細(xì)菌的分類及命名課件

細(xì)菌的分類及命名一、細(xì)菌的分類地位二、細(xì)菌的命名三、細(xì)菌分類鑒定的標(biāo)準(zhǔn)四、細(xì)菌的分類體系五、細(xì)菌的鑒定細(xì)菌的分類及命名一、細(xì)菌的分類地位1一、細(xì)菌分類學(xué)——對(duì)細(xì)菌進(jìn)行分類，命名與鑒定的一門學(xué)科。任務(wù)：在全面了解細(xì)菌生物學(xué)特征的基礎(chǔ)上，研究它們的種類，探索其起源，演化以及與其他類群之間的親緣關(guān)系，進(jìn)而提出能反映自然發(fā)展的分類系統(tǒng)，并將細(xì)菌加以分門別類。一、細(xì)菌分類學(xué)——對(duì)細(xì)菌進(jìn)行分類，命名與鑒定的一門學(xué)科。任2細(xì)菌分類學(xué)包括分類，命名和鑒定1、細(xì)菌分類：根據(jù)細(xì)菌各自的特征，并按照親緣關(guān)系分類，以不同等級(jí)編排系統(tǒng)。分類有兩種：

①細(xì)菌的生理生化分類法，包括有傳統(tǒng)分類法和數(shù)值分類法。

②細(xì)菌核酸、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的同源程度進(jìn)行分類法，稱種系分類或自然分類。細(xì)菌分類學(xué)包括分類，命名和鑒定1、細(xì)菌分類：根據(jù)細(xì)菌各自的特32、細(xì)菌命名：在分類基礎(chǔ)上，給每種細(xì)菌一個(gè)科學(xué)名稱，便于交流并保證所有的科研工作者給予同樣名稱。3、細(xì)菌鑒定：將未知細(xì)菌按分類原則，確定細(xì)菌的分類地位。2、細(xì)菌命名：在分類基礎(chǔ)上，給每種細(xì)菌一個(gè)科學(xué)名稱，便于交流4二、細(xì)菌的分類地位1、過(guò)去屬于植物界，現(xiàn)在劃為：原核生物在獸醫(yī)微生物中，古細(xì)菌不占重要地位古菌細(xì)菌二、細(xì)菌的分類地位1、過(guò)去屬于植物界，古菌細(xì)菌52、細(xì)菌還包括衣原體、立克次氏體、霉形體、螺旋體、放線菌等→對(duì)動(dòng)物和人具有致病作用藍(lán)細(xì)菌、紫色光合細(xì)菌等2、細(xì)菌還包括6細(xì)菌的分類及命名課件7界Kingdom(拉：Regnum)門Phylum(拉：Phylum))綱Class(拉：Classis)目Order(拉：Ordo)科Family(拉：Familia)

