PCR引物設(shè)計(jì)及PrimerPremier使用介紹學(xué)習(xí)教案

1、會(huì)計(jì)學(xué)1PCR引物設(shè)計(jì)引物設(shè)計(jì)(shj)及及PrimerPremier使用使用介紹介紹第一頁(yè)，共42頁(yè)。第1頁(yè)/共41頁(yè)第二頁(yè)，共42頁(yè)。第2頁(yè)/共41頁(yè)第三頁(yè)，共42頁(yè)。第3頁(yè)/共41頁(yè)第四頁(yè)，共42頁(yè)。第4頁(yè)/共41頁(yè)第五頁(yè)，共42頁(yè)。第5頁(yè)/共41頁(yè)第六頁(yè)，共42頁(yè)。第6頁(yè)/共41頁(yè)第七頁(yè)，共42頁(yè)。第7頁(yè)/共41頁(yè)第八頁(yè)，共42頁(yè)。第8頁(yè)/共41頁(yè)第九頁(yè)，共42頁(yè)。第9頁(yè)/共41頁(yè)第十頁(yè)，共42頁(yè)。第10頁(yè)/共41頁(yè)第十一頁(yè)，共42頁(yè)。第11頁(yè)/共41頁(yè)第十二頁(yè)，共42頁(yè)。第12頁(yè)/共41頁(yè)第十三頁(yè)，共42頁(yè)。第13頁(yè)/共41頁(yè)第十四頁(yè)，共42頁(yè)。第14頁(yè)/共41頁(yè)第十五頁(yè)，共42頁(yè)。

2、第15頁(yè)/共41頁(yè)第十六頁(yè)，共42頁(yè)。第16頁(yè)/共41頁(yè)第十七頁(yè)，共42頁(yè)。第17頁(yè)/共41頁(yè)第十八頁(yè)，共42頁(yè)。Preimer Premier 啟動(dòng)(qdng)界面第18頁(yè)/共41頁(yè)第十九頁(yè)，共42頁(yè)。Sequence nameOriginal sequenceUse these two button to translate the DNA seq to a protein seq or a protein seq to a DAN seq 8種密碼子偏好(pin ho)Choose a function 第19頁(yè)/共41頁(yè)第二十頁(yè)，共42頁(yè)。First you can design th

3、e primer manuallySense strand or anti-sense strandUseful information of the primer第20頁(yè)/共41頁(yè)第二十一頁(yè)，共42頁(yè)。引物類(lèi)型(lixng)搜索(su su)模式5引物位置范圍3引物位置范圍產(chǎn)物大小范圍引物長(zhǎng)度第21頁(yè)/共41頁(yè)第二十二頁(yè)，共42頁(yè)。28對(duì)引物引物分值100分為(fn wi)滿分每對(duì)引物的信息(xnx)雙擊選中一對(duì)引物第22頁(yè)/共41頁(yè)第二十三頁(yè)，共42頁(yè)?；氐街鞔翱?chungku)引物及產(chǎn)物(chnw)信息是否出現(xiàn)hairpin,dimer,false priming and cross

4、dimer第23頁(yè)/共41頁(yè)第二十四頁(yè)，共42頁(yè)。一對(duì)理想的引物應(yīng)當(dāng)(yngdng)不存在任何一種上述結(jié)構(gòu)，因此最好的情況是最下面的分析欄沒(méi)有But 第24頁(yè)/共41頁(yè)第二十五頁(yè)，共42頁(yè)。第25頁(yè)/共41頁(yè)第二十六頁(yè)，共42頁(yè)。Edit primer hereAnalysis the edit resultAccept the edit result Return to the main window第26頁(yè)/共41頁(yè)第二十七頁(yè)，共42頁(yè)。任務(wù)(rn wu)用綠色熒光蛋白(GFP)標(biāo)記蛋白NR1舉例說(shuō)明第27頁(yè)/共41頁(yè)第二十八頁(yè)，共42頁(yè)。SPBamHINR1Plasmid 1:Plasm

5、id 2GFP第28頁(yè)/共41頁(yè)第二十九頁(yè)，共42頁(yè)。SPBamHI(GGATCC)NR1-1aGFP第29頁(yè)/共41頁(yè)第三十頁(yè)，共42頁(yè)。 121 ggggctccta gagaacccgg gggcgcttga ccgcgcgcgg gcggcccgcg ggtcgtacat 181 cgcgaggtcg tcgcactcgc gcaacccaga gccaggcccg ctgtgcccgg agctcatgag 241 caccatgcac ctgctgacat tcgccctgct tttttcctgc tccttcgcc c gcgcggatcc 301 cgaccccaag atc

6、gtcaaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgtt 361 ccgcgaggca gtaaaccagg ccaataagcg acacggctct tggaagatac agctcaacgc 421 cacttctgtc acccacaagc ccaacgccat acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacct 481 catctctagc caggtctacg ctatcctagt tagccacccg cctactccca acgaccactt 541 cactcccacc cctgtctcct acacagctgg c

7、ttctacaga atccctgtcc tgggactgac 601 tacccgaatg tccatctact ctgacaagag tatccacctg agtttccttc gcacggtgcc 661 gccctactcc caccagtcca gcgtctggtt tgagatgatg cgagtctaca actggaacca 721 catcatcctg ctggtcagcg acgaccacga gggacgggca gcgcagaagc gcttggagac 781 gttgctggag gaacgggagt ccaaggcaga gaaggtgctg cagtttgacc

