lammps初學(xué)者in文件資料中文解析匯報

1、實用文案Lammps初學(xué)者 in 文件中文解析（ 1）初始化Units ：Units 命令是用來設(shè)定模擬的原子類型。Units style（lammps現(xiàn)在提供的有style=LJ 、real 、metal 、 si 、cgs、electron ）LJ 是硬球模型Real 是真實的原子模型Metal 是金屬原子模型Si 是硅（半導(dǎo)體）原子模型CgsElectron是電子模型Dimension ：Dimension 命令是用來定義模擬的維度，默認(rèn)情況為三維。Dimension N （ N=2，3）Boundary：Boundary 命令是用來設(shè)定模擬的邊界條件。Boundary x y z（ x

2、， y， z=p，s，f ，m四種類型中的一種或者兩種）P 是周期性邊界條件S 是自由邊界條件（但是具有收縮性）F 是固定邊界條件M是具有最小值的自由邊界條件（但是具有收縮性）標(biāo)準(zhǔn)文檔實用文案Atom-style ：Atom-style定義了模擬體系中的原子屬性。Delete-atoms ：Pair-style：Pair-style定義了相互作用力場類型，即勢函數(shù)。（ 2）原子定義1、Read-data/read-restart：Read-data 或 read-restart為從 data 或 restart文件中讀取內(nèi)容來定義原子。2、Lattice：lattice是用來原子類型構(gòu)建模型晶

3、格結(jié)構(gòu)。Lattice style scale keyword values.Style 表示點陣類型，點陣類型有none、sc 、bcc、fcc 、hcp、 diamond、sq、 sq2、hex、custom。Scale 表示構(gòu)建的點陣類型的單位長度Keyword 表示后面可以追加0 個或者多個關(guān)鍵字，關(guān)鍵字有origin、orient 、spacing 、a1、 a2、a3、basis 。各關(guān)鍵字意思為：Region：標(biāo)準(zhǔn)文檔實用文案Create-box ：Create-box 命令用于在 regionbox 命令指定的區(qū)域內(nèi)創(chuàng)建一個模擬的盒子。Create_box N region-I

4、DN為使用該原子類型進行模擬Region-ID 為使用區(qū)域的 ID 使用模擬域Create-atoms ：Create-atoms 用于在所創(chuàng)建的模擬的盒子中填充某種原子。Create_atoms type style args keyword values .（ 3）設(shè)定：力場系數(shù)Pair-coeff：模擬參數(shù)NeighborNeighbor 是定義Neighbor skin styleSkin 為Style 可取 bin 、nsq、 multiNeighbor-modify ：Group：Timestep ：標(biāo)準(zhǔn)文檔實用文案Timestep 是定義模擬的時間步長。Timestep dtDt

5、 為時間步長（時間單位） ，默認(rèn)為 1psReset-timestep：FixFix 為定義對部分原子或者對系綜的操作。/doc/fix.htmlFix ID group-ID style argsID=指定的操作名稱編號（如1、2、3. ）Group-ID= 制定操作范圍的原子（如all ）Style= 操作內(nèi)容，如何操作Args=相關(guān)操作內(nèi)容的相關(guān)操作參數(shù)Fix-nvt ：恒定 N（原子數(shù)量）、 V（體積）、T（溫度）對時間積分Fix-npt ：恒定 N、P、T 對時間積分Unfix ：Compute/compute-modify ：輸出選項T

6、hermo：Thermo命令用于定義每隔一定時間步長輸出一次采樣內(nèi)容。Thermo N每隔 N 個時間步長輸出一次采樣內(nèi)容至屏幕或者log 文件Thermo_style ：標(biāo)準(zhǔn)文檔實用文案Thermo_style命令主要是用來說明采樣的內(nèi)容，即輸出到屏幕或者LOG文件中的內(nèi)容。（/doc/thermo_style.html）Thermo_style style argsStyle=one 、multi 、customArgs=特定的參數(shù)列表One args=noneMulti args=noneCustom args=list of attribu

7、tesPossible attributes=step、elaosed 、elaplong 、dt 、cpu、tpcpu 、spcpu、Atoms、temp、press 、 pe、ke、otatal、enthalpy 、Evdwl、ecoul 、epair 、ebond、eangle 、edihed 、 eimp、Emol、 elong 、etail、Vol 、lx 、 ly 、lz 、xlo 、xhi 、ylo 、 yhi 、zlo 、zhi 、Xy、xz 、yz、 xlat 、ylat 、zlat 、Pxx、pyy、pzz、 pxy、 pyz、pxz、Fmax、 fnorm 、Cella

8、、cellb 、cellc 、cellalpha、cellbeta、cellgamma、c_ID、 c_IDI、 c_IDIJ、f_ID 、 f_IDI、 f_IDIJ、V_nameDump：Dump命令主要是用來輸出計算后單個原子的相關(guān)信息的。標(biāo)準(zhǔn)文檔實用文案Dump ID group-ID style N file argsID：自己給這個 dump命令定義的一個代號（自定義）group-ID ：那些信息需要被輸出的原子群（預(yù)先定義好group ）Style ：類型N：每經(jīng)過多少時間步輸出信息File ：輸出名稱Args：相關(guān)參數(shù)（每個類型不同）Restart ：（ 4）運行Run： Mi

