而且二者數(shù)據(jù)可以通用,效果很好!statisitic:最新10.0,運(yùn)行速度最快,模塊化操作,不同統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)有不同界面風(fēng)格,使用方便,目前國(guó)內(nèi)有很多用戶(hù)。但其知名度在前二者之下,對(duì)一般用戶(hù)可以考慮選用。Origin7.0是一個(gè)非常有名并且易于使用的科學(xué)用途數(shù)據(jù)繪圖與數(shù)據(jù)分析處理工具軟件,各種期刊上的統(tǒng)計(jì)圖,幾乎都是出自他的手筆。以上的軟件過(guò)于強(qiáng)大,下面是一些小巧易用的數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)作圖,更適合生物學(xué)的數(shù)據(jù)分析:GraphPadPrism著名的數(shù)據(jù)處理軟件,用來(lái)進(jìn)行生物學(xué)統(tǒng)計(jì)、曲線(xiàn)擬合以及作圖。短小而功能齊全。SigmaPlot2002著名的繪圖和數(shù)據(jù)分析軟件包可以根據(jù)各種數(shù)據(jù),繪制精確的兩維或三維曲線(xiàn),可以自由定制各數(shù)據(jù)軸的特性,并能進(jìn)行數(shù)據(jù)的各種統(tǒng)計(jì)分析。進(jìn)行一般的生物類(lèi)數(shù)據(jù)處理作圖,功能足以。Simstat一個(gè)易于使用的智能統(tǒng)計(jì)軟件尤其適合對(duì)統(tǒng)計(jì)知識(shí)了解不多的人使用,它具有一個(gè)“專(zhuān)家系統(tǒng)”,引導(dǎo)你對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析?？膳cSigmaPlot結(jié)合生成高質(zhì)量數(shù)據(jù)圖。CurveExpertELISA標(biāo)準(zhǔn)曲線(xiàn)擬合、及其它各種有關(guān)的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)分析,都可以應(yīng)用CurveExpert進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。它使用非常方便,可以說(shuō)是實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)處理的圣手,并且可以生成漂亮的曲線(xiàn)應(yīng)用到論文之中。十二、文獻(xiàn)管理referenceManager10.0可以在線(xiàn)通過(guò)查找關(guān)鍵詞搜索PubMed和609個(gè)Z39.50數(shù)據(jù)庫(kù)中的專(zhuān)業(yè)資料,同時(shí)保存查找的資料為本地文件。資料內(nèi)容和記錄分上下兩個(gè)屏幕,如有全文或想連接網(wǎng)絡(luò)時(shí)敲鍵盤(pán)就可以到相應(yīng)的全文文章和摘要。可以直接在WORD中查找資料,并插入引用。在文章中對(duì)引用的文獻(xiàn)可以格式化,引用的參考資料格式有很強(qiáng)的用戶(hù)自定義功能,可以符合各種雜志對(duì)引用格式的要求,引用時(shí)不用多窗口切換.Endnote6.0專(zhuān)業(yè)參考文獻(xiàn)查詢(xún)軟件,可在線(xiàn)查找Ineternet上的各種文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù),將查找到的資料保存入本地?cái)?shù)據(jù)庫(kù),并自動(dòng)生成格式化的參考文獻(xiàn)清單插入各種文字處理軟件。十三、進(jìn)化樹(shù)分析Phylip最為通用的進(jìn)化樹(shù)分析軟件。主要包括五個(gè)方面的功能軟件:i,DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)的分析軟件。ii,序列數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)變成距離數(shù)據(jù)后,對(duì)距離數(shù)據(jù)分析的軟件。iii,對(duì)基因頻率和連續(xù)的元素分析的軟件。iv,把序列的