超級計算中心上機(jī)指南

1、超級計算中心上機(jī)指南中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)超級計算中心沈瑜2019/3/14從主頁開始超算中心主頁: 賬戶申請登錄系統(tǒng)文件傳輸基本命令編譯運行環(huán)境常用科研軟件任務(wù)提交狀態(tài)查詢賬單查詢校外訪問成果反饋普通賬戶申請閱讀申請注意事項，根據(jù)需要選擇合適的服務(wù)器下載申請表填寫用email將申請表發(fā)給sccadmin注意；學(xué)生申請前要得到導(dǎo)師同意，給sccadmin發(fā)email要抄送給導(dǎo)師。首次登錄后根據(jù)提示修改密碼，注意使用復(fù)雜程度足夠高的密碼。不要把密碼告訴任何人，包括管理員。請及時反饋科研成果，發(fā)表論文請加入致謝。付費排隊申請表的填寫經(jīng)費負(fù)責(zé)人信息（教師）目前僅TC4600系統(tǒng)提供付費服務(wù)同一個負(fù)責(zé)人可以

2、同時為多個用戶申請賬戶財務(wù)處轉(zhuǎn)賬需要，一般學(xué)院、系或者實驗室（例如微尺度等）賬戶與二次驗證默認(rèn)賬戶名與email名相同重要通知會發(fā)email通知用戶（尤其是學(xué)期開始、年終的時候，注意看看郵箱有沒有滿、有沒有把通知郵件誤放入垃圾郵箱中為了安全起見，不要使用自動登錄腳本二次驗證碼是基于初始安全密鑰和系統(tǒng)時間的，注意產(chǎn)生驗證碼的系統(tǒng)時間是不是正確二次驗證碼設(shè)置從開戶郵件里面獲得安全密鑰二維碼鏈接（校內(nèi)可訪問）或者安全密鑰：Secret Key，格式類似3D6SMNWAAOOVETV3KW5QKZEXOLKE在瀏覽器（ Firefox 或者谷歌Chrome）或者手機(jī)端安裝身份驗證器Firefox擴(kuò)展：

3、 /zh-CN/firefox/addon/auth-helper/Chrome擴(kuò)展： https:/webstore/detail/authenticator/bhghoamapcdpbohphigoooaddinpkbai 手機(jī)端（android或者IOS）： Authy或Google Authenticatorhttps:/2018/0926/c409a339006/page.htm 二次驗證碼瀏覽器設(shè)置二次驗證碼手機(jī)端設(shè)置紅框內(nèi)掃描安全密鑰二維碼或者綠框手動輸入安全密鑰問題排查方法出現(xiàn)密碼錯誤不要反復(fù)嘗試，多次錯誤會被認(rèn)為是黑客攻擊而封禁IP十分鐘檢查系統(tǒng)時間是否正確使用一次性緊急驗證

4、碼（在開戶郵件里面提供）登錄系統(tǒng)來確認(rèn)密碼是否正確通過用戶QQ群、電話、郵件等方式尋求幫助軟件設(shè)置與登錄MobaXterm界面更友好，功能豐富多tab窗口適合同時登錄多個服務(wù)器PuTTY+WinSCPPuTTY界面更簡潔WinSCP可根據(jù)文件類型調(diào)用不同的編輯器MobaXtermhttps:/個人版免費，功能足以滿足大部分需求提供免安裝版本，下載即用MobaXterm登陸服務(wù)器設(shè)置登錄站點設(shè)置Sessions New Session選擇SSH配置，填入服務(wù)器ip地址（申請賬戶成功后管理員會提供）即可第一次登錄認(rèn)真閱讀開通賬戶email按照說明設(shè)置好二次驗證碼輸入驗證碼和密碼時不會有任何顯示第一

5、次登錄時注意在提示是否要保存密碼時選擇No可能會提示為sftp再次輸入驗證碼和密碼，輸入即可；以后登錄不會再提示。遠(yuǎn)程文件管理在scp側(cè)邊欄可以管理遠(yuǎn)程服務(wù)器的文件可以上傳下載文件可以直接編輯遠(yuǎn)程文件（注意文件大?。。㏄uTTY設(shè)置：服務(wù)器啟動后進(jìn)入設(shè)置界面PuTTY設(shè)置：編碼PuTTY設(shè)置：字體Source Code Pro等寬字體，方便縮進(jìn)對齊能夠明顯區(qū)分容易混淆的數(shù)字字母： 0,O; I,l,1插曲：字體的選擇ConsolasMonacoInconsolataPuTTY設(shè)置：顏色PuTTY設(shè)置：保存PuTTY使用：啟動首次啟動會有提示：對服務(wù)器驗明正身輸入用戶名密碼（密碼不回顯）出現(xiàn)登錄

