materials studio快速入門教程

Class1MaterialsClass1MaterialsStudio入門教軟件的基本功能該教程將介紹Materials分，你將學(xué)一二三四五六七八生成打開并且觀察3D建造Alpha石英晶體保存Project在d盤上建文件夾class1:d:\class一.生成一個(gè)目的:介紹一.生成一個(gè)目的:介紹MaterialsStudioproject概念模塊:MaterialsVisualizer建立一個(gè)新文件夾D:\MSteach\MaterialsStudio，生成名稱為Myquickstart的或從運(yùn)行菜單中運(yùn)行：所有程序AccelrysMaterialsStudio4.4Materials這樣就產(chǎn)生了新的Materials這樣就產(chǎn)生了新的MaterialsStudio運(yùn)行選擇此文件夾存放寫入My生成了名稱為MyQuickstart的3恢復(fù)project的默認(rèn)設(shè)置（初學(xué)者不要做此操作3恢復(fù)project的默認(rèn)設(shè)置（初學(xué)者不要做此操作templateprojectMyquickstartprojectToolsSettingsOrganizer，打開SettingsOrganizer1.點(diǎn)擊此處的MaterialsStudioicon，2.單擊Reset，所有的模塊和圖示工具Accelrys默認(rèn)值3.在此可改變模塊和3D介紹Materials3D介紹MaterialsStudiodocumentsMaterials已生成一個(gè)MaterialsStudio使用了多種類型的文件，如3DAtomisticandMesoscaletext、chart、HTML、studytable、grid、script、和forcefielddocuments。在的教學(xué)中,主要出現(xiàn)的是3DAtomistic類型的文件。本節(jié)課包括以下內(nèi)容改變3D結(jié)構(gòu)的視圖輸入FileImport，打開）TON.msi，單擊輸入FileImport，打開）TON.msi，單擊///zeoliteTheta-1unit右鍵旋Explorer中Myquickstartproject的一部分。注意文件的擴(kuò)展名已由.msiXML-basednativeMaterialsStudio格式msiDisplayStyle，DisplayStyle對(duì)AtomDisplayStyle，DisplayStyle對(duì)AtomDisplayStyle:Stick：棍狀模型stick：球棍模型CPK：球堆砌模型Polyhedron：多面體堆積模型（晶體）Atom欄：用Line、Stick、BallandstickCPKPolyhedrondisplaystyles顯zeoliteTheta-1CPKBallandLattice欄Displaystyle:顯示單個(gè)晶胞或者原胞。Lattice欄Displaystyle:顯示單個(gè)晶胞或者原胞。None、Dashedline、LineStickstyles示zeoliteTheta-1的結(jié)構(gòu)將顯示固定在LineDashed在TON.xsd3D在TON.xsd3DViewer上單擊右鍵，選擇Lighting選項(xiàng)，該選打開DisplayStyleAtomtabBallandstick33D可以使用3DViewer33D可以使用3DViewer工具欄上的工具來改變3D視圖3DViewer工具通過選擇相應(yīng)的工具并在3D結(jié)構(gòu)上拖動(dòng)來改變結(jié)構(gòu)視圖Rotate:旋轉(zhuǎn)結(jié)構(gòu)視圖。使用三鍵鼠標(biāo)，右鍵是旋轉(zhuǎn)操作對(duì)于三鍵鼠標(biāo)來說，左鍵執(zhí)行所選操作，右鍵則是旋轉(zhuǎn)操作，同時(shí)按下左健和右則會(huì)完成縮放操作。此外還可以將鍵盤和鼠標(biāo)聯(lián)用來完成上述操作以下操作將改變3D結(jié)構(gòu)的FittoView:根據(jù)窗口的尺寸，為3D結(jié)構(gòu)選擇合適的大小ResetView:將結(jié)構(gòu)放置到窗口中原來的位置，并恢復(fù)原有大小3DViewerSelectionMode在3D3DViewerSelectionMode在3DView工具欄上選擇3DViewerSelectionMode選原子被選需要將結(jié)構(gòu)保存為project的一部分時(shí)，單擊3DViewerFile/SaveProject，Windows/Close三.