生物信息學(xué)分析方法介紹

生物信息學(xué)分析方法介紹葡萄基因查詢與分析第一頁，共十九頁。引言

20世紀后葉現(xiàn)代生物科學(xué)尤其是分子生物學(xué)取得了一系列突破性成就，使得生命科學(xué)在自然科學(xué)體系中的位置發(fā)生了革命性的變化，成為21世紀的帶頭學(xué)科。葡萄作為世界第二大水果，葡萄不僅有許多優(yōu)良的生產(chǎn)特點，而且獨具很多生產(chǎn)發(fā)展優(yōu)勢。一旦數(shù)據(jù)庫中擁有了葡萄全基因組參考序列信息，再對其不同種的重測序就將變得十分便捷和廉價。這將為生物科學(xué)家揭示各種生物體遺傳、發(fā)育、疾病、進化的機制打開科學(xué)之門。第二頁，共十九頁。基礎(chǔ)知識常用氨基酸密碼5'到3'

：起始密碼ATG終止密碼TGATAATAG3'到5'：起始密碼CAT終止密碼TCATTACTA

反向互補第三頁，共十九頁。工具網(wǎng)站葡萄基因檢索對比網(wǎng)站翻譯工具功能分析工具第四頁，共十九頁。在NCBI中搜索目標基因在此輸入第五頁，共十九頁。如搜索CO基因第六頁，共十九頁。選取目標功能區(qū)在篩選結(jié)果根據(jù)該物種于目標物種（如葡萄）親緣關(guān)系（如同界，同科）直接選取CDS區(qū)，復(fù)制于word文檔下待用或在Analyzethissequence下，點擊RunBLAST對比尋找，然后選取CDS區(qū)，復(fù)制于word文檔下待用如仍未找到合適的目標區(qū)段，則重復(fù)第1步多次篩選找到合適的目標CDS區(qū)，復(fù)制于Word下，去除數(shù)計，標明物種來源和發(fā)布機構(gòu)第七頁，共十九頁。在葡萄基因網(wǎng)站下貼入基因片段進行比對分析第八頁，共十九頁。對比分析根據(jù)我們篩選的基因區(qū)段于葡萄基因庫對比分析結(jié)果一般似度大于200至少在80以上如果存在，記錄基因號以及具體區(qū)段號碼然后在葡萄基因網(wǎng)站下的Browser中檢索出對比過的葡萄基因片段，復(fù)制語翻譯工具中翻譯第九頁，共十九頁。基因擴增點擊擴增第十頁，共十九頁。翻譯在此貼入（基因序列）第十一頁，共十九頁。篩選篩選依據(jù)選擇右上方mRNA物種核酸或核苷酸長度提交機構(gòu)第十二頁，共十九頁。翻譯結(jié)果第十三頁，共十九頁。起始與終止密碼獲取技巧采用反復(fù)翻譯法

將基因片段直接貼入翻譯工具中翻譯，三個堿基翻譯一個蛋白質(zhì)，需要注意的是明確翻譯方向和翻譯起始位。先跟據(jù)翻譯結(jié)果粗略的剪切（Ctrl+X）,此處不能直接刪除，運用剪切如果剪切過多可以復(fù)制（Ctrl+V）恢復(fù)原序列。如此重復(fù)剪切1—3次，此時翻譯結(jié)果中距離起始或終止密碼只剩個數(shù)位的蛋白質(zhì)，數(shù)清蛋白質(zhì)個數(shù)然后乘以三，進行精確刪除。最后根據(jù)翻譯方式和起始和終止密碼，在開始或末尾刪除多余的一個或兩個堿基，得到準確的基因序列。第十四頁，共十九頁。翻譯區(qū)段處理翻譯方式5'3'Frame1

5'3'Frame2

5'3'Frame3

3'5'Frame1

3'5'Frame2

3'5'Frame3尋找起始密碼Met和終止密碼Stop，如在任意翻譯方式中同時存在起始和終止密碼，且翻譯區(qū)段有一定長度。則原網(wǎng)頁返回改用第二種翻譯方式，然后選取翻譯區(qū)段復(fù)制于功能分析網(wǎng)站，進行可行性分析。如果翻譯序列中一端缺少起始或終止密碼，則在葡萄網(wǎng)站中向前或向后擴展，常擴展數(shù)為300，然后繼續(xù)翻譯和可行性分析。第十五頁，共十九頁?？尚行苑治鲈诖速N入第十六頁，共十九頁。分析結(jié)果處理如果有功能區(qū)，則留用該基因，并且刪除無用的葡萄基因序列，復(fù)制刪后的基因片段屬于葡萄基因網(wǎng)站確定基因準確位置整理葡萄基因位置，具體區(qū)段堿基序列，翻譯的蛋白質(zhì)序列和可行性分析圖于文檔中保存。第十七頁，共十九頁。謝謝第十八頁，共十九頁。內(nèi)容梗概生物信息學(xué)分析方法介紹。20世紀后葉現(xiàn)代生物科學(xué)尤其是分子生物學(xué)取得了一系列突破性成就，使得生命科學(xué)在自然科學(xué)體系中的位置發(fā)生了革命性的變化，成為21世紀的帶頭學(xué)科。葡萄作為世界第二大水果，葡萄不僅有許多優(yōu)良的生產(chǎn)特點，而且獨具很多生產(chǎn)發(fā)展優(yōu)勢。5'到3'：。終止密碼TGATAATAG。3'到5'：。終止密碼TCATTACTA。在篩選結(jié)果根據(jù)該物種于目標物種（如葡萄）親緣關(guān)系（如同界，同科）?；蛟贏nalyzethissequence下，點擊RunBLAST對比尋找，然后選取CDS區(qū)，復(fù)制于word文檔下待用。多次篩選找到合適的目標CDS區(qū)，復(fù)制于Word下，去除數(shù)計，標明物種來源和發(fā)布機構(gòu)。在葡萄基因網(wǎng)站下貼入基因片段進行比對分析。然后在葡萄基因網(wǎng)站下的Browser中檢索出對比過的葡萄基因片段，復(fù)制語翻譯工具中翻譯。將基因片段直接貼入翻譯工具中翻譯，三個堿基翻譯一個蛋白質(zhì)，需要注意的是明確翻譯方向和翻譯起始位。先跟據(jù)翻譯結(jié)果粗略的