快速精準(zhǔn)識別呼吸系統(tǒng)感染元兇-呼吸科（模板）

mNGS2.0時代IDseqTM快速精準(zhǔn)識別呼吸系統(tǒng)感染元兇XXX2021年X月XX日從一個疑難案例說起入院病史：男；16歲；地中海貧血，骨髓移植后140余天，出現(xiàn)咳嗽咳痰。體格檢查：患者體溫間歇式升高，熱峰38.3℃，WBC13.99×109/L↑，中性粒細(xì)胞8.35×109/L↑實驗室檢查：多次送檢痰培養(yǎng)及血培養(yǎng)均為陰性。影像學(xué)：兩肺紋理增粗紊亂；兩肺各葉見多發(fā)斑片狀、絮狀、條索狀密度增高影，邊緣模糊，兩肺呈“馬賽克”改變。氣管、支氣管通暢，肺門、縱膈未見腫大淋巴結(jié)。雙側(cè)胸膜腔未見積液。臨床用藥：舒普深、特治星、比阿培南、美羅培南、磺胺、替考拉寧、利奈唑胺、氟胞嘧啶、卡泊芬凈、泊沙康唑、伏立康唑……mNGS“疑難”感染案例解脲支原體？！泌尿生殖道病原體卻玩起了肺部感染？播散性脲原體感染導(dǎo)致人類致死性高血氨癥1mNGS“疑難”感染案例1、AnkitBharat,etal,Disseminated

Ureaplasma

infectionasacauseoffatalhyperammonemiainhumans，2015.doi:10.1126/scitranslmed.aaa8419針對解脲支原體用藥治療后患者多項指標(biāo)恢復(fù)正常取肺泡灌洗液直接進(jìn)行UU1-DNA、培養(yǎng)、藥敏，使用抗干擾試劑并設(shè)立對照；患者血氨輕度升高（75μmol/L↑），與文獻(xiàn)報道較為一致PCR陽性，培養(yǎng)后藥敏結(jié)果顯示對大環(huán)內(nèi)酯類藥物敏感基于藥敏試驗使用阿奇霉素后患者體溫迅速下降CRP(mg/L)：97.86→2.44,PCT(ng/ml)：0.344→0.076mNGS“疑難”感染案例1、UU：解脲支原體CATALOGmNGS呼吸系統(tǒng)感染病原學(xué)診斷應(yīng)用進(jìn)展IDseqTM引領(lǐng)病原宏基因組學(xué)2.0時代IDseqTM案例分享與發(fā)展方向下呼吸道感染形勢嚴(yán)峻3、TroegerC,etal,TheLancetInfectiousDiseases,2018.4、WilliamOC,etal,NatureReviewsMicrobiology,2017.

WHO全球十大主要死亡原因中下呼吸道感染排名第四1因醫(yī)院感染入住呼吸內(nèi)科的107位患者中下呼吸道感染為52.45%2重癥肺炎感染群體巨大發(fā)病率：~31/1000人，10%左右會發(fā)展成重癥肺炎預(yù)估中國重癥肺炎感染患者：400萬/年以上3-4醫(yī)院感染患者感染部位構(gòu)成比（％）病原體“變化萬千”，明確病原學(xué)診斷至關(guān)重要1、

RytterH,etal.FrontMicrobiol.2020Dec10;11:616971.2、JainS,et

al.N

EnglJMed.2015；373(5):415-427.多種細(xì)菌、真菌可引起呼吸道疾病1黑色字體表示的是社區(qū)獲得性肺炎常見的病原體，紅色字體表示的是醫(yī)院獲得性肺炎常見的病原體，藍(lán)色字體表示的是可引起肺炎的真菌曲霉菌毛霉菌耶氏肺孢子菌新英格蘭雜志：盡管越來越多微生物和分子診斷檢測用于臨床，但半數(shù)CAP病例病原體仍無法確定3-4，部分不恰當(dāng)抗生素使用對患者和社會產(chǎn)生影響病原體不明2，導(dǎo)致診斷難、用藥難陽性陰性診斷率%3、Alimi

