生存分析SPSS教學(xué)內(nèi)容

1、生存生存(shngcn)分析分析SPSS過程過程（SPSS of Survival Analysis） 鄒莉玲鄒莉玲預(yù)防預(yù)防(yfng)醫(yī)學(xué)教研室醫(yī)學(xué)教研室第一頁，共31頁。1. 何為生存分析？生存分析（survival analysis）是將事件的結(jié)果（終點(diǎn)事件）和出現(xiàn)結(jié)果經(jīng)歷的時(shí)間結(jié)合起來分析的一種統(tǒng)計(jì)分析方法。2. 生存分析的目的：描述生存過程：估計(jì)不同時(shí)間的總體生存率，計(jì)算中位生存期，繪制生存函數(shù)曲線。統(tǒng)計(jì)方法包括Kaplan-Meier（K-M）法、壽命表法。比較：比較不同處理組的生存率，如比較不同療法治療腦瘤的生存率，以了解哪種治療方案較優(yōu)。統(tǒng)計(jì)方法log-rank檢驗(yàn)等。影響因素

2、分析：研究某個(gè)或某些因素對(duì)生存率或生存時(shí)間的影響作用。如為改善腦瘤病人的預(yù)后，應(yīng)了解影響病人預(yù)后的主要因素，包括病人的年齡、性別(xngbi)、病程、腫瘤分期、治療方案等。統(tǒng)計(jì)方法cox比例風(fēng)險(xiǎn)回歸模型等。預(yù)測(cè)：建立cox回歸預(yù)測(cè)模型。生存分析生存分析(fnx)的理論復(fù)習(xí)的理論復(fù)習(xí)第二頁，共31頁。生存生存(shngcn)(shngcn)分析分析(Survival Analysis)(Survival Analysis)菜單菜單第三頁，共31頁。壽命壽命(shumng)(shumng)表（表（Life TablesLife Tables）過程過程Life tables 過程用于（小樣本和大樣本

3、資料）：估計(jì)某生存時(shí)間(shjin)的生存率，以及中位生存時(shí)間(shjin)。繪制各種曲線：如生存函數(shù)、風(fēng)險(xiǎn)函數(shù)曲線等。對(duì)某一研究因素不同水平的生存時(shí)間(shjin)分布的比較?？刂屏硪粋€(gè)因素后對(duì)研究因素不同水平的生存時(shí)間(shjin)分布的比較。對(duì)多組生存時(shí)間(shjin)分布進(jìn)行兩兩比較。（比較總體生存時(shí)間(shjin)分布采用wilcoxon檢驗(yàn)）第四頁，共31頁。Company Logo實(shí)例實(shí)例(shl)分析分析例1：為了(wi le)比較不同手術(shù)方法治療腎上腺腫瘤的療效，某研究者隨機(jī)將43例病人分成兩組，甲組23例、乙組20例的生存時(shí)間（月）如下所示：其中有“+”者是刪失數(shù)據(jù)，表示病

4、人仍生存或失訪，括號(hào)內(nèi)為死亡人數(shù)。（1）計(jì)算甲、乙兩法術(shù)后10月的生存率和標(biāo)準(zhǔn)誤。（2）估計(jì)(gj)兩組的中位生存期。（3）繪制各組生存函數(shù)曲線。（4）比較兩組的總體生存時(shí)間分布有無差別。第五頁，共31頁。Company Logo一、建立數(shù)據(jù)文件（一、建立數(shù)據(jù)文件（data-01.sav）定義定義5個(gè)變量：個(gè)變量：生存時(shí)間生存時(shí)間(shjin)變量：變量：t，值標(biāo)簽，值標(biāo)簽“生存時(shí)生存時(shí)間間(shjin)（月）（月）”生存狀態(tài)變量生存狀態(tài)變量 ：status，取值，取值“1=死亡，死亡，0=刪失或存活刪失或存活”頻數(shù)變量：頻數(shù)變量：freq，值標(biāo)簽，值標(biāo)簽“人數(shù)人數(shù)”分組變量：分組變量：gro

