生物信息學(xué)常用軟件

1、王雙雙 2015年9月16日,生物信息常用軟件,為什么要學(xué)軟件 生物學(xué)研究的目的 = 解釋生物學(xué)現(xiàn)象及意義 拿到的數(shù)據(jù) = 不直觀的字符 從數(shù)據(jù)到形成理論，需要軟件來幫助實(shí)現(xiàn),常用軟件類型,基因組序列分析、序列比對(duì)軟件（GCG、BLAST、CLUSTAL等） 系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)造軟件（PHYLIP、PALM、MEGA4等） 分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件（GROMACS、NAMD等） ,怎樣選擇軟件 功能類似的軟件數(shù)不勝數(shù)，每一個(gè)都要試試？,序列比對(duì),1 全局比對(duì) 衡量兩條序列整體的相似性，即尋找一種聯(lián)配方式，使整體相似性最大化。 Clustal，muscle，hmmer 2 局部比對(duì) 不必對(duì)兩個(gè)完整的序列進(jìn)行

2、比對(duì)；可以在每個(gè)序列中使用某些部分來獲得最優(yōu)匹配。 BLAST,BLAT,CLUSTALX,Clustalx初始界面,上傳序列文件：點(diǎn)擊file下拉菜單，選擇load sequences。,序列加載完成的界面,進(jìn)行多序列聯(lián)配,選擇輸出路徑,比對(duì)結(jié)果,.aln結(jié)果文件,.dnd文件：可選擇不同的樹形圖,BLAST,序列中可能包含一段著一段短的精確匹配的區(qū)域，或者分?jǐn)?shù)非常高的一段聯(lián)配區(qū)域。尋找這樣的區(qū)域，然后向首尾兩端延伸，找到完整的聯(lián)配。 NCBIblast下載： /blast/executables/blast+/LATEST/ Nibi-bl

3、ast-2.2.31+-x64-linux.tar.gz 安裝： 解壓：tar xvzf Nibi-blast-2.2.31+-x64-linux.tar.gz,Blast類型,Blastp：蛋白質(zhì)序列與蛋白庫比對(duì) Blastx：核酸序列與蛋白質(zhì)庫比對(duì) Blastn：核酸序列與核酸庫比對(duì) Tblastn：蛋白序列與核酸庫比對(duì) Tblastx：核酸序列與核酸庫在蛋白級(jí)別比對(duì),Blast的本地運(yùn)行,1 建庫 ./makeblastdb -in 庫文件路徑名+文件名 dbtype nucl(pro) title 庫名稱 out 輸出路徑+庫名稱 2 序列比對(duì) ./blastn query 路徑和文件

4、名 db 庫路徑和名臣 -task blastn num_threads n dust no outfmt n out 輸出路徑和文件名 3查看幫助文件 ./blastn -h,Blast輸出類型,sim4,將表達(dá)序列與同物種或相近物種的基因組序列進(jìn)行對(duì)比，進(jìn)而確定基因結(jié)構(gòu)。 下載：/html/docs/sim4.html 頁面提供安裝步驟： 解壓 gunzip sim4.tar.gz | tar -xvf 進(jìn)入解壓文件夾 cd sim4.* 編譯 make,使用及輸出結(jié)果,Sim4 ,構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,綜合應(yīng)用軟件,綜合應(yīng)用軟件功能多樣，可以用于序列比對(duì)，PCR引物設(shè)計(jì)，限制性酶切分析，質(zhì)粒繪圖，蛋白分析等等。 DNAMAN EMBOSS,Eprimer3設(shè)計(jì)引物,eprimer3G:seq.faG:a.txt-mintm55.0-maxtm60.0-mingc40.0- maxgc60.0-productsizerange100-200-productosize1