9、nimize ：例一units metal #單位為 lammps 中的 metel類型boundary p p p #周期性邊界條件atom_style atomic #原子模式lattice fcc 3.61 # Cu的晶格常數(shù) 3.61region box block 0 4 0 4 0 4 # x,y,z各方向上的晶胞重復(fù)單元數(shù)，也即區(qū)域大小create_box 1 box # 將上述區(qū)域指定為模擬的盒子 create_atoms 1 box # 將原子按晶格填滿盒子 pair_style eam # 選取 Cu 的 EAM勢作為模型pair_coeff * * Cu_u3.eam #

10、 EAM勢文件名稱run 0 #運行 0 步，僅為啟動 lammps 的熱力學(xué)數(shù)據(jù)計算標(biāo)準(zhǔn)文檔實用文案variable E equal pe #定義變量 E 為系統(tǒng)總勢能variable N equal atoms #定義變量 N 為系統(tǒng)總原子數(shù)print the number of atoms & system energy now are $N $E #打印信息create_atoms 1 single 2.45 2.05 2.05 #在該位置插入一個原子min_style sd #能量最小化模式， sdminimize 1.0e-12 1.0e-12 1000 1000 #能量最小化參數(shù)

11、，指數(shù)越大最小化程度越深print interstitial introduced, minimized: $N atoms, energy is $Efix 1 all nvt 100 100 100 drag 0.2 # nvt系綜，原子數(shù)、體積和溫度保持不變 ;T=100Ktimestep 0.005 #步長 0.005fsrun 1000 #運行 1000 步print nvt performed, temperature up: $N atoms, total energy is $Efix 1 all nvt 100 0.0001 100 drag 0.2 # nvt系綜，溫度由

12、100K 到 0.0001Krun 1000 #運行 1000 步print nvt performed, temperature down: $N atoms, total energy is $Ecompute 3 all pe/atom #計算每個原子的勢能compute 4 all ke/atom #計算每個原子的動能compute 5 all coord/atom 3.0 #計算每個原子的近鄰原子數(shù)dump1 all custom 1 dump.atom id xs ys zs c_3 c_4 c_5 # 將信息寫入 dump.atom min_style sdminimize 1.

13、0e-12 1.0e-12 10000 10000 #再次能量最小化print the final state: $N atoms, total energy is $E #打印信息例二boundary p s s#邊界條件，拉伸方標(biāo)準(zhǔn)文檔實用文案向是周期性， 其余是自由邊界； 如果是薄膜拉伸則是兩個周期性， 塊體則是三個周期性unitsmetal#單位制定義為metalatom_style atomic#原子類型自動neighbor 2.0 bin#截斷半徑相關(guān)的東西neigh_modifydelay 1 check yes#鄰近原子列表更新速度#create geometrylattice

14、fcc3.61#定義晶胞為 fcc ，晶格常數(shù) 3.61Aregion box block 0 30 0 3 0 3#定義一個長方體區(qū)域叫box，長 30，寬和高是 3create_box 1 box#創(chuàng)建了這樣一個boxcreate_atoms 1 box#在 box 里創(chuàng)建了一種原子mass1 63.546#定義這種原子的質(zhì)量是 63.546# potentialspair_styleeam#定義勢函數(shù)是EAMpair_coef* * Cu_u3.eam#勢所需要的參數(shù)在此文件里#define groupsregion1 block INF 1 INF INF INF INF#定義了一個叫

15、 1 的區(qū)域groupleftregion1#定義此區(qū)域里的原子叫l(wèi)eft標(biāo)準(zhǔn)文檔實用文案region2 block 29 INF INF INF INF INF#定義了一個叫 2 的區(qū)域grouprightregion2#定義此區(qū)域里的原子叫rightgroupboundaryunion leftright#定義left+ right = boundarygroupmobile subtract all left#定義 mobile= all - left# initialvelocitiesvelocity left set 0.0 0.0 0.0 # 設(shè)置原子初速度為 0computep

16、 all pressure thermo_temp #計算應(yīng)力，計算結(jié)果記為 pvariablepressxequal c_p1#定義變量pressx=c_p1,c_p1的意思是 p 里第一個值variablepressyequal c_p2#定義變量pressy=c_p2,c_p2的意思是 p 里第二個值variablepresszequal c_p3#定義變量pressz=c_p3,c_p3的意思是 p 里第三個值thermo_stylecustom step temp etotalpress v_pressxv_pressyv_presszvoldump 1 all atom 1000

17、dump.tensile#輸出結(jié)果到 dump.tensileminimize 1.0e-6 1.0e-6 1000 1000#馳豫fix1 left setforce 0.0 NULL NULL#固定左邊的原子標(biāo)準(zhǔn)文檔實用文案fix 2 all npt 1.0 1.0 1.0 aniso 0.0 0.0 NULL NULL NULL NULL 10.0 drag 1.0thermo 1000#每 1000 步輸出一次結(jié)果timestep0.002#時間步長 0.002psrun10000#運行 10000 步unfix2fix3all nvefix4all temp/rescale 100 1.0 1.0 5 1.0fix5alldeform 1000 x erate 0.002 units box # 設(shè)置沿 x 方向拉伸，應(yīng)變率為 0.002(1/ps)computesallstress/atom#計算每個原子上的應(yīng)力，計算結(jié)果記為scomputestrea all reduce sum c_s1#將 s 里第一個值求和，計算結(jié)果記為 streavaria