第十章-微生物的分類鑒定教案資料

1、第十章-微生物的分類鑒定 二、細(xì)菌的分類單位與命名法規(guī)二、細(xì)菌的分類單位與命名法規(guī)微生物的分類單位依次分為微生物的分類單位依次分為:界（界（Kingodm） 門(mén)門(mén)(phylum) (亞門(mén)亞門(mén)) 綱綱(Class) (亞綱亞綱) 目目(order) (亞目亞目) 科科(family) (亞科亞科) 族族(group) (亞族亞族) 屬屬(genus) (亞屬亞屬) 種種(species)一、細(xì)菌的分類單位與命名法規(guī)一、細(xì)菌的分類單位與命名法規(guī)一、細(xì)菌的分類單位與命名法規(guī)一、細(xì)菌的分類單位與命名法規(guī)一、細(xì)菌的分類單位與命名法規(guī)一、細(xì)菌的分類單位與命名法規(guī)一、細(xì)菌的分類單位與命名法規(guī)一、細(xì)菌的分類單

2、位與命名法規(guī)一、細(xì)菌的分類單位與命名法規(guī)一、細(xì)菌的分類單位與命名法規(guī)微生物分類的基本單位是微生物分類的基本單位是“種種”例如枯草芽孢桿菌的分類順序如下例如枯草芽孢桿菌的分類順序如下:界界-原核生物界原核生物界(procaryatae)門(mén)門(mén)-原壁菌門(mén)原壁菌門(mén)(Firmicutes)綱綱-芽孢菌綱芽孢菌綱(Bacilla)目目-芽孢菌目芽孢菌目(Bacillales)科科-芽孢菌科芽孢菌科(Bacillaceae)屬屬-芽孢桿菌屬芽孢桿菌屬(Bacillus)種種-枯草芽孢桿菌枯草芽孢桿菌(Bacillus subtilis)種的概念：種的概念： 種是一個(gè)基本分類單位，是一大群表型特種是一個(gè)基本分

3、類單位，是一大群表型特征高度相似、親緣關(guān)系極其接近、與同屬內(nèi)其他征高度相似、親緣關(guān)系極其接近、與同屬內(nèi)其他種有明顯差異的菌株的總稱。種有明顯差異的菌株的總稱。在微生物中，一個(gè)在微生物中，一個(gè)種只能用該種內(nèi)的一個(gè)典型菌株作為具體標(biāo)本，種只能用該種內(nèi)的一個(gè)典型菌株作為具體標(biāo)本，它就是該種的模式種。它就是該種的模式種。種與其它分類級(jí)的區(qū)別在于種與其它分類級(jí)的區(qū)別在于:1.它是繁殖的基本單位。它是繁殖的基本單位。2.它是分類的基本單位。它是分類的基本單位。3.劃分種要有標(biāo)準(zhǔn)菌株劃分種要有標(biāo)準(zhǔn)菌株: 標(biāo)準(zhǔn)菌株是人們最先發(fā)現(xiàn)標(biāo)準(zhǔn)菌株是人們最先發(fā)現(xiàn),并進(jìn)行過(guò)描述具有典并進(jìn)行過(guò)描述具有典型特征的菌株型特征的菌

4、株。新種：新種： sp.nov.或或nov. sp.，新被鑒定的種發(fā)表時(shí)應(yīng)在其，新被鑒定的種發(fā)表時(shí)應(yīng)在其學(xué)名后標(biāo)上學(xué)名后標(biāo)上sp.nov.的符號(hào)，新種發(fā)表前應(yīng)將其模式菌的符號(hào)，新種發(fā)表前應(yīng)將其模式菌株的培養(yǎng)物存放在一個(gè)永久性的保藏機(jī)構(gòu)，并應(yīng)允許株的培養(yǎng)物存放在一個(gè)永久性的保藏機(jī)構(gòu)，并應(yīng)允許人們從中取得。人們從中取得。 一個(gè)微生物新種的建立必須在一個(gè)微生物新種的建立必須在IJSB(International Journal of systematic Bactiology)(國(guó)際系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)雜國(guó)際系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)雜志志)上發(fā)表。然后被添加在上發(fā)表。然后被添加在細(xì)菌名稱批準(zhǔn)目錄細(xì)菌名稱批準(zhǔn)目錄中。中。 新

