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1、原核生物的基因表達(dá)調(diào)控原核生物的基因表達(dá)調(diào)控11.1原核生物基因表達(dá)調(diào)控概述 基因表達(dá)(gene expression) 是指儲(chǔ)存遺傳信息的基因經(jīng)過(guò)一系列步驟表現(xiàn)出其生物功能的整個(gè)過(guò)程。典型的基因表達(dá)是基因經(jīng)過(guò)轉(zhuǎn)錄、翻譯,產(chǎn)生有生物活性的蛋白質(zhì)的過(guò)程。 既然從DNA到蛋白質(zhì)的過(guò)程稱為基因表達(dá),對(duì)這個(gè)過(guò)程的調(diào)節(jié)就稱為基因表達(dá)調(diào)控(gene regulation或gene control)?;虮磉_(dá)調(diào)控是現(xiàn)階段分子生物學(xué)研究的中心課題。11.1.1基因表達(dá)調(diào)控的意義 基因組(genome) 是指含有一個(gè)生物體生存、發(fā)育、活動(dòng)和繁殖所需要的全部遺傳信息的整套核酸。 但生物基因組的遺傳信息并不是同時(shí)全

2、部都表達(dá)出來(lái)的,大腸桿菌基因組含有約4000個(gè)基因,一般情況下只有510%在高水平轉(zhuǎn)錄狀態(tài),其它基因有的處于較低水平的表達(dá),有的就暫時(shí)不表達(dá)。 不同組織細(xì)胞中不僅表達(dá)的基因數(shù)量不相同,而且基因表達(dá)的強(qiáng)度和種類也各不相同,這就是基因表達(dá)的組織特異性(tissue specificity)。 例如肝細(xì)胞中涉及編碼鳥(niǎo)氨酸循環(huán)酶類的基因表達(dá)水平高于其它組織細(xì)胞,合成的某些酶(如精氨酸酶)為肝臟所特有;胰島細(xì)胞合成胰島素;甲狀腺濾泡旁細(xì)胞(C細(xì)胞)專一分泌降血鈣素等。 細(xì)胞分化發(fā)育的不同時(shí)期,基因表達(dá)的情況是不相同的,這就是基因表達(dá)的階段特異性(stagespecificity)。 一個(gè)受精卵含有發(fā)育成

3、一個(gè)成熟個(gè)體的全部遺傳信息,在個(gè)體發(fā)育分化的各個(gè)階段,各種基因極為有序地表達(dá),一般在胚胎時(shí)期基因開(kāi)放的數(shù)量最多,隨著分化發(fā)展,細(xì)胞中某些基因關(guān)閉(turn off)、某些基因轉(zhuǎn)向開(kāi)放(turn on),胚胎發(fā)育不同階段、不同部位的細(xì)胞中開(kāi)放的基因及其開(kāi)放的程度不一樣,合成蛋白質(zhì)的種類和數(shù)量都不相同,顯示出基因表達(dá)調(diào)控在空間和時(shí)間上極高的有序性,從而逐步生成形態(tài)與功能各不相同、極為協(xié)調(diào)、巧妙有序的組織臟器。從上所述,不難看出:生物的基因表達(dá)不是雜亂無(wú)章的,而是受著嚴(yán)密、精確調(diào)控的,不僅生命的遺傳信息是生物生存所必需的,而且遺傳信息的表達(dá)調(diào)控也是生命本質(zhì)所在。 改變基因表達(dá)的情況以適應(yīng)環(huán)境,在原核

4、生物、單細(xì)胞生物中尤其顯得突出和重要,因?yàn)榧?xì)胞的生存環(huán)境經(jīng)常會(huì)有劇烈的變化。 例如:周圍有充足的葡萄糖,細(xì)菌就可以利用葡萄糖作能源和碳源,不必更多去合成利用其它糖類的酶類,當(dāng)外界沒(méi)有葡萄糖時(shí),細(xì)菌就要適應(yīng)環(huán)境中存在的其它糖類(如乳糖、半乳糖、阿拉伯糖等),開(kāi)放能利用這些糖的酶類基因,以滿足生長(zhǎng)的需要。 即使是內(nèi)環(huán)境保持穩(wěn)定的高等哺乳類,也經(jīng)常要變動(dòng)基因的表達(dá)來(lái)適應(yīng)環(huán)境,例如與適宜溫度下生活相比較,在冷或熱環(huán)境下適應(yīng)生活的動(dòng)物,其肝臟合成的蛋白質(zhì)圖譜就有明顯的不同。所以,基因表達(dá)調(diào)控是生物適應(yīng)環(huán)境生存的必需?;虮磉_(dá)的模式 生物體內(nèi)的基因調(diào)控各不相同,基因表達(dá)隨環(huán)境變化的情況,可以大致把基因表達(dá)

5、分成兩類: 組成性表達(dá)(constitutive expression)指不大受環(huán)境變動(dòng)而變化的一類基因表達(dá)。其中某些基因表達(dá)產(chǎn)物是細(xì)胞或生物體整個(gè)生命過(guò)程中都持續(xù)需要而必不可少的,這類基因可稱為看家基因(housekeeping gene),這些基因中不少是在生物個(gè)體其它組織細(xì)胞、甚至在同一物種的細(xì)胞中都是持續(xù)表達(dá)的,可以看成是細(xì)胞基本的基因表達(dá)。組成性基因表達(dá)也不是一成不變的,其表達(dá)強(qiáng)弱也是受一定機(jī)制調(diào)控的。 適應(yīng)性表達(dá)(adaptive expression)指環(huán)境的變化容易使其表達(dá)水平變動(dòng)的一類基因表達(dá)。 應(yīng)環(huán)境條件變化基因表達(dá)水平增高的現(xiàn)象稱為誘導(dǎo)(induction),這類基因被稱

6、為可誘導(dǎo)的基因(inducible gene); 相反,隨環(huán)境條件變化而基因表達(dá)水平降低的現(xiàn)象稱為阻遏(repression),相應(yīng)的基因被稱為可阻遏的基因(repressible gene)。 11.1.2 原核基因表達(dá)調(diào)控的特點(diǎn)與方式基因表達(dá)調(diào)控主要表現(xiàn)在以下兩方面:基因表達(dá)調(diào)控主要表現(xiàn)在以下兩方面:1轉(zhuǎn)錄水平上的調(diào)控(轉(zhuǎn)錄水平上的調(diào)控(transcriptional regulation););2轉(zhuǎn)錄后水平上的調(diào)控(轉(zhuǎn)錄后水平上的調(diào)控(post-transcriptional regulation),包括),包括mRNA加工成熟水平上的調(diào)控加工成熟水平上的調(diào)控(differential

