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文檔簡介

1、MEGA的主界面：使用步驟1. 序列導入可以通過Data導入數(shù)據(jù)也可以通過file導入數(shù)據(jù)。如果打開的文件是比對結(jié)果，選擇Analyze；如果打開的文件是序列文件，選擇Align。另外雙擊這些后綴名文件即可自動導入序列，導入后會彈出MEGA比對界面。如果fasta 序列導入報錯，多是因為序列長度不同導致：如果序列長度不同，可以采用新建文件，將序列文件導入的方法。步驟：Align Edit/Build Alignment create a new alignment Data open Retrieve sequences from File將復(fù)制輸入的序列另存輸出看看。步驟：data Expo

2、rt alignment fasta format序列長度都被用橫線補齊了。2. 多序列比對選擇muscle或者clustalw進行比對：clustalw 一般用于DNA ，muscle多用于蛋白。在比對之前需先選中要進行比對的序列（Shift），還可以對序列或者序列名進行編輯（雙擊）。比對參數(shù)選擇：保存比對文件，進化樹分析提供數(shù)據(jù)。一般導出的比對結(jié)果保存為fasta格式，或者直接點擊保存按鈕將結(jié)果，保存為二進制的mas或meg文件。3. 構(gòu)建進化樹導入數(shù)據(jù)：將剛剛另存的meg 文件 重新導入到mega程序中（直接拖入工作界面），并選擇構(gòu)建進化樹。參數(shù)選擇：參數(shù)設(shè)置，Bootstrap method一般選擇10001500；第一次繪圖時建議選擇500，這樣運行速度會比價快，結(jié)果合適再調(diào)至1000重新進行進化分析。描述：進化樹可視化：ViewTree/Branch style選擇樹的模式，也可以通過右圖菜單進行選擇。發(fā)散樹環(huán)狀樹進化樹簡單美化：可視化文件的保存：Newick標準樹文件，用于下游可視化軟件的導入png壓縮圖像文件pdf矢量圖像文件保存為png/pdf，顯示不全怎么辦？將圖和圖注復(fù)制到W

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