5、 種 的 標(biāo) 準(zhǔn) 菌 株 要 送 交新 種 的 標(biāo) 準(zhǔn) 菌 株 要 送 交 “ 世 界 菌 種 保 藏 聯(lián) 合世 界 菌 種 保 藏 聯(lián) 合會(huì)會(huì)”(WFCC),并存入微生物資源中心并存入微生物資源中心( Microbiologycal Resources Center)簡(jiǎn)稱簡(jiǎn)稱(MIRCEN)。 細(xì)菌名稱發(fā)表的優(yōu)先權(quán)為細(xì)菌名稱發(fā)表的優(yōu)先權(quán)為1980年年1月月1日日,即即細(xì)菌名稱細(xì)菌名稱批準(zhǔn)目錄批準(zhǔn)目錄中沒(méi)有的中沒(méi)有的1980 年年1月月1日以后誰(shuí)先發(fā)表屬于日以后誰(shuí)先發(fā)表屬于誰(shuí)誰(shuí)。 亞種是種以下的唯一分類單位。也是分類地亞種是種以下的唯一分類單位。也是分類地位的最低等級(jí)位的最低等級(jí), 微生物學(xué)中

6、把實(shí)驗(yàn)室獲得的微生物學(xué)中把實(shí)驗(yàn)室獲得的穩(wěn)定變異型菌種稱為亞種。穩(wěn)定變異型菌種稱為亞種。 變種是亞種的同義詞變種是亞種的同義詞,因會(huì)引起混亂因會(huì)引起混亂,故不主張使用故不主張使用,在新的命名法中沒(méi)有地位。在新的命名法中沒(méi)有地位。 亞種以下的術(shù)語(yǔ)有亞種以下的術(shù)語(yǔ)有: 生物變異型生物變異型(biovar) 化學(xué)變異型化學(xué)變異型(chemovar):產(chǎn)生某種化合物或其產(chǎn)量產(chǎn)生某種化合物或其產(chǎn)量異常。異常。 致病變異型致病變異型(pathovar):對(duì)一個(gè)或多個(gè)寄主的致病反對(duì)一個(gè)或多個(gè)寄主的致病反應(yīng)。應(yīng)。 噬菌體變異型噬菌體變異型(phayovar):對(duì)噬菌體的反應(yīng)。對(duì)噬菌體的反應(yīng)。 血清變異型血清變異

7、型(serovar):抗原特性?？乖匦?。其它術(shù)語(yǔ)其它術(shù)語(yǔ): 克隆克隆:是從單個(gè)親本細(xì)胞得來(lái)的細(xì)胞群體。是從單個(gè)親本細(xì)胞得來(lái)的細(xì)胞群體。 菌株菌株:是由純培養(yǎng)的單個(gè)分離物的后代組成的是由純培養(yǎng)的單個(gè)分離物的后代組成的,菌菌株通常是由單菌落衍生而來(lái)株通常是由單菌落衍生而來(lái), 而產(chǎn)生原始菌落的而產(chǎn)生原始菌落的菌數(shù)是未知的菌數(shù)是未知的,故大多數(shù)菌株不被認(rèn)為是克隆。故大多數(shù)菌株不被認(rèn)為是克隆。 菌株編號(hào)菌株編號(hào): :從自然界分離到的微生物盡管屬于同從自然界分離到的微生物盡管屬于同一個(gè)種一個(gè)種,但由于它們來(lái)源不一樣但由于它們來(lái)源不一樣,它們之間總會(huì)有它們之間總會(huì)有些細(xì)微差異些細(xì)微差異,這些同種但來(lái)源不同