6、提示：系統(tǒng)介紹，提交作業(yè)范例，注意事項，近日提示等等檢查1.磁盤空間是否正常最近2.登錄IP是否正常再次查看登錄提示：cat /etc/motdPuTTY使用：菜單PuTTY會把所有鍵盤指令傳給服務(wù)器，因此不支持windows標(biāo)準(zhǔn)的鍵盤快捷鍵（比如F10、ALT+Space等等）點擊窗口左上角圖標(biāo)或者右鍵點擊標(biāo)題欄可調(diào)出菜單界面更友好的PuTTY：PieTTY賬戶安全問題定期修改密碼：passwd命令不要使用弱密碼黑客破解使用弱密碼的普通用戶 利用系統(tǒng)漏洞獲得管理員權(quán)限弱密碼：短密碼，生日，常見單詞，包含用戶名的密碼，純數(shù)字、字母，鍵盤鍵位順序例子：123456、910901、 hello、

7、lilei1990（假設(shè)用戶名是lilei）、asdfg、1qaz2wsx危險客戶端非官網(wǎng)下載的putty客戶端被修改，導(dǎo)致用戶賬戶密碼泄露怎么創(chuàng)建一個好密碼一句話首字母（符號）組合；某些字母換成數(shù)字符號（火星文）例子：3th,zgyzjwnss 三天后，整個宇宙將為你閃爍用密碼管理軟件自動生成記住無規(guī)律的復(fù)雜密碼例：KeePass可以根據(jù)需要自動生成不同強(qiáng)度的密碼： NCexUaUDSjJU BT9G1CTSXNclWJvRczso #Q5hVzuSN(xEU7O%fTWinSCP設(shè)置：服務(wù)器文件協(xié)議：SFTP主機(jī)名：服務(wù)器IP地址端口號：22用戶名：ssh用戶名密碼：用戶密碼右鍵點擊站點名

8、稱可進(jìn)行重命名等各種操作WinSCP設(shè)置：界面WinSCP界面：CommanderWinSCP界面：Explorer類似Windows的文件管理器可以鼠標(biāo)拖動方式管理文件、傳輸文件，鼠標(biāo)雙擊打開編輯文件WinSCP設(shè)置：編輯器Windows下編輯，保存后自動上傳服務(wù)器針對不同的文件類型設(shè)置不同的編輯器例子：Fortran文件用Programmers notepad；Shell、awk腳本用SciTE；Matlab腳本用Gvim; Markdown標(biāo)記語言用markdownpad2;雙擊自動下載打開編輯，保存后自動上傳更新。插曲：編輯器區(qū)別不顯示字符（空格與tab，LF與CR+LF）語法高亮自動

9、補(bǔ)全代碼折疊對不等寬字體的支持 文件傳輸二進(jìn)制模式和文本模式：換行問題Linux基本命令登錄服務(wù)器后進(jìn)入linux字符界面，當(dāng)前目錄為用戶的主目錄（），常用Bash命令：ls: 列出當(dāng)前目錄下文件(參數(shù)： -h, -l, -a, )cd：改變目錄 pwd：查看當(dāng)前工作目錄cat: 查看文件內(nèi)容more/less：分頁顯示常用linux程序：編輯器：nano，vim壓縮打包程序：tar, gzip, bzipTab補(bǔ)全：輸入命令或者參數(shù)前幾個字符后按tab，如果只有一種可能則自動補(bǔ)全，否則再按一次tab會列出所有可能選擇。-help:一般命令加上help可輸出提示信息。獲得幫助查看命令手冊：ma

10、n獲得更詳細(xì)的幫助:info編輯文件:Nano單模式編輯器大部分指令都是ctrl/alt/快捷鍵Ctrl+G：獲取幫助(Get help)編輯文件：VIM多模式編輯器普通模式：啟動后默認(rèn)進(jìn)入普通模式。該模式下可執(zhí)行一般的編輯命令，比如復(fù)制、剪切、粘貼移動光標(biāo)等。編輯命令為普通按鍵，一般無需ctrl或者alt；任何模式下按Esc鍵都會返回普通模式。插入模式：在普通模式下按i（在光標(biāo)當(dāng)前位置插入文本）或者a（在光標(biāo)后面一個字符的位置插入）等命令可進(jìn)入插入模式。該模式下可輸入文件內(nèi)容?？梢暷Ｊ剑涸谄胀Ｊ较掳磛進(jìn)入可視模式（按ctrl+v進(jìn)入列選擇模式）。在可視模式下移動光標(biāo)會選擇一段文本，這時執(zhí)行