屬Genus（拉：Genus）種Species（拉：Species）3、細(xì)菌的分類單元

細(xì)菌的分類單元與動(dòng)植物一樣，依次為科及科以上的劃分在細(xì)菌不太完善，且隨著研究的深入科屬的劃分會(huì)發(fā)生變動(dòng)界Kingdom(拉：Regnum)3、細(xì)菌的分類單元81、屬（genus）性狀相近、關(guān)系密切的若干菌種組成一個(gè)菌屬，與其他屬有明顯差異。2、種（species）是細(xì)菌學(xué)分類的最基本單元，生物學(xué)性狀基本相同的細(xì)菌群體歸成一個(gè)菌種。3、菌株（strain）是不同來(lái)源的某一種細(xì)菌的純培養(yǎng)物。1、屬（genus）性狀相近、關(guān)系密切的若干菌種組成一個(gè)菌屬9三、細(xì)菌的命名1、細(xì)菌的命名依據(jù)“國(guó)際細(xì)菌命名法規(guī)”(TheInternationalCodeofNomenclatureofBacteria)學(xué)名用拉丁文，遵循“雙名法”。每一種細(xì)菌的拉丁文名稱由屬名和種名兩部分組成如：產(chǎn)氣莢膜梭菌（Clostridiumperfringens）屬名在前，字首字母要大寫，其余小寫整個(gè)屬名及種名在出版物中應(yīng)排成斜體中文譯名，種名在前，屬名在后三、細(xì)菌的命名1、細(xì)菌的命名依據(jù)“國(guó)際細(xì)菌命名法規(guī)”(The102、分類學(xué)文獻(xiàn)中的細(xì)菌拉丁文學(xué)名，屬名和種名之后，往往還要加上首次定名人（加括號(hào)）、現(xiàn)名定名人和現(xiàn)名定名年份，這些均用正體排字。一般獸醫(yī)學(xué)及醫(yī)學(xué)微生物學(xué)文獻(xiàn)中，屬名和種名之后的部分均予省略。如：Escherichiacoli2、分類學(xué)文獻(xiàn)中的細(xì)菌拉丁文學(xué)名，屬名和種名之后，往往還要加11例如大腸埃希菌的學(xué)名全名是：Escherichiacoli(Migula)CastellanietChalmersl919指的是Migula于1895年命名此菌為Bacillucoli，Castellani及Chalmers于1919年改為現(xiàn)名。例如12金黃色葡萄球菌的學(xué)名為：StaphylococcusaureusRosenbach1884屬名葡萄球菌種名金黃色命名人的姓命名年份金黃色葡萄球菌的學(xué)名為金黃色葡萄球菌的學(xué)名為：Staphylococcusau13Peptostreptococcusfoetidus（Veillon）Smith屬名消化鏈球菌種名惡臭原命名者改名者惡臭消化鏈球菌的學(xué)名惡臭消化鏈球菌是由Veillon首先發(fā)現(xiàn)和定名的，后Smith重新定為現(xiàn)名。

Peptostreptococcusfoetidus（143、拉丁文學(xué)名應(yīng)按拉丁文字母的發(fā)音規(guī)則讀念4、屬名重復(fù)出現(xiàn)時(shí)，拉丁文可縮寫，用第一個(gè)字母，為避免混肴，也可用2個(gè)字母。大腸桿菌(E.coli)3、拉丁文學(xué)名應(yīng)按拉丁文字母的發(fā)音規(guī)則讀念155、只確定屬名、未確定種名的某一株細(xì)菌，其拉丁文學(xué)名可在屬名之后加sp．(正體字)；如果同屬未定種名的若干菌株，則用spp．(species的縮寫，sp.表示單數(shù)，spp.表示復(fù)數(shù))，如Micrococcussp.表示微球菌屬的一個(gè)種，Micrococcusspp.表示微球菌屬的一些種。5、只確定屬名、未確定種名的某一株細(xì)菌，其拉丁文學(xué)名可在屬名166、如果是新種，在新種的拉丁文學(xué)名之后還要加上“sp.nov?！?，nov是novel的縮寫。例如Lawsoniaintracellularisgen．Nov.sp.Nov.，譯為：胞內(nèi)勞森菌，新屬新種。6、如果是新種，在新種的拉丁文學(xué)名之后還要加上“sp.nov177、亞種用subsp.(正體字)表示，這是subspecies的縮寫，例如Pasteurellamultocidasubsp．septica，中譯名為多殺性巴氏桿菌敗血亞種。7、亞種用subsp.(正體字)表示，這是subspecie18四、細(xì)菌分類鑒定的標(biāo)準(zhǔn)1、長(zhǎng)期以來(lái)，細(xì)菌分類鑒定的主要依據(jù)是其表型(phenotype)特征

