生物大分子相互作用

1、會計學(xué)1生物大分子相互作用生物大分子相互作用BAKER M. (2012). Proteomics: The interaction map. Nature, 484, 271-5.互互 作作 組組蛋白與蛋白相互作用 蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)可以被表示成為一個無向圖，其中每個節(jié)點表示一個蛋白質(zhì)，每條邊表示一對蛋白質(zhì)節(jié)點之間的相互作用。有一些蛋白質(zhì)可以以單體的形式發(fā)揮作用，但是大部分的蛋白質(zhì)都是和伴侶分子或是與其他蛋白質(zhì)一起發(fā)揮作用的。通過神經(jīng)遞質(zhì)乙酰膽堿調(diào)節(jié)心肌收縮 我們體內(nèi)有些肽是細(xì)胞間的化學(xué)信號，控制著情緒、行為、壓力應(yīng)答、血壓、消化和癌癥發(fā)展。它們一般與細(xì)胞膜上的受體蛋白相互作用，例如G蛋白偶聯(lián)受體G

2、PCR。GPCR負(fù)責(zé)將信息傳達到細(xì)胞內(nèi)的G蛋白，從而誘導(dǎo)產(chǎn)生特定的細(xì)胞反應(yīng)。用藥物激活這類GPCR可以改善相關(guān)疾病的治療，不幸的是這類藥物的研發(fā)特別困難，其中有部分原因就是缺少結(jié)合狀態(tài)或激活狀態(tài)的結(jié)構(gòu)信息。HAUSCH F, HOLSBOER F. (2012). Structural biology: Snapshot of an activated peptide receptor. Nature.DNA與蛋白質(zhì)相互作用與蛋白質(zhì)相互作用增強子 ( transcriptional enhancer)：是真核生物基因轉(zhuǎn)錄中另一種順式調(diào)控元件，常位于啟動子上游7001000bp處，離轉(zhuǎn)錄起始點較

3、遠(yuǎn)，可提高轉(zhuǎn)錄效率。噬菌體展示酵母雙雜交技術(shù)免疫共沉淀染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)表面等離子共振熒光共振能量轉(zhuǎn)移串聯(lián)親和純化生物大分子相互作用研究方法動畫將編碼某一蛋白X的DNA序列與DNA結(jié)合域BD的編碼序列融合形成一個雜交體，將編碼另一蛋白Y的DNA序列與DNA激活域AD的編碼序列融合形成另一個雜交體，當(dāng)兩個雜交體共轉(zhuǎn)化酵母細(xì)胞（此酵母細(xì)胞上游有DNA結(jié)合位點的報告基因），若X和Y沒有相互作用，則單獨不能激活報告基因的轉(zhuǎn)錄；若X和Y可相互作用，則使BD和AD靠近形成一個有效的轉(zhuǎn)錄激活子，激活報告基因的轉(zhuǎn)錄。因此可通過檢測報告基因的轉(zhuǎn)錄來研究蛋白質(zhì)X和Y的相互作用 用途廣泛應(yīng)用于蛋白組學(xué)、基因克隆等多

4、個分子生物學(xué)領(lǐng)域噬菌體展示的基本原理 (1)在p 和p 衣殼蛋白的N 端插入外源基因，形成的融合蛋白表達在噬菌體顆粒的表面，不影響和干擾噬菌體的生活周期，同時保持的外源基因天然構(gòu)象，也能被相應(yīng)的抗體或受體所識別；(2)利用固定與固相支持物的靶分子，采用適當(dāng)?shù)奶韵?panning)方法，洗去非特異結(jié)合的噬菌體，篩選出目的噬菌體；(3)外源多肽或蛋白質(zhì)表達在噬菌體的表面，而其編碼基因作為病毒基因組中的一部分可通過分泌型噬菌體的單鏈DNA 測序推導(dǎo)出來. 應(yīng)用噬菌體展示，可合成、篩選到許多我們想要的蛋白（如融合肽、抗體、酶），這些蛋白具有預(yù)期的催化特性或結(jié)合親和力，或者具有用于胞內(nèi)、胞外診斷、人體疾