11、其他命令將作用到選中的文本上。命令模式：在普通模式下按:進(jìn)入。可進(jìn)行打開/保存文件（:o :e），退出vim(:q :q!)，搜索/替換(/?s)等操作編輯文件:VIMvimtutor:最好的入門教程.在命令行下輸入: vimtutor編輯文件：VIM簡單指令：i/a/o/O（在當(dāng)前位置/下個字符/下一行/上一行插入文字）h/j/k/l（向左/上/下/右移動光標(biāo)），gg/G/0/$（移動光標(biāo)到文件開始/文件結(jié)束/當(dāng)前行開始/當(dāng)前行結(jié)束）w/W/b/B (按單詞/詞組移動)x（剪切/刪除一個字符），p/P（下個字符位置/當(dāng)前位置上粘貼），復(fù)雜指令：動詞+賓語，數(shù)字修飾，其他修飾動詞：y（復(fù)制），

12、d（刪除），c（更改：刪除已有內(nèi)容并進(jìn)入插入模式），賓語：gg（文件頭），G（文件尾），0（行首），$（行尾），w（單詞），b/（小/中/大括號），/”（單/雙引號），數(shù)字修飾：命令前加數(shù)字表示重復(fù)該命令幾次其他修飾：i（括號/引號內(nèi)部），a（包括括號/引號所有內(nèi)容）快捷操作：yy（復(fù)制當(dāng)前行），dd（刪除當(dāng)前行）例子：從當(dāng)前光標(biāo)復(fù)制到行尾：y$刪除2個單詞：2dw改變單引號內(nèi)容：光標(biāo)移動到括號部分后順序按下 c i 刪除包括小括號的所有內(nèi)容：光標(biāo)移動到括號部分后順序按下 d a b編輯文件：VIM文件操作：:e+文件名 打開文件:e+目錄名 打開目錄文件列表 :e! 將文件恢復(fù)到上一次保存時

13、狀態(tài):w 保存文件:w+文件名 將編輯內(nèi)容保存到文件:q 退出vim:q! 放棄未保存的修改強(qiáng)制退出vim簡單搜索命令：/（向后搜索）?（向前搜索）*（搜索光標(biāo)處單詞）替換命令：當(dāng)前行替換：:s/xxx/yyy全文替換：s前加%， :%s/xxx/yyy替換一行中的多個匹配項：最后加/g，:s/xxx/yyy/g自動補(bǔ)全：插入模式下按ctrl+p編譯程序：Intel FORTRAN單文件編譯：ifort -o 可執(zhí)行文件名 源程序文件名 一般應(yīng)加入-O2優(yōu)化參數(shù)多文件編譯：直接編譯：ifort -o 可執(zhí)行文件名 所有源程序文件列表 寫makefile然后使用make命令編譯OpenMP程序：

14、加入 -openmp參數(shù)： ifort -openmp -o可執(zhí)行文件名 源程序文件名 運行前要設(shè)置并行線程數(shù)：export OMP_NUM_THREADS=16編譯MPI并行程序：用mpiifort代替ifort編譯提交作業(yè)運行時要加入mpijob參數(shù)環(huán)境變量環(huán)境變量：運行環(huán)境中存在的通用變量查看環(huán)境變量：env設(shè)置環(huán)境變量：export重要環(huán)境變量：PATH: 運行程序路徑LD_LIBRARY_PATH：動態(tài)鏈接庫路徑OMP_NUM_THREADS：OpenMP默認(rèn)線程數(shù)MKL_NUM_THREADS：Intel MKL默認(rèn)線程數(shù)EDITOR：默認(rèn)編輯器使用module管理環(huán)境變量TC46

15、00使用module管理環(huán)境變量module會自動增加或者刪除當(dāng)前環(huán)境變量的內(nèi)容常用命令module avail：列出可用module模塊module display 模塊名：列出模塊說明module load 模塊名：載入模塊module rm 模塊名：去除已載入的模塊module purge：清除所有載入的模塊TC4600模塊概覽模塊分類/opt/Modules/app：常用科研應(yīng)用/opt/Modules/compiler：編譯環(huán)境，各種版本的Intel、PGI、GCC/opt/Modules/gpu：gpu環(huán)境，各種版本的CUDA/opt/Modules/lib：運行庫支持/opt/M