8、的純培養(yǎng)體就是這些同種但來(lái)源不同的純培養(yǎng)體就是不同的菌株。不同的菌株。 通常用編號(hào)表示如通常用編號(hào)表示如7216、140等。等。 群群:在自然界中有些微生物的種類其特征介于兩個(gè)在自然界中有些微生物的種類其特征介于兩個(gè)種之間種之間,彼此不易嚴(yán)格區(qū)分彼此不易嚴(yán)格區(qū)分,于是我們就把這兩個(gè)于是我們就把這兩個(gè)種和介于它們中間的一些微生物統(tǒng)稱為一個(gè)種和介于它們中間的一些微生物統(tǒng)稱為一個(gè)“ “群群” ”。 三、命名法規(guī)及雙名法：三、命名法規(guī)及雙名法： 關(guān)于原核微生物的命名關(guān)于原核微生物的命名, 國(guó)際上有一個(gè)國(guó)際上有一個(gè)“國(guó)際細(xì)菌命名國(guó)際細(xì)菌命名法規(guī)法規(guī)”該法規(guī)有以下主要規(guī)定該法規(guī)有以下主要規(guī)定: 1.細(xì)菌名

9、稱發(fā)表的優(yōu)先權(quán)為細(xì)菌名稱發(fā)表的優(yōu)先權(quán)為1980年年1月月1日。日。 在在1980年年1月月1日以前日以前,由斯克爾曼教授為主對(duì)世界由斯克爾曼教授為主對(duì)世界上的細(xì)菌名稱進(jìn)行了清理上的細(xì)菌名稱進(jìn)行了清理,保留了保留了3500個(gè)菌名個(gè)菌名,廢除了廢除了26400個(gè)菌名個(gè)菌名,從從1980年年1月月1日起日起,凡是保留的凡是保留的3500個(gè)菌個(gè)菌名以外的誰(shuí)先發(fā)表屬于誰(shuí)。名以外的誰(shuí)先發(fā)表屬于誰(shuí)。 2.新種的命名不應(yīng)與已發(fā)表的真菌新種的命名不應(yīng)與已發(fā)表的真菌,藻類、原生動(dòng)物同藻類、原生動(dòng)物同名。名。 3.種名要用拉丁文種名要用拉丁文,用雙名法表示用雙名法表示,新種要有典型菌株新種要有典型菌株,新屬要有典型

10、種新屬要有典型種,并要同時(shí)發(fā)表菌種的保藏號(hào)。并要同時(shí)發(fā)表菌種的保藏號(hào)。 4.新種新種(屬屬)要在要在“國(guó)際系統(tǒng)分類細(xì)菌學(xué)雜志國(guó)際系統(tǒng)分類細(xì)菌學(xué)雜志”(IJSB)上發(fā)表。上發(fā)表。 5.菌名的更改要得到仲裁委員會(huì)同意菌名的更改要得到仲裁委員會(huì)同意,并發(fā)表在并發(fā)表在IJSB上上才能有效。才能有效。 微生物的學(xué)名：微生物的學(xué)名：菌種的科學(xué)名稱。菌種的科學(xué)名稱。命名原則：命名原則：由由“ “屬名屬名+種名種名” ”構(gòu)成；構(gòu)成；屬名：用希臘字或拉丁字或拉丁化了的其它文字屬名：用希臘字或拉丁字或拉丁化了的其它文字組成。屬名用來(lái)描述主要特征，如形狀、構(gòu)造組成。屬名用來(lái)描述主要特征，如形狀、構(gòu)造或者科學(xué)家的名字

11、；或者科學(xué)家的名字；種名：用拉丁文或拉丁化的文字或人名表示種名：用拉丁文或拉丁化的文字或人名表示,種名種名用來(lái)描述色素用來(lái)描述色素,來(lái)源或科學(xué)家的名字。來(lái)源或科學(xué)家的名字。學(xué)名學(xué)名=屬名屬名+種的加詞種的加詞+（首次定名人）（首次定名人）+現(xiàn)名定名人和現(xiàn)名定名人和鮮明定名年份鮮明定名年份 規(guī)定與常識(shí)：屬名應(yīng)大寫(xiě)首字母、單數(shù)、可以組規(guī)定與常識(shí)：屬名應(yīng)大寫(xiě)首字母、單數(shù)、可以組合外而成。種的加詞代表一個(gè)種的次要特征，首合外而成。種的加詞代表一個(gè)種的次要特征，首字小寫(xiě)字小寫(xiě) 例如例如:Bacillus thuringiensis Berliner 1915; 屬名屬名 種名種名 定名人定名人 定名時(shí)間