繪制苯甲酰目的:介紹MaterialsVisualizer中的繪圖工具sketching三.繪制苯甲酰目的:介紹MaterialsVisualizer中的繪圖工具sketching模塊:Materials已生成一個(gè)前提生成新的3D將分子的凱庫勒(Kekulé)式轉(zhuǎn)化為共軛結(jié)構(gòu)(resonantbondBenzamide(苯甲酰胺)分Tomonitorandadjust下面建造苯下面建造苯甲酰胺1生成新的3D在菜單上選擇FileNew，并且選擇3DAtomistic后單擊OK。此時(shí)文件名稱出現(xiàn)在左側(cè)的ProjectExplorer中，名稱為3DAtomistic.xsd，在其上單擊鼠標(biāo)右鍵，選擇Rename，將名稱改為my-benzamide。FileSaveSave。這樣就在myquickstartModifyDefaultModifyDefaultAtomStyleDefaultAtomStyle話框。在DisplayStyle中選擇BallandstickCloseDefaultAtomStyle對(duì)話框繪制分子環(huán)和Sketch繪制分子環(huán)和Sketch在繪圖工具欄(Sketchtoolbar)上單擊SketchRing移動(dòng)到3D文檔中。這時(shí)鼠標(biāo)看起來象一只鉛筆，其右側(cè)的數(shù)字表示將要繪的原子數(shù)(可以在鍵盤上按下數(shù)字鍵3-8來改變環(huán)的大?。＿@里鍵入6，在的芳香環(huán)(aromaticring)。withresonantSketchAtom在繪圖工具欄(Sketchtoolbar)上單擊SketchAtom在繪圖工具欄(Sketchtoolbar)上單擊SketchAtom標(biāo)移動(dòng)到環(huán)的3D文檔中，這時(shí)鼠標(biāo)看起來象一只個(gè)碳原子上，這個(gè)碳原子變藍(lán)。左鍵單擊此碳原子，將鍵連接到該原子上。移動(dòng)另一種終止鏈延續(xù)的方法：在3D的某一合適位置單擊左鍵，畫出最注意，對(duì)錯(cuò)誤操作，可用工具欄上的Undo4第一個(gè)碳原子上，這個(gè)碳原子變藍(lán)。左鍵單擊此碳原子，將鍵連接到該原子上移動(dòng)鼠標(biāo)并在3D的合4第一個(gè)碳原子上，這個(gè)碳原子變藍(lán)。左鍵單擊此碳原子，將鍵連接到該原子上移動(dòng)鼠標(biāo)并在3D的合適位置雙擊左鍵，這樣設(shè)置了一個(gè)氧原子，終止了鏈的延續(xù)3DViewer具欄上，單3DViewerSelectionMode。沒有出現(xiàn)/如果3DViewerToolbars3DViewer即可現(xiàn)在處于原子和鍵的選擇模式mode)5Sketch工具欄中Modify點(diǎn)擊Modify5Sketch工具欄中Modify點(diǎn)擊ModifyElement按鈕Nitrogen右側(cè)的箭頭，在下拉選項(xiàng)中選CN一般選中某個(gè)原子后，在Modify菜單下的ModifyElement中選擇Oxygen編輯*3DViewerC-ObondBond編輯*3DViewerC-ObondBondType*按住SHIFTkey，交替單擊環(huán)上的三個(gè)鍵。如圖，這C-Obond*ModifyBondTypeBond右*在3DViewer總之，首先選擇兩個(gè)原子之間的鍵，然后在Sketch工具欄上的ModifyBond按鈕來改變鍵的類型，同樣的選項(xiàng)也可以在Modify菜單下的ModifyBondType中找到。如果要選擇多個(gè)原子或鍵，請(qǐng)按下Shift后再進(jìn)行選擇。如要取消選擇，請(qǐng)?jiān)诮Y(jié)構(gòu)7.調(diào)整氫原子并進(jìn)行整理*在Sketch工具欄上，單擊Auto7.調(diào)整氫原子并進(jìn)行整理*在Sketch工具欄上，單擊AutoHydrogen*按下Sketch工具欄上的Clean8.MaterialsStudioBondCalculationKekuléresonant8.MaterialsStudioBondCalculationKekuléresonant兩種bondingrepresentation之間的轉(zhuǎn)換(在共軛結(jié)構(gòu)和凱庫勒式之間進(jìn)行轉(zhuǎn)化)。