7、processing of RNA transcript););翻譯水平上的調(diào)控翻譯水平上的調(diào)控(differential translation of mRNA)。)。 原核生物原核生物中,中,營(yíng)養(yǎng)狀況營(yíng)養(yǎng)狀況(nutritionalstatus)和和環(huán)境因素環(huán)境因素(environmentalfactor)對(duì)基因)對(duì)基因表達(dá)起著舉足輕重的影響。表達(dá)起著舉足輕重的影響。 真核生物真核生物尤其是高等真核生物中,尤其是高等真核生物中,激素水平激素水平( h o r m o n e l e v e l ) 和) 和 發(fā) 育 階 段發(fā) 育 階 段(developmentalstage)是基因表達(dá)調(diào)控

8、的是基因表達(dá)調(diào)控的最主要手段,營(yíng)養(yǎng)和環(huán)境因素的影響力大為下最主要手段,營(yíng)養(yǎng)和環(huán)境因素的影響力大為下降。降。 在轉(zhuǎn)錄水平上對(duì)基因表達(dá)的調(diào)控決定于在轉(zhuǎn)錄水平上對(duì)基因表達(dá)的調(diào)控決定于DNA的的結(jié)構(gòu)結(jié)構(gòu)、RNA聚合酶的功能聚合酶的功能、蛋白因子及其他小蛋白因子及其他小分子配基分子配基的相互作用。的相互作用。 因?yàn)榧?xì)菌因?yàn)榧?xì)菌mRNA在形成過(guò)程中與核糖體混合在一在形成過(guò)程中與核糖體混合在一起,所以,細(xì)菌的轉(zhuǎn)錄與翻譯過(guò)程幾乎發(fā)生在同一時(shí)起,所以,細(xì)菌的轉(zhuǎn)錄與翻譯過(guò)程幾乎發(fā)生在同一時(shí)間間隔內(nèi),轉(zhuǎn)錄與翻譯相耦聯(lián)(間間隔內(nèi),轉(zhuǎn)錄與翻譯相耦聯(lián)(coupled transcription and translati

9、on)。)。 真核生物中,轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物(真核生物中,轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物(primary transcript)只有從核內(nèi)運(yùn)轉(zhuǎn)到核外,才能被核糖體翻譯成蛋白質(zhì)。只有從核內(nèi)運(yùn)轉(zhuǎn)到核外,才能被核糖體翻譯成蛋白質(zhì)。11.1.3 原核基因表達(dá)調(diào)控的幾個(gè)重要概念 1.細(xì)菌細(xì)胞對(duì)營(yíng)養(yǎng)的適應(yīng) 2.順式作用元件和反式作用因子 3.結(jié)構(gòu)基因和調(diào)節(jié)基因 4.操縱基因和阻遏蛋白 5.組成蛋白和調(diào)節(jié)蛋白11.2 操縱子學(xué)說(shuō)操縱子學(xué)說(shuō) 法國(guó)巴斯德研究院的法國(guó)巴斯德研究院的FrancoisJacob與與JacquesMonod于于1960年在法國(guó)科學(xué)院院報(bào)年在法國(guó)科學(xué)院院報(bào)(ProceedingoftheFrenchAcademyofS

10、ciences)上發(fā)表了一篇論文,提出乳糖代謝中的上發(fā)表了一篇論文,提出乳糖代謝中的兩個(gè)基因被一靠近它們的遺傳因子所調(diào)節(jié)。這二個(gè)基因?yàn)閮蓚€(gè)基因被一靠近它們的遺傳因子所調(diào)節(jié)。這二個(gè)基因?yàn)?半半乳糖苷酶乳糖苷酶(-galactosidase)和半乳糖苷透過(guò)酶和半乳糖苷透過(guò)酶(galactosidepermease)。在此文中他們首先提出了在此文中他們首先提出了操縱子操縱子(operon)和操縱基因和操縱基因(operator)的概念的概念,他們的操縱子學(xué)說(shuō),他們的操縱子學(xué)說(shuō)(theoryofoperon)使我使我們得以從分子水平認(rèn)識(shí)基因表達(dá)的調(diào)控,是一個(gè)劃時(shí)代的突破,們得以從分子水平認(rèn)識(shí)基因表達(dá)的

11、調(diào)控,是一個(gè)劃時(shí)代的突破,因此他們二人于因此他們二人于1965年榮獲諾貝爾生理學(xué)獎(jiǎng)。年榮獲諾貝爾生理學(xué)獎(jiǎng)。一、操縱子(operon) 細(xì)菌能隨環(huán)境的變化,迅速改變某些基因表達(dá)的狀態(tài),這就是很好的基因表達(dá)調(diào)控的實(shí)驗(yàn)?zāi)P?。人們就是從研究這種現(xiàn)象開(kāi)始,打開(kāi)認(rèn)識(shí)基因表達(dá)調(diào)控分子機(jī)理的窗口的。1.操縱子的提出 大腸桿菌可以利用葡萄糖、乳糖、麥芽糖、阿拉伯糖等作為碳源而生長(zhǎng)繁殖,當(dāng)培養(yǎng)基中含有葡萄糖和乳糖時(shí),細(xì)菌優(yōu)先利用葡萄糖,當(dāng)葡萄糖耗盡,細(xì)菌停止生長(zhǎng),經(jīng)過(guò)短時(shí)間的適應(yīng),就能利用乳糖,細(xì)菌繼續(xù)呈指數(shù)式繁殖增長(zhǎng)。 大腸桿菌利用乳糖至少需要兩個(gè)酶:促使乳糖進(jìn)入細(xì)菌的半乳糖透過(guò)酶(lactose permea

