使用clustal軟件及phylip構建系統(tǒng)發(fā)生樹

1、用ClustalX及PHYLIP軟件構建系統(tǒng)發(fā)生樹1進化樹（Phylogenetic tree）分析對于一個完整的進化樹分析需要以下幾個步驟1 To align sequences，要對所分析的多序列目標進行排列；常用的軟件有：CLUSTALX和CLUSTALW。2To reconstrut phyligenetic tree，構建一個進化樹；3對進化樹進行評估。主要采用Bootstraping法。21.要對所分析的多序列目標進行排列（To align sequences）。做ALIGNMENT的軟件很多，最經(jīng)常使用的有CLUSTALX和CLUSTALW，前者是在WINDOW下的而后者是在DO

2、S下的。3PHYLIP軟件介紹主要包括五個方面的功能：DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)的分析軟件序列數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)變方面的功能軟件，對距離數(shù)據(jù)分析的軟件對基因頻率和連續(xù)的元素分析的軟件把序列的每個堿基/氨基酸獨立看待時，對序列進行分析的軟件繪制和修改進化樹的軟件4對進化樹進行評估：Bootstraping法所謂Bootstraping法就是從整個序列的堿基/氨基酸中任意選取一半，剩下的一半序列隨機補齊組成一個新的序列。這樣，一個序列就可以變成了許多序列。一個多序列組也就可以變成許多個多序列組。根據(jù)某種算法（最大簡約性法、最大可能性法、除權配對法或鄰位相連法）每個多序列組都可以生成一個進化樹。將生成的許多進化樹進

3、行比較，按照多數(shù)規(guī)則（majority-rule）我們就會得到一個最“逼真”的進化樹。5具體操作流程一、用clustalX軟件對已知DNA序列（如下）做多序列比對。 gi|19528653; gi|114556512 gi|73976978; gi|114052578 gi|40789179; gi|18426825 gi|118094524; gi|47085714 gi|45552646; gi|1582959056操作步驟1.雙擊進入ClustalX程序，點擊FILE進入Load sequence，打開DNA.seq文件。72.點擊Alignment，在默認alignment param

4、eters下，點擊Do complete Alignment。83.點FILE進入Save sequence as，在format框中選PHYLIP，文件在PHYLIP軟件目錄下以homol.phy存在，點擊OK。9104.將phylip軟件目錄下的homol.phy文件拷貝到exe文件夾中。11二、用PHYLIP軟件推導進化樹1.進入EXE文件夾，點擊Seqboot軟件輸入homol.phy文件名，回車后，輸入R更改參數(shù)，更改重復數(shù)字為100。12輸入奇異種子為3，程序開始運行，并在exe文件夾中產(chǎn)生outfile。132.把文件outfile改為infile，點擊dnadist程序，輸入M

5、更改參數(shù)，輸入D選擇data set。輸入100，輸入Y確認參數(shù)，程序開始運行。14將outfile文件名改為infile，為避免與原先infile文件重復，將原先文件名改為infile1.153.在exe文件夾中選擇通過舉例矩陣推測進化樹的算法，點擊neighbord程序。輸入M更改參數(shù)，輸入D選擇data set，輸入100,輸入奇異種子3,輸入Y確認參數(shù)。16程序運行結束后，在exe文件夾中產(chǎn)生outfile和outtree兩個結果輸出。Outtree文件是一個樹文件，可以用treeview等軟件打開。Outfile是一個分析結果的輸出報告，包括了樹和其他一些分析報告，可以用記事本直接打

6、開。部分結果如下：174.將outtree文件名改為intree，點擊drawtree程序，輸入font1文件名，作為參數(shù)。輸Y確認參數(shù)，程序開始運行，并出現(xiàn)tree preview圖。185.點擊drawgram 程序，輸入font1文件名，作為參數(shù)。輸入Y確認參數(shù)，程序開始運行，并出現(xiàn)tree preview圖。19206.將exe文件夾中的outfile文件名改為outfile1，以避免被新生成的outfile文件覆蓋。點擊consense程序，輸入Y確認設置。Exe文件夾中新生成outfile和outtree。217.將exe文件夾中的intree文件名改為intree1，將outtree改為intree。點擊drawtree程序，輸入font1文件名，作為參數(shù)，輸