Y,et

al.JClinVirol.2017;95:26-35.4、DanielM.Musher,etal.NEnglJ.2014Oct23;371(17):1619-28.病毒性肺炎不容忽視曹彬教授發(fā)表在柳葉刀的述評指出2：非流感病毒肺炎患者入院時疾病嚴(yán)重程度、病程中嚴(yán)重并發(fā)癥的發(fā)生率和90天病死率與流感病毒肺炎相當(dāng)抗病毒藥物選擇有限和耐藥性威脅逐漸增加中國成人&青少年CAP中病毒性肺炎達(dá)27.5%1-4a1.JainS,etal.NEnglJMed.2015；373(5):415-427.2.LianhanShang,etal.LancetPublicHealth.2020Dec;5(12):e633-e6343.AlimiY,etal.JClinVirol.2017;95:26-35.4a-b.QuJX,etal.BMCInfectDis.2015;15:89.5.ZhangH,etal.ClinInfectDis.2020;ciaa663.病毒性CAP中RNA病毒占比85%4b近50%的新冠患者存在混合感染5如何選擇恰當(dāng)?shù)脑\斷工具？傳統(tǒng)培養(yǎng)方法（涂片鏡檢、培養(yǎng)、質(zhì)譜鑒定等）免疫學(xué)方法（抗原、抗體）分子診斷方法PCR（單重/多重）mNGS優(yōu)勢