12、se)和催化乳糖分解第一步的 半乳糖苷酶( -galactosidase)。 在環(huán)境中沒(méi)有乳糖或其他 -半乳糖苷時(shí),大腸桿菌合成 -半乳糖苷酶量極少,加入乳糖2-3分鐘后,細(xì)菌大量合成 -半乳糖苷酶,其量可提高千倍以上,在以乳糖作為唯一碳源時(shí),菌體內(nèi)的 -半乳糖苷酶量可占到細(xì)菌總蛋白量的3%。 在上述二階段生長(zhǎng)細(xì)菌利用乳糖再次繁殖前,也能測(cè)出細(xì)菌中 -半乳糖苷酶活性顯著增高的過(guò)程。這種典型的誘導(dǎo)現(xiàn)象,是研究基因表達(dá)調(diào)控極好的模型。針對(duì)大腸桿菌利用乳糖的適應(yīng)現(xiàn)象,法國(guó)的Jocob和Monod等人做了一系列遺傳學(xué)和生化學(xué)研究實(shí)驗(yàn),于1961年提出乳糖操縱子(lac operon)學(xué)說(shuō)。2. 操縱子

13、的基本組成 乳糖操縱子模型已被許多研究實(shí)驗(yàn)所證實(shí),對(duì)其有了更深入的認(rèn)識(shí),并且發(fā)現(xiàn)其他原核生物基因調(diào)控也有類似的操縱子組織,操縱子是原核基因表達(dá)調(diào)控的一種重要的組織形式,大腸桿菌的基因多數(shù)以操縱子的形式組成基因表達(dá)調(diào)控的單元。 下面就以乳糖操縱子為例子說(shuō)明操縱子的最基本的組成元件(elements)。(1) 結(jié)構(gòu)基因群 操縱子中被調(diào)控的編碼蛋白質(zhì)的基因可稱為結(jié)構(gòu)基因(structural gene, SG)。一個(gè)操縱子中含有2個(gè)以上的結(jié)構(gòu)基因,多的可達(dá)十幾個(gè)。每個(gè)結(jié)構(gòu)基因是一個(gè)連續(xù)的開(kāi)放閱讀框(open reading frame), 5端有起始密碼ATG,3端有終止密碼TAA、TGA或TAG。

14、各結(jié)構(gòu)基因頭尾銜接、串連排列,組成結(jié)構(gòu)基因群。 至少在第一個(gè)結(jié)構(gòu)基因5側(cè)具有核糖體結(jié)合位點(diǎn)(ribosome binding site, RBS),因而當(dāng)這段含多個(gè)結(jié)構(gòu)基因的DNA被轉(zhuǎn)錄成多順?lè)醋觤RNA,就能被核糖體所識(shí)別結(jié)合、并起始翻譯。核糖體沿mRNA移動(dòng),在合成完第一個(gè)編碼的多肽后,核糖體可以不脫離mRNA而繼續(xù)翻譯合成下一個(gè)基因編碼的多肽,直至合成完這條多順?lè)醋觤RNA所編碼的全部多肽。 乳糖操縱子含有、和3個(gè)結(jié)構(gòu)基因。 基因長(zhǎng)3510bp,編碼含1170個(gè)氨基酸、分子量為135,000的多肽,以四聚體形式組成有活性的-半乳糖苷酶,催化乳糖轉(zhuǎn)變?yōu)榘肴樘?allolactose),再分

15、解為半乳糖和葡萄糖; 基因長(zhǎng)780bp,編碼有260個(gè)氨基酸、分子量為30,000的半乳糖透過(guò)酶,促使環(huán)境中的乳糖進(jìn)入細(xì)菌; 基因長(zhǎng)825bp,編碼275氨基酸、分子量為32,000的轉(zhuǎn)乙?;?,以二聚體活性形式催化半乳糖的乙酰化。 基因5側(cè)具有大腸桿菌核糖體識(shí)別結(jié)合位點(diǎn)(RBS)特征的Shine-Dalgarno(SD)序列,因而當(dāng)乳糖操縱子開(kāi)放時(shí),核糖體能結(jié)合在轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生的mRNA上。 由于、三個(gè)基因頭尾相接,上一個(gè)基因的翻譯終止密碼靠近下一個(gè)基因的翻譯起始密碼,因而同一個(gè)核糖體能沿此轉(zhuǎn)錄生成的多順?lè)醋樱╬olycistron)mRNA移動(dòng),在翻譯合成了上一個(gè)基因編碼的蛋白質(zhì)后,不從mRNA

16、上掉下來(lái)而繼續(xù)沿mRNA移動(dòng)合成下一個(gè)基因編碼的蛋白質(zhì),一氣依次合成這基因群所編碼所有的蛋白質(zhì)。(2) (2) 啟動(dòng)子啟動(dòng)子 啟動(dòng)子(promoter, P)是指能被RNA聚合酶識(shí)別、結(jié)合并啟動(dòng)基因轉(zhuǎn)錄的一段DNA序列。操縱子至少有一個(gè)啟動(dòng)子,一般在第一個(gè)結(jié)構(gòu)基因5側(cè)上游,控制整個(gè)結(jié)構(gòu)基因群的轉(zhuǎn)錄。用RNA聚合酶與分離的一段DNA雙鏈混合,再加入外切核酸酶去水解DNA,結(jié)果只有被RNA聚合酶識(shí)別結(jié)合而被保護(hù)的那段DNA不被水解,由此可以測(cè)出啟動(dòng)子的范圍及其序列。雖然不同的啟動(dòng)子序列有所不同,但比較已經(jīng)研究過(guò)的上百種原核生物的啟動(dòng)子的序列,發(fā)現(xiàn)有一些共同的規(guī)律,它們一般長(zhǎng)40-60bp,含A-T

17、 bp較多,某些段落很相似的,有保守性,稱為共有性序列(consensus sequences)。 啟動(dòng)子一般可分為識(shí)別(R,recognition)、結(jié)合(B,binding)和起始(I,initiation)三個(gè)區(qū)段。 轉(zhuǎn)錄起始第一個(gè)堿基(通常標(biāo)記位置為+1)最常見(jiàn)的是A;在-10bp附近有TATAAT一組共有序列,因?yàn)檫@段共有序列是Pribnow首先發(fā)現(xiàn)的,稱為Pribnow盒(Pribnow box);在-35bp處又有TTGACA一組共有序列。不同的啟動(dòng)子序列不同,與RNA聚合酶的親和力不同、啟動(dòng)轉(zhuǎn)錄的頻率高低不同,即不同的啟動(dòng)子起動(dòng)基因轉(zhuǎn)錄的強(qiáng)弱不同,例如:PL、PR、PT7屬?gòu)?qiáng)啟

