基于ChIP數(shù)據(jù)的線蟲順式調(diào)控模塊的計(jì)算預(yù)測研究的任務(wù)書

基于ChIP數(shù)據(jù)的線蟲順式調(diào)控模塊的計(jì)算預(yù)測研究的任務(wù)書任務(wù)要求：1.綜述線蟲調(diào)控中的順式調(diào)控模塊及其計(jì)算預(yù)測方法；2.介紹ChIP技術(shù)的原理及其在順式調(diào)控模塊研究中的應(yīng)用；3.探討線蟲順式調(diào)控模塊計(jì)算預(yù)測方法的算法設(shè)計(jì)和實(shí)現(xiàn)；4.評估線蟲順式調(diào)控模塊計(jì)算預(yù)測方法的準(zhǔn)確性和可靠性。一、綜述線蟲調(diào)控中的順式調(diào)控模塊及其計(jì)算預(yù)測方法順式調(diào)控模塊（cis-regulatorymodule）是基因調(diào)控的基本單位，它包括一個(gè)或多個(gè)順式元件（cis-elements），這些順式元件能夠與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合，調(diào)控靠近的基因的轉(zhuǎn)錄。順式調(diào)控模塊的研究是解析基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的重要方向之一。線蟲（C.elegans）是模式生物，在發(fā)育生物學(xué)、神經(jīng)科學(xué)和系統(tǒng)生物學(xué)等領(lǐng)域都有廣泛的應(yīng)用。線蟲的基因組學(xué)研究已經(jīng)比較成熟，基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的結(jié)構(gòu)也已初步揭示。線蟲順式調(diào)控模塊的計(jì)算預(yù)測方法可以借鑒其他模式生物的研究經(jīng)驗(yàn)，也可以根據(jù)線蟲特有的基因組特征進(jìn)行創(chuàng)新。常見的線蟲順式調(diào)控模塊計(jì)算預(yù)測方法包括序列比對、PWM（PositionWeightMatrix）掃描、機(jī)器學(xué)習(xí)等方法。序列比對方法將線蟲已知順式調(diào)控模塊的序列與其他基因組的序列進(jìn)行比對，利用相似度較高的片段作為新的順式調(diào)控模塊預(yù)測。PWM掃描方法是將已經(jīng)確定的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合序列的PWM權(quán)重矩陣應(yīng)用于線蟲基因組中的序列，根據(jù)PWM分值高低判斷是否為轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)?，F(xiàn)有的機(jī)器學(xué)習(xí)方法把轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的預(yù)測問題看作一個(gè)分類問題，通過訓(xùn)練數(shù)據(jù)生成分類器模型，并應(yīng)用到新的基因組區(qū)域中，從而預(yù)測轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)。二、介紹ChIP技術(shù)的原理及其在順式調(diào)控模塊研究中的應(yīng)用ChIP（ChromatinImmunoprecipitation）技術(shù)是一種分析染色質(zhì)上DNA與蛋白質(zhì)結(jié)合的技術(shù)。其原理是在染色質(zhì)中固定待分析的蛋白-DNA復(fù)合物，利用抗體特異性富集蛋白-DNA復(fù)合物，去除其他染色質(zhì)結(jié)構(gòu)，然后提取純化DNA，并進(jìn)行PCR擴(kuò)增或測序。ChIP技術(shù)的應(yīng)用已被廣泛用于探討轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)和組蛋白修飾與基因表達(dá)的關(guān)系。線蟲ChIP數(shù)據(jù)的公開共享使得基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的研究成為可能。線蟲順式調(diào)控模塊的預(yù)測和驗(yàn)證中，可使用ChIP數(shù)據(jù)尋找起調(diào)子區(qū)域（promoter）和增強(qiáng)子區(qū)域（enhancer）的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)。結(jié)合RNA-seq和ChIP-seq數(shù)據(jù)還可以為預(yù)測的順式調(diào)控模塊提供生物學(xué)驗(yàn)證，并確定轉(zhuǎn)錄因子和其調(diào)控的目標(biāo)基因之間的關(guān)系。三、探討線蟲順式調(diào)控模塊計(jì)算預(yù)測方法的算法設(shè)計(jì)和實(shí)現(xiàn)線蟲順式調(diào)控模塊的計(jì)算預(yù)測需要運(yùn)用計(jì)算方法和生物信息學(xué)技術(shù)。設(shè)計(jì)順式調(diào)控模塊計(jì)算預(yù)測方法的關(guān)鍵是對線蟲基因組的特征進(jìn)行分析和利用。首先需要分析整合線蟲基因組信息的軟件和數(shù)據(jù)庫，如WormBase、C.elegansDeNovoAnnotationProject等。其次需要進(jìn)行基因本體（GeneOntology）和通路分析，可以利用DAVID等生物數(shù)據(jù)分析工具。更進(jìn)一步，還可以通過RNA-seq數(shù)據(jù)分析確定基因的表達(dá)譜和轉(zhuǎn)錄因子的表達(dá)譜。這些分析結(jié)果有助于確定預(yù)測順式調(diào)控模塊的突破口和方法。基于以上分析，可以利用序列比對方法、PWM掃描方法和機(jī)器學(xué)習(xí)方法進(jìn)行順式調(diào)控模塊預(yù)測。其中序列比對方法可以根據(jù)線蟲已知的順式調(diào)控模塊和已知調(diào)控因子的結(jié)合位點(diǎn)進(jìn)行確定。PWM掃描方法則直接利用已經(jīng)確定的轉(zhuǎn)錄因子家族的PWM權(quán)重矩陣進(jìn)行搜索。對于使用機(jī)器學(xué)習(xí)方法，則需首先獲取大量的正反例轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的標(biāo)注數(shù)據(jù)集，并對特征進(jìn)行選擇和處理，以生成分類器模型?；谝延械霓D(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析進(jìn)行聚類和預(yù)測也是一種創(chuàng)新的方法。四、評估線蟲順式調(diào)控模塊計(jì)算預(yù)測方法的準(zhǔn)確性和可靠性評估線蟲順式調(diào)控模塊計(jì)算預(yù)測方法需要通過生物學(xué)實(shí)驗(yàn)和計(jì)算預(yù)測結(jié)果比對驗(yàn)證。對比遠(yuǎn)端和近端的順式調(diào)控模塊可以驗(yàn)證預(yù)測結(jié)果的可靠性。此外還可以根據(jù)順式調(diào)控模塊預(yù)測結(jié)果的置信度，選擇性地驗(yàn)證轉(zhuǎn)錄因子的識別和綁定能力。在順式調(diào)控模塊的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證中，可以利用酵母雙雜交或者基因編輯技術(shù)對預(yù)測的調(diào)控因子與目標(biāo)基因的調(diào)控關(guān)系進(jìn)行驗(yàn)證。如果預(yù)測確鑿，就有望拓展至對整個(gè)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的預(yù)測和解析。綜上所述，線蟲順式調(diào)控模塊計(jì)