涂片鏡檢操作簡便

成本低,

可以提供藥敏結(jié)果

循證醫(yī)學(xué)證據(jù)多,

應(yīng)用廣泛

鑒別診斷近期感染或既往感染

用于疾病普篩與疾病動態(tài)監(jiān)測

循證醫(yī)學(xué)證據(jù)多,

應(yīng)用廣泛

敏感性,

特異性高

快速（2-3小時）

可以實現(xiàn)定量

無需培養(yǎng),

無需預(yù)設(shè),

無偏好性,

靶標(biāo)范圍廣泛

陽性率高,

受抗生素影響相對低,

周期適中（48小時）

可用于新發(fā)或罕見病原體檢測與藥物敏感性預(yù)測缺點

陽性率低,

敏感性受抗生素影響較大

選擇性培養(yǎng),

對苛養(yǎng)菌,

病毒識別能力有限

流程復(fù)雜,

耗時

(3-5天),耗力需要預(yù)設(shè),

靶標(biāo)單一假陽性假陰性率高

證據(jù)級別相對核酸檢測較低

需要預(yù)設(shè),

靶標(biāo)單一

基于核酸,

難辨別死菌和活菌需要生信分析人員

流程復(fù)雜，報告解讀具有挑戰(zhàn)性傳統(tǒng)方法（培養(yǎng)、免疫與PCR）循證依據(jù)多，應(yīng)用廣泛，但陽性率低、耗時費力分子診斷方法快速，敏感性高，成本相對較高，選擇一種或多種檢測工具組合是一門學(xué)問突破性分子診斷技術(shù):病原宏基因組學(xué)（mNGS）病原宏基因組檢測(metagenomicsNextGenerationSequencing,簡稱mNGS)：無需預(yù)設(shè)，無需培養(yǎng)，無偏好性，直接提取臨床樣本中的DNA/RNA，進(jìn)行高通量測序，經(jīng)過專用病原數(shù)據(jù)庫比對與生信分析，一次性完成細(xì)菌，真菌，病毒和寄生蟲等病原體的檢測1-61.CharlesYChiu,StevenAMiller.NatRevGenet.2019Jun;20(6):341-355.2.SteveMiller,etal.GenomeRes.2019May;29(5):831-842.3.MRCapobianchi,etal.ClinMicrobiolInfect.2013Jan;19(1):15-22.4.BrittanyGoldberg,etal.mBio.2015Dec8;6(6):e01888-15.在充分保障生物安全性前提下,可以建立本地實驗室完整的核酸檢測流程7①樣本采集②樣本處理與文庫構(gòu)建③基因測序④生信分析⑤報告解讀5.MichaelRWilson,etal.NEnglJMed.2019Jun13;380(24):2327-2340.6.MichaelRWilson,etal.NEnglJMed.2014Jun19;370(25):2408-17.7.中華傳染病雜志編輯委員會.中華傳染病雜志.2020;38(11):681-689.mNGS聯(lián)合常規(guī)檢測方法，顯著提高下呼吸道感染樣本檢出陽性率11、ChenH,etal.ClinInfectDis(S),202093例下呼吸道感染樣本中：常規(guī)微生物檢測檢出33例，mNGS檢出60例，檢出率提高近2倍mNGS與培養(yǎng)、所有微生物學(xué)測試結(jié)果和臨床標(biāo)準(zhǔn)一致性分別為50.0％，54.9％和70.4％mNGS聯(lián)合常規(guī)檢測方法顯著提高檢測陽性率王輝教授團(tuán)隊最新研究成果，發(fā)表于CID（IF=8.313）mNGS聯(lián)合常規(guī)檢測方法改善患者預(yù)后1、XieF,et

al.

BMCInfectiousDis.2021;21:352.2、YunXie,etal,JInfection.2018;S0163-4453(18)30277-9.178例重癥肺炎患者回顧性研究中：通過mNGS早期病原體診斷，患者ICU住院28天和90天的生存率均有提高，其中90天生存率更是從57.7%提高到83.3%2。微遠(yuǎn)與301醫(yī)院合作發(fā)表：159例住院CAP患者中：mNGS輔助早期病原學(xué)診斷，患者癥狀緩解率相比于常規(guī)微生物檢測法從7%提高至55.9%1。90天生存率生存率%生存率%28天生存率對照對照mNGS對患者癥狀的影響mNGS經(jīng)歷快速發(fā)展的五年，被引入多部共識/指南201620172018201820192020FDAmNGS臨床應(yīng)用指導(dǎo)文件兒童呼吸道感染微生物檢驗標(biāo)本采集轉(zhuǎn)用與檢測建議中華醫(yī)學(xué)會感染病學(xué)分會mNGS技術(shù)在中重癥感染中臨床應(yīng)用共識（重癥）中國mNGS臨床應(yīng)用共識（感染）中國利什曼原蟲感染診治共識（單病種）HAP/VAP指南宏基因組分析和診斷技術(shù)在急危重癥感染應(yīng)用專家共識（急診）20202020中國成人念珠菌病診斷與治療專家共識（單病種）20202021mNGS技術(shù)檢測病原微生物的臨床應(yīng)用規(guī)范化專家共識（檢驗）

mNGS技術(shù)應(yīng)用于感染性疾病病原檢測中國專家共識（檢驗）文獻(xiàn)略最新共識均推薦mNGS病原學(xué)診斷重要方法《中華傳染病雜志》編輯委員會.中華傳染病雜志.2020;38(11):681-689.中華醫(yī)學(xué)會檢驗醫(yī)學(xué)分會.中華檢驗醫(yī)學(xué)雜志,2020,43(12):1181-1195.中華醫(yī)學(xué)會檢驗醫(yī)學(xué)分會臨床微生物學(xué).中華檢驗醫(yī)學(xué)雜志,2021,44(2):107-120.《中國宏基因組學(xué)第二代測序技術(shù)檢測感染病原體臨床應(yīng)用專家共識》通訊作者張文宏《高通量宏基因組測序技術(shù)檢測病原微生物的臨床應(yīng)用規(guī)范化專家共識》通訊作者魯辛辛mNGSmNGSmNGS《宏基因組高通量測序技術(shù)應(yīng)用于感染性疾病病原檢測中國專家共識》通訊作者王輝《中華傳染病雜志》編輯委員會.中華傳染病雜志.2020;38(11):681-689.對于新發(fā)、罕見、疑難感染性疾病，以及免疫缺陷患者，二代測序能顯著提高病原體的檢出率，可作為上述疾病的一線檢測手段推薦意見26（Ａ，Ⅲ）對于呼吸道感染，二代測序在病毒及少見病原體的檢測中體現(xiàn)出較好的檢測效能；但在細(xì)菌、真菌等病原體的檢測中，二代測序尚不能準(zhǔn)確判斷菌群定植或感染狀態(tài)，仍需依賴臨床醫(yī)師結(jié)合患者病情進(jìn)行進(jìn)一步分析推薦意見24（Ａ，Ⅲ*）