16、odules/mpi：MPI環(huán)境/opt/Modules/python：python環(huán)境/opt/Modules/tool：工具/opt/Modules/not_recommended：過于陳舊不推薦的模塊我要提交任務(wù)排隊用bsub而不是直接運行日志文件很重要-o %J.log -e %J.err具體隊列設(shè)置請看登錄提示或者登錄服務(wù)器后使用cat /etc/motd命令注意環(huán)境變量注意：合理使用隊列不通過隊列直接運行的程序會被隨時中止實際使用CPU超出申請CPU的任務(wù)也會被隨時中止使用VASP提示：VASP通信開銷大，盡量避免跨節(jié)點運行，如果必須跨節(jié)點運行要使用帶infiniband的服務(wù)器：

17、TC4600和ChinaGrid設(shè)置環(huán)境變量使用module load vasp/ 來自動設(shè)置環(huán)境變量（TC4600集群）在/.bashrc里面加入：PATH=$PATH:/opt/vasp5.2/vasp; export PATH （chinagrid集群）運行VASP，需要使用mpijob腳本bsub -q testv3 -n 48 -o %J.log -e %J.err mpijob vasp參考資料： /zlsc/jsrj/201011/t20101108_75098.html使用Gaussian跨節(jié)點并行效果差，可能消耗內(nèi)存較大使用Gaussian的用戶需要在申請表中說明TC4600

18、上面用戶環(huán)境變量設(shè)置module load gaussian/g16/A03/AVX2module load gaussian/g09/D01ChinaGrid和Sugon上Gaussian用戶環(huán)境變量設(shè)置將下面設(shè)置加入用戶的.bashrc中g(shù)09root=/opt/g09-D01GAUSS_SCRDIR=/tmpexport g09root GAUSS_SCRDIR. $g09root/g09/bsd/file運行Gaussianbsub q normal n 12 o %J.log e %J.err g09 jobname注意輸入文件擴(kuò)展名是gjf或com參考資料：http:/zlsc/j

19、srj/201011/t20101108_75104.html使用Gaussian：更多設(shè)置內(nèi)存設(shè)置默認(rèn)使用256MB（32MW）動態(tài)內(nèi)存使用%Mem設(shè)置內(nèi)存，單位可以是雙精度字(8字節(jié))，KB,MB,GB,TB,KW,MW,GW,TW%Mem=40000000 (使用320MB)%Mem=1GB一般來說，使用N個基函數(shù)的話需要最少3N2雙精度字使用CPU設(shè)置%procshared參數(shù)請注意設(shè)置的CPU核心數(shù)和申請的CPU核心數(shù)一致臨時文件設(shè)置臨時文件包括：檢查點文件（.chk）,讀寫文件（.rwf），雙電子積分文件（.int），雙電子積分的導(dǎo)數(shù)文件（.d2e）。其中，一般情況下讀寫文件是最大

20、的。臨時文件可以指定名稱和位置：%RWF=路徑%Int=路徑%D2E=路徑臨時文件還可以分割為多個文件，例如：%RWF=位置1，大小1，位置2，大小2，注意：目錄必須在末尾包含斜線(/)使用MATLAB設(shè)置環(huán)境變量：TC4600集群module load matlab/2018bChinaGrid集群、Sugon集群在.bashrc里面加入：PATH=$PATH:/opt/MATLAB/R2016a/bin; export PATHR2016a為版本號，每個系統(tǒng)可能不一樣，請自行查看沒有圖形界面，只能啟動字符界面使用matlab -r 腳本文件名（不包括.m擴(kuò)展名）來非交互模式運行程序提交任務(wù)示例：串行任務(wù)：bsub -q serial -o %J.log -e %J.err matlab -r serial_job result并行任務(wù)：bsub -q normal -n 12 -o %J.log -e %J.err matlab -r parallel_job resultTC4600上2018b版還支持分布式計算（多節(jié)點并行）/help/releases/R2018b/pdf_doc/distcomp/distcomp.pdf我的任務(wù)怎么樣了常用LSF命令我自己有什么任務(wù)：bjobs我要看所有人的任務(wù)：bjobs -u all哪些人在排隊：bjobs -p -u all