這些表型特征對(duì)細(xì)菌的鑒定和分類具有很重要的作用，尤其是在臨床微生物學(xué)的實(shí)中，至今仍有應(yīng)用價(jià)值。形態(tài)染色培養(yǎng)細(xì)胞壁結(jié)構(gòu)生理生化抗原特性四、細(xì)菌分類鑒定的標(biāo)準(zhǔn)1、長(zhǎng)期以來(lái)，細(xì)菌分類鑒定的主要依據(jù)是192、目前微生物學(xué)界普遍考慮的分類依據(jù)是細(xì)菌的種系發(fā)生關(guān)系(phylogeneticrelationship)，即分析其基因特征從而確定分類地位。研究細(xì)菌的種系發(fā)生關(guān)系主要采用三種方法：1）測(cè)定DNA堿基(G+C)mol％2）核酸分子雜交3）16SrRNA寡核苷酸編目2、目前微生物學(xué)界普遍考慮的分類依據(jù)是細(xì)菌的種系發(fā)生關(guān)系(p201）DNA堿基G+C%比例的測(cè)定親緣關(guān)系相近的種ＧＣ比也相近，ＧＣ比差別大親緣關(guān)系必然遠(yuǎn)（G+C）%=—————×100%A+T+G+CG+C簡(jiǎn)稱GC比種內(nèi)差距2.5~4.0％,種間>5%,屬間差距>10%1）DNA堿基G+C%比例的測(cè)定親緣關(guān)系相近的種ＧＣ比也相近212）核酸分子雜交法DNA-DNADNA-rRNArRNA-rRNA

方法:待測(cè)菌株dsDNA------ssDNA參照菌株，同位素標(biāo)記的ssDNA檢測(cè)雜合DNA的放射性強(qiáng)度，參照菌株自身為DNA復(fù)性的放射性強(qiáng)度100%DNA-DNA雜交同源性性>60%為同種>70%同一亞種20~60%為同一屬2）核酸分子雜交法DNA-DNADNA-rRNA22細(xì)菌的分類及命名課件233）rRNA寡核苷酸編目分析rRNA是細(xì)胞中的“活化石”原核生物：23s、16s、5s真核生物：28s、18s、5.8s16s或18s用作系統(tǒng)分類：（提出三域?qū)W說(shuō)）生理功能重要又恒定、含量高易提取、核苷酸序列保守、分子質(zhì)量適中、信息量大易于分析3）rRNA寡核苷酸編目分析rRNA是細(xì)胞中的“活化石”24五、細(xì)菌的分類體系

細(xì)菌分類體系主要是“伯吉氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)”，Holt（美國(guó)）編共4卷。及“伯吉氏細(xì)菌鑒定手冊(cè)”國(guó)際系統(tǒng)與進(jìn)化微生物學(xué)雜志是細(xì)菌分類命名世界公認(rèn)權(quán)威為期刊。國(guó)際公認(rèn)的菌種保藏權(quán)威機(jī)構(gòu)是“美國(guó)典型培養(yǎng)物保藏中心(ATCC)

”以及“德國(guó)微生物及細(xì)胞保藏中心(DSM)