5、up，取值，取值“1=甲組，甲組，2=乙組乙組”生存時(shí)間生存時(shí)間(shjin)序號(hào)變量序號(hào)變量(可無）：可無）：i第六頁，共31頁。二、操作過程二、操作過程主菜單：分析主菜單：分析Analyze生存生存Survival壽命壽命表表Life tables對(duì)話框參數(shù)設(shè)置：對(duì)話框參數(shù)設(shè)置：時(shí)間時(shí)間time框：選入框：選入 “t”。顯示時(shí)間間隔顯示時(shí)間間隔Display time intervals框：步長(zhǎng)框：步長(zhǎng)by前面填入最大生存時(shí)間的上限（必須包括前面填入最大生存時(shí)間的上限（必須包括(boku)生存時(shí)間最大值），步長(zhǎng)生存時(shí)間最大值），步長(zhǎng)by后面填后面填入生存時(shí)間的組距。本例上限填入生存時(shí)間的組

6、距。本例上限填“60”，組，組距填距填“1”。狀態(tài)狀態(tài)status框：選入框：選入“status”，擊，擊define events 鈕，在鈕，在single value框填入框填入“1”因子因子factor框：選入框：選入“group”，定義最小值，定義最小值“1”，最大值，最大值“2”。單擊選項(xiàng)單擊選項(xiàng)option按鈕，彈出對(duì)話框：按鈕，彈出對(duì)話框： 1）壽命表，系統(tǒng)默認(rèn)。壽命表，系統(tǒng)默認(rèn)。 2）圖：）圖： 生存函數(shù)生存函數(shù) 3）比較第一個(gè)因子的水平：）比較第一個(gè)因子的水平： 整整體比較體比較第七頁，共31頁。三、主要輸出結(jié)果三、主要輸出結(jié)果10月生存率的估計(jì)月生存率的估計(jì)(gj)： 甲法

7、甲法 48%，標(biāo)準(zhǔn)誤，標(biāo)準(zhǔn)誤 0.1 乙法乙法 30%，標(biāo)準(zhǔn)誤，標(biāo)準(zhǔn)誤 0.1 兩組的中位生存期估計(jì)兩組的中位生存期估計(jì)(gj)：第八頁，共31頁。Company Logo3. 繪制生存繪制生存(shngcn)曲線：曲線：第九頁，共31頁。Company Logo4. 兩組生存兩組生存(shngcn)時(shí)間分布的比較：時(shí)間分布的比較：第十頁，共31頁。Kaplan-Meier 過程過程(guchng)Kaplan-Meier過程用于(尤其小樣本資料）：估計(jì)各生存時(shí)間的生存率以及中位生存時(shí)間。繪制各種曲線：如生存函數(shù)、風(fēng)險(xiǎn)函數(shù)曲線等。比較某研究因素不同水平的生存時(shí)間有無差異?？刂颇硞€(gè)(mu )分層

8、因素后對(duì)研究因素不同水平的生存時(shí)間分布進(jìn)行比較。對(duì)多組生存時(shí)間分布進(jìn)行兩兩比較。（各總體分布比較采用Log-rank等非參數(shù)方法）第十一頁，共31頁。Company Logo實(shí)例實(shí)例(shl)分析分析例2：（數(shù)據(jù)同例1）為了比較不同手術(shù)方法治療腎上腺腫瘤的療效(lioxio)，某研究者隨機(jī)將43例病人分成兩組，甲組23例、乙組20例的生存時(shí)間（月）如下所示：其中有“+”者是刪失數(shù)據(jù)，表示病人仍生存或失訪，括號(hào)內(nèi)為死亡人數(shù)。（1）計(jì)算甲、乙兩法各生存時(shí)間的生存率和標(biāo)準(zhǔn)(biozhn)誤。（2）估計(jì)兩組的中位生存期。（3）繪制各組生存函數(shù)曲線。（4）比較兩組的總體生存時(shí)間分布有無差別。第十二頁，共

9、31頁。一、建立數(shù)據(jù)文件（同前）一、建立數(shù)據(jù)文件（同前）二、操作過程二、操作過程主菜單：分析主菜單：分析Analyze生存生存SurvivalKaplan-Meier對(duì)話框參數(shù)設(shè)置：對(duì)話框參數(shù)設(shè)置：時(shí)間時(shí)間time框：選入框：選入 “t”。狀態(tài)狀態(tài)status框：選入框：選入“status”，擊，擊define events 鈕，在鈕，在single value框填入框填入“1”。因子因子factor框：選入框：選入“group”。單擊選項(xiàng)單擊選項(xiàng)option按鈕，彈出對(duì)話框：按鈕，彈出對(duì)話框： 1）統(tǒng)計(jì)量：）統(tǒng)計(jì)量： 生存分析表，系統(tǒng)默認(rèn)。生存分析表，系統(tǒng)默認(rèn)。 均值和中位生存時(shí)間，系統(tǒng)默認(rèn)

