實(shí)驗(yàn)七 動(dòng)態(tài)規(guī)劃算法比對(duì)序列

1、這個(gè)程序，如果你和同學(xué)的得分一樣，但是比對(duì)結(jié)果不同。不用擔(dān)心。打分規(guī)則里面，如果 兩種或者三種情況得分一樣，就會(huì)有多條途徑可走，所以，造成的比對(duì)結(jié)果不一樣。我是這 樣認(rèn)為的而上一個(gè)實(shí)驗(yàn)，就不會(huì)出現(xiàn)這種情況。因?yàn)榇蚍忠?guī)則的原因。此次實(shí)驗(yàn)打分規(guī)則里面的分太 多了導(dǎo)致的具體懶得講，自己去想OOOOOO#!/usr/bin/perl -w$seql=,YKRDKPHVNIGTIGHVDHGKTTLTAAITSVLAKERGITISTAHVEYQTDKRHYAHIDCPGHADYIKNDG PMPQTREHILLARQVNVPALVVFLNKVDILLELVEMELRELLTEYGFPGDDIPIIKG

2、SALNIMELMD,;$seq2=,IGHVDHGKTTLTAAITSVLAKERGITISTAHVIKNMITGAAQMDGAILVVAGTDGPMPQTREHILLARQ VNVPALWFLNKVDIALLELVEMELRELLTEYGFPGDDIPIIKGSALNALNEKAIMELMDAVDDYIP,;seql=split(/$seql);seq2=split(,$seq2);#定義罰分規(guī)則#$match=l;#$dismatch=O;$gap=-4;%HoH=();#初始化“雙維關(guān)聯(lián)數(shù)組”$blosumFile=,C:UsersAdministratorDesktopBLOSUM6

3、2.txt,;&BLOSUM; #從blosum文件，賦值“雙維關(guān)聯(lián)數(shù)組” %HoH#打分矩陣第一列和第一行賦值 #$score00=0;$lenl=(seql);$len2=(seq2);#橫著賦值for $i(0.$lenl)$score0$i=$gap*$i;#豎著賦值 for $j(0.$len2)($score$j0=$gap*$j;#填充得分矩陣的其他位置for $i(l.$lenl)($letter2=$seq2$i-l;for $j(l.$len2)$letterl=$seql$j-l;if($letterl eq $letter2) #路線斜著走(要么匹配，要么容忍) $di

4、agonal=$score$i-l$j-l+&getScore($seql$i-l/$seq2$j-l); )else$diagonal=$score$i-l$j-l+&getScore($seql$i-l,$seq2$j-l); )$up=$score $i-l $j+$ga p;#路線豎著走 $left=$score$i $j-l+$gap;# 路線橫著走#比較四種情況的最優(yōu)得分 if($diagonal=$up)if($diagonal=$left)$score$i$j=$diagonal;$trace$i$j=l; else $score$i$j=$left;$trace$i$j=2;

5、) )else if($up=$left)$score$i$j=$up;$trace$i$j=3;else $score$i$j=$left;$trace$i$j=2;)print 最高得分為$score$i-l$j-ln;#在得分矩陣中，找到最優(yōu)路徑的標(biāo)記，從而找到最優(yōu)路徑$j = seql;$i = seq2;$k = 0;#alignl;#align2;while(l)(if($i 0 & $j 0)(if($trace$i$j =1)($alignl$k = $seql$j-l;$align2$k = $seq2$i-l;$k+;$j-；$i-；next;)elsif($trace$i

6、$j = 2) $alignl$k = $seql$j-l;$align2$k=$k+;$j-；next;)elsif($trace$i$j = 3) ($alignl$k =$align2$k = $seq2$i-l;$k+;$i-；next;elsif($i=O&$j!=O)($align2$k =$seql$j-l;$alignl$k =$k+;$j”；elsif($j=O&$i!=O)($alignl$k =$seq2$i-l;$align2$k=$k+;$i”；elsif($j=O&$i=O)(last;)alignl = reverse(alignl);align2 = rever

7、se(align2);print比對(duì)結(jié)果為：n;print”序列 1： alignln;print”序列 2： align2n;sub BLOSUM(open(BLOSUM, $blosumFile) or die Cant open data.txt: $!;while () (next if /A#/;#忽略所有以#開始的行#然后以空格為標(biāo)準(zhǔn)，劈開每一行，放入雙維關(guān)聯(lián)數(shù)組($AA, $A, $R, $N, $D, $C, $Q, $E, $G, $H, $1, $L, $K, $M, $F, $P, $S, $T, $W, $Y, $V, $B, $Z, $X, $m ) = split(

8、)；$HoH( $AAA = $A;$HoH( $AA R = $R；$HoH( $AA ,N, = $N;$HoH( $AA HD1 ) = $D;$HoH( $AA lC ) = $C;$HoH( $AA (Q! = $Q;$HoH( $AA E = $E;$HoH( $AA,G,=$G;$HoH( $AA X，H = $H;$HoH( $AA T) = $I;$HoH( $AA ,L,( = $L;$HoH( $AA K = $K;$HoH( $AA =$HoH( $AA F = $F;$HoH( $AA P = $P；$HoH( $AAS = $S;$HoH( $AA T = $T;$HoH( $AA W*( = $W;$HoH( $AA Y = $Y;$HoH( $AAV = $V;$HoH( $AA B = $B;$HoH( $AA(Z = $Z;$HoH( $AA X1 = $X;$m=-4;close (BLOSUM);