pbs系統(tǒng)使用文檔

1、曙光信息產(chǎn)業(yè)有限公司地址：北京市海淀筐水磨西街開(kāi)號(hào)電話.8610-62536383傳真曙光信息產(chǎn)業(yè)有限公司地址：北京市海淀筐水磨西街開(kāi)號(hào)電話.8610-62536383傳真作業(yè)管理系統(tǒng)（PBS+MAUI）使用說(shuō)明用戶篇i曙光信息產(chǎn)業(yè)有限公司地址：北京市海淀筐水磨西街開(kāi)號(hào)電話.8610-62536383傳真曙光信息產(chǎn)業(yè)有限公司地址：北京市海淀筐水磨西街開(kāi)號(hào)電話.8610-62536383傳真、本文檔符號(hào)說(shuō)日H:1、命令、代碼和超鏈接采用斜體五號(hào)字表示2、二、PBS腳本編輯pbs系統(tǒng)通過(guò)腳本方式提交作業(yè)，因此，在發(fā)起作業(yè)之前，需要編寫pbs系統(tǒng)能夠識(shí)別的腳本。1、作業(yè)腳本：1.1串行作業(yè)：(tes

2、t.pb)#!/bin/sh#PBS-Ntest/pbs任務(wù)名#PBS-lnodes=1:ppn=1/指定一個(gè)節(jié)點(diǎn)與一個(gè)處理器核心進(jìn)行計(jì)算echoThisjobis$PBS_JOBID$PBS_QUEUEcd$PBS_O_WORKDIRtouchtest.tmp/修改為執(zhí)行文件1.2并行作業(yè)：(test2.pb)#!/bin/sh#PBS-Ntest2/pbs任務(wù)名#PBS-lnodes=5:ppn=4/指定5個(gè)節(jié)點(diǎn)，每節(jié)點(diǎn)4個(gè)處理器核心進(jìn)行計(jì)算#PBS-qgnode21cd$PBS_O_WORKDIR/opt/mpich1.2.7/bin/mpirun-np20-machinefile$PB

3、S_NODEFILE./cpi/修改為可執(zhí)行并行文件1.3單進(jìn)程多線程作業(yè)：#!/bin/sh#PBS-Ntest3/pbs任務(wù)名#PBS-lnodes=1:ppn=4cd$PBS_O_WORKDIR/劃分1個(gè)節(jié)點(diǎn)，每節(jié)點(diǎn)4個(gè)處理器核心的計(jì)算資源2./XXX修改為可執(zhí)行文件1.4多進(jìn)程多線程作業(yè):#!/bin/sh#PBS-Ntest3/pbs任務(wù)名#PBS-lnodes=5:ppn=1/劃分5個(gè)節(jié)點(diǎn)，每節(jié)點(diǎn)1個(gè)處理器核心的計(jì)算資源讓pbs自動(dòng)擴(kuò)充計(jì)算需要的線程#PBS-qgnode21cd$PBS_O_WORKDIR/opt/mpich1.2.7/bin/mpirun-np20-machin

4、efile$PBS_NODEFILE./XXX/修改為可執(zhí)行并行文件2、pbs命令:2.1發(fā)作業(yè)$qsubtest.pb查看作業(yè)狀態(tài)$showq查看節(jié)點(diǎn)狀態(tài)$pbsnodes-a2.4刪除作業(yè)$canceljobID3、其他特殊需求3.1當(dāng)需要對(duì)作業(yè)運(yùn)行所在節(jié)點(diǎn)進(jìn)行預(yù)處理時(shí)，如需要在運(yùn)行作業(yè)前source某個(gè)配置文件，可采用在pbs腳本中添加命令的方式實(shí)現(xiàn)，如下（紅色為添加部分）:#PBS-Ntest#PBS-lnodes=3:ppn=1echoThisjobis$PBS_JOBID$PBS_QUEUEforiin$(uniq$PBS_NODEFILE)dorsh$isourceXXXX3曙光信息產(chǎn)業(yè)有限公司地址：北京市海淀筐水磨西街開(kāi)號(hào)電話.8610-62536383傳真曙光信息產(chǎn)業(yè)有限公司地址：北京市海淀筐水磨西街開(kāi)號(hào)電話.8610-62536383傳真donempirun執(zhí)行實(shí)際任務(wù)!4、三