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1、生存生存(shngcn)分析分析SPSS過程過程(SPSS of Survival Analysis) 鄒莉玲鄒莉玲預(yù)防預(yù)防(yfng)醫(yī)學(xué)教研室醫(yī)學(xué)教研室第一頁(yè),共31頁(yè)。1. 何為生存分析?生存分析(survival analysis)是將事件的結(jié)果(終點(diǎn)事件)和出現(xiàn)結(jié)果經(jīng)歷的時(shí)間結(jié)合起來分析的一種統(tǒng)計(jì)分析方法。2. 生存分析的目的:描述生存過程:估計(jì)不同時(shí)間的總體生存率,計(jì)算中位生存期,繪制生存函數(shù)曲線。統(tǒng)計(jì)方法包括Kaplan-Meier(K-M)法、壽命表法。比較:比較不同處理組的生存率,如比較不同療法治療腦瘤的生存率,以了解哪種治療方案較優(yōu)。統(tǒng)計(jì)方法log-rank檢驗(yàn)等。影響因素
2、分析:研究某個(gè)或某些因素對(duì)生存率或生存時(shí)間的影響作用。如為改善腦瘤病人的預(yù)后,應(yīng)了解影響病人預(yù)后的主要因素,包括病人的年齡、性別(xngbi)、病程、腫瘤分期、治療方案等。統(tǒng)計(jì)方法cox比例風(fēng)險(xiǎn)回歸模型等。預(yù)測(cè):建立cox回歸預(yù)測(cè)模型。生存分析生存分析(fnx)的理論復(fù)習(xí)的理論復(fù)習(xí)第二頁(yè),共31頁(yè)。生存生存(shngcn)(shngcn)分析分析(Survival Analysis)(Survival Analysis)菜單菜單第三頁(yè),共31頁(yè)。壽命壽命(shumng)(shumng)表(表(Life TablesLife Tables)過程過程Life tables 過程用于(小樣本和大樣本
3、資料):估計(jì)某生存時(shí)間(shjin)的生存率,以及中位生存時(shí)間(shjin)。繪制各種曲線:如生存函數(shù)、風(fēng)險(xiǎn)函數(shù)曲線等。對(duì)某一研究因素不同水平的生存時(shí)間(shjin)分布的比較??刂屏硪粋€(gè)因素后對(duì)研究因素不同水平的生存時(shí)間(shjin)分布的比較。對(duì)多組生存時(shí)間(shjin)分布進(jìn)行兩兩比較。(比較總體生存時(shí)間(shjin)分布采用wilcoxon檢驗(yàn))第四頁(yè),共31頁(yè)。Company Logo實(shí)例實(shí)例(shl)分析分析例1:為了(wi le)比較不同手術(shù)方法治療腎上腺腫瘤的療效,某研究者隨機(jī)將43例病人分成兩組,甲組23例、乙組20例的生存時(shí)間(月)如下所示:其中有“+”者是刪失數(shù)據(jù),表示病
4、人仍生存或失訪,括號(hào)內(nèi)為死亡人數(shù)。(1)計(jì)算甲、乙兩法術(shù)后10月的生存率和標(biāo)準(zhǔn)誤。(2)估計(jì)(gj)兩組的中位生存期。(3)繪制各組生存函數(shù)曲線。(4)比較兩組的總體生存時(shí)間分布有無差別。第五頁(yè),共31頁(yè)。Company Logo一、建立數(shù)據(jù)文件(一、建立數(shù)據(jù)文件(data-01.sav)定義定義5個(gè)變量:個(gè)變量:生存時(shí)間生存時(shí)間(shjin)變量:變量:t,值標(biāo)簽,值標(biāo)簽“生存時(shí)生存時(shí)間間(shjin)(月)(月)”生存狀態(tài)變量生存狀態(tài)變量 :status,取值,取值“1=死亡,死亡,0=刪失或存活刪失或存活”頻數(shù)變量:頻數(shù)變量:freq,值標(biāo)簽,值標(biāo)簽“人數(shù)人數(shù)”分組變量:分組變量:gro
5、up,取值,取值“1=甲組,甲組,2=乙組乙組”生存時(shí)間生存時(shí)間(shjin)序號(hào)變量序號(hào)變量(可無):可無):i第六頁(yè),共31頁(yè)。二、操作過程二、操作過程主菜單:分析主菜單:分析Analyze生存生存Survival壽命壽命表表Life tables對(duì)話框參數(shù)設(shè)置:對(duì)話框參數(shù)設(shè)置:時(shí)間時(shí)間time框:選入框:選入 “t”。顯示時(shí)間間隔顯示時(shí)間間隔Display time intervals框:步長(zhǎng)框:步長(zhǎng)by前面填入最大生存時(shí)間的上限(必須包括前面填入最大生存時(shí)間的上限(必須包括(boku)生存時(shí)間最大值),步長(zhǎng)生存時(shí)間最大值),步長(zhǎng)by后面填后面填入生存時(shí)間的組距。本例上限填入生存時(shí)間的組