18、動(dòng)子,而Plac則是較弱的啟動(dòng)子。(3) (3) 操縱區(qū)操縱區(qū) 操縱區(qū)(operator)是指能被調(diào)控蛋白特異性結(jié)合的一段DNA序列,常與啟動(dòng)子鄰近或與啟動(dòng)子序列重疊,當(dāng)調(diào)控蛋白結(jié)合在操縱子序列上,會(huì)影響其下游基因轉(zhuǎn)錄的強(qiáng)弱。 以前將操縱區(qū)稱為操縱基因(operator gene)。但現(xiàn)在基因定義是為蛋白質(zhì)或RNA編碼的核酸序列,而操縱序列并不是編碼蛋白質(zhì)的基因,卻是起著調(diào)控基因表達(dá)強(qiáng)弱的作用,正如啟動(dòng)序列不叫啟動(dòng)基因而稱為啟動(dòng)子一樣,操縱序列就可稱為操縱區(qū)。operon譯為操縱子,即基因表達(dá)操縱的單元之意。以乳糖操縱子中的操縱區(qū)為例,其操縱區(qū)(o)序列位于啟動(dòng)子(p)與被調(diào)控的基因之間,部分

19、序列與啟動(dòng)子序列重疊。 仔細(xì)分析操縱區(qū)序列,可見(jiàn)這段雙鏈DNA具有回文(palindrome)樣的對(duì)稱性一級(jí)結(jié)構(gòu),能形成十字形的莖環(huán)(stem loop)構(gòu)造。不少操縱區(qū)都具有類似的對(duì)稱性序列,可能與特定蛋白質(zhì)的結(jié)合相關(guān)。阻遏蛋白與操縱區(qū)結(jié)合,就妨礙了RNA聚合酶與啟動(dòng)子的結(jié)合及其后 -半乳糖苷酶等基因的轉(zhuǎn)錄起始,從而阻遏了這群基因的表達(dá)。 最早只把與阻遏蛋白結(jié)合、起阻遏作用的序列稱為操縱區(qū),但其后發(fā)現(xiàn)有的操縱子中同一操縱序列與不同構(gòu)像的蛋白質(zhì)結(jié)合,可以分別起阻遏或激活基因表達(dá)的作用,阿拉伯糖操縱子中的操縱序列就是典型的例子。因而凡能與調(diào)控蛋白特異性結(jié)合、從而影響基因轉(zhuǎn)錄強(qiáng)弱的序列,不論其對(duì)基

20、因轉(zhuǎn)錄的作用是減弱、阻止或增強(qiáng)、開(kāi)放,都可稱為操縱區(qū)。(4) 調(diào)控基因 調(diào)控基因(regulatory gene)是編碼能與操縱序列結(jié)合的調(diào)控蛋白的基因。調(diào)控蛋白有: 阻遏蛋白(repressive protein):與操縱區(qū)結(jié)合后能減弱或阻止其調(diào)控的基因轉(zhuǎn)錄,其介 導(dǎo) 的 調(diào) 控 方 式 為 負(fù) 調(diào) 控 ( n e g a t i v e regulation); 激活蛋白(activating protein):與操縱區(qū)結(jié)合后能增強(qiáng)或起動(dòng)其調(diào)控的基因轉(zhuǎn)錄,所介導(dǎo)的調(diào)控方式為正調(diào)控(positive regulation)。某些特定的物質(zhì)能與調(diào)控蛋白結(jié)合,使調(diào)控蛋白的空間構(gòu)像發(fā)生變化,從而改

21、變其對(duì)基因轉(zhuǎn)錄的影響,這些特定物質(zhì)可稱為效應(yīng)物(effector)。有兩種:誘導(dǎo)劑(inducer):能引起誘導(dǎo)發(fā)生的分子;阻遏劑或輔助阻遏劑(corepressor):能導(dǎo)致阻遏發(fā)生的分子。例如在乳糖操縱子中,調(diào)控基因lac I位于Plac鄰近,有其自身的啟動(dòng)子和終止子,轉(zhuǎn)錄方向和結(jié)構(gòu)基因群的轉(zhuǎn)錄方向一致,編碼產(chǎn)生由347個(gè)氨基酸組成的調(diào)控蛋白R(shí)。 在環(huán)境沒(méi)有乳糖存在的情況下,R形成分子量為152,000的活性四聚體,能特異性與操縱區(qū)緊密結(jié)合,從而阻止利用乳糖的酶類基因的轉(zhuǎn)錄,所以R是乳糖操縱子的阻遏蛋白; 當(dāng)環(huán)境中有足夠的乳糖時(shí),乳糖與R結(jié)合,使R的空間構(gòu)像變化,四聚體解聚成單體,失去與操

22、縱區(qū)特異性緊密結(jié)合的能力,從而解除了阻遏蛋白的作用,使其后的基因得以轉(zhuǎn)錄合成利用乳糖的酶類。 在這過(guò)程中乳糖就是誘導(dǎo)劑,與R結(jié)合起到去阻遏作用(derepression),誘導(dǎo)了利用乳糖的酶類基因轉(zhuǎn)錄開(kāi)放。 許多調(diào)控蛋白都是變構(gòu)蛋白(allosteric protein),通過(guò)與上述類似的方式與效應(yīng)物結(jié)合改變空間構(gòu)像,從而改變活性,起到調(diào)節(jié)基因轉(zhuǎn)錄表達(dá)的作用。二、乳糖操縱子的表達(dá)調(diào)控 大腸桿菌能以乳糖為唯一碳源生長(zhǎng),這是由于它能產(chǎn)生一套利大腸桿菌能以乳糖為唯一碳源生長(zhǎng),這是由于它能產(chǎn)生一套利用乳糖的酶。用乳糖的酶。這些酶受這些酶受乳糖操縱子乳糖操縱子的控制。大腸桿菌乳糖操縱子是大腸桿的控制。大