共識推薦mNGS作為新發(fā)、罕見、疑難感染性疾病一線檢測手段*Ａ為強(qiáng)烈推薦，，Ⅲ為證據(jù)僅來自專家意mNGS應(yīng)用共識與優(yōu)化方向應(yīng)用共識優(yōu)化方向全覆蓋新發(fā)/罕見病原體或混合感染檢測周期24-48小時無需培養(yǎng)，檢測陽性率顯著提高傳統(tǒng)微生物檢測方式不能明確病原因時，應(yīng)將同期保存的樣本進(jìn)行mNGS技術(shù)檢測降低人源宿主干擾，富集病原體提高結(jié)核/真菌/RNA病毒檢出率提升鑒定準(zhǔn)確度，完善生信分析與數(shù)據(jù)庫優(yōu)化報告解讀，區(qū)分定植與感染CATALOGmNGS呼吸系統(tǒng)感染病原學(xué)診斷應(yīng)用進(jìn)展IDseqTM引領(lǐng)病原宏基因組學(xué)2.0時代IDseqTM案例分享與發(fā)展方向2021年國家衛(wèi)健委臨檢中心mNGS室間質(zhì)量評價國家衛(wèi)生健康委臨床檢驗中心2020年開展；93家實驗室報名參加，實際回收90家有效實驗室回報結(jié)果；84.4%(76/90)參與者為獨立第三方檢測實驗室，微遠(yuǎn)基因為企業(yè)中唯一滿分IDseqTM三大核心優(yōu)勢1.Dataonfile.實現(xiàn)病原體高敏檢出提升真菌胞內(nèi)菌檢測性能實現(xiàn)病原體精準(zhǔn)鑒定雙流程去宿主中國定制數(shù)據(jù)庫/算法高效

