分子對接和全局最優(yōu)化方法

1、關(guān)于分子對接與全局最優(yōu)化方法第一張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月分子對接配體受體的相互作用結(jié)合自由能的理論計(jì)算優(yōu)化方法第二張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月配體與受體的相互作用生理過程與其有關(guān)生物大分子與大分子之間小分子與生物大分子之間蛋白質(zhì)的生理和藥物作用體現(xiàn)在蛋白質(zhì)與小分子之間第三張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月結(jié)合自由能的理論計(jì)算靜電相互作用氫鍵相互作用范德華相互作用疏水作用第四張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月結(jié)合自由能的理論計(jì)算幾何形狀互補(bǔ)靜電相互作用互補(bǔ)氫鍵作用互補(bǔ)疏水作用互補(bǔ)第五張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月幾種計(jì)算方法分子動力學(xué)自

2、由能微擾方法(FEP)經(jīng)驗(yàn)計(jì)算方法第六張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月自由能的經(jīng)驗(yàn)計(jì)算方法(Autodock)第七張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月自由能的經(jīng)驗(yàn)計(jì)算方法(Autodock)第八張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月網(wǎng)格能量(Grid Map)近似計(jì)算利用計(jì)算好的參數(shù)三線性插值第九張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月現(xiàn)在的問題和今后的方向溶劑化效應(yīng)、水分子、柔性問題精確的計(jì)算和計(jì)算時間的問題表面計(jì)算數(shù)據(jù)庫第十張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月Autodock的處理Pdb文件的準(zhǔn)備/pdb/小分子的準(zhǔn)備第十一張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年

3、6月分子處理文件格式：pdb, mol2, mol, pdbq優(yōu)缺點(diǎn)各種軟件的使用babel，chemoffice，weblab viewer，hyperchem等等第十二張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月babel轉(zhuǎn)換分子類型，支持幾十種分子類型，dos界面。使用方法：babel ipdb 文件名 -h/-d -omol2 文件名Wendows界面babelwin第十三張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月Chemoffice畫小分子的三維結(jié)構(gòu)(由分子式轉(zhuǎn)化)計(jì)算其最小能量構(gòu)形用PM3或者AM1計(jì)算原子電荷或者其他參數(shù)第十四張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月處理蛋白質(zhì)程序

4、weblab viewer顯示格式加氫減氫氨基酸顯示去水除去小分子第十五張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月顯示格式第十六張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月加氫減氫利用play scriptSetProperty Atom element=Oxygen :select=onSetProperty Atom element=Sulfur :select=onSetProperty Atom element=Nitrogen :select=onHydrogens Add第十七張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月多種顯示模式New Hierarchy WindowNew Dat

5、a Window第十八張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月去水第十九張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月除去小分子第二十張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月全局優(yōu)化方法SAGA-NGATabu-Search第二十一張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月Tabu-Search第二十二張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月新的發(fā)展Reactive Tabu SearchEnhanced Continuous Tabu SearchContinuous Reactive Tabu Search第二十三張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月缺點(diǎn)初始解具有較強(qiáng)的依賴性單-單

6、操作第二十四張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月與NGA的結(jié)合現(xiàn)在的做法：在NGA計(jì)算到減少Scale的時候，把最好的值作Tabu Search，TS時sacle也是逐步減少，到一定步數(shù)時如果數(shù)值不見好的話，就跳回到最好的地方重新開始。缺點(diǎn)第二十五張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月計(jì)算結(jié)果計(jì)算次數(shù)NGANGA-TS計(jì)算結(jié)果所用時間(s)計(jì)算結(jié)果所用時間(s)10.2305083392900.2305083373620.251533333460.2305083382630.230508344190.2305083392340.230508344150.2305083405350.230508335390.2305083385162.351950000350.2305083383470.230508338310.2305083385080.251533333370.2305083346890.4825583331190.23050833960100.251533333410.23050833963第二十六張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月第二十七張，PPT共二十九頁，創(chuàng)作于2022年6月討論重點(diǎn)