6、距。本例上限填“60”,組,組距填距填“1”。狀態(tài)狀態(tài)status框:選入框:選入“status”,擊,擊define events 鈕,在鈕,在single value框填入框填入“1”因子因子factor框:選入框:選入“group”,定義最小值,定義最小值“1”,最大值,最大值“2”。單擊選項(xiàng)單擊選項(xiàng)option按鈕,彈出對(duì)話框:按鈕,彈出對(duì)話框: 1)壽命表,系統(tǒng)默認(rèn)。壽命表,系統(tǒng)默認(rèn)。 2)圖:)圖: 生存函數(shù)生存函數(shù) 3)比較第一個(gè)因子的水平:)比較第一個(gè)因子的水平: 整整體比較體比較第七頁(yè),共31頁(yè)。三、主要輸出結(jié)果三、主要輸出結(jié)果10月生存率的估計(jì)月生存率的估計(jì)(gj): 甲法
7、甲法 48%,標(biāo)準(zhǔn)誤,標(biāo)準(zhǔn)誤 0.1 乙法乙法 30%,標(biāo)準(zhǔn)誤,標(biāo)準(zhǔn)誤 0.1 兩組的中位生存期估計(jì)兩組的中位生存期估計(jì)(gj):第八頁(yè),共31頁(yè)。Company Logo3. 繪制生存繪制生存(shngcn)曲線:曲線:第九頁(yè),共31頁(yè)。Company Logo4. 兩組生存兩組生存(shngcn)時(shí)間分布的比較:時(shí)間分布的比較:第十頁(yè),共31頁(yè)。Kaplan-Meier 過程過程(guchng)Kaplan-Meier過程用于(尤其小樣本資料):估計(jì)各生存時(shí)間的生存率以及中位生存時(shí)間。繪制各種曲線:如生存函數(shù)、風(fēng)險(xiǎn)函數(shù)曲線等。比較某研究因素不同水平的生存時(shí)間有無差異??刂颇硞€(gè)(mu )分層
8、因素后對(duì)研究因素不同水平的生存時(shí)間分布進(jìn)行比較。對(duì)多組生存時(shí)間分布進(jìn)行兩兩比較。(各總體分布比較采用Log-rank等非參數(shù)方法)第十一頁(yè),共31頁(yè)。Company Logo實(shí)例實(shí)例(shl)分析分析例2:(數(shù)據(jù)同例1)為了比較不同手術(shù)方法治療腎上腺腫瘤的療效(lioxio),某研究者隨機(jī)將43例病人分成兩組,甲組23例、乙組20例的生存時(shí)間(月)如下所示:其中有“+”者是刪失數(shù)據(jù),表示病人仍生存或失訪,括號(hào)內(nèi)為死亡人數(shù)。(1)計(jì)算甲、乙兩法各生存時(shí)間的生存率和標(biāo)準(zhǔn)(biozhn)誤。(2)估計(jì)兩組的中位生存期。(3)繪制各組生存函數(shù)曲線。(4)比較兩組的總體生存時(shí)間分布有無差別。第十二頁(yè),共
9、31頁(yè)。一、建立數(shù)據(jù)文件(同前)一、建立數(shù)據(jù)文件(同前)二、操作過程二、操作過程主菜單:分析主菜單:分析Analyze生存生存SurvivalKaplan-Meier對(duì)話框參數(shù)設(shè)置:對(duì)話框參數(shù)設(shè)置:時(shí)間時(shí)間time框:選入框:選入 “t”。狀態(tài)狀態(tài)status框:選入框:選入“status”,擊,擊define events 鈕,在鈕,在single value框填入框填入“1”。因子因子factor框:選入框:選入“group”。單擊選項(xiàng)單擊選項(xiàng)option按鈕,彈出對(duì)話框:按鈕,彈出對(duì)話框: 1)統(tǒng)計(jì)量:)統(tǒng)計(jì)量: 生存分析表,系統(tǒng)默認(rèn)。生存分析表,系統(tǒng)默認(rèn)。 均值和中位生存時(shí)間,系統(tǒng)默認(rèn)