破壁步步精心測序?qū)嶒灹鞒绦蛄蟹治隽鞒剃栃?0M去宿主技術(shù)顯著提高病原體檢測能力為什么要去宿主？

人源宿主序列占樣本測序序列95%以上

人源背景干擾病原體,尤其是低載量病原體檢出特殊處理正向富集腫瘤領(lǐng)域應(yīng)用廣泛，但因時長，病原體覆蓋范圍不足等因素待開發(fā)反向富集是現(xiàn)在病原富集常用方法，各家差異很大，以差異裂解的富集效果最好人細(xì)胞微生物人源核酸微生物核酸測序提取建庫測序假陰20M如何進(jìn)行特殊處理？1.Dataonfile.創(chuàng)新Patho-NET*去宿主技術(shù)：DNA流程1.WGuetal.GenomeBiol.2016;17:41.2.ShaomeiHe,etal.NatMethods.2010Oct;7(10):807-123.XianAdiconis,etal.NatMethods.2013Jul;10(7):623-629.4.GuW,etal.GenomeBiol.2016Mar4;17:41各種去宿主方法優(yōu)劣勢微遠(yuǎn)研發(fā)團(tuán)隊嘗試所有已有報道或市售試劑盒后，自主研發(fā)方案并獲得專利微生物富集能力提高，6-35倍富集效果人體細(xì)胞微生物人體核酸微生物核酸微遠(yuǎn)自研高效去宿主技術(shù)微遠(yuǎn)創(chuàng)新Patho-NET去宿主技術(shù)病原體讀數(shù)富集倍數(shù)(X)細(xì)菌真菌支原體病毒Patho-NET(PathogenNucleicAcidEnrichmentTechnology，多類型復(fù)雜樣本前處理技術(shù)）檢查【常規(guī)宏基因組學(xué)檢測】IDseqTM去宿主技術(shù)提高病原檢出效率—案例分享Dataonfile.病史1例確診卡肺患者，臨床上有疑似結(jié)核的臨床證據(jù)【Patho-NETTM宏基因組學(xué)測序】結(jié)果IDseqTM去宿主技術(shù)病原檢出序列數(shù)提高3.6倍在富集效果3倍的情況下，成功檢出結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群365/101=3.6xRNA流程檢測性能的三重技術(shù)難點1.血液無法低溫運輸（溶血）2.人源RNA占比高3.RNA起始建庫量不足創(chuàng)新RNA流程去宿主，提高RNA病原體檢出效能添加核酸保護(hù)劑防止室溫運輸降解Dataonfile.西南醫(yī)院合作項目：12例血液樣本使用illumina建庫流程檢出3例登革熱病毒換用微遠(yuǎn)RNA整體解決方案，檢出9例登革熱病毒陽性率從25%提升到75%優(yōu)化建庫策略：痕量建庫去除核糖體RNA,核酸總量急劇下降1-2個量級登革熱病毒讀數(shù)123優(yōu)化人源核糖體去除策略創(chuàng)新Patho-NET去宿主技術(shù)：RNA流程Dataonfile.微遠(yuǎn)RNA去宿主技術(shù)無需加大數(shù)據(jù)量，檢出血液樣本中漢坦病毒急診科送檢血液樣本，結(jié)合患者病史，高度懷疑RNA病毒某友商連續(xù)加大數(shù)據(jù)量測序三次，未檢出IDseqTM

病原體富集效率高，提高檢出率1.Dataonfile.微遠(yuǎn)研究（待發(fā)表）病原序列數(shù)（RPM）Recall比例去宿主后，數(shù)據(jù)量降到3M即能超過原20M的相同性能相比傳統(tǒng)方法，去宿主方法提高檢測靈敏度（12種標(biāo)準(zhǔn)品檢測限評估）IDseqTM

