NCBI數(shù)據(jù)庫的使用與功能介紹ppt課件

1、NCBI 數(shù)據(jù)庫,邱婷,1,NCBI分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫 /,美國國立醫(yī)學(xué)圖書館(NLM)于1988年11月4日建立國家生物技術(shù)信息中心(National Center of Biotechnology Information，簡稱NCBI),2,National Center of Biotechnology Information,3,NCBI首先創(chuàng)建GenBank數(shù)據(jù)庫，在重點(diǎn)開發(fā)GenBank的同時(shí)，又于1991年開發(fā)了Entrez 數(shù)據(jù)庫檢索系統(tǒng)。該系統(tǒng)整合了GenBank、EMBL、PIR和SWISS-PROT等數(shù)據(jù)庫的序列信息以及M

2、EDLINE有關(guān)序列的文獻(xiàn)信息，并通過相關(guān)鏈接，將他們有機(jī)地結(jié)合在一起。,National Center of Biotechnology Information,4,5,以IL6基因?yàn)槔?如何查找基因序列、mRNA、Promoter 如何查找連續(xù)的mRNA、cDNA、蛋白序列,6,Map viewer是NCBI網(wǎng)站上提供的一個(gè)非常有用的尋找基因的工具，通過Map viewer你可以了解你感興趣基因在基因組中所處的位置、基因序列、內(nèi)含子及外顯子的排列、基因的細(xì)胞遺傳學(xué)圖、EST、SNP等等許多有用的信息。,利用Map viewer 查找基因序列、mRNA序列、啟動(dòng)子Promoter,7,利用

3、Map viewer 查找基因序列、mRNA序列、啟動(dòng)子Promoter,8,9,10,11,12,13,14,如何查找連續(xù)的mRNA、cDNA、蛋白序列,15,16,蛋白序列：,mRNA序列：,17,已知一基因序列：CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATGGCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAGAT

4、GACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTTTCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTTTGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCGTGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC,1、這是哪個(gè)基因？ 2、編碼的蛋白質(zhì) 序列是怎么樣的? 3、有沒有保守的功能結(jié)構(gòu)域？ 4、它的功能是怎樣的？ 5、有沒有三級結(jié)構(gòu)？,18,1

5、9,BLAST可以對核酸和蛋白的多種數(shù)據(jù)庫操作。有幾種比較方法可選擇： Blastp：一個(gè)氨基酸序列與一個(gè)蛋白數(shù)據(jù)庫比較 Blastn：一個(gè)核酸序列與一個(gè)核酸數(shù)據(jù)庫比較。 Blastx：一個(gè)核酸的所有讀框與一個(gè)蛋白數(shù)據(jù)庫比較，可以用來發(fā)現(xiàn)未知核酸可能的蛋白產(chǎn)物。 Tblastn：一個(gè)蛋白序列與翻譯成所有讀框的核酸數(shù)據(jù)庫比較。 Tblastx：一個(gè)核酸的六種讀框與一個(gè)核酸據(jù)庫的六種讀框比較，但由于計(jì)算太復(fù)雜在網(wǎng)頁中不能應(yīng)用。,20,21,22,23,24,Gene info：17號染色體,25,功能注釋：Gene Ontology,該基因定位于人體第17條染色體，基因表示符為：NM-001168.2 初步的功能分析：細(xì)胞周期，caspase酶的抑制因子等,26,獲取蛋白質(zhì)的序列信息,該蛋白質(zhì)中包含142個(gè)氨基酸，序列標(biāo)識符為：NP-001159.2,27,獲取FASTA序列,28,Find dom