4個克氏原螯蝦群體遺傳多樣性的aflp分析

4個克氏原螯蝦群體遺傳多樣性的aflp分析

復(fù)合片段長度多態(tài)性技術(shù)（aflp）具有信息大、多態(tài)性豐富、穩(wěn)定性好、靈敏度高的特點。廣泛應(yīng)用于水產(chǎn)動物的研究領(lǐng)域。1材料和方法1.1群體命名命名克氏原螯蝦群體樣本于2010年4～6月采自湖北隨州(E113°38′,N31°71′)、山東濟南(E116°99′,N36°68′)、浙江寧波(E121°55′,N29°87′)、江蘇常熟(E120°76′,N31°63′),分別命名為隨州群體(簡寫為SZ)、濟南群體(簡寫為JN)、寧波群體(簡寫為NB)、常熟群體(簡寫為CS)。每個群體隨機取樣50尾,在低溫環(huán)境下取蝦腹部肌肉組織于-80℃超低溫冰箱保存?zhèn)溆?各群體分別選取30尾用于AFLP分析。1.2提取的dna基因組DNA的提取參照《分子克隆試驗指南》1.3aflp分析參照Vos等1.4清確的條帶對電泳圖譜中同一位置上AFLP條帶的有無進行統(tǒng)計,有條帶的記為1(選擇較清晰的條帶),無條帶的記為0,得出0、1原始矩陣數(shù)據(jù)。對AFLP數(shù)據(jù)進行統(tǒng)計分析的遺傳學(xué)參數(shù)主要如下:顯性基因型頻率多態(tài)位點比率遺傳相似系數(shù)遺傳距離Shannon’s指數(shù)個不同群體內(nèi)的平均多樣性群體多樣性利用PopGen322結(jié)果2.1aflp擴增片段的擴增特征表1選用的5對選擇性引物,從SZ、JN、NB和CS4個群體共計120尾克氏原螯蝦的DNA樣品中共檢出了276個不同長度的擴增片段(50～1000bp)。統(tǒng)計結(jié)果表明,在4個群體中顯性基因型頻率為100%的位點有35個(12.68%),這些位點為4個群體共有的AFLP標(biāo)記,未發(fā)現(xiàn)能夠?qū)Σ煌后w和性別進行明顯區(qū)分的特征標(biāo)記。不同引物,擴增出的多態(tài)條帶范圍為44～55條,多態(tài)位點比率范圍為80.00%～100.00%(表2)。2.24平均多態(tài)位點比率在276個擴增片段中,多態(tài)片段為241條,多態(tài)位點比率為87.32%(表2)。在SZ、JN、NB和CS4個群體中分別擴增出140、140、186和107個位點,平均多態(tài)位點比率分別為50.72%、50.72%、67.39%和38.77%。群體間的Shannon’s指數(shù)和平均雜合度為0.4346和0.2896,且NB群體的Shannon’s指數(shù)和平均雜合度較之其他群體要高(表3),4個群體的遺傳多樣性從大到小依次為NB群體、SZ群體、JN群體、CS群體。SZ為隨州群體,JN為濟南群體,NB為寧波群體,CS為常熟群體。2.34sz-jn-ns,sz-jn的詞類,現(xiàn)有小鼠4個群體間的遺傳距離為0.1591,兩個群體間的遺傳距離大小依次為JN-CS>SZ-CS>NB-CS>SZ-NB>JN-NB>SZ-JN(表4)。AMOVA分子方差結(jié)果分析也顯示,39.76%的遺傳變異由群體間貢獻,60.24%的變異分布于群體內(nèi)個體之間(表5),遺傳分化指數(shù)SZ為隨州群體,JN為濟南群體,NB為寧波群體,CS為常熟群體。2.44基因型頻率分布將276個擴增位點的顯性基因型頻率以10%為單位劃分區(qū)間,0和100%設(shè)為兩個單獨的區(qū)間,這樣共劃分為12個區(qū)間,統(tǒng)計顯性基因型頻率位于各區(qū)間內(nèi)的位點數(shù)。結(jié)果(圖1)顯示,4個群體擴增位點基因型頻率的分布呈現(xiàn)一定的規(guī)律性,它們的顯性基因型頻率分布曲線走勢相似,其遺傳結(jié)構(gòu)也趨于一致。利用MEGA3.0軟件構(gòu)建了120個克氏原螯蝦個體的UPGMA系統(tǒng)進化樹(圖2),顯示克氏原螯蝦個體基本能夠按照地理群體分別聚類,SZ和JN群體差異小,聚為一類后再和NB群體聚為一支,CS群體自成一支。3討論3.1群體遺傳多樣性本試驗利用5對引物從4個克氏原螯蝦野生群體中擴增出多態(tài)條帶241條,多態(tài)位點比率為87.32%,各群體的多態(tài)位點比率為38.77%～67.39%,基因多樣性指數(shù)(Shannon’s指數(shù))為0.2139～0.3399,其遺傳多樣性高于日本囊對蝦(王長忠等3.2群體間遺傳分化分析本研究中4個克氏原螯蝦群體間遺傳距離在0.0705～0.1778,說明群體間已產(chǎn)生了遺傳分化。Wri