實(shí)用生物信息技術(shù)期中考試

PAGEPAGE6實(shí)用生物信息技術(shù)期中考試北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院3班（A卷）2009年4月30日姓名_________________ 座位號(hào)PKU09S3______________得分______________寫出實(shí)現(xiàn)以下操作的Linux命令1）在子目錄hba下創(chuàng)建名為seq的子目錄（子目錄hba已存在）2）進(jìn)入上級(jí)目錄下的子目錄hbb下的seq子目錄3）顯示當(dāng)前目錄下的子目錄和文件名詳細(xì)信息，包括屬性、權(quán)限、大小和創(chuàng)建日期等4）將當(dāng)前目錄下所有文件名以.fasta結(jié)尾的文件復(fù)制到上級(jí)目錄的子目錄backup中5）將當(dāng)前目錄下文件hba.fasta移到子目錄human下的子目錄seq中并重命名為hba_human.fasta6）顯示文件209hba.fasta中第151到第200行的內(nèi)容7）統(tǒng)計(jì)FASTA格式序列文件209hba.fasta中序列數(shù)目8）刪除FASTA格式序列文件209hba.fasta中注釋字母“HBA_”9）構(gòu)建玉米轉(zhuǎn)錄因子CDS序列（zmtf-cds.fasta）本地BLAST數(shù)據(jù)庫，以擬南芥轉(zhuǎn)錄因子SPL3的DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域蛋白質(zhì)序列（atsbpd3.fasta）搜索期望值E<0.001的相似序列10）用Phylip軟件包距離法構(gòu)建12個(gè)人珠蛋白家族(12globin.fasta)的系統(tǒng)發(fā)育樹

舉例說明以下EMBOSS程序的用途和具體用法1）seqret2）dottup3）needle4）plotorf5）pepinfo6）patmatmotifs7）prettyplot8）prophecy9）etandem10）compseq

以小鼠血紅蛋白A鏈（P01942）為檢測(cè)序列進(jìn)行BLAST搜索，找出Swiss-Prot數(shù)據(jù)庫中所有小鼠珠蛋白（Globin）家族成員；以人血紅蛋白A鏈（P01942）為檢測(cè)序列進(jìn)行BLAST搜索，找出Swiss-Prot數(shù)據(jù)庫中所有人珠蛋白家族成員。根據(jù)BLAST算法，說明上述搜索過程中設(shè)置參數(shù)的原則和對(duì)搜索結(jié)果的影響。用鄰接法（Neighbor-joining）和最大簡(jiǎn)約法（MaximumParsimony）對(duì)搜索到的小鼠和人珠蛋白家族構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，畫出兩種樹的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)，并比較它們的異同。

從PFAM數(shù)據(jù)庫中提取SBP轉(zhuǎn)錄因子家族DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域種子序列，構(gòu)建隱馬氏模型，并用來搜索以下序列是否為SBP轉(zhuǎn)錄因子，給出搜索結(jié)果E值：NP_171611、NP_565771、NP_563624。閱讀有關(guān)文獻(xiàn)，說明隱馬氏模型用于序列分析的基本原理。

以研究課題相關(guān)核酸和蛋白質(zhì)序列為例，說明利用WebLab、ExPASy或SRS分析工具進(jìn)行實(shí)際分析的思路和基本分析步驟，給出主要分析結(jié)果。

簡(jiǎn)述選修本課程