Calculation對(duì)話框。representationto被選中，并在(默認(rèn)為Kekule結(jié)構(gòu))。*單擊Calculate按鈕。則苯基環(huán)的成鍵顯示為resonantbonding*，關(guān)閉*Edit|UndoCalculate或單擊Undo鍵恢復(fù)為Kekulé說明*Kekulé結(jié)構(gòu)為早期對(duì)苯環(huán)成鍵的認(rèn)識(shí)，但不便結(jié)構(gòu)拓?fù)湔f明*Kekulé結(jié)構(gòu)為早期對(duì)苯環(huán)成鍵的認(rèn)識(shí)，但不便結(jié)構(gòu)拓?fù)?。Resonant結(jié)表示了成鍵電子離域，是人們對(duì)苯環(huán)結(jié)構(gòu)的更實(shí)際的認(rèn)識(shí)*按鈕右側(cè)的箭頭進(jìn)行多步9.在MSStudio中，可以使用繪圖工具欄(Sketch9.在MSStudio中，可以使用繪圖工具欄(Sketchtoolbar)Measure/Change*點(diǎn)擊在下拉菜單中選中Distance來，數(shù)值為紅色，單位為?ngstroms。*，鍵長(zhǎng)由0.999*，鍵長(zhǎng)由0.999變回0.511拉*3DViewer上的Rotation，示C－O原子間距的的數(shù)字已由紅色改*可以用Materials*可以用MaterialsStudio窗口左側(cè)的PropertiesExplorer看分子的信說明：完成分子建模后，就可以使用View|Explorers說明：完成分子建模后，就可以使用View|Explorers|PropertiesExplore來查看所PropertiesExplore可以自動(dòng)顯示所選對(duì)象的性質(zhì)，包括原子、鍵、分子以及距在benzamide分子上單擊某個(gè)原子或鍵，選中(顏色變黃)，則PropertiesExplorer自動(dòng)顯示選中對(duì)象的性質(zhì)?？梢詫?duì)選中對(duì)象的性質(zhì)進(jìn)行編輯。如單擊C－O鍵，此鍵變黃色。在Properties拉菜單，在其中選擇Double,然后點(diǎn)擊OK按鈕，則單鍵變?yōu)殡p鍵，這是正確的。FileSaveSave，這樣就在my四觀察并且四觀察并且處理研究表MaterialsStudio中研究表格(studytables的概念。模塊：MaterialsVisualizer引Studytables是MaterialsStudio工作流中的重要的一部分，這些文檔(.sdf)一個(gè)單元格都可以包含字符串、3D分子模型和圖表。內(nèi)1.1.Table，單擊OK按鈕。或者在常規(guī)工具欄上選擇New，甚至可以在Project對(duì)話框上單擊右鍵選擇New出新建的studytable文件以電子數(shù)據(jù)表的形式，顯示在StudyTable從Edit菜單中選擇InsertFrom，單擊InsertFrom，打開InsertIntoActive從Edit菜單中選擇InsertFrom，單擊InsertFrom，打開InsertIntoActive打開有機(jī)物文件夾，按住shift，左鍵點(diǎn)擊所有.msi文件，都選中。然后單擊Insert按鈕，將選中的有機(jī)分子插入到studytable中。1./Insert3.雙擊2.單擊From，雙擊Structures4.表表格的列A中包括了分子的名稱和3D結(jié)構(gòu)文件圖標(biāo)，可以通過簡(jiǎn)單的雙擊該標(biāo)觀察分子結(jié)構(gòu)。雙擊包含135benz的單元格，出現(xiàn)135benz的結(jié)雙可以操縱該3D結(jié)構(gòu)，例如編輯、縮放、平移、將苯環(huán)上可以操縱該3D結(jié)構(gòu)，例如編輯、縮放、平移、將苯環(huán)上的一個(gè)H原子改為甲基。左鍵單擊三個(gè)H原子中的一個(gè)，顏色變黃，的選擇箭頭，下拉菜單中有不同的元素示已選中。點(diǎn)擊ModifyElement按選擇C，這樣苯環(huán)上的H原子就變成了CH原子就變成了C單擊AdjustHydrogenCommitEdit鈕，將3個(gè)鈕，然上；單擊StudyTableDetailView。