10、。均值和中位生存時(shí)間,系統(tǒng)默認(rèn)。 2)圖:)圖: 生存函數(shù)生存函數(shù)5. 單擊比較因子單擊比較因子Compare Factor按鈕,彈出對(duì)話框:按鈕,彈出對(duì)話框: 1)檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量)檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量Test Statistics: 都用于檢驗(yàn)時(shí)間分布都用于檢驗(yàn)時(shí)間分布是否是否(sh fu)相同。相同。 對(duì)數(shù)秩對(duì)數(shù)秩Log-rank:各時(shí)間點(diǎn)的權(quán)重一樣。:各時(shí)間點(diǎn)的權(quán)重一樣。 Breslow:按各時(shí)間點(diǎn)的觀察例數(shù)賦權(quán)。:按各時(shí)間點(diǎn)的觀察例數(shù)賦權(quán)。 Tarone-Ware:按各時(shí)間點(diǎn)觀察例數(shù)的平方:按各時(shí)間點(diǎn)觀察例數(shù)的平方根賦權(quán)。根賦權(quán)。第十三頁(yè),共31頁(yè)。二、操作過程二、操作過程2)水平水平(shupng
11、)間的兩兩比間的兩兩比較。較。6. 單擊Save按鈕,彈出保存(bocn)新變量Save new variables 對(duì)話框:第十四頁(yè),共31頁(yè)。三、主要輸出結(jié)果三、主要輸出結(jié)果(ji gu)生存表:生存表: 略略 兩組的中位生存期估計(jì):兩組的中位生存期估計(jì):第十五頁(yè),共31頁(yè)。3. 繪制生存繪制生存(shngcn)曲線:曲線:第十六頁(yè),共31頁(yè)。Company Logo4. 兩組生存時(shí)間兩組生存時(shí)間(shjin)分布的比較:分布的比較:第十七頁(yè),共31頁(yè)。Cox回歸回歸(hugu)過程過程Cox回歸過程用于: 1. 多個(gè)(du )因素對(duì)生存時(shí)間的影響作用分析和比較 2. 生存(或死亡)風(fēng)險(xiǎn)預(yù)
12、測(cè)第十八頁(yè),共31頁(yè)。實(shí)例實(shí)例(shl)分析分析o例3:為探討某惡性腫瘤( xng zhng li)的預(yù)后,某研究者收集了63例患者的生存時(shí)間、生存結(jié)局及影響因素。影響因素包括病人年齡、性別、組織學(xué)類型、治療方式、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移、腫瘤浸潤(rùn)程度,生存時(shí)間以月計(jì)算。變量的賦值和所收集的資料分別見表17-8和表17-9。試用Cox回歸模型進(jìn)行分析。第十九頁(yè),共31頁(yè)。NoX1X2X3X4X5X6tYNoX1X2X3X4X5X6tY15400110520336200010120025701000510344011101 40135800011351355010010 2614431111010303633
13、1100012005480100071375711100120064001000600384810010120074401000580392800010 3183600011291405410110120193911101700413501011 71104201001670424700010 18111420100066043491011012001242101108704443010001200135111100850454811000 151145501001820464400010 411549111017604760111001200165211101740484000010 161
14、174811100630493201001 2411854101111010504400011 19119380100010005148100101200204011101661527201010 241213800010930534200010 212219000102415463101101200236710110930555501100 121243700110900563900010 512543100101515744000101200264900010315842111001200275011111870597400011 712853111001200606101010 4012
15、93211100120061451011010803046010011200623801000 2413143101101200636200010 1613244101101200表表17-9 63名某惡性腫瘤患者名某惡性腫瘤患者(hunzh)的生存時(shí)間(月)及影響因素的生存時(shí)間(月)及影響因素第二十頁(yè),共31頁(yè)。一、建立一、建立(jinl)數(shù)據(jù)文件(數(shù)據(jù)文件(data-03.sav)二、操作過程二、操作過程主菜單:分析主菜單:分析Analyze生存生存SurvivalCox RegressionCox回歸回歸(hugu)主對(duì)話框主對(duì)話框第二十一頁(yè),共31頁(yè)。二、操作過程二、操作過程主對(duì)話框參
