單細(xì)胞測序技術(shù)大比拼樣本

1、單細(xì)胞測序技術(shù)大PK隨著“人類細(xì)胞圖譜”籌劃開展，單細(xì)胞測序技術(shù)已經(jīng)進(jìn)入2.0時(shí)代，特別， 基于微液滴或者微流控芯片技術(shù)高通量單細(xì)胞分選平臺(tái)浮現(xiàn)，引領(lǐng)生命科學(xué)研究 進(jìn)入單細(xì)胞生物學(xué)時(shí)代。當(dāng)前，國內(nèi)外以及各種文獻(xiàn)報(bào)道單細(xì)胞測序技術(shù)讓人眼花繚亂，不知該如何 選取。其實(shí)，國內(nèi)外大規(guī)模單細(xì)胞技術(shù)平臺(tái)重要有C卩單細(xì)胞全自動(dòng)制備系統(tǒng)、 ICELL8 Single-Cell System、lllumina(8)Bio-Rad(B)Single-Cell Sequencing Solution s BD Rhapsody Single-Cell Analysis System 和 10X Chromium S

2、ingle Cell Gene Expression Solution這五種，接下來小編就帶你 理解下：10X GENOMICS技術(shù)簡介ChromiumTM Single Cell 3' Solution 是基于 10 X Genomics 平臺(tái),可以一次性分離、并 標(biāo)記500 - 10000個(gè)單細(xì)胞，并能在單細(xì)胞水平進(jìn)行檢測技術(shù)，其通過微流控系統(tǒng)，將單細(xì) 胞或長片段DNA分子迅速分派到油包水微反映體系中，每個(gè)微反映體系中單DNA分子會(huì)獲 得唯一特異性分子標(biāo)簽，制備生成測序文庫可以Willamina平臺(tái)進(jìn)行測序，并由10x Genomics 提供數(shù)據(jù)分析及可視化軟件，測序?qū)嶒?yàn)及分析流程

3、可以和illumina系統(tǒng)無縫銜接。10Xgenomics技術(shù)一次可以同步得到大量大細(xì)胞數(shù)據(jù)，但只能得到mRNA信息，LncRNA 大某些信息丟失，UMI技術(shù)能較好去除以為分析引入duplication及PCR引入SNP位點(diǎn)。同 樣對(duì)RNA質(zhì)量規(guī)左高，降解同樣會(huì)引起5'端信息去失。10X GENOMICS單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序優(yōu)缺陷10x Genomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序長處1. 簡樸便捷：集單細(xì)胞分選、擴(kuò)增.建庫于一體：2、細(xì)胞通量髙：每個(gè)樣本細(xì)胞數(shù)可達(dá)500-10000個(gè);3、建庫周期短：1天可完畢細(xì)胞懸液制備、單細(xì)胞捕獲、擴(kuò)增及建庫;4、超髙捕獲效率：單細(xì)胞捕獲效率髙達(dá)65%：5、真正

4、意義單細(xì)胞：單個(gè)液滴捕獲到各種細(xì)胞概率極低(0.9%/1000cells)；6、價(jià)格實(shí)惠：相較于其他單細(xì)胞平臺(tái)，價(jià)格實(shí)惠。10x Genomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序缺陷1、非全長信息：只能獲得3'端轉(zhuǎn)錄本信息；2、樣本規(guī)左髙：單個(gè)樣本細(xì)胞起始量達(dá)10A5-10A6個(gè)，活細(xì)胞數(shù)目需超過80%,建議 在90%以上最佳。BD Rhapsody Single-Cell Analysis System該系統(tǒng)釆用分子標(biāo)簽技術(shù)，能為單細(xì)胞中每個(gè)轉(zhuǎn)錄本標(biāo)記特異性分子標(biāo)簽， 實(shí)現(xiàn)了單細(xì)胞水平上基因表達(dá)譜絕對(duì)定量，同步，每個(gè)細(xì)胞也會(huì)被標(biāo)記特異性細(xì) 胞標(biāo)簽，這使高通量平行建庫成為也許。結(jié)合Rhapsody特有