12、定名時(shí)間四、傳統(tǒng)的微生物分類方法四、傳統(tǒng)的微生物分類方法(一一)形態(tài)特征形態(tài)特征:(1) 形態(tài)形態(tài):(2) 大小大小:菌體菌體 寬寬長(zhǎng)長(zhǎng) 或者直徑大小或者直徑大小(3 ) 排列排列:(4) G染色反應(yīng)染色反應(yīng): G+、G,G不定。不定。(5) 細(xì)胞內(nèi)含物細(xì)胞內(nèi)含物:聚聚-羥基丁酸羥基丁酸,異染粒異染粒,硫粒等。硫粒等。(6) 鞭毛與運(yùn)動(dòng)性鞭毛與運(yùn)動(dòng)性:(7) 莢膜有無(wú)。莢膜有無(wú)。(8) 芽胞芽胞:(9) 發(fā)育過(guò)程中的形態(tài)變化發(fā)育過(guò)程中的形態(tài)變化:(10) 特殊構(gòu)造特殊構(gòu)造: a.放線菌的分枝及孢子形態(tài)放線菌的分枝及孢子形態(tài); b.鞘細(xì)菌有鞘鞘細(xì)菌有鞘: c.柄細(xì)菌有柄柄細(xì)菌有柄: d.粘細(xì)菌形

13、成子實(shí)體粘細(xì)菌形成子實(shí)體:(二二)培養(yǎng)特征培養(yǎng)特征:培養(yǎng)特征主要指培養(yǎng)特征主要指菌落特征菌落特征:1. 菌落大小菌落大小,一般量直徑一般量直徑2. 形狀形狀:圓、擴(kuò)展、不規(guī)則、變形蟲(chóng)狀等。圓、擴(kuò)展、不規(guī)則、變形蟲(chóng)狀等。3. 邊緣邊緣: 踞齒狀踞齒狀 波形波形 放射狀。放射狀。4. 隆起度隆起度:5. 透明度透明度:半透明半透明,透明透明,不透明。不透明。6. 質(zhì)地質(zhì)地:粘稠、疏松、緊密。粘稠、疏松、緊密。7. 顏色顏色:正面顏色正面顏色,反面顏色。反面顏色。液體培養(yǎng)特征液體培養(yǎng)特征:1.混濁度混濁度2.有無(wú)沉淀有無(wú)沉淀3.有無(wú)浮膜及浮膜厚度有無(wú)浮膜及浮膜厚度4.半固體穿刺培養(yǎng)的生長(zhǎng)及運(yùn)動(dòng)性半固

14、體穿刺培養(yǎng)的生長(zhǎng)及運(yùn)動(dòng)性（三（三)生理特征生理特征:(1) 對(duì)氧氣的需要對(duì)氧氣的需要: 嫌氣嫌氣, 兼嫌氣兼嫌氣(2) C素營(yíng)養(yǎng)素營(yíng)養(yǎng): A. 屬何種營(yíng)養(yǎng)類型屬何種營(yíng)養(yǎng)類型:光能自養(yǎng)光能自養(yǎng),光能異養(yǎng)光能異養(yǎng), 化能自養(yǎng)，化能異養(yǎng)化能自養(yǎng)，化能異養(yǎng) B. 對(duì)各種有機(jī)對(duì)各種有機(jī)C化物的利用化物的利用: 糖類糖類(單糖、雙糖、寡糖、多糖單糖、雙糖、寡糖、多糖) 有機(jī)酸、有機(jī)酸、 醇、醇、 醛、醛、 烴類烴類(CH4)(3)N素營(yíng)養(yǎng)素營(yíng)養(yǎng) A無(wú)機(jī)無(wú)機(jī)N化合物化合物 NO3-鹽鹽 NH4+鹽鹽 B有機(jī)有機(jī)N化合物化合物 尿素、尿素、 堿基、堿基、 核甘酸核甘酸 、 AA 、 蛋白質(zhì)蛋白質(zhì) C、分子、分