數(shù)據(jù)量10M就能保證病原體檢出率創(chuàng)新Patho-NET去宿主技術(shù)無需加大數(shù)據(jù)量即可提高檢出率病原體結(jié)構(gòu)復(fù)雜性，讓“破壁”成為mNGS的技術(shù)難點活菌病原核酸以完整基因組形式存在，被包裹在厚厚的細(xì)胞壁、莢膜等結(jié)構(gòu)或人體細(xì)胞中不破壁處理才是最好的方式，強(qiáng)破壁反而會導(dǎo)致其降解不同類型活菌需要的破壁強(qiáng)度不同！一份樣本送到實驗室，病原體未知破壁條件需取最佳平衡點！曲霉結(jié)核隱球菌…有些病原核酸來自被免疫細(xì)胞殺死的病原體，核酸被釋放出來裸露在樣本中病原體DNA宿主DNA革蘭陽性菌細(xì)胞壁革蘭陰性菌細(xì)胞壁游離核酸(cfDNA)病毒…IDseqTM選擇破壁（裂解液+磁珠+酶解時間）最佳配方Dataonfile.最佳破壁組合摸索結(jié)果影響破壁效果的相關(guān)因素時長強(qiáng)度冰浴與否破壁珠材質(zhì)/粒徑去垢劑濃度裂解液配方酶種類酶制劑背景菌殘留酶濃度反應(yīng)時長相對檢出增加破壁條件強(qiáng)度煙曲霉流感病毒隱球菌（游離核酸）【6號條件】對于難破壁真菌,cfDNA和脆弱病毒，都相對友好，是最佳的條件參考基因組數(shù)據(jù)庫是生信流程基石，在搭建時要格外注重對參考基因組數(shù)據(jù)庫的質(zhì)量控制應(yīng)根據(jù)其技術(shù)特點和臨床需要建立與之匹配的病原體數(shù)據(jù)庫1數(shù)據(jù)庫的建設(shè)不是一次性的，而是需要不斷補(bǔ)充和完善的，但每次“升級”均應(yīng)重新進(jìn)行驗證以美國為例，數(shù)據(jù)庫建立兩種途徑開源的大型復(fù)雜型數(shù)據(jù)庫從頭構(gòu)建,匯總大量高質(zhì)量病原體序列信息組成數(shù)據(jù)庫美國國家生物技術(shù)信息中心(NCBI)GenBank基因數(shù)據(jù)庫為基礎(chǔ)，對其中序列信息進(jìn)行人為調(diào)整2FDA與多部門聯(lián)合建立的適用于傳染病NGS診斷試劑的開源數(shù)據(jù)庫(FDA-ARGOS)2數(shù)據(jù)庫是生信基石，需要不斷驗證“升級”微遠(yuǎn)自主構(gòu)建微生物數(shù)據(jù)庫優(yōu)勢廣泛數(shù)據(jù)來源，大而全嚴(yán)格數(shù)據(jù)清洗，精而準(zhǔn)10萬+臨床樣本訓(xùn)練，篩選最符合中國感染流行特征的株系，鑒定更可靠公共數(shù)據(jù)庫的限制單一數(shù)據(jù)庫物種不全分類、注釋信息不全，甚至錯誤污染嚴(yán)重1.Dataonfile.IDseqDatabase*CRP：ClinicalReportablePathogens，中國定制數(shù)據(jù)庫CRP*:構(gòu)建臨床應(yīng)用級別微生物數(shù)據(jù)庫CRP:中國定制數(shù)據(jù)庫的分層建設(shè)1.Dataonfile.2.

