如何在genbank中查找一基因的序列

如何在genbank中查找一基因的序列1、在GeneBank中查找基因序列只要輸入accession號(hào)就可以了，下面網(wǎng)址就是一個(gè)基因的全部序列信息的例子，/Sitemap/samplerecord.html，在記錄的末尾有各種記錄的詳細(xì)說(shuō)明，如果你沒(méi)有accession號(hào)，可以把你手頭的編號(hào)用source等信息源轉(zhuǎn)換成accession號(hào)，中文教程太古老了，如果你是初學(xué)者一定要養(yǎng)成看英文文獻(xiàn)的習(xí)慣，要是特別想看中文翻譯的話，書(shū)店里隨便一本生物信息學(xué)書(shū)里都會(huì)介紹數(shù)據(jù)庫(kù)的，不過(guò)有些翻譯過(guò)來(lái)的東西真的很別扭，希望對(duì)你有幫助。2、關(guān)于在GeneBank中查找序列我有幾點(diǎn)體會(huì)：

最直接、最簡(jiǎn)單的方法是手頭有基因的accession號(hào)；

如果沒(méi)有就需要明確兩個(gè)重要的內(nèi)容，即基因名稱及物種信息（如果有最好是拉丁全名），基因名稱盡可能詳細(xì)，避免搜出一些不相關(guān)的信息；

搜索的時(shí)候建議先用NCBI的Gene數(shù)據(jù)庫(kù)搜索，這樣得到的accession號(hào)是屬于NCBI工作人員重新整理過(guò)的Refseq的序列，這樣會(huì)比較可靠；當(dāng)然這個(gè)要看你的分析目的，如果你是要對(duì)該序列進(jìn)行下游的分子生物學(xué)操作or分析，選這種序列我覺(jué)得會(huì)比較好，如果是要進(jìn)行多序列的分析or其他目的需要全面分析該序列的，可能需要其他序列做補(bǔ)充，但是我覺(jué)得序列越多問(wèn)題越說(shuō)不清楚，因?yàn)楫吘共皇亲约旱男蛄校绻鸊ene數(shù)據(jù)庫(kù)里沒(méi)有收錄，那就只有在Nucleotide數(shù)據(jù)庫(kù)里找了，但是還是建議采用Refseq的序列，Refseq序列特征如下：

Accessionprefix

Moleculetype

Comment

AC_

Genomic

Completegenomicmolecule,alternateassembly

NC_

Genomic

Completegenomicmolecule,referenceassembly

NG_

Genomic

Incompletegenomicregion

NT_

Genomic

Contigorscaffold,clone-basedorWGSa

NW_

Genomic

Contigorscaffold,primarilyWGSa

NS_

Genomic

Environmentalsequence

NZ_b

Genomic

UnfinishedWGS

NM_

mRNA

NR_

RNA

XM_c

mRNA

Predictedmodel

XR_c

RNA

Predictedmodel

AP_

Protein

AnnotatedonAC_alternateassembly

NP_

Protein

YP_c

Protein

XP_c

Protein

Predictedmodel

ZP_c

Protein

Predictedmodel,annotatedonNZ_genomicrecords

aWholeGenomeShotgunsequencedata.

bAnorderedcollectionofWGSforagenome.

cComputed.

其他值得考慮的是，對(duì)于真核生物最好找注釋為全長(zhǎng)的mRNA序列，原核生物最好有起始密碼子和終止密碼子；

其他未盡事宜大家補(bǔ)充！3、如何在genbank查找某個(gè)細(xì)菌的基因序列？你輸入這個(gè)細(xì)菌的名字直接查，一般會(huì)有的~~~~~而且一般第一個(gè)會(huì)是全基因組序列~~~進(jìn)入ncbi的首頁(yè)，database選nucleotide，輸入你的關(guān)鍵詞,如果庫(kù)里收錄里就會(huì)有的4、如何查找基因序列？——在Genbank中尋找目的基因的實(shí)例（1）根據(jù)文獻(xiàn)

搞reasearch肯定要讀文獻(xiàn)的，如果你曾經(jīng)在文獻(xiàn)中看到過(guò)你感興趣的基因，而且文中還提到了該基因在Genbank中的ID號(hào)，那就好辦了，直接打開(kāi)，在Search后的下拉框中選擇Nucleotide，把GenbankID號(hào)輸入GO前面的文本框中，點(diǎn)“GO”，就可以找到他了。

舉例說(shuō)明，例如：在2003年JBC的文章（ConditionalKnock-outofIntegrin-linkedKinaseDemonstratesanEssentialRoleinProteinKinaseB/AktActivation）中出現(xiàn)了“calreticulin(GenBankaccessionnumbergi16151096)”，那么把“16151096”輸入GO前面的文本框中，點(diǎn)“GO”，就可以找到該基因了（當(dāng)然包括基因序列等相關(guān)信息）。

在出現(xiàn)了檢索結(jié)果界面（下圖）后，直接點(diǎn)擊紅箭頭所指的AY047586就可以看到基因的相關(guān)信息了...（呵呵，是不是有點(diǎn)太......easy了）

這里需要指出一下，在顯示基因的頁(yè)面右側(cè)有一個(gè)Link，點(diǎn)擊后出現(xiàn)一個(gè)小菜單，里面是與該基因相關(guān)的鏈接，很有用的，值得一個(gè)一個(gè)地去看看，這里我就不多說(shuō)了。（2）點(diǎn)擊AY047586后出現(xiàn)的界面如下：

如果你只想獲得序列（例如去設(shè)計(jì)PCR引物的時(shí)候），那就可以選擇FASTA，這樣就得到了FASTA格式的序列文件，沒(méi)有其他數(shù)字和格式的干擾。

呢？這就需要根據(jù)你自己查閱的文獻(xiàn)以及在這些基因序列后面的解釋來(lái)確定了。

如果我想找的基因是第一個(gè)序列即isoforma,就可以點(diǎn)擊NM_001025366.1，得到如下界面：說(shuō)來(lái)其實(shí)很簡(jiǎn)單，就是利用Genbank的檢索功能。也許大家的檢索文獻(xiàn)能力很強(qiáng)，但是面對(duì)G