15、子N D、NO3還原還原 E.、aa自養(yǎng)、自養(yǎng)、aa異養(yǎng)異養(yǎng)(4)代謝產(chǎn)物及分泌物代謝產(chǎn)物及分泌物 a.代謝產(chǎn)物代謝產(chǎn)物:各種有機(jī)酸各種有機(jī)酸,氣體氣體 b.N代謝產(chǎn)物代謝產(chǎn)物:H2S、NH3,吲哚吲哚 c.產(chǎn)生各種酶產(chǎn)生各種酶:蛋白酶、纖維素酶、淀粉酶、尿酶等。蛋白酶、纖維素酶、淀粉酶、尿酶等。 d.產(chǎn)生各種色素產(chǎn)生各種色素:可溶性色素可溶性色素,脂溶性色素。脂溶性色素。 e.抗菌素的產(chǎn)生?？咕氐漠a(chǎn)生。 f.毒素、毒素、,維生素的產(chǎn)生等。維生素的產(chǎn)生等。(四四)生態(tài)特征生態(tài)特征 (1)、對(duì)、對(duì)pH的要求的要求: (2)、對(duì)溫度的要求、對(duì)溫度的要求 (3)、海水、淡水、海水、淡水 (4)、動(dòng)

16、、植物體表、動(dòng)、植物體表,體內(nèi)體內(nèi) (5)、腐生、寄生。、腐生、寄生。 生態(tài)特征只作分類參考不作分類依據(jù)。生態(tài)特征只作分類參考不作分類依據(jù)。五、現(xiàn)代微生物分類法五、現(xiàn)代微生物分類法1.DNA中中G+C含量含量: DNA由由A:腺嘌呤腺嘌呤 T:胸腺嘧啶胸腺嘧啶 G：鳥(niǎo)嘌呤：鳥(niǎo)嘌呤 C:脆嘧啶脆嘧啶四種堿基組成四種堿基組成,不同的原微生物不同的原微生物,其其DNA中的中的G+C的的百分含量不一樣百分含量不一樣,現(xiàn)在把它作為原核生物的重要分類現(xiàn)在把它作為原核生物的重要分類依據(jù)。依據(jù)。同種不同菌株同種不同菌株G+C mol%差異應(yīng)在差異應(yīng)在4-5%以下。以下。同屬不同種的同屬不同種的G+C mol%

17、差異應(yīng)小于差異應(yīng)小于10-15%，通常小于通常小于10%。G+C%的測(cè)定方法的測(cè)定方法:測(cè)定測(cè)定DNA的解鏈溫度的解鏈溫度(或或Tm測(cè)定法測(cè)定法)2.DNADNA雜交雜交通過(guò)測(cè)定兩菌株通過(guò)測(cè)定兩菌株DNA的堿基順序的相似性的堿基順序的相似性(同源性同源性),來(lái)來(lái)判斷兩菌株的親緣關(guān)系。判斷兩菌株的親緣關(guān)系。 同源性同源性60%為同一個(gè)種為同一個(gè)種同源性同源性70%為同一個(gè)亞種為同一個(gè)亞種同源性同源性20-60%為同屬不同種為同屬不同種 DNA-rRNA雜交雜交rRNA具有很強(qiáng)的保守性，當(dāng)具有很強(qiáng)的保守性，當(dāng)DNADNA雜交率很低雜交率很低時(shí)，利用時(shí)，利用DNA-rRNA雜交仍可出現(xiàn)很高的雜交率雜