23、腸桿菌乳糖操縱子是大腸桿菌菌DNA的一個(gè)特定區(qū)段,由的一個(gè)特定區(qū)段,由調(diào)節(jié)基因調(diào)節(jié)基因I,啟動(dòng)基因,啟動(dòng)基因P,操縱基因,操縱基因O和結(jié)構(gòu)基因和結(jié)構(gòu)基因Z、Y、A組成。組成。P區(qū)是轉(zhuǎn)錄起始時(shí)區(qū)是轉(zhuǎn)錄起始時(shí)RNA聚合酶的結(jié)合部位。聚合酶的結(jié)合部位。O區(qū)是阻遏蛋白的結(jié)合部位,其功能是控制結(jié)構(gòu)基因的轉(zhuǎn)錄。區(qū)是阻遏蛋白的結(jié)合部位,其功能是控制結(jié)構(gòu)基因的轉(zhuǎn)錄。平時(shí)平時(shí)I基因經(jīng)常進(jìn)行轉(zhuǎn)錄和翻譯,產(chǎn)生有活性的阻遏蛋白?;蚪?jīng)常進(jìn)行轉(zhuǎn)錄和翻譯,產(chǎn)生有活性的阻遏蛋白。 Z編碼編碼-半乳糖苷酶;半乳糖苷酶;Y編碼編碼-半乳糖苷透過(guò)酶;半乳糖苷透過(guò)酶;A編碼編碼-半乳糖苷乙?;D(zhuǎn)移酶。半乳糖苷乙?;D(zhuǎn)移酶。 -半乳

24、糖苷酶是一種半乳糖苷酶是一種-半乳糖苷鍵的專一性酶,除半乳糖苷鍵的專一性酶,除能將乳糖水解成葡萄糖和半乳糖。能將乳糖水解成葡萄糖和半乳糖。 -半乳糖苷透過(guò)酶的作用是使外界的半乳糖苷透過(guò)酶的作用是使外界的-半乳糖苷半乳糖苷(如乳糖)能透過(guò)大腸桿菌細(xì)胞壁和原生質(zhì)膜進(jìn)入細(xì)(如乳糖)能透過(guò)大腸桿菌細(xì)胞壁和原生質(zhì)膜進(jìn)入細(xì)胞內(nèi)。胞內(nèi)。 -半乳糖苷乙?;D(zhuǎn)移酶的作用是把乙酰輔酶半乳糖苷乙?;D(zhuǎn)移酶的作用是把乙酰輔酶A上上的乙酰基轉(zhuǎn)到的乙?;D(zhuǎn)到-半乳糖苷上,形成乙酰半乳糖。半乳糖苷上,形成乙酰半乳糖。RNA聚合酶結(jié)合部位聚合酶結(jié)合部位阻遏物結(jié)合部位阻遏物結(jié)合部位1. 阻遏蛋白的負(fù)調(diào)控 當(dāng)大腸桿菌在沒(méi)有乳糖的

25、環(huán)境中生存時(shí),lac操縱子處于阻遏狀態(tài)。此基因在其自身的啟動(dòng)子Pi控制下,低水平、組成性表達(dá)產(chǎn)生阻遏蛋白R(shí),每個(gè)細(xì)胞中僅維持約10個(gè)分子的阻遏蛋白。R以四聚體形式與操縱子結(jié)合,阻礙了RNA聚合酶與啟動(dòng)子Plac的結(jié)合,阻止了基因的轉(zhuǎn)錄起動(dòng)。R的阻遏作用不是絕對(duì)的,R與偶爾解離,使細(xì)胞中還有極低水平的半乳糖苷酶及透過(guò)酶的生成。 當(dāng)有乳糖存在時(shí),乳糖受 半乳糖苷酶的催化轉(zhuǎn)變?yōu)閯e乳糖,與R結(jié)合,使R構(gòu)象變化,R四聚體解聚成單體,失去與的親和力,與解離,基因轉(zhuǎn)錄開(kāi)放,使 半乳糖苷酶在細(xì)胞內(nèi)的含量可增加1000倍。這就是乳糖對(duì)lac操縱子的誘導(dǎo)作用。 乳糖操縱子的控制模型,其主要內(nèi)容如下:乳糖操縱子的控

26、制模型,其主要內(nèi)容如下:Z、Y、A基因的產(chǎn)物由同一條多順?lè)醋拥幕虻漠a(chǎn)物由同一條多順?lè)醋拥膍RNA分子所編碼。分子所編碼。這個(gè)這個(gè)mRNA分子的啟動(dòng)子緊接著分子的啟動(dòng)子緊接著O區(qū),而位于區(qū),而位于I與與O之間的啟之間的啟動(dòng)子區(qū)(動(dòng)子區(qū)(P),不能單獨(dú)起動(dòng)合成),不能單獨(dú)起動(dòng)合成-半乳糖苷酶和透過(guò)酶的生理過(guò)半乳糖苷酶和透過(guò)酶的生理過(guò)程。程。操縱基因是操縱基因是DNA上的一小段序列(僅為上的一小段序列(僅為26bp),是阻遏物的),是阻遏物的結(jié)合位點(diǎn)。結(jié)合位點(diǎn)。當(dāng)阻遏物與操縱基因結(jié)合時(shí),當(dāng)阻遏物與操縱基因結(jié)合時(shí),lacmRNA的轉(zhuǎn)錄起始受到抑制。的轉(zhuǎn)錄起始受到抑制。誘導(dǎo)物通過(guò)與阻遏物結(jié)合,改變它的

27、三維構(gòu)象,使之不能與操誘導(dǎo)物通過(guò)與阻遏物結(jié)合,改變它的三維構(gòu)象,使之不能與操縱基因結(jié)合,從而激發(fā)縱基因結(jié)合,從而激發(fā)lacmRNA的合成。當(dāng)有誘導(dǎo)物存在時(shí),操的合成。當(dāng)有誘導(dǎo)物存在時(shí),操縱基因區(qū)沒(méi)有被阻遏物占據(jù),所以啟動(dòng)子能夠順利起始縱基因區(qū)沒(méi)有被阻遏物占據(jù),所以啟動(dòng)子能夠順利起始mRNA的合的合成。成。 當(dāng)一個(gè)當(dāng)一個(gè)mRNA含有編碼一個(gè)以上蛋白質(zhì)的編碼信含有編碼一個(gè)以上蛋白質(zhì)的編碼信息,而且這些蛋白質(zhì)都是以獨(dú)立的多肽被翻譯時(shí),這息,而且這些蛋白質(zhì)都是以獨(dú)立的多肽被翻譯時(shí),這樣的樣的mRNA稱之多順?lè)醋臃Q之多順?lè)醋觤RNA。多順?lè)醋印6囗樂(lè)醋觤RNA在在細(xì)菌中是很普遍的。細(xì)菌中是很普遍的。 多

