內(nèi)參基因選擇相關(guān)軟件.ppt

1、內(nèi)參基因選擇相關(guān)軟件,GeNorm程序,BestKeeper 程序,NormFinder 程序,獲得最穩(wěn)定的內(nèi)參基因,相關(guān)軟件,GeNorm程序是Jo Vandesompele于2002年編寫的專門用qPCR方法選擇內(nèi)參基因的程序。geNorm程序核心原理是：不同實(shí)驗(yàn)條件或不同組織細(xì)胞中，2個(gè)理想看家基因表達(dá)水平的比值在所有樣本中應(yīng)當(dāng)一致，表達(dá)水平比值變異度的增加意味著看家基因表達(dá)穩(wěn)定性的下降。該程序?qū)⒛骋豢醇一蚺c其他看家基因表達(dá)水平的兩兩比值經(jīng)對(duì)數(shù)變換后，計(jì)算其平均標(biāo)準(zhǔn)差作為基因表達(dá)穩(wěn)定度的平均值M。對(duì)所有候選看家基因的表達(dá)穩(wěn)定度進(jìn)行排序，看家基因的M值越小，表示該看家基因的表達(dá)越穩(wěn)定。G

2、eNorm程序可以用于篩選任何組細(xì)胞的任意數(shù)量?jī)?nèi)參基因，選擇出2個(gè)以上，而不是傳統(tǒng)地使用單一內(nèi)參基因，有利于系統(tǒng)偏差的校正，得到更可靠的相對(duì)定量結(jié)果。另外geNorm程序可以利用對(duì)標(biāo)準(zhǔn)化因子進(jìn)行差異分析確定所需看家基因的最適數(shù)目。,參考文獻(xiàn)： Accurate normalization of real-time quantitative RT-PCR data by geometric averaging of multiple internal control genes， 2002， Genome Biology,GeNorm,例如：,GeNorm計(jì)算公式,參考文獻(xiàn)：Determinat

3、ion of stable housekeeping genes, differentially regulated target genes and sample integrity: BestKeeperExcel-based tool using pair-wise correlations， 2004， Biotechnology Letters,BestKeeper,BestKeeper是Michael等(2004)編寫的針對(duì)內(nèi)參基因和目標(biāo)基因進(jìn)行選擇的程序。 BestKeeper軟件可以比較100個(gè)樣品中10個(gè)內(nèi)參基因和10個(gè)目標(biāo)基因的表達(dá)水平。具體操作是把原始數(shù)據(jù)輸入BestKe

4、eper 軟件的Excel表格中，內(nèi)參基因和目標(biāo)基因進(jìn)行單獨(dú)分析。 BestKeeper程序在每個(gè)基因之間產(chǎn)生配對(duì)的相關(guān)系數(shù)和BestKeeper指數(shù)（每個(gè)候選基因Ct值的幾何平均數(shù)），根據(jù)其值的大小進(jìn)行比較。其優(yōu)點(diǎn)是不但可以分析內(nèi)參基因的穩(wěn)定性，而且可以比較目標(biāo)基因的表達(dá)水平。,參考文獻(xiàn)：Normalization of Real-Time Quantitative Reverse Transcription-PCR Data: A Model-Based Variance Estimation Approach to Identify Genes Suited for Normalization, Applied to Bladder and Colon Cancer Data Sets， 2004， cancer research,NormFinder,NormFinder 程序是用于選擇合適內(nèi)參基因的工具，由 Claus 等 2004 年編寫其運(yùn)行原理與 geNorm 程序類似，產(chǎn)生基因表達(dá)穩(wěn)定值,然后根據(jù)穩(wěn)定值排序，最終將表達(dá)穩(wěn)定值最小的基因作為最穩(wěn)定的基因。其缺點(diǎn)是只能選擇一適的內(nèi)參基因作標(biāo)準(zhǔn)。而 geNorm 程序通過(guò)基因