18、交仍可出現(xiàn)很高的雜交率 核酸探針：核酸探針：核酸探針是用標(biāo)記核酸探針是用標(biāo)記DNA檢測(cè)未知檢測(cè)未知DNA是否與其互補(bǔ)。是否與其互補(bǔ)。核酸探針雜交方法有菌落原位雜交、斑點(diǎn)雜交核酸探針雜交方法有菌落原位雜交、斑點(diǎn)雜交(dot-blotting)和印跡雜交（和印跡雜交（Southern blotting）等。）等。3、血清學(xué)反應(yīng)、血清學(xué)反應(yīng): ( 在免疫學(xué)中在免疫學(xué)中,細(xì)菌細(xì)胞表面的物質(zhì)可以分為三細(xì)菌細(xì)胞表面的物質(zhì)可以分為三種抗原種抗原:即即:鞭毛抗原鞭毛抗原(H抗原抗原); 表面抗原表面抗原(如如K抗原抗原); 胞壁抗原胞壁抗原(O抗原抗原)。 一些原核微生物種以下的劃分可以根據(jù)它們一些原核微生物

19、種以下的劃分可以根據(jù)它們某種抗原性的差異某種抗原性的差異, 區(qū)分為不同的血清型或者區(qū)分為不同的血清型或者菌株。菌株。三、原核微生物的分類方法三、原核微生物的分類方法:目前常用的分類方法有以下目前常用的分類方法有以下4種種:以形態(tài)生理特征為主的傳統(tǒng)分類法以形態(tài)生理特征為主的傳統(tǒng)分類法(經(jīng)典經(jīng)典 分類法分類法)以以DNA為主的遺傳分類法為主的遺傳分類法數(shù)值分類法數(shù)值分類法化學(xué)分類法化學(xué)分類法(一一)經(jīng)典分類法經(jīng)典分類法:經(jīng)典分類法又叫傳統(tǒng)分類法經(jīng)典分類法又叫傳統(tǒng)分類法:已沿用了已沿用了100多年多年,主要是運(yùn)用形態(tài)主要是運(yùn)用形態(tài)特征和生理特征特征和生理特征,在這些特征中又分主要特征和次要特征在這些

20、特征中又分主要特征和次要特征,一一般形態(tài)特征為主要特征。般形態(tài)特征為主要特征。 最后用雙歧法排列出一個(gè)個(gè)分類最后用雙歧法排列出一個(gè)個(gè)分類群。經(jīng)典分類法仍是目前廣泛采用的方法。群。經(jīng)典分類法仍是目前廣泛采用的方法。例如紅螺菌目中紅螺菌科屬的劃分例如紅螺菌目中紅螺菌科屬的劃分: 細(xì)胞螺旋狀細(xì)胞螺旋狀 屬屬:紅螺菌屬紅螺菌屬(Rhodospirillum) 細(xì)胞桿狀細(xì)胞桿狀,卵形或球形卵形或球形,不形成絲狀體不形成絲狀體 屬屬:紅假單胞菌屬紅假單胞菌屬(Rhodopseudomonas) 細(xì)胞卵形到伸長(zhǎng)的卵形細(xì)胞卵形到伸長(zhǎng)的卵形,形成絲狀體形成絲狀體 屬屬:紅微菌屬紅微菌屬(Rhodomicrobi

21、um)。各屬以下種的劃分則是根據(jù)細(xì)胞大小及生理特性如對(duì)氧氣的需各屬以下種的劃分則是根據(jù)細(xì)胞大小及生理特性如對(duì)氧氣的需要要,生長(zhǎng)的生長(zhǎng)的pH 環(huán)境及培養(yǎng)物的色素等。環(huán)境及培養(yǎng)物的色素等。(二二) 、遺傳分類法、遺傳分類法 六十年代以后六十年代以后,由于分子生物學(xué)的發(fā)展由于分子生物學(xué)的發(fā)展,原核原核微生物的分類把以表型特征為主的分類學(xué)微生物的分類把以表型特征為主的分類學(xué)開(kāi)始深入到以基因型為主的分類。開(kāi)始深入到以基因型為主的分類。 遺傳分類法的特點(diǎn)：主要是從遺傳學(xué)角度遺傳分類法的特點(diǎn)：主要是從遺傳學(xué)角度評(píng)價(jià)微生物間的親緣關(guān)系。以評(píng)價(jià)微生物間的親緣關(guān)系。以GC含量和不含量和不同來(lái)源的同來(lái)源的DNA之間