，初44從ProjectExplorer在ProjectExplorer中單擊研究表格，使其成為當(dāng)前文檔，然后在要插入的my-研究表格支持的其它研究表格支持的其它文件格注意：研究表格不支持Mesoscale文件例如，在研究表格中擊benzamide的3D然后在Model按右側(cè)的下拉選項(xiàng)中QSARJob…，設(shè)置見右圖，然后按鈕右側(cè)的下拉選然后按鈕右側(cè)的下拉選項(xiàng)中，單擊的Model。在出現(xiàn)的對(duì)話框中Output列的ElementCount；按下Ctrl鍵，再選擇Atomcount注意：進(jìn)行ElementCount計(jì)ElementCount條目，也可單擊對(duì)話框右上角的EditModel鈕，在彈出的對(duì)話框中，開Input部分，選擇要計(jì)算的素；類似的操作對(duì)于其他123以使用Esc鍵取消選擇）。在所有3D文件都被的情況下，單擊QSAR，工具欄的ModelOutput列的Element按下Ctrl鍵，再選擇Atomcount。雙擊ElementCount可單擊對(duì)話框右上角的雙擊ElementCount可單擊對(duì)話框右上角的Model話框中，打開Input擇C原子，恢復(fù)默認(rèn)（進(jìn)行計(jì)算結(jié)果計(jì)算結(jié)果出現(xiàn)在BC兩列中，分別顯示各個(gè)分子中的原子數(shù)和其中的碳原如果計(jì)算前B、C列已存在，則顯示結(jié)果的列順延為D、E7.處理左鍵單擊B，選擇列B。選擇StudyTableViewer工具欄上的Filter7.處理左鍵單擊B，選擇列B。選擇StudyTableViewer工具欄上的Filter如果工具欄如果工具欄中，則用下面步驟顯示StudyTableViewer工具條恢復(fù)filtering前的Study恢復(fù)filtering前的Study單擊FilterSelection選中C選中C列，如圖，按右鍵，增加一列DDescriptionFractionofcarbonOK按鈕。說明，這里是自定義函數(shù)，具體過程類似于微軟Excel選YestoAll目的模塊前提MaterialsVisualizer已有一個(gè)project引內(nèi)檢查urea晶體中氫鍵的連1.**FileImport，ExamplesDocuments3D1.**FileImport，ExamplesDocuments3DModelurea.msi，Import注意，文件由.msi改為.xsd*7625431****從菜單中選擇BuildHydrogenBondsCalculate。注意，該計(jì)算也可以在AtomBond****從菜單中選擇BuildHydrogenBondsCalculate。注意，該計(jì)算也可以在AtomBond按來行計(jì)算*單，關(guān)閉對(duì)話么是氫鍵4321在urea的在urea的3Dviewer上單擊右鍵，在快捷菜單中打開DisplayStyle對(duì)話框，點(diǎn)擊Lattice欄，將Display部分沿X、Y、Z軸方向的最大晶胞數(shù)（Max）改為2.0。那么現(xiàn)在我們就可以得到一個(gè)2x2x2的尿素晶體了楚地看到氫鍵3124.4.5.檢查urea，然后使用鍵5.檢查urea，然后使用鍵盤上的上、下、左、右鍵，按照45°為Up*六構(gòu)造－目六構(gòu)造－目的模塊前提介紹晶體建模Materials已有一個(gè)引析等。本教案通過構(gòu)造－石英晶體，介紹一些MaterialsStudio晶體建模的功內(nèi)建立－石英晶對(duì)比－石英晶體結(jié)構(gòu)的1建立－*File1建立－*FileNew3DAtomisticOK按鈕，打開一個(gè)新的3DViewer。*在ProjectExplorer中，新的3DViewer3DAtomistic.xsd3DAtomistic.xsd，按右鍵Renamemy_quartz_alpha，按ENTER完成命名。645231*File/Save，這樣就在myquickstartproject中建立了*File/Save，這樣就在myquickstartproject中建立了3DAtomistic的*在新建的3DBuild菜單選擇CrystalBuildCrystal...，打開相關(guān)的晶體模建對(duì)話框。在SpaceGroupEnterGroup，輸入P3221，并且按下Tab鍵進(jìn)行確認(rèn)。