草莓轉錄組分析報告

分析要 分析流程及結 READ質量預處 READ質量評 序列拼 UNIGENE與公共數(shù)據(jù)庫比 UNIGENE的KEGG注 UNIGENE表達豐 差異表達富集分 結果文件說 參考資 分析流程及結read質量預處理通過SolexaRNA的paired-end，得到了大量的樣本數(shù)據(jù)。鑒于Solexa數(shù)據(jù)錯誤率對結果的影響，對原始數(shù)據(jù)進行質量預處理。（20Raw總Raw總Trim總結論：兩個樣本數(shù)據(jù)量滿足5Grawdata要求。readRawClean00RawClean00質量預處理前Perbasesequencequality質量預處理后Perbasesequencequality圖：質量預處理前Persequencequalityscores圖：質量預處理后Persequencequalityscores圖：質量預處理前SequenceLengthDistribution圖：質量預處理前PerbaseGCcontent圖：說明：質量預處理前，read的前10個base的CG含量分布不均勻，這與有關。質量預處理后PerbaseGCcontent圖：說明：質量預處理后，read的前10個base的CG含量分布不均勻，這與有關。質量預處理前Perbasesequencecontent圖：質量預處理后Perbasesequencecontent圖：質量預處理前PersequenceGCcontent圖：質量預處理后PersequenceGCcontent合并所有樣本的有效reads進行denovo拼接，使用軟件Trinity，版本 下最長的轉錄本作為Unigene（軟件的Chrysalisclusters模塊得到了98848個Unigene，大小95.5Mb。參數(shù)在RNA-Seq項目中僅具有參考價值，不是評估結果好壞的客觀標準。UNIGENE 與公共數(shù)據(jù)庫比較似性比對主要基于BLAST算法。BLASTBasicLocalAlignmentSearchTool，即"基于局部取相似度>30，且e<1e-5的注釋，合并得到的所有注釋詳細信息，結果文件見列列描述QueryLengthSbjctLengthQueryAlignmentSbjctAlignment比對結果的E值UNIGENEKOG對unigene進行KOG功能分類預測：共有14267個unigene被注釋上25種KOG分類。 TORunigene的KOG注：各字母意義[Z][Y]Nuclear[P]Inorganiciontransportand[N]Cell[L] [K][I]Lipidtransportand[E]AminoacidtransportandUNIGENEKEGG對unigene進行KEGGPathway分析，利用KAAS預測得到對應的KO號，然后利用KO號對應到KEGGpathway上，分析與KEGG中酶注釋的關系文件以及映射到pathway通路中去，共得到335張通路圖。結果文件在/results/annotation/KEGG/下，包括All-Unigene_kegg.xls、All-Unigene_pathway.xlspathwayhtmljpg格式的unigeneko04141,Proteinprocessinginendosmic ko04075,nthormonesignal UNIGENEGO對得到的進行GO分類，統(tǒng)計在BiologicalProcess,CellularComponent,MolecularFunctionGOtermblastuniprot(swissprottrembl的結果)，利用得到的uniprot號比對GOterm。Ontology的三大類：molecularfunction,cellularcomponent,biologicalprocess的各個層次所占數(shù)目，結果分別見/results/annotation/GO/文件夾中的xls以及txt文件。如下圖所示，樣本的功能在BiologicalProcess分類中主要于cellularprocess和metabolicprocess；在CellularComponent主要于cellpart和cell；在MolecularFunction分類中主要于binding和catalyticactivity。Level2水平下的GO注釋的unigene數(shù)畫圖如UNIGENE使用軟件bowtie2-2.2.2，使用single-end的map方法將read比對到unigene，允許一個reads比對到多個轉錄本上，此時每個reads在每個轉錄本上計1/n。RPKM：ReadsPerKilobaseofexonmodelperMillionmappedreads,isdefinedinthisway:MapAll00001st3rd差異表達富集分析PvalueFDRQvalueUP.CM1.CM2CM2CM1GO/KEGG類別的個數(shù);樣本編號DOWN.CM1.CM2CM2CM1GO/KEGG類別P<P<Q<Q< P P Q Q<<<<7455856954547693 /qualitycontr