28、順?lè)醋佣囗樂(lè)醋觢acmRNA中的中的lacZ,lacY,lacA經(jīng)翻經(jīng)翻譯生成的產(chǎn)物分別為譯生成的產(chǎn)物分別為L(zhǎng)acZ(-半乳糖苷酶(半乳糖苷酶(-galactosidase)、)、LacY(-半乳糖苷通透酶(半乳糖苷通透酶(-galactosidepermease)和)和LacA(-半乳糖苷轉(zhuǎn)半乳糖苷轉(zhuǎn)乙?;福ㄒ阴;福╰hiogalactosidetransacetylase)。)。 半乳糖是半乳糖是lac操縱子轉(zhuǎn)錄的活性誘導(dǎo)物,人們發(fā)現(xiàn)操縱子轉(zhuǎn)錄的活性誘導(dǎo)物,人們發(fā)現(xiàn)一個(gè)合成的、結(jié)構(gòu)上類似于別乳糖、不能被一個(gè)合成的、結(jié)構(gòu)上類似于別乳糖、不能被-半乳糖苷半乳糖苷酶水解的酶水解的-半乳糖苷異

29、丙基硫代半乳糖苷(半乳糖苷異丙基硫代半乳糖苷(isopropylthiogalactoside:IPTG)起著)起著lac操縱子的一個(gè)誘導(dǎo)物操縱子的一個(gè)誘導(dǎo)物的作用,所以的作用,所以IPTG常用于誘導(dǎo)含有使用了常用于誘導(dǎo)含有使用了lac啟動(dòng)子的啟動(dòng)子的質(zhì)粒載體的細(xì)菌中的重組蛋白的表達(dá)。質(zhì)粒載體的細(xì)菌中的重組蛋白的表達(dá)。 一些化學(xué)合成的乳糖類似物,不受 半乳糖苷酶的催化分解,卻也能與R特異性結(jié)合使R構(gòu)象變化,誘導(dǎo)lac操縱子的開(kāi)放。例如異丙基硫代半乳糖苷(isopropylthiog-alactoside,IPTG)就是很強(qiáng)的誘導(dǎo)劑;不被細(xì)菌代謝而十分穩(wěn)定。X-gal(5-溴-4-氯-3-吲哚-

30、半乳糖苷)也是一種人工化學(xué)合成的半乳糖苷,可被 半乳糖苷酶水解產(chǎn)生蘭色化合物,因此可以用作 半乳糖苷酶活性的指示劑。IPTG和X-gal都被廣泛應(yīng)用在分子生物學(xué)和基因工程的工作中。 lac操縱子受操縱子受LacI阻遏蛋白調(diào)控。阻遏蛋白調(diào)控。在沒(méi)有誘導(dǎo)劑(乳糖或在沒(méi)有誘導(dǎo)劑(乳糖或IPTG)存在時(shí),)存在時(shí),LacI阻遏蛋白與阻遏蛋白與lac操縱子操縱子DNA序列結(jié)合得非序列結(jié)合得非常緊密,常緊密,lac基因不能進(jìn)行轉(zhuǎn)錄。當(dāng)基因不能進(jìn)行轉(zhuǎn)錄。當(dāng)IPTG存在時(shí),存在時(shí),IPTG與與LacI阻遏蛋白相互作用,形成阻遏蛋白相互作用,形成LacI阻遏蛋白阻遏蛋白IPTG復(fù)合物,體復(fù)合物,體外研究表明,該

31、復(fù)合物對(duì)外研究表明,該復(fù)合物對(duì)lac操縱基因的親和性為單獨(dú)操縱基因的親和性為單獨(dú)LacI阻阻遏蛋白的親和性的千分之一。所以遏蛋白的親和性的千分之一。所以IPTG作為作為lac基因表達(dá)的一基因表達(dá)的一個(gè)誘導(dǎo)劑,起著轉(zhuǎn)錄去阻遏作用。就象(下圖)表示的那樣,個(gè)誘導(dǎo)劑,起著轉(zhuǎn)錄去阻遏作用。就象(下圖)表示的那樣,RNA聚合酶的結(jié)合部位(聚合酶的結(jié)合部位(lac操縱基因)也是操縱基因)也是LacI阻遏蛋白的阻遏蛋白的結(jié)合部位,實(shí)驗(yàn)表明結(jié)合部位,實(shí)驗(yàn)表明RNA聚合酶和聚合酶和LacI阻遏蛋白對(duì)操縱基因序阻遏蛋白對(duì)操縱基因序列的結(jié)合是相互排斥的。列的結(jié)合是相互排斥的。原核生物基因表達(dá)的調(diào)控原核生物基因表達(dá)的

32、調(diào)控乳糖代謝基因表達(dá)調(diào)控圖解:乳糖代謝基因表達(dá)調(diào)控圖解:(沒(méi)有乳糖時(shí)沒(méi)有乳糖時(shí)) lacZ lacY lacA 調(diào)節(jié)基因調(diào)節(jié)基因啟動(dòng)子啟動(dòng)子 操縱基因操縱基因結(jié)構(gòu)基因結(jié)構(gòu)基因RNA聚合酶聚合酶信使信使RNA轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)錄翻譯翻譯阻抑物與阻抑物與操縱基因操縱基因結(jié)合,結(jié)結(jié)合,結(jié)構(gòu)基因轉(zhuǎn)構(gòu)基因轉(zhuǎn)錄受阻錄受阻阻抑物阻抑物原核生物基因表達(dá)的調(diào)控原核生物基因表達(dá)的調(diào)控乳糖代謝基因表達(dá)調(diào)控圖解:乳糖代謝基因表達(dá)調(diào)控圖解:(有乳糖時(shí)有乳糖時(shí)) lacZ lacY lacA 調(diào)節(jié)基因調(diào)節(jié)基因啟動(dòng)子啟動(dòng)子 操縱基因操縱基因結(jié)構(gòu)基因結(jié)構(gòu)基因RNA聚合酶聚合酶信使信使RNA轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)錄翻譯翻譯阻抑物與乳糖結(jié)合后構(gòu)象發(fā)生了改變

