實驗三：利用Blas進行序列相似性比對_第1頁
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實驗三：利用Blast進行序列相似性比對具體步驟1.登陸blast主頁

/BLAST/2.根據(jù)數(shù)據(jù)類型，選擇合適的程序3.填寫表單信息4.提交任務(wù)5.查看和分析結(jié)果以大麥Mlo基因（Z83834）為查詢序列

(1)用Blastn能在nr/nt數(shù)據(jù)庫中檢索到多少條與之同源的序列？有多少條是禾本科中的？

(2)換用megablast或discontiguousmegablast，觀察檢索結(jié)果的改變。

(3)嘗試修改Blastn的參數(shù)，觀測對檢索結(jié)果的影響。

(4)找出Mlo基因的編碼蛋白序列，用Blastp檢索到的與Mlo蛋白同源的序列與用PSI-Blast檢索到的同源序列是否有差別？

(5)使用BlastX預(yù)測Mlo基因的編碼蛋白。用bl2seq分析大麥和小麥Mlo基因mRNA序列編碼區(qū)和蛋白質(zhì)產(chǎn)物的同源性以大腸桿菌的膠原蛋白酶名稱為pHK08_29的基因做為查詢序列

(1)用Blastn能在nr/nt數(shù)據(jù)庫中檢索到多少條與之同源的序列。其中大腸桿菌、弗累克斯訥氏桿菌、沙門氏菌各有多少條序列。

(2)換用megablast或discontiguousmegablast，觀察檢索結(jié)

果的改變。(3)嘗試修改Blastn的參數(shù)，觀測對檢索結(jié)果的影響。(4)使用Blastx預(yù)測在Refseq_protein數(shù)據(jù)庫中檢索到多少

條與之同源的序列。用blast2分析YP_003683100與ADH70594、YP_004926582、YP_004925874、YP_003273209、YP_003646515、YP_003514536、ABP47302、ADD45443、ADW07065、ADG78176、ACY21316、ABM16043、

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