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SSR分型常見問題解答1.Stutter產(chǎn)物：STR電泳圖譜，通常會發(fā)現(xiàn)有一些比每個等位基因峰少幾個堿基的小峰，這些stutter產(chǎn)物峰是在用DNA聚合酶對STR基因座進行PCR擴增的過程中產(chǎn)生的。又稱為影子帶，或者DNA聚合酶滑脫產(chǎn)物。主要機理為鏈滑脫錯配機制Stutter產(chǎn)物形成的總結(jié)：1）通常比相應(yīng)的主要等位基因峰小一個重復(fù)單位。2）Stutter的量取決于基因座、PCR條件及所用的聚合酶。3）隨重復(fù)單元的增長stutter產(chǎn)物有減少的傾向（五核苷酸<四核苷酸<三<二）4）在一個基因座內(nèi)較大等位基因的Stutter產(chǎn)物量更多。5）一般小于等位基因峰高的15%（影子峰未必是在左邊出現(xiàn)，有可能左右都有影子峰出現(xiàn)）2.非模板添加：DNA聚合酶，常見Tag聚合酶，經(jīng)常在復(fù)制模板鏈時在PCR產(chǎn)物的3’末端添加一個額外的核苷酸，多是腺苷酸，因此有時被稱為“腺苷酸添加”或者擴增產(chǎn)物的“+A”形式。非模板添加導(dǎo)致PCR產(chǎn)物比實際的靶序列長一個堿基。腺苷酸的添加程度取決于模板鏈的序列，在PCR中取決于反向引物的5’末端。因此，由于引物序列不同，每個基因座腺苷酸添加的特征略有不同。將STR等位基因峰轉(zhuǎn)化成-A或+A形式的方法：1）全部用Taq酶，都加A；2）反向引物5’末端添加序列GTTTCTT(PIG-tailing），100%加A完全；3）換成高保真酶，產(chǎn)物轉(zhuǎn)化成平末端產(chǎn)物。3.等位基因三帶型：STR復(fù)合擴增時，有時會在某一個基因座發(fā)現(xiàn)三帶型或者稱三等位基因型。這種特殊的峰并不是混合物的產(chǎn)物而是樣本的復(fù)制假象。出現(xiàn)三帶型的常見原因是出現(xiàn)額外的染色體或者引物結(jié)合區(qū)點突變。4.雜合峰判斷標準單一個體的分型圖譜中，峰高比值，也就是較低峰的相對熒光單位（RFU）除以較高峰的RFU得到的數(shù)值，應(yīng)該大于70%。因此，如果在某一STR基因座某一個峰與最高峰的峰高比值在15%-70%之間時，提示該樣品可能是來自兩個或者多個個體的混合樣品。5.“Pull-up”峰，檢測儀器無法正確識別標記STR擴增產(chǎn)物的染料顏色。這種現(xiàn)象是光譜相互疊加造成的。拔起峰或者滲透峰，一般FAM,HEX兩種熒光的信號疊加最多，對應(yīng)的“Pull-up”峰最嚴重。一般通過panel分

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