16、數(shù)設(shè)置:主對(duì)話框參數(shù)設(shè)置:時(shí)間時(shí)間time框:選入框:選入 “ t ”。狀態(tài)狀態(tài)status框:選入框:選入“ y ”,擊,擊define events 鈕,在鈕,在single value框填入框填入“1”協(xié)變量協(xié)變量(binling)Covariates框:選入框:選入“x1x6”。方法方法Method框:選擇自變量框:選擇自變量(binling)進(jìn)入進(jìn)入Cox模型的方法,模型的方法,SPSS提供以下提供以下7種方法。種方法。第二十二頁(yè),共31頁(yè)。o1.分析(fnx)例數(shù)描述三、主要輸出三、主要輸出(shch)結(jié)果結(jié)果第二十三頁(yè),共31頁(yè)。o2-1.模型(mxng)檢驗(yàn)(全變量模型(mxn
17、g))結(jié)果提示:結(jié)果提示:(1)對(duì)模型總體)對(duì)模型總體(zngt)檢驗(yàn)有顯著意義(檢驗(yàn)有顯著意義(P=0.003),即至少),即至少有有1個(gè)自變量的總體個(gè)自變量的總體(zngt)回歸系數(shù)不為回歸系數(shù)不為0。第二十四頁(yè),共31頁(yè)。o2-2.模型檢驗(yàn)(jinyn)(逐步回歸模型,Method=向前法LR,自變量進(jìn)入P0.05,剔除P0.10 )(2)采用逐步回歸法進(jìn)行)采用逐步回歸法進(jìn)行Cox模型模型(mxng)分析的結(jié)果提示:模型分析的結(jié)果提示:模型(mxng)擬合自變量進(jìn)入和擬合自變量進(jìn)入和剔除的檢驗(yàn)水準(zhǔn)分別為剔除的檢驗(yàn)水準(zhǔn)分別為0.05和和0.1時(shí),篩選后的最佳模型時(shí),篩選后的最佳模型(mx
18、ng)包含兩個(gè)協(xié)變量,包含兩個(gè)協(xié)變量,即即X4(治療方式)和(治療方式)和X5(淋巴結(jié)是否轉(zhuǎn)移),該擬合模型(淋巴結(jié)是否轉(zhuǎn)移),該擬合模型(mxng)總體檢驗(yàn)提示總體檢驗(yàn)提示具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(整體卡方具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(整體卡方=17.594,P0.10 )B :偏回歸系數(shù) ,SE:偏回歸系數(shù)的標(biāo)準(zhǔn)誤Wald:用于檢驗(yàn)總體偏回歸系數(shù)與0有無(yu w)顯著差異, v=1時(shí),W=(B/SE)2 。Exp(B):相對(duì)危險(xiǎn)度估計(jì)(RR值)(3)X4(治療方式(治療方式(fngsh))對(duì)生存時(shí)間有影響,采用新療法病人的死亡風(fēng)險(xiǎn)降)對(duì)生存時(shí)間有影響,采用新療法病人的死亡風(fēng)險(xiǎn)降至傳統(tǒng)療法的至傳統(tǒng)療法的17.2%(RR的的95%CI為為0.0590.503)。)。(4)X5(淋巴結(jié)是否轉(zhuǎn)移)對(duì)生存時(shí)間也有影響,有淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移病人的死亡風(fēng)險(xiǎn)(淋巴結(jié)是否轉(zhuǎn)移)對(duì)生存時(shí)間也有影響,有淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移病人的死亡風(fēng)險(xiǎn)為無淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移病人的為無淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移病人的2.538倍(倍( RR的的95%CI為為1.0626.066)。)。第二十六頁(yè),共31頁(yè)。o4. 自/協(xié)變量的均值(jn zh)(選入2個(gè)變量的模型)第二十七頁(yè),共31頁(yè)。o5. 生存曲線(qxin)(選入2個(gè)變量的模型)第二十八頁(yè),共31頁(yè)。Company Logop 練習(xí)練習(xí)1:某臨床試驗(yàn)對(duì):某臨床試驗(yàn)對(duì)20名第名第或
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