10、。均值和中位生存時(shí)間，系統(tǒng)默認(rèn)。 2）圖：）圖： 生存函數(shù)生存函數(shù)5. 單擊比較因子單擊比較因子Compare Factor按鈕，彈出對(duì)話框：按鈕，彈出對(duì)話框： 1）檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量）檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量Test Statistics： 都用于檢驗(yàn)時(shí)間分布都用于檢驗(yàn)時(shí)間分布是否是否(sh fu)相同。相同。 對(duì)數(shù)秩對(duì)數(shù)秩Log-rank：各時(shí)間點(diǎn)的權(quán)重一樣。：各時(shí)間點(diǎn)的權(quán)重一樣。 Breslow：按各時(shí)間點(diǎn)的觀察例數(shù)賦權(quán)。：按各時(shí)間點(diǎn)的觀察例數(shù)賦權(quán)。 Tarone-Ware：按各時(shí)間點(diǎn)觀察例數(shù)的平方：按各時(shí)間點(diǎn)觀察例數(shù)的平方根賦權(quán)。根賦權(quán)。第十三頁，共31頁。二、操作過程二、操作過程2）水平水平(shupng

11、)間的兩兩比間的兩兩比較。較。6. 單擊Save按鈕，彈出保存(bocn)新變量Save new variables 對(duì)話框：第十四頁，共31頁。三、主要輸出結(jié)果三、主要輸出結(jié)果(ji gu)生存表：生存表： 略略 兩組的中位生存期估計(jì)：兩組的中位生存期估計(jì)：第十五頁，共31頁。3. 繪制生存繪制生存(shngcn)曲線：曲線：第十六頁，共31頁。Company Logo4. 兩組生存時(shí)間兩組生存時(shí)間(shjin)分布的比較：分布的比較：第十七頁，共31頁。Cox回歸回歸(hugu)過程過程Cox回歸過程用于： 1. 多個(gè)(du )因素對(duì)生存時(shí)間的影響作用分析和比較 2. 生存（或死亡）風(fēng)險(xiǎn)預(yù)

12、測(cè)第十八頁，共31頁。實(shí)例實(shí)例(shl)分析分析o例3：為探討某惡性腫瘤( xng zhng li)的預(yù)后，某研究者收集了63例患者的生存時(shí)間、生存結(jié)局及影響因素。影響因素包括病人年齡、性別、組織學(xué)類型、治療方式、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移、腫瘤浸潤(rùn)程度，生存時(shí)間以月計(jì)算。變量的賦值和所收集的資料分別見表17-8和表17-9。試用Cox回歸模型進(jìn)行分析。第十九頁，共31頁。NoX1X2X3X4X5X6tYNoX1X2X3X4X5X6tY15400110520336200010120025701000510344011101 40135800011351355010010 2614431111010303633

13、1100012005480100071375711100120064001000600384810010120074401000580392800010 3183600011291405410110120193911101700413501011 71104201001670424700010 18111420100066043491011012001242101108704443010001200135111100850454811000 151145501001820464400010 411549111017604760111001200165211101740484000010 161

14、174811100630493201001 2411854101111010504400011 19119380100010005148100101200204011101661527201010 241213800010930534200010 212219000102415463101101200236710110930555501100 121243700110900563900010 512543100101515744000101200264900010315842111001200275011111870597400011 712853111001200606101010 4012

15、93211100120061451011010803046010011200623801000 2413143101101200636200010 1613244101101200表表17-9 63名某惡性腫瘤患者名某惡性腫瘤患者(hunzh)的生存時(shí)間（月）及影響因素的生存時(shí)間（月）及影響因素第二十頁，共31頁。一、建立一、建立(jinl)數(shù)據(jù)文件（數(shù)據(jù)文件（data-03.sav）二、操作過程二、操作過程主菜單：分析主菜單：分析Analyze生存生存SurvivalCox RegressionCox回歸回歸(hugu)主對(duì)話框主對(duì)話框第二十一頁，共31頁。二、操作過程二、操作過程主對(duì)話框參