33、,阻抑物與乳糖結(jié)合后構(gòu)象發(fā)生了改變,因而不能與操縱基因結(jié)合,使得結(jié)構(gòu)因而不能與操縱基因結(jié)合,使得結(jié)構(gòu)基因進(jìn)行轉(zhuǎn)錄?;蜻M(jìn)行轉(zhuǎn)錄。阻抑物阻抑物乳糖乳糖轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)錄半乳糖苷酶半乳糖苷酶酶酶酶酶乳糖分解代乳糖分解代謝調(diào)控過(guò)程謝調(diào)控過(guò)程是一個(gè)自我是一個(gè)自我調(diào)控過(guò)程調(diào)控過(guò)程2. CAP的正調(diào)控 細(xì)菌中的cAMP含量與葡萄糖的分解代謝有關(guān),當(dāng)細(xì)菌利用葡萄糖分解產(chǎn)生能量時(shí),cAMP生成少而分解多,cAMP含量低;相反,當(dāng)環(huán)境中無(wú)葡萄糖可供利用時(shí),cAMP含量就升高。細(xì)菌中有一種能與cAMP特異結(jié)合的cAMP受體蛋白CRP(cAMP receptor protein),當(dāng)CRP未與cAMP結(jié)合時(shí)它是沒(méi)有活性的,當(dāng)

34、cAMP濃度升高時(shí),CRP與cAMP結(jié)合并發(fā)生空間構(gòu)象的變化而活化,稱為CAP(CRP-cAMP activated protein),能以二聚體的方式與特定的DNA序列結(jié)合。在lac操縱子的啟動(dòng)子Plac上游端有一段序列與Plac部分重疊的序列,能與CAP特異結(jié)合,稱為CAP結(jié)合位點(diǎn)(CAP binding site)。CAP與這段序列結(jié)合時(shí),可增強(qiáng)RNA聚合酶的轉(zhuǎn)錄活性,使轉(zhuǎn)錄提高50倍。相反,當(dāng)有葡萄糖可供分解利用時(shí),cAMP濃度降低,CRP不能被活化,lac操縱子的結(jié)構(gòu)基因表達(dá)下降。由于Plac是弱啟動(dòng)子,單純因乳糖的存在發(fā)生去阻遏使lac操縱子轉(zhuǎn)錄開(kāi)放,還不能使細(xì)菌很好利用乳糖,必需

35、同時(shí)有CAP來(lái)加強(qiáng)轉(zhuǎn)錄活性,細(xì)菌才能合成足夠的酶來(lái)利用乳糖。lac操縱子的強(qiáng)誘導(dǎo)既需要有乳糖的存在又需要沒(méi)有葡萄糖可供利用。通過(guò)這機(jī)制,細(xì)菌是優(yōu)先利用環(huán)境中的葡萄糖,只有無(wú)葡萄糖而又有乳糖時(shí),細(xì)菌才去充分利用乳糖。細(xì)菌對(duì)葡萄糖以外的其他糖(如阿拉伯糖、半乳糖、麥芽糖等)的利用上也有類似對(duì)乳糖利用的情況,在含有編碼利用阿拉伯糖的酶類基因群的阿拉伯糖操縱子(ara operon)、半乳糖操縱子(gal operon)中也有CAP結(jié)合位點(diǎn),CAP也起類似的正性調(diào)控作用。所以CAP的通用名稱是分解代謝基因激活蛋白(catabolic gene activator protein)。不難看出:CAP結(jié)合

36、位點(diǎn)就是一種起正性調(diào)控作用的操縱子,CAP則是對(duì)轉(zhuǎn)錄起正性作用的調(diào)控蛋白激活蛋白,編碼CRP的基因也是一個(gè)調(diào)控基因,不過(guò)它并不在lac操縱子的附近,CAP可以對(duì)幾個(gè)操縱子都起作用。從上所述,乳糖操縱子屬于可誘導(dǎo)操縱子(inducible operon),這類操縱子通常使是關(guān)閉的,當(dāng)受效應(yīng)物作用后誘導(dǎo)開(kāi)放轉(zhuǎn)錄。這類操縱子使細(xì)菌能適應(yīng)環(huán)境的變化,最有效地利用環(huán)境能提供的能源底物。乳糖操縱子的誘導(dǎo)乳糖操縱子的誘導(dǎo) 11.4 色氨酸操縱子的表達(dá)調(diào)控 色氨酸是構(gòu)成蛋白質(zhì)的組分,一般的環(huán)境難以給細(xì)菌提供足夠的色氨酸,細(xì)菌要生存繁殖通常需要自己經(jīng)過(guò)許多步驟合成色氨酸,但是一旦環(huán)境能夠提供色氨酸時(shí),細(xì)菌就會(huì)充

37、分利用外界的色氨酸、減少或停止合成色氨酸,以減輕自己的負(fù)擔(dān)。細(xì)菌所以能做到這點(diǎn)是因?yàn)橛猩彼岵倏v子(trp operon)的調(diào)控。trp操縱子的結(jié)構(gòu)操縱子的結(jié)構(gòu) trp操縱子的結(jié)構(gòu)見(jiàn)下圖:五個(gè)結(jié)構(gòu)基因(操縱子的結(jié)構(gòu)見(jiàn)下圖:五個(gè)結(jié)構(gòu)基因(E、D、C、B、A)分別編碼從分支氨酸起始合成色氨酸途徑的酶或酶亞基。分別編碼從分支氨酸起始合成色氨酸途徑的酶或酶亞基。在結(jié)構(gòu)基因之前為調(diào)控區(qū)域,包括啟動(dòng)子區(qū)(在結(jié)構(gòu)基因之前為調(diào)控區(qū)域,包括啟動(dòng)子區(qū)(P)、操縱區(qū))、操縱區(qū)(O)、前導(dǎo)肽編碼區(qū)()、前導(dǎo)肽編碼區(qū)(L)和弱化子區(qū)()和弱化子區(qū)(a)。)。 弱化子(衰減子):在弱化子(衰減子):在trpE與操縱基因之