5、病免疫治療和生物催化作用時所需的特異性。用抗體將相應(yīng)特定分子沉淀的同時，與該分子特異性結(jié)合的其他分子也會被帶著一起沉淀出來的技術(shù)。這種技術(shù)常用于驗證蛋白質(zhì)之間相互特異性結(jié)合。免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）缺點：可能檢測不到低親和力和瞬間的蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)相互作用通過質(zhì)譜確定捕獲的蛋白通過質(zhì)譜確定捕獲的蛋白將基因組DNA芯片（chip）技術(shù)與染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)（ChIP）相結(jié)合Chip Seq實時分析，簡便快捷地監(jiān)測DNA與蛋白質(zhì)之間、蛋白質(zhì)分子之間以及藥物蛋白質(zhì)、核酸核酸、抗原抗體、受體配體等等生物分子之間的相互作用，在生命科學(xué)、醫(yī)療檢測、藥物篩選、食品檢測、環(huán)境監(jiān)測、

6、毒品檢測、法醫(yī)鑒定等領(lǐng)域具有廣泛的應(yīng)用需求。n1 sin1 = n2 sin2菲涅爾定理：菲涅爾定理：密疏密疏這表示沿X軸方向傳播而振幅衰減的一個波，這就是消逝波。全反射的光波會透過光疏介質(zhì)約為光波波長的一個深度，再沿界面流動約半個波長再返回光密介質(zhì)。光的總能量沒有發(fā)生改變。透入光疏介質(zhì)的光波成為消逝波。 界面疏密-熒光共振能量轉(zhuǎn)移技術(shù)熒光共振能量轉(zhuǎn)移技術(shù) 熒光能量共振轉(zhuǎn)移是距離很近的兩個熒光分子間產(chǎn)生的一種能量轉(zhuǎn)移現(xiàn)象。當(dāng)供體熒光分子的發(fā)射光譜與受體熒光分子的吸收光譜重疊，并且兩個分子的距離在10nm范圍以內(nèi)時，就會發(fā)生一種非放射性的能量轉(zhuǎn)移，即FRET現(xiàn)象，使得供體的熒光強度比它單獨存在時

7、要低的多（熒光猝滅），而受體發(fā)射的熒光卻大大增強（敏化熒光）。GFP近年來發(fā)展出了多種突變體，通過引入各種點突變使發(fā)光基團的激發(fā)光譜和發(fā)射光譜均發(fā)生變化而發(fā)出不同顏色的熒光，有BFP，YFP，CFP等。這些突變體使GFP應(yīng)用于FRET成為可能,為FRET技術(shù)用于活體檢測蛋白質(zhì)相互作用提供了良好的支持。Stitch-seq技術(shù)http:/www.genome.jp/kegg/pathway.html增強子 ( transcriptional enhancer)：是真核生物基因轉(zhuǎn)錄中另一種順式調(diào)控元件，常位于啟動子上游7001000bp處，離轉(zhuǎn)錄起始點較遠(yuǎn)，可提高轉(zhuǎn)錄效率。動畫將編碼某一蛋白X的DNA序列與DNA結(jié)合域BD的編碼序列融合形成一個雜交體，將編碼另一蛋白Y的DNA序列與DNA激活域AD的編碼序列融合形成另一個雜交體，當(dāng)兩個雜交體共轉(zhuǎn)化酵母細(xì)胞（此酵母細(xì)胞上游有DNA結(jié)合位點的報告基因），若X和Y沒有相互作用，則單獨不能激活報告基因的轉(zhuǎn)錄；若X和Y可相互作用，則使BD和AD靠近形成一個有效的轉(zhuǎn)錄激活子，激活報告基因的轉(zhuǎn)錄。因此可通過檢測報告基因的轉(zhuǎn)錄來研究蛋白質(zhì)X和Y的相互作用 應(yīng)用噬菌體展示，可合成、篩選到許多我們想要的蛋白（如融合肽、抗體、酶），這些蛋白具有預(yù)期的催化特性或結(jié)合親和力，或者具有用于胞內(nèi)、胞外診斷、人體疾病免疫治療和生物催化作用時所需的特異