《中華傳染病雜志》編輯委員會.中國宏基因組學(xué)第二代測序技術(shù)檢測感染病原體的臨床應(yīng)用專家共識.中華傳染病雜志.2020;38(11):681-689.耐藥基因數(shù)據(jù)庫毒力因子數(shù)據(jù)庫人體微生態(tài)數(shù)據(jù)庫《mNGS專家共識》指出：對數(shù)據(jù)進(jìn)行分析時，建議采用臨床應(yīng)用級別的數(shù)據(jù)庫，審慎使用公共數(shù)據(jù)庫2。盲目追求數(shù)據(jù)庫大而全，很可能得不償失。全面病原數(shù)據(jù)庫中國定制數(shù)據(jù)庫病原專業(yè)數(shù)據(jù)庫118562種；全面數(shù)據(jù)庫；覆蓋新發(fā)/罕見病原體1905種；精而準(zhǔn)數(shù)據(jù)庫；提高臨床重要病原體、鑒定準(zhǔn)確性專業(yè)級別病原數(shù)據(jù)庫微遠(yuǎn)中國定制數(shù)據(jù)庫與算法獲得監(jiān)管部門認(rèn)可目前獲批軟件中唯一能進(jìn)行分析寄生蟲的生信分析軟件（14種vs0種）目前獲批軟件中覆蓋最多真菌數(shù)量的軟件，可分析臨床重要意義真菌；目前獲批軟件中覆蓋最多病毒數(shù)量的軟件細(xì)菌分型更加精準(zhǔn)（如諾卡菌）軟件界面展示CRP基礎(chǔ)上構(gòu)建的精選數(shù)據(jù)庫：在已獲得醫(yī)療器械注冊證中，分析檢測病原體種類最多的測序數(shù)據(jù)分析軟件種類微遠(yuǎn)基因友商A友商B友商C微生物（總）55148843533種病原微生物，具體未知細(xì)菌271292336種立克次體1625支原體1011衣原體812螺旋體1515寄生蟲1400真菌3603病毒14113396已獲II類醫(yī)療器械證生信分析軟件廠商可檢測微生物種類數(shù)對比IDseqTM微生物報告遵循共識邏輯疑似病原體試劑工程菌人體微生態(tài)菌群病原宏基因組檢測數(shù)據(jù)2關(guān)注疑似病原體：嚴(yán)格致病或條件致病病原體區(qū)分人體微生態(tài)菌群：人體正常存在微生物，重點關(guān)注免疫缺陷/低下患者排除試劑工程菌：實驗過程中試劑引入的微生物《mNGS專家共識》1建議：剔除假陽性病原體信息,將樣本中含有病原體核酸信息真實呈現(xiàn)給臨床1報告概覽卡方便臨床速覽結(jié)果耐藥/毒力與病原體關(guān)聯(lián)模型IDseqTM真實報告示例有沒有該病原體？鑒定置信度：根據(jù)序列比對數(shù)、基因組大小和基因組保守性，判斷樣本中存在該微生物的可信度。該病原體有多少？相對豐度：按照細(xì)菌、真菌、病毒和寄生蟲進(jìn)行分類，結(jié)合基因組大小，計算出該病原體在相應(yīng)分類中的相對比例。要不要重點干預(yù)？耐藥基因與毒力基因IDseqTM報告參數(shù)解讀IDseqTMDNA+RNA雙流程，快速全面明確病原學(xué)診斷重癥肺炎患者可送檢呼吸道樣本和或血液樣本（尤其不耐受肺泡灌洗的患者）；懷疑病毒性肺炎或混合感染的重癥肺炎患者，建議送檢DNA+RNA雙流程1；*此處混合感染模式可能為細(xì)菌+病毒，病毒+病毒，肺炎支原體+病毒等。1.張文宏等.感染性病原體宏基因組二代測序?qū)＜夜沧R，醫(yī)學(xué)參考報，2020.CATALOGmNGS呼吸系統(tǒng)感染病原學(xué)診斷應(yīng)用進(jìn)展IDseqTM引領(lǐng)病原宏基因組學(xué)2.0時代IDseqTM案例分享與發(fā)展方向“新發(fā)”病原SARS-CoV-2發(fā)現(xiàn)得益于mNGS病原學(xué)檢測mNGS檢出“新發(fā)”病原2019年12月24日，微遠(yuǎn)基因收到來自武漢中心醫(yī)院不明原因肺炎患者肺泡灌洗液樣本，并進(jìn)行檢測12月26日發(fā)現(xiàn)一種新型、與SARS基因組接近的冠狀病毒(新型冠狀病毒)與中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院合作分析，相應(yīng)研究成果與CMJ雜志發(fā)表CMJ與新英格蘭醫(yī)學(xué)雜志報道發(fā)現(xiàn)新型冠狀病毒1第一例新冠全基因組序列上傳至國家基因組科學(xué)數(shù)據(jù)中心新型冠狀病毒進(jìn)化分析21.Li-LiRen,et

al.ChinMedJ(Engl).2020May5;133(9):1015-1024.3.2.NaZhu,et

al.N

EnglJMed.2020Feb20;382(8):727-733.示例研究內(nèi)容2017年11月至2019年6月南京鼓樓醫(yī)院收治的9例重癥鸚鵡肺炎患者?；颊呔邪l(fā)熱、寒戰(zhàn)、咳嗽、乏力、呼吸困難，發(fā)病時頭痛、咳白痰、肌痛癥狀史1。入院檢查入組患者白細(xì)胞，中性粒細(xì)胞百分比，CRP，PCT，CK，LDH均升高，所有患者行mNGS檢測研究結(jié)果9例經(jīng)mNGS和臨床診斷確診后，抗生素改為米諾環(huán)素，開始治療后，患者在3天內(nèi)體溫下降，呼吸功能逐漸改善。研究結(jié)論應(yīng)用mNGS可以提高“鸚鵡熱肺炎”診斷的準(zhǔn)確性，減少診斷延誤43歲男性通過