22、堿基順序的類似程度及之間堿基順序的類似程度及同源性為依據(jù)同源性為依據(jù),排列出一個(gè)個(gè)分類群。排列出一個(gè)個(gè)分類群。(三三) 、數(shù)值分類法、數(shù)值分類法: 傳統(tǒng)分類法的毛病是人們對(duì)特征重要性的認(rèn)識(shí)帶有很大的人為因素。傳統(tǒng)分類法的毛病是人們對(duì)特征重要性的認(rèn)識(shí)帶有很大的人為因素。 例例如如: a菌菌: 圓、運(yùn)動(dòng)圓、運(yùn)動(dòng) b菌菌: 圓、不動(dòng)圓、不動(dòng) c菌菌: 桿、運(yùn)動(dòng)桿、運(yùn)動(dòng) d菌菌: 桿、不動(dòng)桿、不動(dòng) 根據(jù)人們對(duì)特征重要性的認(rèn)識(shí)的不同根據(jù)人們對(duì)特征重要性的認(rèn)識(shí)的不同,可以劃分為下面兩個(gè)圖可以劃分為下面兩個(gè)圖: 圓圓 桿桿 一級(jí)一級(jí) 運(yùn)運(yùn) 動(dòng)動(dòng) 不不 動(dòng)動(dòng) 運(yùn)動(dòng)運(yùn)動(dòng) 不動(dòng)不動(dòng) 運(yùn)動(dòng)運(yùn)動(dòng) 不動(dòng)不動(dòng) 二級(jí)二級(jí)

23、圓圓 桿桿 圓圓 桿桿從生物進(jìn)化的角度從生物進(jìn)化的角度,到底是先演化形態(tài)到底是先演化形態(tài),后演化運(yùn)動(dòng)器官，還是先演化運(yùn)動(dòng)器后演化運(yùn)動(dòng)器官，還是先演化運(yùn)動(dòng)器官官, 后演化形態(tài)后演化形態(tài)?傳統(tǒng)分類無(wú)法說(shuō)清傳統(tǒng)分類無(wú)法說(shuō)清,分類工作者大都根據(jù)自己的愛(ài)好分類工作者大都根據(jù)自己的愛(ài)好,有的有的先選擇形態(tài)先選擇形態(tài),有的先選擇運(yùn)動(dòng)器官。有的先選擇運(yùn)動(dòng)器官。 數(shù)值分類法數(shù)值分類法:所謂數(shù)值分類法所謂數(shù)值分類法,就是用數(shù)理統(tǒng)計(jì)方法來(lái)就是用數(shù)理統(tǒng)計(jì)方法來(lái)處理細(xì)菌的各種特征處理細(xì)菌的各種特征, 求出相似值求出相似值,以其相似性的大小以其相似性的大小決定細(xì)菌在分類學(xué)中的關(guān)系決定細(xì)菌在分類學(xué)中的關(guān)系,并把它們分為各個(gè)

24、類群。并把它們分為各個(gè)類群。數(shù)值分類可歸納為以下幾個(gè)步驟數(shù)值分類可歸納為以下幾個(gè)步驟(1)選擇分類單位選擇分類單位 分類單位可以是菌株分類單位可以是菌株,也可以是種也可以是種, 在數(shù)字分類中分類單位稱為運(yùn)算單位在數(shù)字分類中分類單位稱為運(yùn)算單位(OTU)。 (2)選擇分類特性選擇分類特性 特征數(shù)目不少于特征數(shù)目不少于50-60個(gè)個(gè) (3)進(jìn)行特征鑒定進(jìn)行特征鑒定 取得各項(xiàng)特征的數(shù)據(jù)取得各項(xiàng)特征的數(shù)據(jù) +特征記特征記1 - 特征記特征記0(4)計(jì)算相似性計(jì)算相似性相似性在原核生物分類中相似性在原核生物分類中,常用常用Sm(匹配系數(shù)匹配系數(shù))或或Sj(相似系數(shù)相似系數(shù))表示。二者的計(jì)算公式為：表示。