”等。我國(guó)獸醫(yī)微生物菌（毒）種由中國(guó)獸藥檢察所鑒定保存。五、細(xì)菌的分類體系25五、細(xì)菌的鑒定

純培養(yǎng)細(xì)菌才能進(jìn)行鑒定。DNA分子水平的鑒定主要限于專業(yè)實(shí)驗(yàn)室；常規(guī)細(xì)菌鑒定沿用表型特征檢測(cè)方法；有成套檢測(cè)指標(biāo)的快速診斷試劑盒商品化的細(xì)菌鑒定試劑盒有Enteotube系統(tǒng)、API系統(tǒng)、Vitek系統(tǒng)等。有條件的單位可用PCR技術(shù)檢測(cè)鑒定五、細(xì)菌的鑒定261、分類方法數(shù)值分類法：根據(jù)細(xì)菌的各種性狀的數(shù)值分析，借助計(jì)算機(jī)，將擬分類的細(xì)菌按其性狀的相似程度歸類定位。1、分類方法27在進(jìn)行數(shù)值分類時(shí)需要選擇分類單位（菌株、種或?qū)伲鷮⑿誀罹幋a→按公式計(jì)算出相似度（S矩陣）→進(jìn)行系統(tǒng)聚類→畫出相似矩陣圖→最后轉(zhuǎn)繪樹狀普（dendrogam）計(jì)算相似度的公式為：S%=NS/（NS+ND）其中S為相似度，NS為相似性狀，ND為相異性狀。此法應(yīng)用時(shí)所選性狀必須要多，越多準(zhǔn)確性越高，至少高達(dá)100個(gè)，否則易誤判。在進(jìn)行數(shù)值分類時(shí)282、常見動(dòng)物致病菌的鑒定已形成固定的程序。革蘭氏陽(yáng)性細(xì)菌革蘭氏陰性細(xì)菌2、常見動(dòng)物致病菌的鑒定已形成固定的程序。革蘭氏陽(yáng)性細(xì)菌革蘭29革蘭氏陽(yáng)性細(xì)菌球菌桿菌絲狀或樹枝狀葡萄球菌鏈球菌糞腸球菌微球菌MZN染色陰性MZN染色陽(yáng)性牛放線菌粘性放線菌星形奴卡菌剛果嗜皮菌產(chǎn)芽胞無(wú)芽胞抗酸染色陽(yáng)性抗酸染色陰性梭菌芽胞桿菌炭疽桿菌分支桿菌牛分支桿菌和禽分支桿菌鼠麻風(fēng)桿菌副結(jié)核分支菌棒狀桿菌化膿放線菌馬紅球菌產(chǎn)單核李氏桿菌豬丹毒桿菌革蘭氏陽(yáng)性細(xì)菌球菌桿菌絲狀或樹枝狀葡萄球菌MZN染色陰性MZ30革蘭氏陰性細(xì)菌球菌/球桿菌桿菌MZN染色陰性MZN染色陰性弧狀桿菌中等大小桿菌螺旋狀菌絲狀菌彎曲菌弧菌耐瑟菌生摩拉菌不動(dòng)桿菌腸桿菌科假單胞菌波氏桿菌放線桿菌嗜血桿菌巴氏桿菌擬桿菌鉤端螺旋體蛇形螺旋體密螺旋體疏螺旋體壞死桿菌布氏桿菌屬鸚鵡熱衣原體革蘭氏陰性細(xì)菌球菌/球桿菌桿菌MZN染色陰性MZN染色陰性弧31細(xì)菌的分類及命名一、細(xì)菌的分類地位二、細(xì)菌的命名三、細(xì)菌分類鑒定的標(biāo)準(zhǔn)四、細(xì)菌的分類體系五、細(xì)菌的鑒定細(xì)菌的分類及命名一、細(xì)菌的分類地位32一、細(xì)菌分類學(xué)——對(duì)細(xì)菌進(jìn)行分類，命名與鑒定的一門學(xué)科。任務(wù)：在全面了解細(xì)菌生物學(xué)特征的基礎(chǔ)上，研究它們的種類，探索其起源，演化以及與其他類群之間的親緣關(guān)系，進(jìn)而提出能反映自然發(fā)展的分類系統(tǒng)，并將細(xì)菌加以分門別類。一、細(xì)菌分類學(xué)——對(duì)細(xì)菌進(jìn)行分類，命名與鑒定的一門學(xué)科。任33細(xì)菌分類學(xué)包括分類，命名和鑒定1、細(xì)菌分類：根據(jù)細(xì)菌各自的特征，并按照親緣關(guān)系分類，以不同等級(jí)編排系統(tǒng)。分類有兩種：

①細(xì)菌的生理生化分類法，包括有傳統(tǒng)分類法和數(shù)值分類法。

②細(xì)菌核酸、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的同源程度進(jìn)行分類法，稱種系分類或自然分類。細(xì)菌分類學(xué)包括分類，命名和鑒定1、細(xì)菌分類：根據(jù)細(xì)菌各自的特342、細(xì)菌命名：在分類基礎(chǔ)上，給每種細(xì)菌一個(gè)科學(xué)名稱，便于交流并保證所有的科研工作者給予同樣名稱。3、細(xì)菌鑒定：將未知細(xì)菌按分類原則，確定細(xì)菌的分類地位。2、細(xì)菌命名：在分類基礎(chǔ)上，給每種細(xì)菌一個(gè)科學(xué)名稱，便于交流35二、細(xì)菌的分類地位1、過(guò)去屬于植物界，現(xiàn)在劃為：原核生物在獸醫(yī)微生物中，古細(xì)菌不占重要地位古菌細(xì)菌二、細(xì)菌的分類地位1、過(guò)去屬于植物界，古菌細(xì)菌362、細(xì)菌還包括衣原體、立克次氏體、霉形體、螺旋體、放線菌等→對(duì)動(dòng)物和人具有致病作用藍(lán)細(xì)菌、紫色光合細(xì)菌等2、細(xì)菌還包括37細(xì)菌的分類及命名課件38界Kingdom(拉：Regnum)門Phylum(拉：Phylum))綱Class(拉：Classis)目Order(拉：Ordo)科Family(拉：Familia)