8、 caggaaccaa NR1的編碼序列(4000bp)紅色(hngs)為信號(hào)肽, 藍(lán)色為BamHI酶切位點(diǎn), 下劃線標(biāo)出酶切位點(diǎn)的閱讀框 第30頁(yè)/共41頁(yè)第三十一頁(yè)，共42頁(yè)。ATGGTGAGCAAG GGCGAGGAGC TGTTCACCGG GGTGGTGCCC ATCCTGGTCG AGCTGGACGG CGACGTAAAC GGCCACAAGT TCAGCGTGTC CGGCGAGGGC GAGGGCGATG CCACCTACGG CAAGCTGACC CTGAAGTTCA TCTGCACCAC CGGCAAGCTG CCCGTGCCCT GGCCCACCCT CGTGACCACC

9、 TTCGGCTACG GCCTGCAGTG CTTCGCCCGC TACCCCGACC ACATGAAGCA GCACGACTTC TTCAAGTCCG CCATGCCCGA AGGCTACGTC CAGGAGCGCA CCATCTTCTT CAAGGACGAC GGCAACTACA AGACCCGCGC CGAGGTGAAG TTCGAGGGCG ACACCCTGGT GAACCGCATC GAGCTGAAGG GCATCGACTT CAAGGAGGAC GGCAACATCC TGGGGCACAA GCTGGAGTAC AACTACAACA GCCACAACGT CTATATCATG GC

10、CGACAAGC AGAAGAACGG CATCAAGGTG AACTTCAAGA TCCGCCACAA CATCGAGGAC GGCAGCGTGC AGCTCGCCGA CCACTACCAG CAGAACACCC CCATCGGCGA CGGCCCCGTG CTGCTGCCTAC CAGTCCGCCC TGAGCAAAGA CCCCAACGAG AAGCGCGATC ACATGGTCCT GCTGGAGTTC GTGACCGCCG CCGGGATCAC TCTCGGCATG GACGAGCTGT ACAAGTAAGFP序列(xli)(700bp)第31頁(yè)/共41頁(yè)第三十二頁(yè)，共42頁(yè)。第32

11、頁(yè)/共41頁(yè)第三十三頁(yè)，共42頁(yè)。5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC TCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAA 3 3 TACCACTCGTTCCCGCTCCTCGAGAGCCGTACCTGCTCGACATGTTCATT 5GFP序列(xli)5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC TCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAA 3 3 TACCACTCGTTCCCGCTCCTCGCGTACCTGCTCGACATGTTCATT 5Primer1: 5ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC.AGAGCCGTACCTGCTCGACATGTTC

12、ATT 5 Primer2Primer1: 5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC.Primer2: 5 TTACTTGTACAGCTCGTCCATGCCGAGA.Primer1: 5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC.Primer2: 5 CTTGTACAGCTCGTCCATGCCGAGA.第一步：擴(kuò)增GFP基本(jbn)序列變性(binxng), 引物復(fù)性第33頁(yè)/共41頁(yè)第三十四頁(yè)，共42頁(yè)。Primer1: 5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGA.Primer2: 5 CTTGTACAGCTCGTCCATGCCGAGA.Primer1: 5 ATGGTGAG

13、CAAGGGCGAGGA （GC:60%,Tm：64）Primer2: 5 CTTGTACAGCTCGTCCATGCC （GC:57%,Tm：66）第34頁(yè)/共41頁(yè)第三十五頁(yè)，共42頁(yè)。Primer1: 5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGA （GC:60%,Tm：64）Primer2: 5 CTTGTACAGCTCGTCCATGCC （GC:57%,Tm：66）BamHI: ggatccPrimer1: 5 ggatccATGGTGAGCAAGGGCGAGGA Primer2: 5 ggatccCTTGTACAGCTCGTCCATGCC 第35頁(yè)/共41頁(yè)第三十六頁(yè)，共42頁(yè)。第四步

14、：閱讀(yud)框atgagcaccatgcacctgctgacattcgccctgcttttttcctgctccttcgcc cgc gcg gat ccc gaccccaag atcgtcaaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgttccgcgaggca gtaaaccagg ccaataagcg acacggctct tggaagatac agctcaacgccacttctgtc acccacaagc ccaacgccat acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacct.Primer1: 5 ggatccATGGTGAG

15、CAAGGGCGAGGANR1序列(xli)：Primer1: 5 ggatccTATGGTGAGCAAGGGCGAGGA第36頁(yè)/共41頁(yè)第三十七頁(yè)，共42頁(yè)。atgagcaccatgcacctgctgacattcgccctgcttttttcctgctccttcgcc cgc gcg gat ccc gaccccaag atcgtcaaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgttccgcgaggca gtaaaccagg ccaataagcg acacggctct tggaagatac agctcaacgccacttctgtc acccacaa

16、gc ccaacgccat acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacctNR1序列(xli)：5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC TCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAA 3 GFP序列(xli)cgc gcg gat ccTATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC TCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAG ?ggat ccc gaccccaag atcgtcaaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgttccgcgaggca gtaaaccagg ccaataagcg acacggctct tggaagatac agctcaacgccacttctgtc acccacaagc ccaacgccat acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacct插入(ch r)GFP后的組合序列第37頁(yè)/共41頁(yè)第三十八頁(yè)，共42頁(yè)。Primer2: 5 ggatccCTTGTACAGCTCGTCC