25、二者的計(jì)算公式為： Ssm=(a+d)/(a+b+c+d) Sj=a/(a+c+b)匹配系數(shù)公式常改為匹配系數(shù)公式常改為Ssm=(a+d)/(a+b+c+d)-nca、表示兩個(gè)、表示兩個(gè)OTU的性狀編碼皆為的性狀編碼皆為“1”的個(gè)數(shù)；的個(gè)數(shù)；b、表示一個(gè)、表示一個(gè)OTU為為“1”，另一個(gè)，另一個(gè)OTU為為“0”的的性狀個(gè)數(shù)；性狀個(gè)數(shù)；c、表示一個(gè)、表示一個(gè)OTU為為“0”，另一個(gè)，另一個(gè)OTU為為“1”的的性狀個(gè)數(shù)；性狀個(gè)數(shù)；d、表示兩個(gè)、表示兩個(gè)OTU皆為皆為“0”的性狀個(gè)數(shù)。的性狀個(gè)數(shù)。特特 征征菌菌株株ABCDEFGHIJ1+-+-+-2-+-+-3+-+nc-+4-+-+-nc+5+-

26、+-計(jì)算匹配系數(shù)：計(jì)算匹配系數(shù)： %4411022%5511014%5021013%7001034%33110215453435242SSSSS%5511023%4001013%2211011%3311003%50010233251413121SSSSS123451100250100333551004223350100540705544100125341100250100540701003335555100422334450100將各運(yùn)算單位(OTU)之間的匹配系數(shù)排列出矩陣圖按匹配系數(shù)大小重新排列矩陣5.5.繪出樹(shù)狀圖繪出樹(shù)狀圖 : 關(guān)于原核微生物的分類系統(tǒng)，世關(guān)于原核微生物的分類系統(tǒng)，世界

27、比較權(quán)威的原核微生物分類系統(tǒng)界比較權(quán)威的原核微生物分類系統(tǒng)有三個(gè)：有三個(gè)： 、前蘇聯(lián)克拉西尼柯夫系統(tǒng)、前蘇聯(lián)克拉西尼柯夫系統(tǒng) 、法國(guó)的普雷沃系統(tǒng)、法國(guó)的普雷沃系統(tǒng) 、美國(guó)的伯杰氏系統(tǒng)、美國(guó)的伯杰氏系統(tǒng) 生物的三域?qū)W說(shuō)生物的三域?qū)W說(shuō)細(xì)菌的伯杰氏分分類系統(tǒng)細(xì)菌的伯杰氏分分類系統(tǒng) 伯杰氏細(xì)菌鑒定手冊(cè)伯杰氏細(xì)菌鑒定手冊(cè)( (第九版第九版) )將原核微生物將原核微生物分為分為3535群，歸納為四大類群，歸納為四大類( (或四個(gè)門(mén)或四個(gè)門(mén)) )： 第一類，具細(xì)胞壁的革蘭氏陰性真細(xì)菌；第一類，具細(xì)胞壁的革蘭氏陰性真細(xì)菌； 第二類，具細(xì)胞壁的革蘭氏陽(yáng)性真細(xì)菌；第二類，具細(xì)胞壁的革蘭氏陽(yáng)性真細(xì)菌； 第三類，無(wú)細(xì)胞壁的真細(xì)菌；第三類，無(wú)細(xì)胞壁的真細(xì)菌； 第四類，古細(xì)菌。第四類，古細(xì)菌。 伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)第二版將原核第二版將原核生物分為古細(xì)菌和真細(xì)菌生物分為古細(xì)菌和真細(xì)菌2 2個(gè)界，下設(shè)個(gè)界，下設(shè)2525門(mén)，門(mén)，3939綱，綱，8989目，目，207207科，包括科，包括852852屬，屬，50005000