16、數(shù)設(shè)置：主對(duì)話框參數(shù)設(shè)置：時(shí)間時(shí)間time框：選入框：選入 “ t ”。狀態(tài)狀態(tài)status框：選入框：選入“ y ”，擊，擊define events 鈕，在鈕，在single value框填入框填入“1”協(xié)變量協(xié)變量(binling)Covariates框：選入框：選入“x1x6”。方法方法Method框：選擇自變量框：選擇自變量(binling)進(jìn)入進(jìn)入Cox模型的方法，模型的方法，SPSS提供以下提供以下7種方法。種方法。第二十二頁，共31頁。o1.分析(fnx)例數(shù)描述三、主要輸出三、主要輸出(shch)結(jié)果結(jié)果第二十三頁，共31頁。o2-1.模型(mxng)檢驗(yàn)（全變量模型(mxn

17、g)）結(jié)果提示：結(jié)果提示：（1）對(duì)模型總體）對(duì)模型總體(zngt)檢驗(yàn)有顯著意義（檢驗(yàn)有顯著意義（P=0.003），即至少），即至少有有1個(gè)自變量的總體個(gè)自變量的總體(zngt)回歸系數(shù)不為回歸系數(shù)不為0。第二十四頁，共31頁。o2-2.模型檢驗(yàn)(jinyn)（逐步回歸模型，Method=向前法LR，自變量進(jìn)入P0.05，剔除P0.10 ）（2）采用逐步回歸法進(jìn)行）采用逐步回歸法進(jìn)行Cox模型模型(mxng)分析的結(jié)果提示：模型分析的結(jié)果提示：模型(mxng)擬合自變量進(jìn)入和擬合自變量進(jìn)入和剔除的檢驗(yàn)水準(zhǔn)分別為剔除的檢驗(yàn)水準(zhǔn)分別為0.05和和0.1時(shí)，篩選后的最佳模型時(shí)，篩選后的最佳模型(mx

18、ng)包含兩個(gè)協(xié)變量，包含兩個(gè)協(xié)變量，即即X4（治療方式）和（治療方式）和X5（淋巴結(jié)是否轉(zhuǎn)移），該擬合模型（淋巴結(jié)是否轉(zhuǎn)移），該擬合模型(mxng)總體檢驗(yàn)提示總體檢驗(yàn)提示具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（整體卡方具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（整體卡方=17.594，P0.10 ）B ：偏回歸系數(shù) ，SE：偏回歸系數(shù)的標(biāo)準(zhǔn)誤Wald：用于檢驗(yàn)總體偏回歸系數(shù)與0有無(yu w)顯著差異， v=1時(shí)，W=（B/SE）2 。Exp(B)：相對(duì)危險(xiǎn)度估計(jì)（RR值）（3）X4（治療方式（治療方式(fngsh)）對(duì)生存時(shí)間有影響，采用新療法病人的死亡風(fēng)險(xiǎn)降）對(duì)生存時(shí)間有影響，采用新療法病人的死亡風(fēng)險(xiǎn)降至傳統(tǒng)療法的至傳統(tǒng)療法的17.2%（RR的的95%CI為為0.0590.503）。）。（4）X5（淋巴結(jié)是否轉(zhuǎn)移）對(duì)生存時(shí)間也有影響，有淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移病人的死亡風(fēng)險(xiǎn)（淋巴結(jié)是否轉(zhuǎn)移）對(duì)生存時(shí)間也有影響，有淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移病人的死亡風(fēng)險(xiǎn)為無淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移病人的為無淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移病人的2.538倍（倍（ RR的的95%CI為為1.0626.066）。）。第二十六頁，共31頁。o4. 自/協(xié)變量的均值(jn zh)（選入2個(gè)變量的模型）第二十七頁，共31頁。o5. 生存曲線(qxin)（選入2個(gè)變量的模型）第二十八頁，共31頁。Company Logop 練習(xí)練習(xí)1：某臨床試驗(yàn)對(duì)：某臨床試驗(yàn)對(duì)20名第名第或