也可以從下拉菜單中選在LatticeParamenters欄中，在相應(yīng)的地方輸入Alphaaca=4.910?c=5.402?注意，一旦選中了空間群，那么相應(yīng)的晶胞參數(shù)b,α,β,γ就會(huì)依據(jù)群的**9876325149876325142.從Build菜單中選擇AddAtom。此選項(xiàng)會(huì)打開AddAtom對(duì)話框，也可以在and2.從Build菜單中選擇AddAtom。此選項(xiàng)會(huì)打開AddAtom對(duì)話框，也可以在andBondAddAtoms，打開AddAtom進(jìn)入Options欄，確認(rèn)Testforbondsasatomsarecreated被選中的時(shí)候，MaterialsStudio會(huì)在晶體建造過程中，自動(dòng)產(chǎn)生相應(yīng)的鍵。MaterialsStudio也有一個(gè)通用的BondCalculation工具，可以從Build菜單中調(diào)用，仍然在Options欄中，確認(rèn)CoordinatieSystem是FractionalAtom對(duì)21進(jìn)入到Atoms欄中，從Element下拉菜單中選擇Si，并輸入相應(yīng)的a、b、c進(jìn)入到Atoms欄中，從Element下拉菜單中選擇Si，并輸入相應(yīng)的a、b、c326541同樣的，我們可以加入氧原子。氧原子的參數(shù)為c=0.116499。氧原子和同樣的，我們可以加入氧原子。氧原子的參數(shù)為c=0.116499。氧原子和其對(duì)稱原子加入到晶胞內(nèi)，程序會(huì)自動(dòng)計(jì)算并加入相關(guān)的3213124.下面對(duì)比Studio結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫中.下面對(duì)比Studio結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫中的Alpha石英晶體和自構(gòu)造的Alpha石英晶按下列路徑輸入數(shù)據(jù)庫中的AlphaFileImport.../Documents3DModelquartz_alpha.msi，單擊importProjectExplorer中出現(xiàn)7625431*按住Ctrl鍵，選中所有的O原子。在quartz_alpha.xsd*按住Ctrl鍵，選中所有的O原子。在quartz_alpha.xsd的3DViewer上原子。在quartz_alpha.xsd的3D從Windows菜單中選擇TileVertically將兩個(gè)結(jié)構(gòu)橫向平鋪。*在my_quartz_alpha.xsd上打開DisplayStyle，在Lattice欄中，從Style下拉菜單中選注意：也可以使用Build菜單下的Crystal的Rebuild命令來MaterialsStudioMaterialsStudio3DAtomisticCollectiondocuments，在這樣的文件中，F(xiàn)ileNewNewDocument3DAtomisticCollectionOK*ProjectExplorermy_quartz_alpha.xsd*ProjectExplorermy_quartz_alpha.xsdInsertInto。則my_quartz_alpha.xsd結(jié)構(gòu)出現(xiàn)在3DAtomisticCollection.xod中。quartz_alpha.xsd重復(fù)此操作。這樣my_quartz_alpha.xsd和quartz_alpha.xsd兩個(gè)結(jié)構(gòu)都出現(xiàn)在*在3DAtomisticCollection.xod同樣，將同樣，將*FileSaveWindowClose七七M(jìn)aterials已有一個(gè)中，將使用MS的聚合物建模工具來構(gòu)造全同立構(gòu)PMMA的20個(gè)基體，進(jìn)而進(jìn)行結(jié)注意MSModeling允許構(gòu)造均聚物(homopolymers)、嵌段共聚物(block構(gòu)造全同立構(gòu)1構(gòu)造全同立構(gòu)*選擇Build1構(gòu)造全同立構(gòu)*選擇Build菜單中BuildPolymers下的Homopolymer*在Polymerize欄單擊Library下拉菜單，找到acrylates