38、間有一段前導(dǎo)序與操縱基因之間有一段前導(dǎo)序列列L(162bp),它能編碼出一個(gè)內(nèi)含兩個(gè)并連的),它能編碼出一個(gè)內(nèi)含兩個(gè)并連的trp的的14肽,肽,由于這兩個(gè)由于這兩個(gè)trp的合成速度能控制核糖體在的合成速度能控制核糖體在mRNA上的移動(dòng),上的移動(dòng),使得前導(dǎo)序列的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物使得前導(dǎo)序列的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物mRNA可形成特殊的結(jié)構(gòu),類似可形成特殊的結(jié)構(gòu),類似轉(zhuǎn)錄終止信號(hào),因此編碼該結(jié)構(gòu)區(qū)域的基因被稱為弱化子轉(zhuǎn)錄終止信號(hào),因此編碼該結(jié)構(gòu)區(qū)域的基因被稱為弱化子(衰減子)。(衰減子)。 在在trpA之后有兩個(gè)終止信號(hào)之后有兩個(gè)終止信號(hào)t和和t ,其中,其中t 為為 因子所識(shí)別,因子所識(shí)別,因此因此 因子也參與了調(diào)控。

39、因子也參與了調(diào)控。 Trp操縱子的調(diào)節(jié)基因(操縱子的調(diào)節(jié)基因(trpR)產(chǎn)生輔阻遏蛋白,遠(yuǎn)離)產(chǎn)生輔阻遏蛋白,遠(yuǎn)離trp操操縱子??v子。1.色氨酸操縱子的結(jié)構(gòu)色氨酸操縱子的結(jié)構(gòu)trp操縱子的調(diào)控:操縱子的調(diào)控:?jiǎn)?dòng)子調(diào)控啟動(dòng)子調(diào)控阻遏系統(tǒng)阻遏系統(tǒng)弱化子(衰減子)調(diào)控弱化子(衰減子)調(diào)控2. 阻遏蛋白的負(fù)調(diào)控 合成色氨酸所需要酶類的基因E、D、C、B、A等頭尾相接串連排列組成結(jié)構(gòu)基因群,受其上游的啟動(dòng)子Ptrp和操縱子的調(diào)控,調(diào)控基因trpR的位置遠(yuǎn)離P-結(jié)構(gòu)基因群,在其自身的啟動(dòng)子作用下,以組成性方式低水平表達(dá)其編碼分子量為47000的調(diào)控蛋白R(shí),R并沒(méi)有與結(jié)合的活性,當(dāng)環(huán)境能提供足夠濃度的色

40、氨酸時(shí),R與色氨酸結(jié)合后構(gòu)象變化而活化,就能夠與特異性親和結(jié)合,阻遏結(jié)構(gòu)基因的轉(zhuǎn)錄。色氨酸操縱子的可阻遏調(diào)控 因此色氨酸操縱子屬于一種負(fù)性調(diào)控的、可阻遏的操縱子(repressible operon),即這操縱子通常是開(kāi)放轉(zhuǎn)錄的,有效應(yīng)物(色氨酸為阻遏劑)作用時(shí)則阻遏關(guān)閉轉(zhuǎn)錄。細(xì)菌不少生物合成系統(tǒng)的操縱子都屬于這種類型,其調(diào)控可使細(xì)菌處在生存繁殖最經(jīng)濟(jì)最節(jié)省的狀態(tài)。 3. 弱化子及其作用 實(shí)驗(yàn)觀察表明:當(dāng)色氨酸達(dá)到一定濃度、但還沒(méi)有高到能夠活化R使其起阻遏作用的程度時(shí),產(chǎn)生色氨酸合成酶類的量已經(jīng)明顯降低,而且產(chǎn)生的酶量與色氨酸濃度呈負(fù)相關(guān)。仔細(xì)研究發(fā)現(xiàn)這種調(diào)控現(xiàn)象與色氨酸操縱子特殊的結(jié)構(gòu)有關(guān)。

41、在色氨酸操縱子Ptrp-與第一個(gè)結(jié)構(gòu)基因trpE之間有162bp的一段先導(dǎo)序列(leading sequence,L),實(shí)驗(yàn)證明當(dāng)色氨酸有一定濃度時(shí),RNA聚合酶的轉(zhuǎn)錄會(huì)終止在這里。 這段序列中含有編碼由14個(gè)氨基酸組成的短肽的開(kāi)放閱讀框,其序列中有2個(gè)色氨酸相連,在此開(kāi)放閱讀框前有核糖體識(shí)別結(jié)合位點(diǎn)(RBS)序列,提示這段短開(kāi)放閱讀框在轉(zhuǎn)錄后是能被翻譯的。mRNA前導(dǎo)區(qū)序列分析 trp前導(dǎo)區(qū)的堿基序列已經(jīng)全部測(cè)定, 發(fā)現(xiàn)完整的前導(dǎo)序列可分為1、2、3、4區(qū)域,這四個(gè)區(qū)域的片段能以兩種不同的方式進(jìn)行堿基配對(duì)(圖9-10),色氨酸操縱子的轉(zhuǎn)錄與翻譯調(diào)控色氨酸操縱子的轉(zhuǎn)錄與翻譯調(diào)控有時(shí)以1-2和3

42、-4配對(duì),有時(shí)只以2-3方式互補(bǔ)配對(duì)。核糖體經(jīng)過(guò)前導(dǎo)區(qū)繼續(xù)翻譯的能力控制著這兩種結(jié)構(gòu)的轉(zhuǎn)換,它決定mRNA是否形成終止所需的結(jié)構(gòu)。前導(dǎo)序列的終止區(qū)與一般的轉(zhuǎn)錄 終止位點(diǎn)特點(diǎn)相同,具有成串的 U和潛在的能形成莖環(huán)的二重對(duì)稱結(jié)構(gòu)。通過(guò)RNaseT1降解實(shí)驗(yàn)(此酶不水解配對(duì)的RNA)表明純化的trp前導(dǎo)序列中只有1-2和3-4的配對(duì)方式。由此定位的3-4配對(duì)區(qū)正好位于終止密碼子識(shí)別區(qū),當(dāng)這個(gè)區(qū)域發(fā)生破壞自我堿基突變,有利于轉(zhuǎn)錄的繼續(xù)進(jìn)行。 轉(zhuǎn)錄的弱化理論認(rèn)為,mRNA轉(zhuǎn)錄的終止是通過(guò)前導(dǎo)肽基因的翻譯來(lái)調(diào)節(jié)的,在前導(dǎo)肽基因中有兩個(gè)相鄰的色氨酸密碼子,在翻譯時(shí)對(duì)tRNATrp的濃度十分敏感。當(dāng)培養(yǎng)基中色氨酸的

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