屬Genus（拉：Genus）種Species（拉：Species）3、細(xì)菌的分類單元

細(xì)菌的分類單元與動(dòng)植物一樣，依次為科及科以上的劃分在細(xì)菌不太完善，且隨著研究的深入科屬的劃分會(huì)發(fā)生變動(dòng)界Kingdom(拉：Regnum)3、細(xì)菌的分類單元391、屬（genus）性狀相近、關(guān)系密切的若干菌種組成一個(gè)菌屬，與其他屬有明顯差異。2、種（species）是細(xì)菌學(xué)分類的最基本單元，生物學(xué)性狀基本相同的細(xì)菌群體歸成一個(gè)菌種。3、菌株（strain）是不同來(lái)源的某一種細(xì)菌的純培養(yǎng)物。1、屬（genus）性狀相近、關(guān)系密切的若干菌種組成一個(gè)菌屬40三、細(xì)菌的命名1、細(xì)菌的命名依據(jù)“國(guó)際細(xì)菌命名法規(guī)”(TheInternationalCodeofNomenclatureofBacteria)學(xué)名用拉丁文，遵循“雙名法”。每一種細(xì)菌的拉丁文名稱由屬名和種名兩部分組成如：產(chǎn)氣莢膜梭菌（Clostridiumperfringens）屬名在前，字首字母要大寫，其余小寫整個(gè)屬名及種名在出版物中應(yīng)排成斜體中文譯名，種名在前，屬名在后三、細(xì)菌的命名1、細(xì)菌的命名依據(jù)“國(guó)際細(xì)菌命名法規(guī)”(The412、分類學(xué)文獻(xiàn)中的細(xì)菌拉丁文學(xué)名，屬名和種名之后，往往還要加上首次定名人（加括號(hào)）、現(xiàn)名定名人和現(xiàn)名定名年份，這些均用正體排字。一般獸醫(yī)學(xué)及醫(yī)學(xué)微生物學(xué)文獻(xiàn)中，屬名和種名之后的部分均予省略。如：Escherichiacoli2、分類學(xué)文獻(xiàn)中的細(xì)菌拉丁文學(xué)名，屬名和種名之后，往往還要加42例如大腸埃希菌的學(xué)名全名是：Escherichiacoli(Migula)CastellanietChalmersl919指的是Migula于1895年命名此菌為Bacillucoli，Castellani及Chalmers于1919年改為現(xiàn)名。例如43金黃色葡萄球菌的學(xué)名為：StaphylococcusaureusRosenbach1884屬名葡萄球菌種名金黃色命名人的姓命名年份金黃色葡萄球菌的學(xué)名為金黃色葡萄球菌的學(xué)名為：Staphylococcusau44Peptostreptococcusfoetidus（Veillon）Smith屬名消化鏈球菌種名惡臭原命名者改名者惡臭消化鏈球菌的學(xué)名惡臭消化鏈球菌是由Veillon首先發(fā)現(xiàn)和定名的，后Smith重新定為現(xiàn)名。