5、單細(xì)胞分離技術(shù)， 單次實(shí)驗(yàn)可制備100-10000個(gè)單細(xì)胞文庫，顧客可依照需求定制引物，將檢測 范疇集中在H的基因，大幅減少后續(xù)測序成本。優(yōu)勢：實(shí)現(xiàn)多樣本混合捕獲，微孔板孔數(shù)高達(dá)22萬個(gè)；具備成像系統(tǒng)，可觀測細(xì)胞有 關(guān)信息；可以實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)錄組-蛋口組聯(lián)合分析。llumina®Bio-Rad®Single-Cell Sequencing Solution1月17 S, Illumina公司和Bio-Rad實(shí)驗(yàn)室公司在JP摩根健康大會(huì)上發(fā)布 T lllumina®Bio-Rad®Single-Cell Sequencing Solution o ddSEQ Sy

6、stem 是單 細(xì)胞分析新一代測序（NGS）工作流程，一次性8個(gè)樣本，每個(gè)樣品可以得到 50010000個(gè)細(xì)胞，可以在組織功能、病情進(jìn)展和治療反映方面等研究單個(gè)細(xì) 胞協(xié)同作用。與其她高通量捕獲平臺(tái)相比：捕獲效率低，僅為3%,成本相對(duì)低。優(yōu)勢：操作簡樸、一次性可8個(gè)樣本，捕獲50010000個(gè)單細(xì)胞，成本較低。ICELL8 Single-Cell System2月份，Wafergen公司開發(fā)ICELL8 Single-Cell System單細(xì)胞分選平臺(tái)， 具備通量高，周期快等特點(diǎn)，解決了老式單細(xì)胞擴(kuò)增中通量低，價(jià)格貴問題，在 大量細(xì)胞捕獲篩選過程中提供了高效平臺(tái)。但是，細(xì)胞捕獲只有效率30%,

7、成 本相對(duì)較低。優(yōu)勢：相對(duì)而言，流程較簡便，每次運(yùn)營可分離5001000個(gè)細(xì)胞，可一定限度減少 成本。C1單細(xì)胞全自動(dòng)制備系統(tǒng)Fluidigm推出C1單細(xì)胞自動(dòng)制備系統(tǒng)，并與單細(xì)胞基因表達(dá)分析中廣泛被 采用BioMark HD微流體PCR系統(tǒng)相結(jié)合，可以迅速可幕地分離、解決并對(duì) 單一細(xì)胞進(jìn)行基因組分析。但與其她高通量單細(xì)胞平臺(tái)相比，其通量低、成本高、周期慢、對(duì)實(shí)驗(yàn)人員規(guī)定高，操作較繁瑣和困難。旳詢重要在國內(nèi)某些科研院所 使用，較難應(yīng)用于高通量單細(xì)胞研究。優(yōu)勢：可以獲取到轉(zhuǎn)錄組全長信息，但是通量低、價(jià)格較貴。總結(jié)綜上可以看出，各個(gè)平臺(tái)各有特點(diǎn)，依照實(shí)際狀況考慮各種因素，以選取一 種最能滿足實(shí)驗(yàn)需

8、求平臺(tái)。但是，10X Chromium Single Cell Gene Expression Solution平臺(tái)通量高、周期迅速、成本低、細(xì)胞捕獲效率高、性能優(yōu)勢比較明顯, 并且商業(yè)化儀器操作簡便。10X GENOMICS單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)流程單細(xì)胞懸浮細(xì)胞質(zhì)檢10 X genomics標(biāo)記cDNA數(shù)據(jù)分析Illumina 測序文庫構(gòu)建案例分析通過10X genomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序繪制肺癌腫瘤微環(huán)境圖譜技術(shù)路線滋環(huán)境硏究;:-二：m二二 二、bulk RNA-seq心憶 邊嫌艮 中IKaR®» n 19個(gè)楫茶）- -解砂EffiB悠人林I -共分為!?熔噩群鼻于第規(guī)鶉誡組和 單窗19莎錄眸 租敢性和縫斤性分?jǐn)豎壬款夬型轉(zhuǎn)“政町各妞冏類型分斯 marker A（S«達(dá).TCGA 總IS分皆. 見疫熒光、GSVA分析-* 內(nèi)as町低K marker鼻因喪識(shí)分析* B電廨 G®tg» :不同質(zhì)marker整冕與關(guān)總安慝時(shí)16關(guān)聯(lián)父析Qsw i 肌寒史奧 上冏sis 1摳于TCGA分析不忙冕帙marker基因與綻人預(yù)怎關(guān)嵌研究成果文章共選用5例共19個(gè)樣本，通過10Xgenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序摸索基質(zhì)細(xì)胞亞群分 類、基因功能（信號(hào)通路）、核心marker