Peptostreptococcusfoetidus（453、拉丁文學(xué)名應(yīng)按拉丁文字母的發(fā)音規(guī)則讀念4、屬名重復(fù)出現(xiàn)時(shí)，拉丁文可縮寫，用第一個(gè)字母，為避免混肴，也可用2個(gè)字母。大腸桿菌(E.coli)3、拉丁文學(xué)名應(yīng)按拉丁文字母的發(fā)音規(guī)則讀念465、只確定屬名、未確定種名的某一株細(xì)菌，其拉丁文學(xué)名可在屬名之后加sp．(正體字)；如果同屬未定種名的若干菌株，則用spp．(species的縮寫，sp.表示單數(shù)，spp.表示復(fù)數(shù))，如Micrococcussp.表示微球菌屬的一個(gè)種，Micrococcusspp.表示微球菌屬的一些種。5、只確定屬名、未確定種名的某一株細(xì)菌，其拉丁文學(xué)名可在屬名476、如果是新種，在新種的拉丁文學(xué)名之后還要加上“sp.nov?！保琻ov是novel的縮寫。例如Lawsoniaintracellularisgen．Nov.sp.Nov.，譯為：胞內(nèi)勞森菌，新屬新種。6、如果是新種，在新種的拉丁文學(xué)名之后還要加上“sp.nov487、亞種用subsp.(正體字)表示，這是subspecies的縮寫，例如Pasteurellamultocidasubsp．septica，中譯名為多殺性巴氏桿菌敗血亞種。7、亞種用subsp.(正體字)表示，這是subspecie49四、細(xì)菌分類鑒定的標(biāo)準(zhǔn)1、長(zhǎng)期以來(lái)，細(xì)菌分類鑒定的主要依據(jù)是其表型(phenotype)特征

這些表型特征對(duì)細(xì)菌的鑒定和分類具有很重要的作用，尤其是在臨床微生物學(xué)的實(shí)中，至今仍有應(yīng)用價(jià)值。形態(tài)染色培養(yǎng)細(xì)胞壁結(jié)構(gòu)生理生化抗原特性四、細(xì)菌分類鑒定的標(biāo)準(zhǔn)1、長(zhǎng)期以來(lái)，細(xì)菌分類鑒定的主要依據(jù)是502、目前微生物學(xué)界普遍考慮的分類依據(jù)是細(xì)菌的種系發(fā)生關(guān)系(phylogeneticrelationship)，即分析其基因特征從而確定分類地位。研究細(xì)菌的種系發(fā)生關(guān)系主要采用三種方法：1）測(cè)定DNA堿基(G+C)mol％2）核酸分子雜交3）16SrRNA寡核苷酸編目2、目前微生物學(xué)界普遍考慮的分類依據(jù)是細(xì)菌的種系發(fā)生關(guān)系(p511）DNA堿基G+C%比例的測(cè)定親緣關(guān)系相近的種ＧＣ比也相近，ＧＣ比差別大親緣關(guān)系必然遠(yuǎn)（G+C）%=—————×100%A+T+G+CG+C簡(jiǎn)稱GC比種內(nèi)差距2.5~4.0％,種間>5%,屬間差距>10%1）DNA堿基G+C%比例的測(cè)定親緣關(guān)系相近的種ＧＣ比也相近522）核酸分子雜交法DNA-DNADNA-rRNArRNA-rRNA

方法:待測(cè)菌株dsDNA------ssDNA參照菌株，同位素標(biāo)記的ssDNA檢測(cè)雜合DNA的放射性強(qiáng)度，參照菌株自身為DNA復(fù)性的放射性強(qiáng)度100%DNA-DNA雜交同源性性>60%為同種>70%同一亞種20~60%為同一屬2）核酸分子雜交法DNA-DNADNA-rRNA53細(xì)菌的分類及命名課件543）rRNA寡核苷酸編目分析rRNA是細(xì)胞中的“活化石”原核生物：23s、16s、5s真核生物：28s、18s、5.8s16s或18s用作系統(tǒng)分類：（提出三域?qū)W說(shuō)）生理功能重要又恒定、含量高易提取、核苷酸序列保守、分子質(zhì)量適中、信息量大易于分析3）rRNA寡核苷酸編目分析rRNA是細(xì)胞中的“活化石”55五、細(xì)菌的分類體系

細(xì)菌分類體系主要是“伯吉氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)”，Holt（美國(guó)）編共4卷。及“伯吉氏細(xì)菌鑒定手冊(cè)”國(guó)際系統(tǒng)與進(jìn)化微生物學(xué)雜志是細(xì)菌分類命名世界公認(rèn)權(quán)威為期刊。國(guó)際公認(rèn)的菌種保藏權(quán)威機(jī)構(gòu)是“美國(guó)典型培養(yǎng)物保藏中心(ATCC)

”以及“德國(guó)微生物及細(xì)胞保藏中心(DSM)

”等。我國(guó)獸醫(yī)微生